ニュース
2025年
- 250123 共同研究講座助教の中前さん、博士課程後期大学院生の鈴木さんと米澤さん、研究員の小野さん他、と坊農による研究論文 Risk Prediction of RNA Off-Targets of CRISPR Base Editors in Tissue-Specific Transcriptomes Using Language Models (DOI:
10.1101/2025.01.19.633823) が bioRxiv に公開されました。DBCLS BioHackathon 2023がきっかけで始まった共同研究の成果です！ - 250118 博士課程後期大学院生の大豆田さんと坊農による研究論文 Data-driven workflow for comprehensive gene expression analysis in complex microbiomes (DOI:
10.1101/2025.01.17.632662) が bioRxiv に公開されました - 250117 博士課程後期大学院生の鈴木貴之さんの博士学位論文発表会（演題：公共データの利活用によるターゲット遺伝子探索手法の開発 (Development of a method for exploring target genes using public data)）が2025年1月31日（金）午前10時から広島大学東広島キャンパスで行われます
- 250117 博士課程後期大学院生の池田秀也さんの博士学位論文発表会（演題:大規模言語モデルを用いた生命科学データベースからの知識抽出手法の開発 (Development of knowledge extraction methods from life science databases using large language models)）が2025年1月30日（木）午後4時からオンラインで行われます
- 250116 bonohulabも所属している統合生命科学研究科の数理生命科学・生命医科学プログラムで2025年3月8日（土）にオンラインで大学院入試説明会を実施します
- 250106 Plant & Animal Genome Conference (PAG32)にて、研究員の野津さん、博士課程後期大学院生の新谷さんと米澤さんが研究発表を行います
2024年
- 241217 研究員の栂さん、フマキラー株式会社と坊農による共同研究論文 Genome-wide Search for Gene Mutations likely Conferring Insecticide Resistance in the Common Bed Bug, Cimex lectularius (DOI:
10.3390/insects15100737) がStudy maps bed bugs’ genomes in unprecedented detail to find out why they just won’t dieと題して広島大学から英文プレスリリースされました - 241210 バイオDXのハッカソンとなるBioDXthon 2025 -AI × バイオで実現する BioDX-を2025年2月25〜28日に広島大学イノベーションプラザ他にて開催します。参加登録を開始しました
- 241203 若手研究者による植物ストレス科学国際フォーラムIPSR 2024にて、博士課程後期大学院生の新谷さんと共同研究講座助教の中前さんが口頭発表を行います
- 241202 広島県立西条農業高等学校での坊農による「コンピュータを使った生物学研究とその応用」の講演動画が統合TVより公開されました
- 241121 研究室のある広島大学イノベーションプラザに隣接した広島県立西条農業高等学校にて、坊農が「コンピュータを使った生物学研究とその応用」と題した講演を行いました
- 241118 2024年11月18月付の日本経済新聞に「殺虫剤に強いトコジラミ、カギの遺伝子候補 広島大特定」という記事でフマキラー株式会社との共同研究論文 Genome-wide Search for Gene Mutations likely Conferring Insecticide Resistance in the Common Bed Bug, Cimex lectularius (DOI:
10.3390/insects15100737)が紹介されました - 241117 第47回日本分子生物学会年会（2024年11月27日〜29日 於：福岡国際会議場＋マリンメッセ福岡）にてbonohulabのメンバーが口頭発表4件、ポスター発表11件の研究発表を行います。詳細は学会・研究会発表をご覧ください。
- 241112 坊農が編集した論文に出る遺伝子 デルジーン300 PubMed論文の登場回数順にヒト遺伝子のエッセンスを一望が羊土社から2024年12月頭に発刊されます。坊農のほか、博士課程後期大学院生の鈴木さんと米澤さん、博士課程後期大学院生の烏野さん、研究員の野津さんと小野さん、OGの小野さんが執筆されました。
- 241111 坊農によるゲノム生物学の教科書「Dr.Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今」がメディカル・サイエンス・インターナショナルから2024年11月末に発刊されます
- 241018 研究員の栂さん、フマキラー株式会社と坊農による共同研究論文 Genome-wide Search for Gene Mutations likely Conferring Insecticide Resistance in the Common Bed Bug, Cimex lectularius (DOI:
10.3390/insects15100737)を「トコジラミの殺虫剤感受性および抵抗性系統のゲノム解読〜抵抗性の発達に寄与する可能性のある遺伝子を発見〜」と題してプレスリリースしました - 241018 博士課程後期大学院生の鈴木さんと坊農による研究論文 Pipeline to explore information on genome editing using large language models and genome editing meta-database (DOI:
10.1101/2024.10.16.617154) が bioRxiv に公開されました - 241015 理学部生物科学科の生物科学実習IV・卒業研究配属として、國頭悠音さん、林愛琉さん、藤田千喜さんと 吉国京介さんがbonohulabに加わりました
- 241007 研究員の栂さん、フマキラー株式会社と坊農による共同研究論文 Genome-wide Search for Gene Mutations likely Conferring Insecticide Resistance in the Common Bed Bug, Cimex lectularius (DOI:
10.3390/insects15100737) が「世界初！殺虫剤抵抗性2万倍 スーパートコジラミのゲノム解読に成功トコジラミ対策商品の開発を推進～広島大学と共同研究～」と題してフマキラー株式会社からプレスリリースされました - 240930 研究員の野津さんと理化学研究所 生命機能科学研究センター、沖縄美ら島財団 総合研究所、国立遺伝学研究所 分子生命史研究室と坊農による共同研究論文 Meta‐analysis of gonadal transcriptome provides novel insights into sex change mechanism across protogynous fishes (DOI:
10.1111/gtc.13166) が Genes to Cells に公開されました - 240925 研究員の栂さん、フマキラー株式会社と坊農による研究論文 Genome-wide Search for Gene Mutations likely Conferring Insecticide Resistance in the Common Bed Bug, Cimex lectularius (DOI:
10.3390/insects15100737) が Insects に公開されました - 240918 博士課程前期大学院生の烏野さんが、ゲノム編集先端人材育成プログラム（卓越大学院プログラム）において「入学後の学業成績及び在学中の学術活動成果等における顕著な業績があると認められる学生」として、2024年度後期に毎月給付される奨学金を獲得しました
- 240911 一般社団法人 日本育種学会第146回講演会（2024年9月19,20日開催）にて、博士課程後期大学院生の新谷さんと米澤さんが研究発表を行います
- 240910 博士課程後期大学院生の鈴木さんと坊農による研究論文 A systematic exploration of unexploited genes for oxidative stress in Parkinson’s disease (DOI:
10.1038/s41531-024-00776-1) がResearchers develop analytical pipeline to identify unexploited genes that hold research valueと題して広島大学から英文プレスリリースされました - 240909 一般社団法人 日本育種学会第146回講演会の市民公開シンポジウム「安芸の国から拓く農業の未来―ゲノム編集から伝統品種の復刻までー」（2024年9月23日開催）にて、坊農が「ゲノム編集の植物育種への応用」と題して講演を行います
- 240905 博士課程後期大学院生の鈴木さんと坊農による研究論文 A systematic exploration of unexploited genes for oxidative stress in Parkinson’s disease (DOI:
10.1038/s41531-024-00776-1)を「疾患における酸化ストレスに応答する新規候補遺伝子の探索手法を開発」と題してプレスリリースしました - 240902 広島バイオテクノロジー推進協議会主催「令和６年度広島バイオフォーラム」（2024年9月12日開催）にて、坊農が「バイオDXによるデータ駆動型ゲノム育種技術の開発」と題して講演を行います
- 240829 研究員の栂さんらによる研究論文 Genome-wide Search for Gene Mutations likely Conferring Insecticide Resistance in the Common Bed Bug, Cimex lectularius (DOI:
10.1101/2024.08.27.607709) が bioRxiv に公開されました - 240827 特任助教の田村さん、DBCLSの千葉さんと坊農による研究論文 Triterpene RDF: Developing a database of plant enzymes and transcription factors involved in triterpene biosynthesis using the Resource Description Framework (DOI:
10.5511/plantbiotechnology.24.0312c) が Plant Biotechnology に公開されました - 240819 博士課程後期大学院生の鈴木さんと坊農による研究論文 A systematic exploration of unexploited genes for oxidative stress in Parkinson’s disease (DOI:
10.1038/s41531-024-00776-1) が npj Parkinson's disease に公開されました - 240809 博士課程後期大学院生の新谷さんと坊農による研究論文 Meta-analysis of public RNA-sequencing data of drought and salt stresses in different phenotypes of Oryza sativa (DOI:
10.1101/2024.08.06.605779) が bioRxiv に公開されました - 240805 XXVII International Congress of Entomology (ICE2024)にて、研究員の栂さんと坊農が研究発表を行います
- 240802 博士課程前期大学院生の烏野さんと坊農による研究論文 Transcriptional Signatures of Domestication Revealed through Meta-Analysis of Pig, Chicken, Wild Boar, and Red Junglefowl Gene Expression Data (DOI:
10.3390/ani14131998) がGenetic signatures of domestication identified in pigs, chickensと題して広島大学から英文プレスリリースされました - 240801 博士課程前期大学院生の烏野さんと坊農による研究論文 Transcriptional Signatures of Domestication Revealed through Meta-Analysis of Pig, Chicken, Wild Boar, and Red Junglefowl Gene Expression Data (DOI:
10.3390/ani14131998) を「公共データベースを活用したメタ解析により複数の家畜動物とそれらの原種間で発現が異なる遺伝子を複数同定〜データ駆動型ゲノム育種に向けた育種候補遺伝子の選出〜」と題してプレスリリースしました - 240731 博士課程後期大学院生の新谷さんが、2024年度サタケ基金の「学生による学術研究への研究資金助成」に採択されました（研究課題：塩・干ばつストレス耐性・感受性イネ品種の公共RNA-Seqのメタ解析によるゲノム編集ターゲットの選定）
- 240708 共同研究講座研究員の小野さんと坊農の編著・監修による生命科学データ解析の実践書「生命科学研究のためのデジタルツール入門 第2版」がメディカル・サイエンス・インターナショナルから2024年6月末に発刊されました
- 240706 博士課程前期大学院生の烏野さんと坊農による研究論文 Transcriptional Signatures of Domestication Revealed through Meta-Analysis of Pig, Chicken, Wild Boar, and Red Junglefowl Gene Expression Data (DOI:
10.3390/ani14131998) が Animals に公開されました - 240702 東京農工大学大学院 農学研究院生物生産科学部門 動物生化学（昆虫系）研究室他との共同研究論文 High expression of serine protease, Brachyurin in the posterior midgut of black soldier fly (Hermetia illucens) during horse dropping processing (DOI:
10.1186/s13104-024-06846-0) が BMC Research Notes に公開されました - 240629 農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構） 生物機能利用研究部門の横井さんと瀬筒さんのグループ、DBCLS小野さんと千葉さんと坊農による研究論文 Time-course transcriptome data of silk glands in day 0–7 last-instar larvae of Bombyx mori (w1 pnd strain) (DOI:
10.1038/s41597-024-03560-1) が Scientific data に公開されました - 240624 博士課程後期大学院生の新谷さんと米澤さんが、広島大学創発的次世代AI人材育成・支援プロジェクトにおける次世代AIフェローに決定しました
- 240612 研究員の栂さんらによる、東京農工大学大学院 農学研究院生物生産科学部門 動物生化学（昆虫系）研究室との共同研究論文 Long-read genome assembly of the Japanese parasitic wasp Copidosoma floridanum (Hymenoptera: Encyrtidae) (DOI:
10.1093/g3journal/jkae127) が G3 Genes|Genomes|Genetics に公開されました - 240603 日本ゲノム編集学会第9回大会にて、学部4年生の光成さん、博士課程前期大学院生の烏野さん、博士課程後期大学院生の新谷さん、大豆田さんと米澤さん、共同研究講座研究員の伊出さんが研究発表を行います
- 240529 実験医学ウェビナー シェフ直伝! RNA-seq データ解析レシピ〜成功の秘訣は「段取り」にあり〜（2024年6月5日開催）にて、坊農が「RNA-Seqデータ解析WETラボのための超鉄板レシピ〜ヒトから非モデル生物まで公共データの活用も充実」と題して講演を行います
- 240522 博士課程前期大学院生の烏野さんと坊農による研究論文 Transcriptional Signatures of Domestication Revealed by Meta-Analysis of Pig, Chicken, Wild Boar, and Red Junglefowl Gene Expression Data (DOI:
10.1101/2024.05.20.594049) が bioRxiv に公開されました - 240513 研究室のロゴを作成、研究室のウェブサイトの左上に。HUB（ハブ）ちゃんと呼んでください
- 240507 Dovetail Genomics Epigenetics and Genome Assembly Summit 2024（2024年5月14日開催）にて、坊農が「広島大学バイオDX産学共創拠点における非モデル生物のゲノム配列解読」と題して講演を行います
- 240422 bonohulabも所属している統合生命科学研究科の数理生命科学プログラムで2024年5月25日（土）にハイブリッド方式で学生募集説明会を実施します
- 240418 共同研究講座助教の中前さん、研究員の伊出さん、大貫さん、プラチナバイオ株式会社の中川さんと奥原さん、と坊農による研究論文 PtWAVE: A High-Sensitive deconvolution software of sequencing trace for the Detection of Large Indels in Genome Editing (DOI:
10.1101/2024.04.17.589649) が bioRxiv に公開されました - 240412 博士課程後期大学院生の新谷さん、特任助教の田村さんと坊農による研究論文 Meta-analysis of public RNA sequencing data of abscisic acid-related abiotic stresses in Arabidopsis thaliana (DOI:
10.3389/fpls.2024.1343787)がGenetic underpinnings of environmental stress identified in model plantと題して広島大学から英文プレスリリースされました - 240402 博士課程後期大学院生の新谷さん、特任助教の田村さんと坊農による研究論文 Meta-analysis of public RNA sequencing data of abscisic acid-related abiotic stresses in Arabidopsis thaliana (DOI:
10.3389/fpls.2024.1343787) を「公共データベースを活用したメタ解析による植物におけるアブシジン酸関連ストレスの新たな知見〜大規模データの解析による環境ストレスに強い作物の開発に向けたゲノム編集ターゲット遺伝子を特定〜」と題してプレスリリースしました - 240401 共同研究講座の研究員として小野浩雅さんが、統合生命科学研究科数理生命科学プログラムの博士課程後期大学院生（社会人）として池田秀也さんが入学され、bonohulabに加わりました
- 240323 博士課程前期大学院生の新谷さんと米澤さんが修了されました
- 240322 博士課程前期大学院生の新谷さん、特任助教の田村さんと坊農による研究論文 Meta-analysis of public RNA sequencing data of abscisic acid-related abiotic stresses in Arabidopsis thaliana (DOI:
10.3389/fpls.2024.1343787) が Frontiers in Plant Science に公開されました - 240321 共同研究講座助教の中前さんが広島大学の英語版広報誌 Hiroshima University Update の2024年春号に Researchers develop DANGER analysis tool for safer design of gene editing と題した英語記事で紹介されました
- 240314 博士課程後期大学院生の鈴木さんと坊農による研究論文 A systematic exploration of unexploited genes for oxidative stress in Parkinson's disease (DOI:
10.1101/2024.03.11.583425) が bioRxiv に公開されました - 240304 農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構） 生物機能利用研究部門の横井さんと瀬筒さんのグループ、DBCLS小野さんと千葉さんと坊農による研究論文 Time-course transcriptome data of silk glands in day 0-7 last-instar larvae of Bombyx mori (w1 pnd strain) (DOI:
10.1101/2024.03.02.582034) が bioRxiv に公開されました - 240301 日本医科大学 生理学（生体統御学）研究室との共同研究論文 Transcriptome Analysis Reveals Enhancement of Cardiogenesis-Related Signaling Pathways by S-nitroso-N-pivaloyl-D-penicillamine (SNPiP): Implications for Improved Diastolic Function and Cardiac Performance (DOI:
10.1097/FJC.0000000000001552) が Journal of Cardiovascular Pharmacology に公開されました - 240220 日本昆虫学会第84回大会・第68回日本応用動物昆虫学会大会合同大会にて、研究員の栂さんと坊農が研究発表を行います
- 240219 第65回日本植物生理学会年会にて、特任助教の田村さんが研究発表を行います
- 240110 特任助教の田村さん、DBCLSの千葉さんと坊農による研究論文 Triterpene RDF: Developing a database of plant enzymes and transcription factors involved in triterpene biosynthesis using the Resource Description Framework (DOI:
10.1101/2024.01.08.574260) が bioRxiv に公開されました - 240104 Plant & Animal Genome Conference (PAG31)にて、研究員の野津さんが研究発表を行います
2023年
- 231205 東京農工大学大学院 農学研究院生物生産科学部門 動物生化学（昆虫系）研究室との共同研究論文 An extract from the frass of swallowtail butterfly (Papilio machaon) larvae inhibits HCT116 colon cancer cell proliferation but not other cancer cell types (DOI:
10.1186/s12864-023-09841-0) が BMC Genomics に公開されました - 231123 一般社団法人バイオDX推進機構が2023年11月12日に開催した特別授業＆体験型ワークショップ「分子系統樹をつくろう」の特別授業「研究がつなぐ未来 バイオインフォマティクスの役割」の動画が統合TVより公開されました
- 231106 第46回日本分子生物学会年会にて、博士課程前期大学院生の米澤さんと新谷さん、博士課程後期大学院生の鈴木さん、修了生の小野さん、研究員の野津さんと栂さん、共同研究講座助教の中前さんが研究発表を行います
- 231027 坊農による生命科学データ解析の実践書「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析道場 第2版」がメディカル・サイエンス・インターナショナルから2023年11月末に発刊されます
- 231025 研究員の野津さんと坊農他による、第14回国内版バイオハッカソンBH23.9における活動内容をまとめた研究論文 Efforts to analyze pathways in non-model organisms (DOI:
10.37044/osf.io/spf3q) が BioHackrXiv に公開されました - 231023 共同研究講座助教の中前さんと坊農による研究論文 DANGER analysis: Risk-averse on/off-target assessment for CRISPR editing without a reference genome (DOI:
10.1093/bioadv/vbad114) がResearchers develop DANGER analysis tool for the safer design of gene editingと題して英文プレスリリースされました - 231018 博士課程前期大学院生の米澤さんが広島大学卓越大学院プログラム「ゲノム編集先端人材育成プログラム」の令和5年度市民公開セミナー「ゲノム編集の現状と展望」（2023年11月11日オンライン開催）にて「公共データベースの遺伝子発現データを用いた熱ストレスに関連するトランスクリプトームのメタ解析」と題した研究発表を行います
- 231017 理学部生物科学科の生物科学実習IV・卒業研究配属として、内田航太郎さんと光成仁さんがbonohulabに加わりました
- 231013 博士課程前期大学院生の米澤さんと坊農による研究論文 Meta-Analysis of Heat-Stressed Transcriptomes Using the Public Gene Expression Database from Human and Mouse Samples (DOI:
10.3390/ijms241713444) が「公共データベースの利活用による高温に曝されると発生する熱ストレス応答の新たな知見〜気候変動に対応するためのデジタルトランスフォーメーション〜」と題して広島大学ウェブサイトに掲載されました - 231001 ゲノム編集先端人材育成プログラム（卓越大学院プログラム）の博士課程後期大学院生（社会人）として森原なぎささんが入学され、bonohulabに加わりました
- 231001 坊農が教授（承継教授）に採用されました
- 230926 研究員の栂さんらによる、東京農工大学大学院 農学研究院生物生産科学部門 動物生化学（昆虫系）研究室との共同研究論文 Long-read genome assembly of the Japanese parasitic wasp Copidosoma floridanum (Hymenoptera: Encyrtidae) (DOI:
10.1101/2023.09.24.559078) が bioRxiv に公開されました - 230925 共同研究講座助教の中前さんと坊農による研究論文 DANGER analysis: risk-averse on/off-target assessment for CRISPR editing without a reference genome (DOI:
10.1093/bioadv/vbad114) を「ゲノム編集のための簡易的安全性評価ソフトウェアを新規開発〜バイオDXによる安全な品種改良やゲノム医療へ期待〜」と題してプレスリリースしました - 230919 研究室のメンバーほぼ全員の総勢14名で国内版バイオハッカソン BH23.9に参加します
- 230906 坊農が編集した改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピ ヒトから非モデル生物まで 公共データの活用も充実が出版されました。坊農のほか、博士課程後期大学院生の鈴木さん、研究員の野津さんと栂さん、特任助教の田村さん、OGの小野さんが執筆されました。
- 230901 第40回日本植物バイオテクノロジー学会(千葉)大会にて、特任助教の田村さんが「PacBio HiFi リードによるアカシソのゲノム配列の解読」と題した口頭発表を行います
- 230830 博士課程前期大学院生の米澤さんと坊農による研究論文 Meta-Analysis of Heat-Stressed Transcriptomes Using the Public Gene Expression Database from Human and Mouse Samples (DOI:
10.3390/ijms241713444) が International Journal of Molecular Sciences (IJMS) に公開されました - 230824 共同研究講座助教の中前さんと坊農による研究論文 DANGER analysis: Risk-averse on/off-target assessment for CRISPR editing without a reference genome (DOI:
10.1093/bioadv/vbad114) が Bioinformatics Advances に公開されました - 230821 研究員の野津さんと理化学研究所 生命機能科学研究センター、沖縄美ら島財団 総合研究所、沖縄美ら海水族館、国立遺伝学研究所 分子生命史研究室による研究論文 Elasmobranch genome sequencing reveals evolutionary trends of vertebrate karyotypic organization (DOI:
10.1101/gr.276840.122) が Genome Research に公開されました - 230728 農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構） 生物機能利用研究部門の横井さんのグループと坊農による研究論文 Genome assembly reconstruction of the Japanese honey bee, Apis cerana japonica (Hymenoptera: Apidae), using homology-based assembly and nanopore long-reads (DOI:
10.1101/2023.07.26.550500) が bioRxiv に公開されました - 230713 共同研究講座助教の中前さん他による研究論文 Machine learning of transcriptome data treated with DNA base editor (DOI:
10.37044/osf.io/zytkj) が BioHackrXiv に公開されました - 230713 UCSF Gladstone Institute のAlex Picoさん、DBCLSの小野さん、Dogrun Inc.の大石さん、研究員の野津さんと坊農による研究論文 BioHackJP 2023 Report R3: Expand the pathway analysis environment to non-model organisms (DOI:
10.37044/osf.io/4uskb) が BioHackrXiv に公開されました - 230712 熊本大学大学院生命科学研究部 老化・健康長寿学講座との共同研究論文 Cellular senescence induction leads to progressive cell death via the INK4a-RB pathway in naked mole-rats (DOI:
10.15252/embj.2022111133) が The EMBO Jounral に公開されました - 230711 シンポジウム：沖縄ならではのSociety5.0実現に向けて(2023年8月9日沖縄県立博物館・美術館（おきみゅー）講堂にて開催)にて、坊農が「バイオDXによるゲノム編集基盤技術開発におけるバイオインフォマティクスの役割」と題して講演を行います
- 230710 研究員の野津さんと理化学研究所 生命機能科学研究センター、沖縄美ら島財団 総合研究所、国立遺伝学研究所 分子生命史研究室と坊農による共同研究論文 Meta-analysis of gonadal transcriptomes in protogynous fishes provides novel perspective into sex change machinery (DOI:
10.1101/2023.07.09.545663) が bioRxiv に公開されました - 230707 第15回遺伝子組換え実験安全研修会(2023年7月22日オンライン開催)にて、坊農が「バイオDXによるゲノム編集技術への応用」と題して講演を行います
- 230622 昆虫DNA研究会 第19回研究集会 シンポジウムにて、研究員の栂さんが「公共RNAシーケンスデータを利用したメタ解析による発現変動遺伝子の特定」と題して講演を行います
- 230608 日本ゲノム編集学会第8回大会にて、共同研究講座助教の中前さんがポスター賞を受賞しました！
- 230602 とっとりバイオフロンティアが2023年5月22日に開催したセミナー「みんなのバイオDXセミナー~社会課題解決に向けたイノベーション創出~」での博士課程後期大学院生の奥原さんによる講演動画「ゲノム編集とバイオDXでミライを拓く」と坊農による講演動画「バイオDXによるデータ駆動型生命科学研究」が統合TVから公開されました
- 230601 田村さんが特任助教（ゲノム編集イノベーションセンター）に着任されました
- 230527 日本ゲノム編集学会第8回大会にて、博士課程前期大学院生の米澤さん、博士課程後期大学院生の鈴木さん、共同研究講座助教の中前さんが研究発表を行います
- 230526 The 33rd International Conference on Arabidopsis Researchにて、博士課程前期大学院生の新谷さん、研究員の田村さんが研究発表を行います
- 230514 とっとりバイオフロンティアセミナー（2023年5月22日ハイブリッド開催）にて博士課程後期大学院生の奥原さんと坊農が「みんなのバイオDXセミナー~社会課題解決に向けたイノベーション創出~」と題して講演を行います
- 230513 PacBio HIFI SEQUENCING EXPERIENCE TOUR ロードショー（2023年5月17,18日開催）にて、研究員の田村さんと坊農が「PacBio HiFiリードによるゲノム配列解読の実際」と題して講演を行います
- 230506 研究員の栂さんと坊農による研究論文 Meta-Analysis of Public RNA Sequencing Data Revealed Potential Key Genes Associated with Reproductive Division of Labor in Social Hymenoptera and Termites (DOI:
10.3390/ijms24098353) が International Journal of Molecular Sciences (IJMS) に公開されました - 230502 博士課程前期大学院生の米澤さんと坊農による研究論文 Meta-analysis of heat-stressed transcriptomes using the public gene expression database from human and mouse samples (DOI:
10.1101/2023.04.30.537112) が bioRxiv に公開されました - 230419 博士課程前期大学院生の新谷さん、研究員の田村さんと坊農による研究論文 Meta-Analysis of Public RNA Sequencing Data of Abscisic Acid-Related Abiotic Stresses in Arabidopsis thaliana (DOI:
10.1101/2023.04.17.537107) が bioRxiv に公開されました - 230418 RCCテレビのイマナマの2023年4月18日のテレビ放送の中でbonohulabの活動が紹介されました
- 230406 研究員の栂さんが広島大学の英語版広報誌 Hiroshima University Update の2023年春号に Meta-analysis reveals how crowds may change gene expression in some insects と題した英語記事で紹介されました
- 230401 ゲノム編集先端人材育成プログラム（卓越大学院プログラム）の博士課程後期大学院生（社会人）として大豆田亮さん、博士課程前期大学院生として烏野素生さんと弓矢誠さんが入学され、bonohulabに加わりました
- 230325 統合生命科学研究科で230324に開かれた研究発表会でのポスター発表 Genome Informatics Laboratory at Graduate School of Integrated Sciences for Life, Hiroshima University (March 2023) をfigshareから公開しました (DOI:
10.6084/m9.figshare.22298560) - 230323 博士課程前期大学院生の鈴木さんが修了されました
- 230316 一般社団法人バイオDX推進機構が2023年3月5日に開催したイベント「ゲノム解読から生物のプログラミング」で披露されたbonohulabの紹介動画が公開されました
- 230315 研究員の田村さん、DBCLSの千葉さんと小野さんによる研究論文 Comparison of orthology finding tools using plant genes (DOI:
10.37044/osf.io/mprew) が BioHackrXiv に公開されました - 230313 共同研究講座助教の中前さんと坊農による研究論文 DANGER analysis: Risk-averse on/off-target assessment for CRISPR editing without a reference genome (DOI:
10.1101/2023.03.11.531115) が bioRxiv に公開されました - 230228 第67回日本応用動物昆虫学会大会にて、博士課程後期大学院生の奥原さん、研究員の栂さん、坊農が研究発表を行います
- 230203 高校生・大学生対象のアウトリーチイベント「ゲノム解読から生物のプログラミング〜教科書の外へいこう 未来の研究者へ」が2023年3月5日(日)にハイブリッド開催されます
- 230201 共同研究講座の研究員として大貫永輝さんがbonohulabに加わりました
- 230112 研究員の田村さん、国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室、三島食品株式会社、広島県立総合技術研究所農業技術センター、プラチナバイオ株式会社と坊農による研究論文 A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan (DOI:
10.1093/dnares/dsac044) がScientists sequence and annotate majority of Red Perilla’s genome, a step toward harnessing more of its medically valuable bioactive chemicalsと題して英文プレスリリースされました - 230107 Plant & Animal Genome Conference (PAG30)にて、博士課程前期大学院生の鈴木さん、研究員の田村さん、共同研究講座助教の中前さん、坊農が研究発表を行います
- 230106 Genome Editing Meta-database (GEM)の使い方動画 Using GEM: Genome Editing Meta-database to find genome editing related metadata extracted from PubMed literatures (DOI:
10.7875/togotv.2023.001)が統合TVに公開されました
2022年
- 221222 博士課程前期大学院生の鈴木さんと坊農による研究論文 GEM: Genome Editing Meta-database, a dataset of genome editing related metadata systematically extracted from PubMed literatures (DOI:
10.1016/j.ggedit.2022.100024) が Gene and Genome Editing に公開されました - 221217 農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構） 生物機能利用研究部門の横井さんと上樂さん、筑波大学 応用動物昆虫学研究室 古川グループと坊農による研究論文 Reference Genome Sequences of the Oriental Armyworm, Mythimna separata (Lepidoptera: Noctuidae) (DOI:
10.3390/insects13121172) が Insects に公開されました - 221209 共同研究講座助教の中前さんによる研究論文 Frame Editors for Precise, Template-Free Frameshifting (DOI:
10.1101/2022.12.05.518807) が bioRxiv に公開されました - 221205 2022年12月2月付の科学新聞に「公共データベースからのミツバチ参照遺伝子セットの構築〜農畜産生物のゲノム編集に向けたバイオデジタルトランスフォーメーション〜」という記事で農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構） 生物機能利用研究部門の横井さん、研究員の若宮さん（当時）と坊農による研究論文 Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data (DOI:
10.3390/insects13100931) が紹介されました - 221205 研究員の田村さん、国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室、三島食品株式会社、広島県立総合技術研究所農業技術センター、プラチナバイオ株式会社と坊農による研究論文 A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan (DOI:
10.1093/dnares/dsac044) を「赤シソの高精度なゲノム配列情報を決定〜デジタル育種に向けた基盤情報を取得〜」と題してプレスリリースしました - 221202 第45回日本分子生物学会年会にて、博士課程前期大学院生の鈴木さんがScience Pitch Awardを受賞しました！
- 221201 共同研究講座の研究員として竹本美沙子さんがbonohulabに加わりました
- 221123 研究員の栂さんと坊農による研究論文 Meta-analysis of public RNA sequencing data of queens and workers in social Hymenoptera and termites (DOI:
10.1101/2022.11.20.516280) が bioRxiv に公開されました - 221119 農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構） 生物機能利用研究部門の横井さんと上樂さん、筑波大学 応用動物昆虫学研究室 古川グループと坊農による研究論文 Reference genome sequences of Mythimna separata (Lepidoptera: Noctuidae) (DOI:
10.1101/2022.11.18.516534) が bioRxiv に公開されました - 221117 農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構） 生物機能利用研究部門の横井さん、研究員の若宮さん（当時）と坊農による研究論文 Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data (DOI:
10.3390/insects13100931)を「公共データベースからのミツバチ参照遺伝子セットの構築〜農畜産生物のゲノム編集に向けたバイオデジタルトランスフォーメーション〜」と題してプレスリリースしました - 221116 研究員の田村さん、国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室、三島食品株式会社、広島県立総合技術研究所農業技術センター、プラチナバイオ株式会社と坊農による研究論文 A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan (DOI:
10.1093/dnares/dsac044) が DNA Research に公開されました - 221113 第45回日本分子生物学会年会にて、博士課程前期大学院生の鈴木さん、研究員の田村さんと栂さん、共同研究講座助教の中前さん、坊農が研究発表を行います
- 221109 2022年11月4月付の科学新聞に「個体数密度に応じ姿・行動変化ー昆虫の表現型関連遺伝子同定 広島大など」という記事で研究員の栂さんと農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構） 生物機能利用研究部門の横井さん、坊農による研究論文 Meta-Analysis of Transcriptomes in Insects Showing Density-Dependent Polyphenism (DOI:
10.3390/insects13100864) が紹介されました - 221108 共同研究講座助教の中前さんと坊農による研究論文（総説） Genome editing and bioinformatics (DOI:
10.1016/j.ggedit.2022.100018) が Gene and Genome Editing に公開されました - 221027 ナノポアセミナー in 大阪 2022（2022年11月11日開催）にて、研究員の田村さんが「Nanopore初心者によるde novoゲノム解読体験記〜青のり、読んでみた〜」と題した口頭発表を行います
- 221026 栢森情報科学振興財団の研究助成に坊農が申請した研究テーマ「バイオDXによるゲノム編集ターゲット遺伝子選定の情報科学的研究」が採択されました
- 221018 博士課程前期大学院生の鈴木さんが広島大学卓越大学院プログラム「ゲノム編集先端人材育成プログラム」の令和4年度国際セミナー「ゲノム編集技術の最前線」（2022年11月12日オンライン開催）にて「Genome Editing Meta-database ～Extracted from Literatures～」と題したStudent Presentationを行います
- 221014 農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構） 生物機能利用研究部門の横井さん、研究員の若宮さん（当時）と坊農による研究論文 Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data (DOI:
10.3390/insects13100931) が Insects に公開されました - 221013 博士課程後期大学院生の小野さんと坊農による研究論文 Exploratory meta-Analysis of hypoxic transcriptomes using a precise transcript reference sequence set (DOI:
10.26508/lsa.202201518)を「精密な転写産物参照配列セットを用いた低酸素応答性の評価-公共遺伝子発現データのデジタルトランスフォーメーション-」と題してプレスリリースしました - 221011 博士課程後期大学院生の小野さんと坊農による研究論文 Exploratory meta-Analysis of hypoxic transcriptomes using a precise transcript reference sequence set (DOI:
10.26508/lsa.202201518) が Life Science Alliance に公開されました - 221010 博士課程前期大学院生の鈴木さん、研究員の田村さん、共同研究講座助教の中前さん、坊農が分担執筆しました実験医学増刊「バイオDBとウェブツール ラボで使える最新70選ー知る・学ぶ・使う、バイオDX時代の羅針盤」が羊土社から2022年10月20日に発刊されます
- 221007 研究員の栂さんと農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構） 生物機能利用研究部門の横井さん、坊農による研究論文 Meta-Analysis of Transcriptomes in Insects Showing Density-Dependent Polyphenism (DOI:
10.3390/insects13100864) を「昆虫の個体数密度に依存して姿・行動を変える能力に関係する遺伝子の同定」と題してプレスリリースしました - 221006 博士課程前期大学院生の鈴木さんが広島大学卓越大学院プログラム「ゲノム編集先端人材育成プログラム」令和4年度国際セミナーにて”Genome Editing Meta-database ～Extracted from Literatures～”と題したStudent presentationをオンラインで行います
- 221005 博士課程前期大学院生の鈴木さんがトーゴーの日シンポジウム2022にて「ゲノム編集メタデータベースの開発 -文献からの情報抽出-」と題したポスター発表をオンラインで行いました
- 220926 博士課程前期大学院生の鈴木さんと坊農による研究論文 GEM: Genome Editing Meta-database (DOI:
10.37044/osf.io/wd3bu) が BioHackrXiv に公開されました - 220923 研究員の栂さんと農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構） 生物機能利用研究部門の横井さん、坊農による研究論文 Meta-Analysis of Transcriptomes in Insects Showing Density-Dependent Polyphenism (DOI:
10.3390/insects13100864が Insects に公開されました - 220920 博士課程後期大学院生の小野さんが博士（理学）を取得されました！
- 220917 国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室、広島県農業技術センターと三島食品株式会社との共同研究論文 A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan (DOI:
10.1101/2022.09.16.508052) が bioRxiv に公開されました - 220913 第39回日本植物バイオテクノロジー学会(堺)大会にて、研究員の田村さんが「ナノポアシークエンサー MinION による吉野川由来スジアオノリのゲノムシークエンシング」と題した口頭発表を行いました
- 220912 農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構） 生物機能利用研究部門の横井さん、研究員の若宮さん（当時）と坊農による研究論文 Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data (DOI:
10.1101/2022.09.07.506879) が bioRxiv に公開されました - 220909 研究員の田村さんと坊農による研究論文 Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia (DOI:
10.3390/life12071079) が大学の英語版ウェブサイトにNewly identified genes may help protect crops against flooding, researchers sayと題した記事として紹介されました - 220909 広島大学大学院統合生命科学研究科免疫生物学研究室との共同研究論文 Prediction of sex-determination mechanisms in avian primordial germ cells using RNA-seq analysis (DOI:
10.1038/s41598-022-17726-7) が大学の英語版ウェブサイトにResearcher team investigates sex-determination mechanisms in birds と題した記事として紹介されました - 220905 研究室のメンバーほぼ全員の総勢10名で国内版バイオハッカソン BH22.9に参加しました
- 220901 2022年度ROIS-DS-JOINT共同研究集会「昆虫における次世代シーケンスデータ解析および公共データベース利用」にて、研究員の栂さんが「密度に依存して表現型を変えるアブラムシ類およびバッタ類におけるRNA-seqデータのメタ解析」と題した口頭発表を行いました
- 220901 共同研究講座の研究員として神田美幸さんがbonohulabに加わりました
- 220831 博士課程前期大学院生の鈴木さんが、広島大学基金室ウェブページの支援を受けた学生のご紹介 Vol.9「ゲノム編集技術の可能性を広げる人材を目指して」にて紹介されました
- 220829 研究員の田村さんと坊農による研究論文 Genome Sequence of the Edible Green Alga Ulva prolifera, Originating from the Yoshinogawa River in Japan (DOI:
10.1128/mra.00430-22) が Microbiology Resource Announcements に公開されました - 220826 超異分野学会 大阪大会2022にて、博士課程前期大学院生の米澤さんが「公共データベースを利用した環境ストレスに関連するゲノム編集標的遺伝子の選定」と題したポスター発表を行います
- 220819 博士課程前期大学院生の鈴木さんが、2022年度サタケ基金の「学生による学術研究への研究資金助成」に採択されました
- 220818 広島大学大学院統合生命科学研究科免疫生物学研究室との共同研究論文 Prediction of sex-determination mechanisms in avian primordial germ cells using RNA-seq analysis (DOI:
10.1038/s41598-022-17726-7) が Scientifc Reports に出版され、「ニワトリの始原生殖細胞における性決定機構の予測に成功 ―鳥類特有の性決定機構の解明に向けて―」と題してプレスリリースしました - 220805 博士課程後期大学院生の小野さんの博士学位論文発表会が2022年8月5日午後3時半からオンラインで行われました
- 220803 農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構） 生物機能利用研究部門との共同研究論文 Revealing Landscapes of Transposable Elements in Apis Species by Meta-Analysis (DOI:
10.3390/insects13080698) が Insects に公開されました - 220801 博士研究員として野津了さんがbonohulabに加わりました
- 220730 博士課程後期大学院生の奥原さんが分担執筆、坊農が共同編集担当しました「がんゲノムデータ解析」がメディカル・サイエンス・インターナショナルから2022年8月29日に発刊されます
- 220728 研究員の田村さんと坊農による研究論文 Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia (DOI:
10.3390/life12071079) を「冠水状態で植物の酸素取り込みが減少する「低酸素ストレス応答」のメカニズム解明につながる新たな候補遺伝子を発見」と題してプレスリリースしました - 220727 博士課程後期大学院生の小野さんの博士学位論文発表会が2022年8月5日午後3時半からオンラインで行われます
- 220722 東京農工大学大学院 農学研究院生物生産科学部門 動物生化学（昆虫系）研究室と理化学研究所 生命医科学研究センター 生命医科学大容量データ技術研究チームとの共同研究論文 Systematic functional annotation workflow for insects (DOI:
10.3390/insects13070586) が大学の英語版ウェブサイトにScientists expand entomological research using genome editingと題した記事として紹介されました - 220719 研究員の田村さんと坊農による研究論文 Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia (DOI:
10.3390/life12071079) が Life に公開されました - 220707 東京農工大学大学院 農学研究院生物生産科学部門 動物生化学（昆虫系）研究室と理化学研究所 生命医科学研究センター 生命医科学大容量データ技術研究チームとの共同研究論文 Systematic functional annotation workflow for insects (DOI:
10.3390/insects13070586) を「ゲノム編集のための昆虫遺伝子機能アノテーションワークフローを開発〜バイオDXによる昆虫機能利用に道～」と題して共同プレスリリースしました - 220701 共同研究講座助教の中前さんによる研究論文 Detailed profiling with MaChIAto reveals various genomic and epigenomic features affecting the efficacy of knock-out, short homology-based knock-in and Prime Editing (DOI:
10.1101/2022.06.27.496697) が bioRxiv に公開されました - 220630 ROIS-DS-JOINT 2022に共同研究講座助教の中前さん、研究員の田村さん、栂さん、坊農の提案課題がそれぞれ採択されました
- 220627 東京農工大学大学院 農学研究院生物生産科学部門 動物生化学（昆虫系）研究室と理化学研究所 生命医科学研究センター 生命医科学大容量データ技術研究チームとの共同研究論文 Systematic functional annotation workflow for insects (DOI:
10.3390/insects13070586) が Insects に出版されました - 220624 研究員の田村さんと坊農による研究論文 Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia (DOI:
10.1101/2022.06.23.497423) が bioRxiv に公開されました - 220620 理研-広大 科学技術ハブ共同研究プログラムにおいて、理化学研究所 生命医科学研究センター 生命医科学大容量データ技術研究チームの森岡勝樹研究員と坊農で提案案した研究課題「FANTOM転写開始点アノテーションの活用によるゲノム編集に向けた新規データ解析手法の開発」が採択されました
- 220617 博士課程前期大学院生の鈴木さんが、ゲノム編集先端人材育成プログラム（卓越大学院プログラム）において「入学後の学業成績及び在学中の学術活動成果等における顕著な業績があると認められる学生」として、2022年度1年間毎月給付される奨学金を獲得しました
- 220616 坊農による記事「プレプリントサーバーJxiv（ジェイカイブ）の開始と展望」(DOI:
10.18958/7031-00004-0000183-00)が実験医学2022年7月号の News & Hot Paper Digest に掲載されました - 220608 JST NBDC 統合データベース講習会 AJACSオンライン11「論文を検索・整理・執筆する」にて、研究員の田村さんが「 図表共有、データリポジトリ（figshareを中心に）」と題した講習をオンラインで行います
- 220605 日本ゲノム編集学会第7回大会にて、共同研究講座助教の中前さんが「適切なガイド RNA 選択のための in slico 解析リソース」と題して教育実演セッションで口頭発表をオンラインで行います
- 220604 日本ゲノム編集学会第7回大会にて、博士課程前期大学院生の鈴木さんが「ゲノム編集ターゲット遺伝子のデータベースの構築とその解析」と題したポスター発表をオンラインで行います
- 220523 博士課程前期大学院生の鈴木さんによるコラム「研究生活1年目に助けられたお役立ちツール」(DOI:
10.18958/7011-00007-0000167-00)が実験医学2022年6月号のOpinionに掲載されました - 220514 東京農工大学大学院 農学研究院生物生産科学部門 動物生化学（昆虫系）研究室と理化学研究所 生命医科学研究センター 生命医科学大容量データ技術研究チームとの共同研究論文 Systematic functional annotation workflow for insects (DOI:
10.1101/2022.05.12.490705) が bioRxiv に公開されました - 220510 研究員の栂さんと坊農による研究論文 Meta-analysis of transcriptomes in insects showing density-dependent polyphenism (DOI:
10.1101/2022.05.09.490177) が bioRxiv に公開されました - 220502 博士課程後期大学院生の小野さんと坊農による研究論文 Exploratory Meta-Analysis of Hypoxic Transcriptomes Using a Precise Transcript Reference Sequence Set (DOI:
10.1101/2022.05.01.489280) が bioRxiv に公開されました - 220421 関西医科大学との共同研究論文 Activation of transcription factor HIF inhibits IL-1β-induced NO production in primary cultured rat hepatocytes (DOI:
10.1016/j.niox.2022.04.002) が Nitric Oxide に出版されました - 220403 統合生命科学研究科に社会人大学院生として浅野さとみさん、ゲノム編集先端人材育成プログラム（卓越大学院プログラム）の博士課程前期大学院生として新谷光雄さんと米澤奏良さんが入学され、bonohulabに加わりました
- 220401 ゲノム編集イノベーションセンターにプラチナバイオ共同研究講座 バイオDX研究室が設立され、坊農が共同研究講座教員を兼任し、中前和恭さんが共同研究講座助教として着任しました
- 220330 熊本大学大学院生命科学研究部 老化・健康長寿学講座との共同研究論文 Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats (DOI:
10.1038/s42003-022-03241-y) が Communications Biology に出版され、「がん耐性齧歯類ハダカデバネズミの化学発がん物質への強い発がん耐性を証明～炎症抑制を介したがん耐性機構の一端を解明～」と題して共同プレスリリースしました - 220319 広島大学公開講座2022のゲノム編集イノベーション～最先端のバイオテクノロジー～3回シリーズの2回目で「みんなのバイオDX」と題して坊農が講演を行います
- 220309 生命科学のミライを知ろう！ゲノム編集・バイオインフォマティクスのトップ研究者に教わる最先端バイオDXと題したアウトリーチイベントを2022年3月26日(土)午前10時〜正午まで行います
- 220228 JST 共創の場形成支援プログラム（COI－NEXT）において、「Bio-Digital Transformation（バイオDX）産学共創拠点」が本格型に昇格となったことが、「本学の提案が科学技術振興機構の『令和3年度・共創の場形成支援プログラム（COI-NEXT）本格型』に採択」と題して本学からプレスリリースされました
- 220226 広島大学大学院統合生命科学研究科免疫生物学研究室との共同研究論文 Prediction of sex-determination mechanisms in avian primordial germ cells using RNA-seq analysis (DOI:
10.1101/2022.02.24.481709) がbioRxivに公開されました - 220215 JST 共創の場形成支援プログラム（COI－NEXT）において、「Bio-Digital Transformation（バイオDX）産学共創拠点」（代表機関：広島大学）が本格型に昇格となりました。坊農は「データ駆動型ゲノム育種（デジタル育種）技術の開発」の研究開発課題リーダーを務めます
- 220210 InsectsでInsect Genome and Transcriptome DataというSpecial Issueが企画され、坊農がGuest Editorを務めることになりました（2022年11月末日投稿締切予定）
- 220122 第431回CBI学会講演会「バイオ、化学、製薬業界で進むデジタルトランスフォーメーション（DX）」（2022年2月18日オンライン開催）にて、「バイオDXー知のめぐりのよい生命科学研究を目指して」と題して坊農が講演を行います
- 220118 BiomedicinesのSpecial Issue, Hypoxia-Inducible Factors: Regulation and Therapeutic PotentialのReprint bookが発刊されました(DOI:
10.3390/books978-3-0365-2913-4)。bonohulabより寄稿した2本の論文が収録されています - 220114 坊農とライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)の小野浩雅さんによる総説 RefEX: Reference Expression Dataset (DOI:
10.1007/978-981-16-5812-9_6)が Springer より出版された Practical Guide to Life Science Databases (Eds: Imad Abugessaisa & Takeya Kasukawa)に掲載されました - 220111 一般社団法人バイオDX推進機構が設立され、山本卓先生が代表理事、坊農が理事を務めることになりました
2021年
- 211217 博士課程前期大学院生の鈴木さん、博士課程後期大学院生の小野さんと坊農による研究論文 Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes (DOI:
10.3390/biomedicines9121830) が大学の英語版ウェブサイトにMeta-analysis of two types of molecular stresses reveals common factorsと題した記事として紹介されました - 211209 Precision Medicine 2021年12月臨時増刊号 「ゲノム情報とオミックス情報を活用した『予防医学』」に坊農による「ゲノム・オミックスデータベース」と題したアトラスが掲載されました
- 211207 博士課程前期大学院生の鈴木さん、博士課程後期大学院生の小野さんと坊農による研究論文 Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes (DOI:
10.3390/biomedicines9121830) を「メタ解析によって酸化ストレスと低酸素刺激の共通因子を同定」と題して本学からプレスリリースしました - 211203 博士課程前期大学院生の鈴木さん、博士課程後期大学院生の小野さんと坊農による研究論文 Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes (DOI:
10.3390/biomedicines9121830) が Biomedicines に公開されました - 211201 坊農が編集したメタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピが出版されました。坊農による「メタゲノムデータ解析に必要なコンピュータリテラシー (1)Anaconda仮想環境とDocker」が掲載されています。
- 211119 坊農が企画した実験医学2021年12月号 みんなのバイオDX〜公共データの海で宝探しをはじめようが発刊されました。坊農による概論のほか、博士課程後期大学院生の小野さんによる「バイオDXで発見する見逃されていた低酸素応答性遺伝子」、博士課程後期大学院生の奥原さんによる「『ゲノム編集』と『バイオDX』でバイオエコノミー社会を実現する」が掲載されています。
- 211110 坊農による実験医学2021年12月号 みんなのバイオDX〜公共データの海で宝探しをはじめよう に掲載予定の概論「バイオDXとは何か，なぜ今バイオDXなのか」が実験医学オンラインに公開されました
- 211105 博士課程前期大学院生の鈴木さん、博士課程後期大学院生の小野さんと坊農による研究論文 Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes (DOI:
10.1101/2021.11.01.466837) が bioRxiv に公開されました - 211027 2021年10月に発表した広島大学大学院統合生命科学研究科の草場先生との共同研究論文 A chromosome-level genome sequence of Chrysanthemum seticuspe, a model species for hexaploid cultivated chrysanthemum (DOI:
10.1038/s42003-021-02704-y)を「キク属モデル系統の高精度全ゲノム塩基配列を決定～栽培ギク品種育成におけるゲノム情報の活用へ～」と題して本学からプレスリリースしました - 211025 熊本大学大学院生命科学研究部 老化・健康長寿学講座との共同研究論文 Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats (DOI:
10.1101/2021.10.21.465383) がbioRxivに公開されました - 211007 広島大学大学院統合生命科学研究科の草場先生との共同研究論文 A chromosome-level genome sequence of Chrysanthemum seticuspe, a model species for hexaploid cultivated chrysanthemum (DOI:
10.1038/s42003-021-02704-y) が Communications Biology に出版されました - 210930 株式会社ドッグランの大石さんと坊農による研究論文 Rapid metagenomic workflow using annotated 16S RNA dataset (DOI:
10.37044/osf.io/gbt8p) が BioHackrXiv に公開されました - 210930 2021年6月に発表した農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構） 生物機能利用研究部門との共同研究論文 Reference transcriptome data in silkworm Bombyx mori (DOI:
10.3390/insects12060519)が共同プレスリリースされました - 210911 アジレントゲノミクスVirtualユーザーミーティング2021 トランスクリプトーム解析編（2021年9月17日オンライン開催）にて、坊農が「ゲノム編集時代のトランスクリプトーム解析～マイクロアレイの賢い使い方～」と題して講演を行います
- 210906 がんとハイポキシア研究会 オンライン講演会2021（2021年11月13日オンライン開催）にて、坊農が「Bonohulab誕生 ～その経緯とこれから～」と題して講演を行います
- 210901 博士研究員として田村啓太さんがbonohulabに加わりました
- 210831 第12回国内版バイオハッカソン BH21.8（青森にて2021年8月23〜27日開催）において、坊農が株式会社ドッグランの大石直哉氏と共同で作成したメタゲノムデータ解析用の生物種名がアノテーションされたリファレンス16S RNA配列データセットがJSTバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)の生命科学系データベースアーカイブから公開されました
- 210829 広島大学大学院統合生命科学研究科の浮穴先生との共同研究論文 Neurosecretory protein GL-induced fat accumulation is accompanied by repressing the immune-inflammatory response in the adipose tissue of mice (DOI:
10.1101/2021.08.27.457926) が bioRxiv に公開されました - 210817 本学 原爆放射線医科学研究所と関西医科大学との共同研究論文 Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting enzyme 2, via aryl-hydrocarbon receptor signal (DOI:
10.1038/s41598-021-96109-w) が Scientific Reports に出版されました - 210809 第61回生命科学夏の学校（2021年8月27〜29日オンライン開催）のシンポジウム「データベースをもっと身近に〜ビッグデータ時代を生き抜くためのデータの統合と共有〜」にて、坊農が講演を行います
- 210806 国内のライフサイエンスデータベースの構築者と利用者向けの技術勉強会第12回国内版バイオハッカソン BH21.8（青森にて2021年8月23〜27日開催）にbonohulabから3名（所属大学院生2名と坊農）が参加します
- 210709 文部科学省 令和3年度 科学研究費 挑戦的研究（萌芽）に提案課題「データ駆動型ゲノム育種を実現するデータ解析基盤技術の開発」が採択されました
- 210702 ROIS-DS-JOINT 2021にbonohulabからの提案課題「ゲノム編集データ解析のための公共データの統合化ワークフローの開発」が採択されました
- 210630 広島大学大学院統合生命科学研究科の草場先生との共同研究論文 A chromosome-level genome sequence of a model chrysanthemum: evolution and 1 reference for hexaploid cultivated chrysanthemum (DOI:
10.1101/2021.06.28.450068) が bioRxiv に公開されました - 210628 広島大学先端科学セミナー「“ゲノム編集”で未来社会を拓く」の開催報告（2021年6月24日オンライン開催）が公開されました
- 210622 坊農がリーダーとして申請したJST 令和3年度・産学連携拠点データ利活用促進費に採択されました
- 210614 関西医科大学との共同研究論文 Polysulfide inhibits hypoxia-elicited hypoxia-inducible factor activation in a mitochondria-dependent manner (DOI:
10.1016/j.mito.2021.06.007) が Mitochondrion に出版されました - 210608 博士課程後期大学院生の小野さんと坊農による研究論文 Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and the Bibliome Uncovers Novel Hypoxia-Inducible Genes (DOI:
10.3390/biomedicines9050582) が大学の英語版ウェブサイトにScientists use public databases to leap over scourge of publication biasと題した記事として紹介されました - 210604 農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構） 生物機能利用研究部門との共同研究論文 Reference transcriptome data in silkworm Bombyx mori (DOI:
10.3390/insects12060519) が Insects に公開されました - 210601 坊農による研究解説動画「Bio×Digital Transformation (バイオDX)『データ駆動型ゲノム育種技術の開発』」がYouTubeに公開されました
- 210525 博士課程後期大学院生の小野さんと坊農による研究論文 Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and the Bibliome Uncovers Novel Hypoxia-Inducible Genes (DOI:
10.3390/biomedicines9050582) を「マルチオミックス解析手法によって新規の低酸素応答性遺伝子を発見～公共遺伝子発現データと文献データのデジタルトランスフォーメーション～」と題して本学からプレスリリースしました - 210520 博士課程後期大学院生の小野さんと坊農による研究論文 Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and the Bibliome Uncovers Novel Hypoxia-Inducible Genes (DOI:
10.3390/biomedicines9050582) が Biomedicines に公開されました - 210519 2021年1月に発表した関西医科大学との共同研究論文 Cigarette Smoke Extract Activates Hypoxia-Inducible Factors in a Reactive Oxygen Species-Dependent Manner in Stroma Cells from Human Endometrium (DOI:
10.3390/antiox10010048) が共同研究先からプレスリリースされました - 210514 東京農工大学大学院 農学研究院生物生産科学部門 動物生化学（昆虫系）研究室との共同研究論文 De novo transcriptome analysis for examination of the nutrition metabolic system related to the evolutionary process through which stick insects gain the ability of flight (Phasmatodea) (DOI:
10.1186/s13104-021-05600-0) が BMC Research Notes に公開されました - 210513 広島大学先端科学セミナー「“ゲノム編集”で未来社会を拓く」（2021年6月24日オンライン開催）にて、坊農が「バイオインフォマティクスがどのようにゲノム編集に利用できるのか」と題した講演を行います
- 210415 熊本大学大学院生命科学研究部 老化・健康長寿学講座との共同研究論文 Diversification of mineralocorticoid receptor genes in a subterranean rodent, the naked mole-rat (DOI:
10.1530/JME-20-0325) が Journal of Molecular Endocrinology に公開されました - 210401 統合生命科学研究科 ゲノム編集先端人材育成プログラム（卓越大学院プログラム）の大学院生として鈴木貴之さん、社会人大学院生として奥原啓輔さん、博士研究員として若宮健さんと栂浩平さんがbonohulabに加わりました
- 210330 博士課程後期大学院生の小野さんと坊農による研究論文 Multi-omic meta-analysis of transcriptomes and the bibliome uncovers GPR146 as the novel hypoxia-inducible gene (DOI:
10.1101/2021.03.29.433661) が bioRxiv に公開されました - 210305 本学 原爆放射線医科学研究所との共同研究論文 Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting enzyme 2, via aryl-hydrocarbon receptor signal (DOI:
10.1101/2021.03.04.433658) が bioRxiv に公開されました - 210303 坊農によるバイオオインフォマティクスの教科書「Dr.Bonoの生命科学データ解析 第2版」がメディカル・サイエンス・インターナショナルより出版されます
- 210302 令和3年度蚕糸・昆虫機能利用学術講演会日本蚕糸学会第91回大会(2021年3月19,20日オンライン開催)にて坊農が「公共データベースからのストレス応答トランスクリプトームのメタ解析」と題した講演を行います
- 210226 坊農による研究論文 Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects (DOI:
10.3390/antiox10030345) が Antioxidants に出版されました - 210225 広島大学 COI-NEXT×OPERA×卓越大学院 オンライン合同シンポジウム「TRINITY」（2021年3月17日オンライン開催）にて、坊農が「データ駆動型ゲノム育種技術の開発」と題した講演を行います
- 210202 坊農による研究論文 Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects (DOI:
10.1101/2021.02.01.427354) が bioRxiv に公開されました - 210127 第31回日本疫学会学術総会 第28回疫学セミナー「ゲノム・オミックス解析技術の疫学研究への展開」にて、坊農が「疫学研究における生命科学データベース利活用」と題した講演をオンラインで行いました
- 210127 関西医科大学との共同研究論文 Full-length 16S rRNA gene amplicon analysis of human gut microbiota using MinION™ nanopore sequencing confers species-level resolution (DOI:
10.1186/s12866-021-02094-5) が BMC Microbiology に出版されました - 210103 関西医科大学との共同研究論文 Cigarette Smoke Extract Activates Hypoxia-Inducible Factors in a Reactive Oxygen Species-Dependent Manner in Stroma Cells from Human Endometrium (DOI:
10.3390/antiox10010048) が Antioxidants に出版されました
2020年
- 201215 JST共創の場形成支援プログラムの育成型に広島大学から提案した「広島から世界最先端のバイオエコノミー社会を実現する Bio x Digital Transformation(バイオDX)産学共創拠点」（プロジェクトリーダー：山本卓 広島大学ゲノム編集イノベーションセンター センター長）が採択、坊農は研究開発課題「データ駆動型ゲノム育種（デジタル育種）技術の開発」の取り組みを開始します
- 201120 FANTOM国際共同研究の論文 FANTOM enters 20th year: expansion of transcriptomic atlases and functional annotation of non-coding RNAs (DOI:
10.1093/nar/gkaa1054) が Nucleic Acids Research の Database Issue に公開されました - 201118 国立情報学研究所 国際学術情報流通基盤整備事業 第2回 SPARC Japan セミナー2020「プレプリントは学術情報流通の多様性をどこまで実現できるのか？」（2020年12月18日オンライン開催）にて、坊農が「生命科学研究におけるプレプリントやSNS活用の現状と課題」と題した講演を行います
- 201110 熊本大学大学院生命科学研究部 老化・健康長寿学講座との共同研究論文 Characterization of brown adipose tissue thermogenesis in the naked mole-rat (Heterocephalus glaber), a heterothermic mammal (DOI:
10.1038/s41598-020-74929-6) がScientific Reportsに公開されました - 201015 東京農工大学大学院 農学研究院生物生産科学部門 動物生化学（昆虫系）研究室との共同研究論文 Construction of TUATinsecta database that integrated plant and insect database for screening phytophagous insect metabolic products with medicinal potential (DOI:
10.1038/s41598-020-74590-z) がScientifc Reportsに公開されました - 201005 トーゴーの日シンポジウム2020にて、坊農が「ゲノム編集研究のためのデータベース基盤技術開発」と題したポスター発表をオンラインで行いました
- 201001 統合生命科学研究科 生命医科学プログラムの博士課程後期 社会人大学院生として小野擁子さんがbonohulabに加わりました
- 200925 「バリアントデータ検索＆活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」 坊農秀雅／編 （羊土社）が出版されました
- 200920 第79回日本癌学会学術総会のシンポジウムゲノム編集によるがん研究と治療への展望 Prospects of cancer research and cancer therapy using genome editing technologyにて、坊農が「Development of genome editing data analysis environment for cancer research」と題した口頭発表を行います
- 200902 凸版印刷様のソーシャルイノベーションニュース vol.08 ゲノム編集とデジタル技術が拓く未来において、坊農とbonohulabの取り組みが紹介されました(p12-14)
- 200831 広島県商工労働局が募集していた令和2年度 ものづくり価値創出支援事業 未来ニーズ探索型F/S研究開発補助金に提案課題「バイオ×デジタルトランスフォーメーション（BioDX）を加速するデータ解析基盤技術の開発」が採択されました
- 200728 FANTOM6国際共同研究の論文 Functional Annotation of Human Long Non-Coding RNAs via Molecular Phenotyping (DOI:
10.1101/gr.254219.119) が Genome Researchに出版され、理化学研究所からプレスリリースが出ました - 200713 BioHackathon-Europe 2019での活動報告論文 TogoEx: the integration of gene expression data (DOI:
10.37044/osf.io/esrc9) がBioHackrXivに公開されました - 200710 ROIS-DS-JOINT 2020にbonohulabからの提案課題「ゲノム編集データ解析のための公共データの統合化ワークフローの開発」が採択されました
- 200703 熊本大学大学院生命科学研究部 老化・健康長寿学講座との共同研究論文 Senescent cell death as an aging resistance mechanism in naked mole-rat (DOI:
10.1101/2020.07.02.155903) がbioRxivに公開されました - 200508 関西医科大学 附属生命医学研究所 侵襲反応制御部門との共同研究論文 Full-length 16S rRNA gene amplicon analysis of human gut microbiota using MinION™ nanopore sequencing confers species-level resolution (DOI:
10.1101/2020.05.06.078147) がbioRxivに公開されました - 200430 熊本大学大学院生命科学研究部 老化・健康長寿学講座との共同研究論文 Characterization of brown adipose tissue thermogenesis in the naked mole-rat (Heterocephalus glaber), a poikilothermic mammal (DOI:
10.1101/2020.04.28.062737) がbioRxivに公開されました - 200428 「ゲノム編集先端人材育成プログラム」プログラム担当者一覧にリストされましたので、所属にゲノム編集先端人材育成プログラムを追加しました
- 200424 F1000Researchにアップロードされていた論文 BioHackathon 2015: Semantics of data for life sciences and reproducible research (DOI:
10.12688/f1000research.18236.1) の査読が完了し（査読ずみ論文となり）、PubMed(PMID:32308977)とPMC(PMCID:PMC7141167)に収録されました - 200417 bioRxivに論文 Detailed classification of mariner-like elements, class II transposable elements, in six Apis species based on Dromar (DOI:
10.1101/2020.04.15.035063) を公開しました - 200403 関西医科大学との共同研究論文 Thyroid hormone facilitates in vitro decidualization of human endometrial stromal cells via thyroid hormone receptors (DOI:
10.1210/endocr/bqaa049) がEndocrinologyに出版されました - 200401 ゲノム情報科学研究室(bonohulab)が発足しました
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