研究業績

共同研究を含む全ての論文は坊農の研究者総覧を参照ください。

論文発表

bonohulabが中心となって発表した査読済み論文

• 2022
  • Suzuki T, Bono H. GEM: Genome Editing Meta-database, a dataset of genome editing related metadata systematically extracted from PubMed literatures. DOI:10.1016/j.ggedit.2022.100024
  • Tamura K, Sakamoto M, Tanizawa Y, Mochizuki T, Matsushita S, Kato Y, Ishikawa T, Okuhara K, Nakamura Y, Bono H. A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan. DOI: 10.1093/dnares/dsac044
  • Nakamae K, Bono H. Genome editing and bioinformatics.　DOI: 10.1016/j.ggedit.2022.100018
  • Yokoi K, Wakamiya T, Bono H. Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data. DOI: 10.3390/insects13100931
  • Ono Y, Bono H. Exploratory meta-Analysis of hypoxic transcriptomes using a precise transcript reference sequence set. DOI: 10.26508/lsa.202201518
  • Toga K, Yokoi K, Bono H. Meta-Analysis of Transcriptomes in Insects Showing Density-Dependent Polyphenism. DOI: 10.3390/insects13100864
  • Tamura K, Bono H. Genome Sequence of the Edible Green Alga Ulva prolifera, Originating from the Yoshinogawa River in Japan　DOI:10.1128/mra.00430-22
  • Tamura K, Bono H. Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia. DOI:10.3390/life12071079
  • Bono H, Sakamoto T, Kasukawa T, Tabunoki H. Systematic functional annotation workflow for insects. DOI: 10.3390/insects13070586　
• 2021
  • Suzuki T, Ono Y, Bono H. Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes. DOI: 10.3390/biomedicines9121830
  • Ono Y, Bono H. Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and the Bibliome Uncovers Novel Hypoxia-Inducible Genes. DOI: 10.3390/biomedicines9050582
  • Sakamoto T, Sasaki S, Yamaguchi N, Nakano M, Sato H, Iwabuchi K, Tabunoki H, Simpson RJ, Bono H. De novo transcriptome analysis for examination of the nutrition metabolic system related to the evolutionary process through which stick insects gain the ability of flight (Phasmatodea). DOI: 10.1186/s13104-021-05600-0
  • Bono H. Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects. DOI: 10.3390/antiox10030345

bonohulabが中心となって発表したプレプリント(査読なし)

• 2022
  • Toga K, Bono H. Meta-analysis of public RNA sequencing data of queens and workers in social Hymenoptera and termites. DOI: 10.1101/2022.11.20.516280
  • Suzuki T, Bono H. GEM: Genome Editing Meta-database. DOI:10.37044/osf.io/wd3bu
  • Tamura K, Sakamoto M, Tanizawa Y, Mochizuki T, Matsushita S, Kato Y, Ishikawa T, Okuhara K, Nakamura Y, Bono H. A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan. DOI:10.1101/2022.09.16.508052
  • Yokoi K, Wakamiya T, Bono H. Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data. DOI:10.1101/2022.09.07.506879
  • Tamura K, Bono H. Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia. DOI:10.1101/2022.06.23.497423
  • Bono H, Sakamoto T, Kasukawa T, Tabunoki H. Systematic functional annotation workflow for insects. DOI:10.1101/2022.05.12.490705
  • Toga K, Yokoi K, Bono H. Meta-analysis of transcriptomes in insects showing density-dependent polyphenism. DOI: 10.1101/2022.05.09.490177
  • Ono Y, Bono H. Exploratory Meta-Analysis of Hypoxic Transcriptomes Using a Precise Transcript Reference Sequence Set. DOI: 10.1101/2022.05.01.489280
• 2021
  • Suzuki T, Ono Y, Bono H. Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes. DOI:10.1101/2021.11.01.466837
  • Oec N, Bono H. Rapid metagenomic workflow using annotated 16S RNA dataset. DOI: 10.37044/osf.io/gbt8p
  • Ono Y, Bono H. Multi-omic meta-analysis of transcriptomes and the bibliome uncovers novel hypoxia-inducible genes. DOI:10.1101/2021.03.29.433661
  • Bono H. Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects. DOI:10.1101/2021.02.01.427354

bonohulabメンバーが執筆した総説・書籍(査読なし)

• 実験医学増刊 Vol.40 No.17 バイオDBとウェブツール　ラボで使える最新70選 小野浩雅 編集 羊土社 2022
  • 田村啓太 1-9．figshare ─ 研究に関するあらゆるデータを引用可能な形で公開する p44-47
  • 坊農秀雅 2-10．bioRxiv ─ 生命科学分野のプレプリントサーバー p78-80
  • 鈴木貴之、坊農秀雅 3-1．NCBI Genome Data Viewer ─ さまざまな生物種のゲノム情報を視覚的に検索/解析する p87-89
  • 中前和恭 4-2．CRISPOR ─ CRISPR-Cas9によるゲノム編集をデザインする p125-127
  • 中前和恭 4-3．inDelphi ─ ゲノム編集で発生するインデルを予測する p128-130
  • 中前和恭 4-4．PrimeDesign ─ Prime Editingによる精密ゲノム編集をデザインする p131-133
  • 中前和恭 4-5．TIDE ─ ゲノム編集で発生するインデルを簡易解析する p134-136
  • 中前和恭 4-6．CRISPResso2 ─ ゲノム編集サンプルのNGS解析を行う p137-139
• 奥原啓輔 Macか、Windowsか、それが問題だ pp115-120 がんゲノムデータ解析 清水厚志、坊農秀雅 編集 メディカル・サイエンス・インターナショナル 2022
• 坊農秀雅 プレプリントサーバーJxiv（ジェイカイブ）の開始と展望 DOI: 10.18958/7031-00004-0000183-00 実験医学2022年7月号 羊土社 2022
• 鈴木貴之 研究生活1年目に助けられたお役立ちツール DOI: 10.18958/7011-00007-0000167-00 実験医学2022年6月号 羊土社 2022
• 坊農秀雅 ゲノム・オミックスデータベース Precision Medicine 2021年12月臨時増刊号 ゲノム情報とオミックス情報を活用した『予防医学』
• 坊農秀雅編 メタゲノムデータ解析　16Sも!　ショットガンも!　ロングリードも!　菌叢解析が得意になる凄技レシピ 羊土社 2021
• 実験医学2021年12月号 みんなのバイオDX〜公共データの海で宝探しをはじめよう 坊農秀雅企画 羊土社 2021
  • 坊農秀雅 概論―バイオDXとは何か，なぜ今バイオDXなのか
  • 小野擁子, 坊農秀雅 バイオDXで発見する見逃されていた低酸素応答性遺伝子
  • 奥原啓輔, 山本卓 「ゲノム編集」と「バイオDX」でバイオエコノミー社会を実現する
  • 中前和恭, 奥原啓輔, 山本卓 ［コラム］ゲノム編集のドライ系ツール
• 坊農秀雅 Dr.Bonoの生命科学データ解析 第2版メディカル・サイエンス・インターナショナル 2021
• 坊農秀雅編 バリアントデータ検索＆活用　変異・多型情報を使いこなす達人レシピ 羊土社 2020

学会・研究会発表

• 2023
  • 社会性膜翅目およびシロアリの女王および働きアリ(ハチ)におけるRNAシーケンスデータのメタ解析, 栂浩平, 坊農秀雅, 第67回日本応用動物昆虫学会大会, 2023年03月13日, 通常, 日本語, 大阪
  • ゲノム編集とバイオDXでミライを拓く, 奥原啓輔, 第67回日本応用動物昆虫学会大会, 2023年03月13日, 招待, 日本語, 大阪
  • バイオDX産学共創拠点におけるデータ解析基盤技術開発, 坊農秀雅, 第67回日本応用動物昆虫学会大会, 2023年03月13日, 招待, 日本語, 大阪
  • RNAシーケンスデータのメタ解析, 栂浩平, 坊農秀雅, 第67回日本応用動物昆虫学会大会, 2023年03月13日, 招待, 日本語, 大阪
  • Meta-Analysis of Public Apis Genomes and Transcriptomes, Hidemasa Bono, Kakeru Yokoi, Plant & Animal Genome Conference (PAG30), 口頭発表, 2023年1月13日, 英語, San Diego CA USA
  • Genome Editing Meta-Database By Computationally Automated Knowledge Extraction from Literatures, Takayuki Suzuki, Hidemasa Bono, Plant & Animal Genome Conference (PAG30), 口頭発表, 2023年1月13日, 英語, San Diego CA USA
  • A Highly Contiguous Genome Assembly of Red Perilla (Perilla frutescens) Using PacBio HiFi Sequencing Data, Keita Tamura, Mika Sakamoto, Yasuhiro Tanizawa, Takako Mochizuki, Shuji Matsushita, Yoshihiro Kato, Takeshi Ishikawa, Keisuke Okuhara, Yasukazu Nakamura, Hidemasa Bono, Plant & Animal Genome Conference (PAG30), ポスター発表, 2023年1月13日, 英語, San Diego CA USA
  • Pitch Designer 2.0: Fully Automated Sequence Design Tool for CRISPR-Cas9-Mediated Knock-in Using Template for Short Homology-Based DSB Repair, Kazuki Nakamae, Shota Nakade, Naoaki Sakamoto, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto, Plant & Animal Genome Conference (PAG30), 口頭発表, 2023年1月13日, 英語, San Diego CA USA
• 2022
  • ゲノム編集メタデータベースの構築 ~文献情報からの知識抽出~, 鈴木貴之, 坊農秀雅, 第45回日本分子生物学会年会, ポスター発表, 2022年11月30日, 日本語, 幕張
  • 吉野川由来スジアオノリのナノポアシークエンシングおよびゲノムアセンブリ, 田村啓太, 坊農秀雅, 第45回日本分子生物学会年会, ポスター発表, 2022年11月30日, 日本語, 幕張
  • 密度依存的な表原型可塑性を示す昆虫におけるRNAシーケンスデータのメタ解析, 栂浩平, 横井翔, 坊農秀雅, 第45回日本分子生物学会年会, 口頭発表, 2022年12月2日, 日本語, 幕張
  • MaChIAto を活用したMMEJノックインとPrime Editingの正確性およびノックイン効率に影響する配列因子の探索, 中前和恭, 山本国寿, 武永充正, 中出翔太, 田頭尚美, 名塚一郎, 粟津暁紀, 坂本尚昭, 佐久間哲史, 山本卓, 第45回日本分子生物学会年会, ポスター発表, 2022年11月30日, 日本語, 幕張
  • ゲノム編集のための昆虫遺伝子機能アノテーションワークフロー, 坊農秀雅, 坂本卓磨, 粕川雄也, 天竺桂弘⼦, 第45回日本分子生物学会年会, ポスター発表, 2022年11月30日, 日本語, 幕張
  • ゲノム編集メタデータベースの開発 -文献からの情報抽出-, 鈴木貴之, 坊農秀雅, トーゴーの日シンポジウム2022, ポスター発表, 2022年10月05日, 日本語, オンライン
  • ナノポアシークエンサー MinION による吉野川由来スジアオノリのゲノムシークエンシング, 田村啓太, 坊農秀雅, 第39回日本植物バイオテクノロジー学会（堺）大会, 口頭発表, 2022年09月13日, 日本語, 堺
  • 密度に依存して表現型を変えるアブラムシ類およびバッタ類におけるRNA-seqデータのメタ解析, 栂浩平, 2022年度ROIS-DS-JOINT共同研究集会「昆虫における次世代シーケンスデータ解析および公共データベース利用」, 口頭発表, 2022年09月1日, 日本語, 柏
  • 公共データベースを利用した環境ストレスに関連するゲノム編集標的遺伝子の選定, 米澤奏良, 坊農秀雅, 超異分野学会 大阪大会2022, ポスター発表, 2022年08月27日, 日本語, 大阪
  • ゲノム編集ターゲット遺伝子のデータベースの構築とその解析, 鈴木貴之, 坊農秀雅, 日本ゲノム編集学会第7回大会, ポスター発表, 2022年06月07日, 日本語, オンライン
  • 適切なガイドRNA選択のための in silico 解析リソース, 中前和恭, 日本ゲノム編集学会第7回大会, 口頭発表, 2022年06月06日, 日本語, オンライン
• 2021
  • バイオDX産学共創拠点におけるデータベース基盤技術開発, 坊農秀雅, 奥原啓輔、横井翔、中村保一, トーゴーの日シンポジウム2021, ポスター発表, 2021年10月05日, 日本語, JST バイオサイエンスデータベースセンター, オンライン
  • 赤紫蘇を用いたゲノム編集データ解析基盤技術の開発, 奥原啓輔, 加藤義啓, 石川武, 馬場堅治, 松下修司, 坊農秀雅, 日本ゲノム編集学会第6回大会, ポスター発表, 2021年06月17日, 日本語, オンライン
• 2020
  • ゲノム編集研究のためのデータベース基盤技術開発, 坊農秀雅, 奥原啓輔, トーゴーの日シンポジウム2020, ポスター発表, 2020年10月05日, 日本語, オンライン

広島大学からのプレスリリース

2022年度

• 221202 「赤シソの高精度なゲノム配列情報を決定 〜デジタル育種に向けた基盤情報を取得〜」
  • 研究員の田村さん、国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室、三島食品株式会社、広島県立総合技術研究所農業技術センター、プラチナバイオ株式会社と坊農による研究論文 A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan　(DOI: 10.1093/dnares/dsac044)
• 221117 「公共データベースからのミツバチ参照遺伝子セットの構築〜農畜産生物のゲノム編集に向けたバイオデジタルトランスフォーメーション〜」
  • 農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構） 生物機能利用研究部門の横井さん、研究員の若宮さん（当時）と坊農による研究論文 Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data　(DOI: 10.3390/insects13100931)
    • 2022年12月2月付 科学新聞「公共データベースからのミツバチ参照遺伝子セットの構築〜農畜産生物のゲノム編集に向けたバイオデジタルトランスフォーメーション〜」
• 221013 「精密な転写産物参照配列セットを用いた低酸素応答性の評価-公共遺伝子発現データのデジタルトランスフォーメーション-」
  • 博士課程後期大学院生の小野さんと坊農による研究論文 Exploratory meta-Analysis of hypoxic transcriptomes using a precise transcript reference sequence set (DOI: 10.26508/lsa.202201518)
• 221007 「昆虫の個体数密度に依存して姿・行動を変える能力に関係する遺伝子の同定」
  • 研究員の栂さんと農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構） 生物機能利用研究部門の横井さん、坊農による研究論文 Meta-Analysis of Transcriptomes in Insects Showing Density-Dependent Polyphenism　(DOI: 10.3390/insects13100864)
    • 2022年11月4月付 科学新聞「個体数密度に応じ姿・行動変化ー昆虫の表現型関連遺伝子同定　広島大など」
  • Meta-analysis reveals how crowds may change gene expression in some insects
• 220818 「ニワトリの始原生殖細胞における性決定機構の予測に成功 ―鳥類特有の性決定機構の解明に向けて―」
  • 広島大学大学院統合生命科学研究科免疫生物学研究室との共同研究論文 Prediction of sex-determination mechanisms in avian primordial germ cells using RNA-seq analysis (DOI: 10.1038/s41598-022-17726-7)
  • Researcher team investigates sex-determination mechanisms in birds
• 220728 「冠水状態で植物の酸素取り込みが減少する「低酸素ストレス応答」のメカニズム解明につながる新たな候補遺伝子を発見」
  • 研究員の田村さんと坊農による研究論文 Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia (DOI: 10.3390/life12071079)
  • Newly identified genes may help protect crops against flooding, researchers say
• 220707 「ゲノム編集のための昆虫遺伝子機能アノテーションワークフローを開発～バイオDXによる昆虫機能利用に道～」
  • 東京農工大学大学院 農学研究院生物生産科学部門 動物生化学（昆虫系）研究室と理化学研究所 生命医科学研究センター 生命医科学大容量データ技術研究チームとの共同研究論文 Systematic functional annotation workflow for insects (DOI: 10.3390/insects13070586)
  • Scientists expand entomological research using genome editing

2021年度

• 220330 「がん耐性齧歯類ハダカデバネズミの化学発がん物質への強い発がん耐性を証明～炎症抑制を介したがん耐性機構の一端を解明～」
  • 熊本大学大学院生命科学研究部 老化・健康長寿学講座との共同研究論文 Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats (DOI: 10.1038/s42003-022-03241-y)
• 220228 「本学の提案が科学技術振興機構の『令和3年度・共創の場形成支援プログラム（COI-NEXT）本格型』に採択」
  • JST 共創の場形成支援プログラム（COI－NEXT）において、「Bio-Digital Transformation（バイオDX）産学共創拠点」が本格型に昇格
• 211207 「メタ解析によって酸化ストレスと低酸素刺激の共通因子を同定」
  • 博士課程前期大学院生の鈴木さん、博士課程後期大学院生の小野さんと坊農による研究論文 Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes (DOI: 10.3390/biomedicines9121830)
  • Meta-analysis of two types of molecular stresses reveals common factors
• 211027 「キク属モデル系統の高精度全ゲノム塩基配列を決定～栽培ギク品種育成におけるゲノム情報の活用へ～」
  • 広島大学大学院統合生命科学研究科の草場信教授との共同研究論文 A chromosome-level genome sequence of Chrysanthemum seticuspe, a model species for hexaploid cultivated chrysanthemum (DOI: 10.1038/s42003-021-02704-y)
• 210930 「カイコ遺伝子発現データの拡張・公開～昆虫活用技術開発やデータ駆動型研究促進に期待～」
  • 農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構） 生物機能利用研究部門との共同研究論文 Reference transcriptome data in silkworm Bombyx mori (DOI: 10.3390/insects12060519)
• 210818 「胃潰瘍治療薬やタバコの煙から抽出した物質に意外な効果～新型コロナウイルスのヒト細胞への感染を抑制～」
  • 広島大学原爆放射線医科学研究所の谷本圭司准教授との共同研究論文 Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting enzyme 2, via aryl-hydrocarbon receptor signal (DOI: 10.1038/s41598-021-96109-w)
  • Drugs that mimic effects of cigarette smoke reduce SARS-CoV-2's ability to enter cells
• 210525 「マルチオミックス解析手法によって新規の低酸素応答性遺伝子を発見～公共遺伝子発現データと文献データのデジタルトランスフォーメーション～」
  • 博士課程後期大学院生の小野さんと坊農による研究論文 Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and the Bibliome Uncovers Novel Hypoxia-Inducible Genes (DOI: 10.3390/biomedicines9050582)
  • Scientists use public databases to leap over scourge of publication bias

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