Achievement

業績

2020年4月にbonohulabが立ち上がってからの構成員による主な教育・研究業績です。 共同研究を含む、坊農個人の全ての論文は坊農の研究者総覧を参照ください。

論文発表

bonohulabが中心となって発表した査読済み論文

  • 2023
    • Yonezawa S, Bono H. Meta-Analysis of Heat-Stressed Transcriptomes Using the Public Gene Expression Database from Human and Mouse Samples. DOI: 10.3390/ijms241713444
    • Nakamae K, Bono H. DANGER Analysis: Risk-Averse on/off-Target Assessment for CRISPR Editing Without a Reference Genome. DOI: 10.1093/bioadv/vbad114
    • Toga K, Bono H. Meta-Analysis of Public RNA Sequencing Data Revealed Potential Key Genes Associated with Reproductive Division of Labor in Social Hymenoptera and Termites. DOI: 10.3390/ijms24098353
    • Tamura K, Sakamoto M, Tanizawa Y, Mochizuki T, Matsushita S, Kato Y, Ishikawa T, Okuhara K, Nakamura Y, Bono H. A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan. DOI: 10.1093/dnares/dsac044
  • 2022
    • Suzuki T, Bono H. GEM: Genome Editing Meta-database, a dataset of genome editing related metadata systematically extracted from PubMed literatures. DOI:10.1016/j.ggedit.2022.100024
    • Nakamae K, Bono H. Genome editing and bioinformatics. DOI: 10.1016/j.ggedit.2022.100018
    • Yokoi K, Wakamiya T, Bono H. Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data. DOI: 10.3390/insects13100931
    • Ono Y, Bono H. Exploratory meta-Analysis of hypoxic transcriptomes using a precise transcript reference sequence set. DOI: 10.26508/lsa.202201518
    • Toga K, Yokoi K, Bono H. Meta-Analysis of Transcriptomes in Insects Showing Density-Dependent Polyphenism. DOI: 10.3390/insects13100864
    • Tamura K, Bono H. Genome Sequence of the Edible Green Alga Ulva prolifera, Originating from the Yoshinogawa River in Japan DOI:10.1128/mra.00430-22
    • Tamura K, Bono H. Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia. DOI:10.3390/life12071079
    • Bono H, Sakamoto T, Kasukawa T, Tabunoki H. Systematic functional annotation workflow for insects. DOI: 10.3390/insects13070586 
  • 2021
    • Suzuki T, Ono Y, Bono H. Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes. DOI: 10.3390/biomedicines9121830
    • Ono Y, Bono H. Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and the Bibliome Uncovers Novel Hypoxia-Inducible Genes. DOI: 10.3390/biomedicines9050582
    • Sakamoto T, Sasaki S, Yamaguchi N, Nakano M, Sato H, Iwabuchi K, Tabunoki H, Simpson RJ, Bono H. De novo transcriptome analysis for examination of the nutrition metabolic system related to the evolutionary process through which stick insects gain the ability of flight (Phasmatodea). DOI: 10.1186/s13104-021-05600-0
    • Bono H. Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects. DOI: 10.3390/antiox10030345

bonohulabメンバーが中心となって発表したプレプリント(査読なし)

  • 2024
    • Tamura K, Chiba H, Bono H. Triterpene RDF: Developing a database of plant enzymes and transcription factors involved in triterpene biosynthesis using the Resource Description Framework. DOI: 10.1101/2024.01.08.574260
  • 2023
    • Oec N, Hirota T, Nozu R, Bono H. Efforts to analyze pathways in non-model organisms. DOI: 10.37044/osf.io/spf3q
    • Toga K, Sakamoto T, Kanda M, Tamura K, Okuhara K, Tabunoki H, Bono H. Long-read genome assembly of the Japanese parasitic wasp Copidosoma floridanum (Hymenoptera: Encyrtidae). DOI: 10.1101/2023.09.24.559078
    • Nakamae K, Kakuzaki T, Yamamoto K. Machine learning of transcriptome data treated with DNA base editor. DOI: 10.37044/osf.io/zytkj
    • Pico A, Ono H, Nozu R, Oec N, Bono H. BioHackJP 2023 Report R3: Expand the pathway analysis environment to non-model organisms. DOI: 10.37044/osf.io/4uskb
    • Nozu R, Kadota M, Nakamura M, Kuraku S, Bono H. Meta-analysis of gonadal transcriptomes in protogynous fishes provides novel perspective into sex change machinery. DOI: 10.1101/2023.07.09.545663
    • Yonezawa S, Bono H. Meta-analysis of heat-stressed transcriptomes using the public gene expression database from human and mouse samples. DOI: 10.1101/2023.04.30.537112
    • Shintani M, Tamura K, Bono H. Meta-Analysis of Public RNA Sequencing Data of Abscisic Acid-Related Abiotic Stresses in Arabidopsis thaliana. DOI: 10.1101/2023.04.17.537107
    • Nakamae K, Bono H. Danger Analysis: Risk-Averse on/off-Target Assessment for CRISPR Editing Without a Reference Genome. DOI: 10.1101/2023.03.11.531115
  • 2022
    • Toga K, Bono H. Meta-analysis of public RNA sequencing data of queens and workers in social Hymenoptera and termites. DOI: 10.1101/2022.11.20.516280
    • Suzuki T, Bono H. GEM: Genome Editing Meta-database. DOI:10.37044/osf.io/wd3bu
    • Tamura K, Sakamoto M, Tanizawa Y, Mochizuki T, Matsushita S, Kato Y, Ishikawa T, Okuhara K, Nakamura Y, Bono H. A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan. DOI:10.1101/2022.09.16.508052
    • Yokoi K, Wakamiya T, Bono H. Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data. DOI:10.1101/2022.09.07.506879
    • Tamura K, Bono H. Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia. DOI:10.1101/2022.06.23.497423
    • Bono H, Sakamoto T, Kasukawa T, Tabunoki H. Systematic functional annotation workflow for insects. DOI:10.1101/2022.05.12.490705
    • Toga K, Yokoi K, Bono H. Meta-analysis of transcriptomes in insects showing density-dependent polyphenism. DOI: 10.1101/2022.05.09.490177
    • Ono Y, Bono H. Exploratory Meta-Analysis of Hypoxic Transcriptomes Using a Precise Transcript Reference Sequence Set. DOI: 10.1101/2022.05.01.489280
  • 2021

bonohulabメンバーが執筆した総説・書籍(査読なし)

  • 坊農秀雅 生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析道場 第2版 メディカル・サイエンス・インターナショナル 2023
  • 坊農秀雅改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピ ヒトから非モデル生物まで 公共データの活用も充実 羊土社 2023
    • 坊農秀雅 1. まずはこれだけ! 解析環境を整える
    • 坊農秀雅 2. データを入手する(2)公共データの利用 〜SRA からのデータ取得
    • 田村啓太 6. サンプル間で発現変動した遺伝子群の機能を推定する 〜エンリッチメント解析
    • 横井 翔、坊農秀雅 7.サンプル間の類似度を比較する(1)階層クラスタリング
    • 鈴木貴之、坊農秀雅 8. 公共データから興味あるデータを抽出,発現変動遺伝子群を検出する(メタ解析)(1)ikra を使ったヒトやマウスのRNA-Seq データメタ解析
    • 栂浩平 8. 公共データから興味あるデータを抽出,発現変動遺伝子群を検出する(メタ解析)(2)非モデル生物の生物種間比較によるトランスクリプトームのメタ解析
    • 野津了、坊農秀雅 [COLUMN]非モデル生物における機能アノテーション
    • 坊農秀雅 [COLUMN]アノテーション情報とID変換 〜Gene Ontology,BioMart,Spotfire
    • 小野擁子[COLUMN]ビブリオームを活用したマルチオミックス解析
    • 坊農秀雅[COLUMN]RNA-Seq でのリード数はどれぐらい?
    • 坊農秀雅[COLUMN]解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう
  • 田村啓太坊農秀雅 PacBio HiFiリードによるアカシソゲノム配列解読の実際 実験医学2023年6月号 羊土社 2023 DOI:10.18958/7281-00002-0000489-00
  • 実験医学増刊 Vol.40 No.17 バイオDBとウェブツール ラボで使える最新70選 小野浩雅 編集 羊土社 2022
    • 田村啓太 1-9.figshare ─ 研究に関するあらゆるデータを引用可能な形で公開する p44-47
    • 坊農秀雅 2-10.bioRxiv ─ 生命科学分野のプレプリントサーバー p78-80
    • 鈴木貴之、坊農秀雅 3-1.NCBI Genome Data Viewer ─ さまざまな生物種のゲノム情報を視覚的に検索/解析する p87-89
    • 中前和恭 4-2.CRISPOR ─ CRISPR-Cas9によるゲノム編集をデザインする p125-127
    • 中前和恭 4-3.inDelphi ─ ゲノム編集で発生するインデルを予測する p128-130
    • 中前和恭 4-4.PrimeDesign ─ Prime Editingによる精密ゲノム編集をデザインする p131-133
    • 中前和恭 4-5.TIDE ─ ゲノム編集で発生するインデルを簡易解析する p134-136
    • 中前和恭 4-6.CRISPResso2 ─ ゲノム編集サンプルのNGS解析を行う p137-139
  • 奥原啓輔 Macか、Windowsか、それが問題だ pp115-120 がんゲノムデータ解析 清水厚志、坊農秀雅 編集 メディカル・サイエンス・インターナショナル 2022
  • 坊農秀雅 プレプリントサーバーJxiv(ジェイカイブ)の開始と展望 DOI: 10.18958/7031-00004-0000183-00 実験医学2022年7月号 羊土社 2022
  • 鈴木貴之 研究生活1年目に助けられたお役立ちツール DOI: 10.18958/7011-00007-0000167-00 実験医学2022年6月号 羊土社 2022
  • 坊農秀雅 ゲノム・オミックスデータベース Precision Medicine 2021年12月臨時増刊号 ゲノム情報とオミックス情報を活用した『予防医学』
  • 坊農秀雅メタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ 羊土社 2021
  • 実験医学2021年12月号 みんなのバイオDX〜公共データの海で宝探しをはじめよう 坊農秀雅企画 羊土社 2021
    • 坊農秀雅 概論―バイオDXとは何か,なぜ今バイオDXなのか
    • 小野擁子, 坊農秀雅 バイオDXで発見する見逃されていた低酸素応答性遺伝子
    • 奥原啓輔, 山本卓 「ゲノム編集」と「バイオDX」でバイオエコノミー社会を実現する
    • 中前和恭, 奥原啓輔, 山本卓 [コラム]ゲノム編集のドライ系ツール
  • 坊農秀雅 Dr.Bonoの生命科学データ解析 第2版メディカル・サイエンス・インターナショナル 2021
  • 坊農秀雅バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ 羊土社 2020

学会・研究会発表

  • 2024
    • 昆虫のDNA配列データ解析を始めよう, 坊農秀雅, 日本昆虫学会第84回大会・第68回日本応用動物昆虫学会大会 合同大会, 2024年03月28日, 招待, 日本語, 日本昆虫学会, 日本応用動物昆虫学会, 仙台
    • 遺伝子機能アノテーションワークフローFanflow4Insects, 坊農秀雅, 日本昆虫学会第84回大会・第68回日本応用動物昆虫学会大会 合同大会, 2024年03月28日, 招待, 日本語, 日本昆虫学会, 日本応用動物昆虫学会, 仙台
    • PacBio HiFiリードシーケンスによるキンウワバトビコバチのゲノム解読と機能アノテーション, 栂浩平, 田村啓太, 坊農秀雅, 日本昆虫学会第84回大会・第68回日本応用動物昆虫学会大会 合同大会, 2024年03月28日, 招待, 日本語, 日本昆虫学会, 日本応用動物昆虫学会, 仙台
    • ロングリードシークエンサーによる植物ゲノム解析とそのデータ駆動型ゲノム育種への応用, 田村啓太, 坊農秀雅, 第65回日本植物生理学会年会, 2024年03月17日, 通常, 日本語, 日本植物生理学会, 神戸
    • Uncovering New Insights into Sex Change Mechanisms: A Meta-analysis of Gonadal Transcriptomes in Protogynous Fish Species, Ryo Nozu, Mitsutaka Kadota, Masaru Nakamura, Shigehiro Kuraku, Hidemasa Bono, International Plant & Animal Genome / PAG 31, 2024年01月12日, 通常, 英語, San Diego, CA, USA
  • 2023
    • ヒト、マウス、イネを対象とした公共遺伝子発現データベースを用いた熱ストレス関連遺伝子のメタ解析, 米澤奏良, 坊農秀雅, 第46回日本分子生物学会年会, 2023年12月06日, 通常, 日本語, 日本分子生物学会, 神戸ポートアイランド
    • シロイヌナズナ公共RNA-Seqデータのメタ解析による新規のアブシジン酸および非生物的ストレス応答性遺伝子の探索, 新谷光雄, 田村啓太, 坊農秀雅, 第46回日本分子生物学会年会, 2023年12月06日, 通常, 日本語, 日本分子生物学会, 神戸ポートアイランド
    • パーキンソン病における酸化ストレスを対象とした研究候補遺伝子探索手法の開発, 鈴木貴之, 坊農秀雅, 第46回日本分子生物学会年会, 2023年12月06日, 通常, 日本語, 日本分子生物学会, 神戸ポートアイランド
    • 日本産キンウワバトビコバチのロングリードシーケンスによるゲノムアセンブリの構築, 栂浩平, 坂本卓磨, 神田美幸, 田村啓太, 奥原啓輔, 天竺桂弘子, 坊農秀雅, 第46回日本分子生物学会年会, 2023年12月06日, 通常, 日本語, 日本分子生物学会, 神戸ポートアイランド
    • 雌性先熟魚における生殖腺トランスクリプトームのメタ解析, 野津了, 門田満隆, 中村將, 工樂樹洋, 坊農秀雅, 第46回日本分子生物学会年会, 2023年12月06日, 通常, 日本語, 日本分子生物学会, 神戸ポートアイランド
    • バイオDXを活用した新規低酸素応答遺伝子の探索手法の開発, 小野擁子, 坊農秀雅, 第46回日本分子生物学会年会, 2023年12月06日, 招待, 日本語, 日本分子生物学会, 神戸ポートアイランド
    • ゲノム編集の安全性評価ソフトウェアの開発〜安心してゲノム育種に取り組める社会を目指して, 中前和恭, 第46回日本分子生物学会年会, 2023年12月06日, 招待, 日本語, 日本分子生物学会, 神戸ポートアイランド
    • PacBio HiFi リードによるアカシソのゲノム配列の解読, 田村啓太, 坂本美佳, 谷澤靖洋, 望月孝子, 松下修司, 加藤義啓, 石川武, 奥原啓輔, 中村保一, 坊農秀雅, 第40回日本植物バイオテクノロジー学会(千葉)大会, 2023年09月10日, 通常, 日本語, 日本植物バイオテクノロジー学会, 千葉
    • バイオDXによるゲノム編集基盤技術開発におけるバイオインフォマティクスの役割, 坊農秀雅, 沖縄ならではのSociety5.0実現に向けて, 2023年08月09日, 招待, 日本語, 健康・医療データサイエンス人材育成委託業務受託コンソーシアム, 沖縄
    • 公共RNAシーケンスデータを利用したメタ解析による発現変動遺伝子の特定, 栂浩平, 坊農秀雅, 昆虫DNA研究会第19回研究集会, 2023年07月23日, 招待, 日本語, 昆虫DNA研究会, 大阪
    • バイオDXによるゲノム編集技術への応用, 坊農秀雅, 第15回遺伝子組換え実験安全研修会, 2023年07月22日, 招待, 日本語, 遺伝子研究安全管理協議会, オンライン
    • Meta-Analysis of Public RNA Sequencing Data of Multiple Abiotic Stresses in Arabidopsis thaliana Provides New Insights into both ABA-Dependent and ABA-Independent Stress Responsive Genes, Mitsuo Shintani, Keita Tamura; Hidemasa Bono, The 33rd International Conference on Arabidopsis Research, 2023年06月05日, 通常, 英語, Chiba, Japan
    • Meta-Analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia, Keita Tamura, HIdemasa Bono, The 33rd International Conference on Arabidopsis Research, 2023年06月05日, 通常, 英語, Chiba, Japan
    • DANGER Analysis:表現型への影響を評価する新規オフターゲット解析ツール, 中前和恭, 坊農秀雅, 日本ゲノム編集学会 第8回大会, 2023年06月06日, 通常, 日本語, 日本ゲノム編集学会, 東京
    • 網羅的なゲノム編集メタデータベース構築とその解析, 鈴木貴之, 坊農秀雅, 日本ゲノム編集学会 第8回大会, 2023年06月06日, 通常, 日本語, 日本ゲノム編集学会, 東京
    • 公共遺伝子発現データベースを用いた熱ストレス関連遺伝子のメタ解析, 米澤奏良, 坊農秀雅, 日本ゲノム編集学会 第8回大会, 2023年06月06日, 通常, 日本語, 日本ゲノム編集学会, 東京
    • 社会性膜翅目およびシロアリの女王および働きアリ(ハチ)におけるRNAシーケンスデータのメタ解析, 栂浩平, 坊農秀雅, 第67回日本応用動物昆虫学会大会, 2023年03月13日, 通常, 日本語, 大阪
    • ゲノム編集とバイオDXでミライを拓く, 奥原啓輔, 第67回日本応用動物昆虫学会大会, 2023年03月13日, 招待, 日本語, 大阪
    • バイオDX産学共創拠点におけるデータ解析基盤技術開発, 坊農秀雅, 第67回日本応用動物昆虫学会大会, 2023年03月13日, 招待, 日本語, 大阪
    • RNAシーケンスデータのメタ解析, 栂浩平, 坊農秀雅, 第67回日本応用動物昆虫学会大会, 2023年03月13日, 招待, 日本語, 大阪
    • Meta-Analysis of Public Apis Genomes and Transcriptomes, Hidemasa Bono, Kakeru Yokoi, Plant & Animal Genome Conference (PAG30), 口頭発表, 2023年1月13日, 英語, San Diego CA USA
    • Genome Editing Meta-Database By Computationally Automated Knowledge Extraction from Literatures, Takayuki Suzuki, Hidemasa Bono, Plant & Animal Genome Conference (PAG30), 口頭発表, 2023年1月13日, 英語, San Diego CA USA
    • A Highly Contiguous Genome Assembly of Red Perilla (Perilla frutescens) Using PacBio HiFi Sequencing Data, Keita Tamura, Mika Sakamoto, Yasuhiro Tanizawa, Takako Mochizuki, Shuji Matsushita, Yoshihiro Kato, Takeshi Ishikawa, Keisuke Okuhara, Yasukazu Nakamura, Hidemasa Bono, Plant & Animal Genome Conference (PAG30), ポスター発表, 2023年1月13日, 英語, San Diego CA USA
    • Pitch Designer 2.0: Fully Automated Sequence Design Tool for CRISPR-Cas9-Mediated Knock-in Using Template for Short Homology-Based DSB Repair, Kazuki Nakamae, Shota Nakade, Naoaki Sakamoto, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto, Plant & Animal Genome Conference (PAG30), 口頭発表, 2023年1月13日, 英語, San Diego CA USA
  • 2022
    • ゲノム編集メタデータベースの構築 ~文献情報からの知識抽出~, 鈴木貴之, 坊農秀雅, 第45回日本分子生物学会年会, ポスター発表, 2022年11月30日, 日本語, 幕張
    • 吉野川由来スジアオノリのナノポアシークエンシングおよびゲノムアセンブリ, 田村啓太, 坊農秀雅, 第45回日本分子生物学会年会, ポスター発表, 2022年11月30日, 日本語, 幕張
    • 密度依存的な表原型可塑性を示す昆虫におけるRNAシーケンスデータのメタ解析, 栂浩平, 横井翔, 坊農秀雅, 第45回日本分子生物学会年会, 口頭発表, 2022年12月2日, 日本語, 幕張
    • MaChIAto を活用したMMEJノックインとPrime Editingの正確性およびノックイン効率に影響する配列因子の探索, 中前和恭, 山本国寿, 武永充正, 中出翔太, 田頭尚美, 名塚一郎, 粟津暁紀, 坂本尚昭, 佐久間哲史, 山本卓, 第45回日本分子生物学会年会, ポスター発表, 2022年11月30日, 日本語, 幕張
    • ゲノム編集のための昆虫遺伝子機能アノテーションワークフロー, 坊農秀雅, 坂本卓磨, 粕川雄也, 天竺桂弘⼦, 第45回日本分子生物学会年会, ポスター発表, 2022年11月30日, 日本語, 幕張
    • ゲノム編集メタデータベースの開発 -文献からの情報抽出-, 鈴木貴之, 坊農秀雅, トーゴーの日シンポジウム2022, ポスター発表, 2022年10月05日, 日本語, オンライン
    • ナノポアシークエンサー MinION による吉野川由来スジアオノリのゲノムシークエンシング, 田村啓太, 坊農秀雅, 第39回日本植物バイオテクノロジー学会(堺)大会, 口頭発表, 2022年09月13日, 日本語, 堺
    • 密度に依存して表現型を変えるアブラムシ類およびバッタ類におけるRNA-seqデータのメタ解析, 栂浩平, 2022年度ROIS-DS-JOINT共同研究集会「昆虫における次世代シーケンスデータ解析および公共データベース利用」, 口頭発表, 2022年09月1日, 日本語, 柏
    • 公共データベースを利用した環境ストレスに関連するゲノム編集標的遺伝子の選定, 米澤奏良, 坊農秀雅, 超異分野学会 大阪大会2022, ポスター発表, 2022年08月27日, 日本語, 大阪
    • ゲノム編集ターゲット遺伝子のデータベースの構築とその解析, 鈴木貴之, 坊農秀雅, 日本ゲノム編集学会第7回大会, ポスター発表, 2022年06月07日, 日本語, オンライン
    • 適切なガイドRNA選択のための in silico 解析リソース, 中前和恭, 日本ゲノム編集学会第7回大会, 口頭発表, 2022年06月06日, 日本語, オンライン
  • 2021
    • バイオDX産学共創拠点におけるデータベース基盤技術開発, 坊農秀雅, 奥原啓輔、横井翔、中村保一, トーゴーの日シンポジウム2021, ポスター発表, 2021年10月05日, 日本語, JST バイオサイエンスデータベースセンター, オンライン
    • 赤紫蘇を用いたゲノム編集データ解析基盤技術の開発, 奥原啓輔, 加藤義啓, 石川武, 馬場堅治, 松下修司, 坊農秀雅, 日本ゲノム編集学会第6回大会, ポスター発表, 2021年06月17日, 日本語, オンライン
  • 2020
    • ゲノム編集研究のためのデータベース基盤技術開発, 坊農秀雅, 奥原啓輔, トーゴーの日シンポジウム2020, ポスター発表, 2020年10月05日, 日本語, オンライン

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広島大学 理学部生物科学科・大学院統合生命科学研究科 ゲノム情報科学研究室 / ゲノム編集イノベーションセンター PtBio共同研究講座 バイオDX研究室
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