Achievement

研究業績

共同研究を含む全ての論文は坊農の研究者総覧を参照ください。

論文発表

bonohulabが中心となって発表した査読済み論文

  • 2022
    • Suzuki T, Bono H. GEM: Genome Editing Meta-database, a dataset of genome editing related metadata systematically extracted from PubMed literatures. DOI:10.1016/j.ggedit.2022.100024
    • Tamura K, Sakamoto M, Tanizawa Y, Mochizuki T, Matsushita S, Kato Y, Ishikawa T, Okuhara K, Nakamura Y, Bono H. A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan. DOI: 10.1093/dnares/dsac044
    • Nakamae K, Bono H. Genome editing and bioinformatics. DOI: 10.1016/j.ggedit.2022.100018
    • Yokoi K, Wakamiya T, Bono H. Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data. DOI: 10.3390/insects13100931
    • Ono Y, Bono H. Exploratory meta-Analysis of hypoxic transcriptomes using a precise transcript reference sequence set. DOI: 10.26508/lsa.202201518
    • Toga K, Yokoi K, Bono H. Meta-Analysis of Transcriptomes in Insects Showing Density-Dependent Polyphenism. DOI: 10.3390/insects13100864
    • Tamura K, Bono H. Genome Sequence of the Edible Green Alga Ulva prolifera, Originating from the Yoshinogawa River in Japan DOI:10.1128/mra.00430-22
    • Tamura K, Bono H. Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia. DOI:10.3390/life12071079
    • Bono H, Sakamoto T, Kasukawa T, Tabunoki H. Systematic functional annotation workflow for insects. DOI: 10.3390/insects13070586 
  • 2021
    • Suzuki T, Ono Y, Bono H. Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes. DOI: 10.3390/biomedicines9121830
    • Ono Y, Bono H. Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and the Bibliome Uncovers Novel Hypoxia-Inducible Genes. DOI: 10.3390/biomedicines9050582
    • Sakamoto T, Sasaki S, Yamaguchi N, Nakano M, Sato H, Iwabuchi K, Tabunoki H, Simpson RJ, Bono H. De novo transcriptome analysis for examination of the nutrition metabolic system related to the evolutionary process through which stick insects gain the ability of flight (Phasmatodea). DOI: 10.1186/s13104-021-05600-0
    • Bono H. Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects. DOI: 10.3390/antiox10030345

bonohulabが中心となって発表したプレプリント(査読なし)

bonohulabメンバーが執筆した総説・書籍(査読なし)

学会・研究会発表

  • 2023
    • 社会性膜翅目およびシロアリの女王および働きアリ(ハチ)におけるRNAシーケンスデータのメタ解析, 栂浩平, 坊農秀雅, 第67回日本応用動物昆虫学会大会, 2023年03月13日, 通常, 日本語, 大阪
    • ゲノム編集とバイオDXでミライを拓く, 奥原啓輔, 第67回日本応用動物昆虫学会大会, 2023年03月13日, 招待, 日本語, 大阪
    • バイオDX産学共創拠点におけるデータ解析基盤技術開発, 坊農秀雅, 第67回日本応用動物昆虫学会大会, 2023年03月13日, 招待, 日本語, 大阪
    • RNAシーケンスデータのメタ解析, 栂浩平, 坊農秀雅, 第67回日本応用動物昆虫学会大会, 2023年03月13日, 招待, 日本語, 大阪
    • Meta-Analysis of Public Apis Genomes and Transcriptomes, Hidemasa Bono, Kakeru Yokoi, Plant & Animal Genome Conference (PAG30), 口頭発表, 2023年1月13日, 英語, San Diego CA USA
    • Genome Editing Meta-Database By Computationally Automated Knowledge Extraction from Literatures, Takayuki Suzuki, Hidemasa Bono, Plant & Animal Genome Conference (PAG30), 口頭発表, 2023年1月13日, 英語, San Diego CA USA
    • A Highly Contiguous Genome Assembly of Red Perilla (Perilla frutescens) Using PacBio HiFi Sequencing Data, Keita Tamura, Mika Sakamoto, Yasuhiro Tanizawa, Takako Mochizuki, Shuji Matsushita, Yoshihiro Kato, Takeshi Ishikawa, Keisuke Okuhara, Yasukazu Nakamura, Hidemasa Bono, Plant & Animal Genome Conference (PAG30), ポスター発表, 2023年1月13日, 英語, San Diego CA USA
    • Pitch Designer 2.0: Fully Automated Sequence Design Tool for CRISPR-Cas9-Mediated Knock-in Using Template for Short Homology-Based DSB Repair, Kazuki Nakamae, Shota Nakade, Naoaki Sakamoto, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto, Plant & Animal Genome Conference (PAG30), 口頭発表, 2023年1月13日, 英語, San Diego CA USA
  • 2022
    • ゲノム編集メタデータベースの構築 ~文献情報からの知識抽出~, 鈴木貴之, 坊農秀雅, 第45回日本分子生物学会年会, ポスター発表, 2022年11月30日, 日本語, 幕張
    • 吉野川由来スジアオノリのナノポアシークエンシングおよびゲノムアセンブリ, 田村啓太, 坊農秀雅, 第45回日本分子生物学会年会, ポスター発表, 2022年11月30日, 日本語, 幕張
    • 密度依存的な表原型可塑性を示す昆虫におけるRNAシーケンスデータのメタ解析, 栂浩平, 横井翔, 坊農秀雅, 第45回日本分子生物学会年会, 口頭発表, 2022年12月2日, 日本語, 幕張
    • MaChIAto を活用したMMEJノックインとPrime Editingの正確性およびノックイン効率に影響する配列因子の探索, 中前和恭, 山本国寿, 武永充正, 中出翔太, 田頭尚美, 名塚一郎, 粟津暁紀, 坂本尚昭, 佐久間哲史, 山本卓, 第45回日本分子生物学会年会, ポスター発表, 2022年11月30日, 日本語, 幕張
    • ゲノム編集のための昆虫遺伝子機能アノテーションワークフロー, 坊農秀雅, 坂本卓磨, 粕川雄也, 天竺桂弘⼦, 第45回日本分子生物学会年会, ポスター発表, 2022年11月30日, 日本語, 幕張
    • ゲノム編集メタデータベースの開発 -文献からの情報抽出-, 鈴木貴之, 坊農秀雅, トーゴーの日シンポジウム2022, ポスター発表, 2022年10月05日, 日本語, オンライン
    • ナノポアシークエンサー MinION による吉野川由来スジアオノリのゲノムシークエンシング, 田村啓太, 坊農秀雅, 第39回日本植物バイオテクノロジー学会(堺)大会, 口頭発表, 2022年09月13日, 日本語, 堺
    • 密度に依存して表現型を変えるアブラムシ類およびバッタ類におけるRNA-seqデータのメタ解析, 栂浩平, 2022年度ROIS-DS-JOINT共同研究集会「昆虫における次世代シーケンスデータ解析および公共データベース利用」, 口頭発表, 2022年09月1日, 日本語, 柏
    • 公共データベースを利用した環境ストレスに関連するゲノム編集標的遺伝子の選定, 米澤奏良, 坊農秀雅, 超異分野学会 大阪大会2022, ポスター発表, 2022年08月27日, 日本語, 大阪
    • ゲノム編集ターゲット遺伝子のデータベースの構築とその解析, 鈴木貴之, 坊農秀雅, 日本ゲノム編集学会第7回大会, ポスター発表, 2022年06月07日, 日本語, オンライン
    • 適切なガイドRNA選択のための in silico 解析リソース, 中前和恭, 日本ゲノム編集学会第7回大会, 口頭発表, 2022年06月06日, 日本語, オンライン
  • 2021
    • バイオDX産学共創拠点におけるデータベース基盤技術開発, 坊農秀雅, 奥原啓輔、横井翔、中村保一, トーゴーの日シンポジウム2021, ポスター発表, 2021年10月05日, 日本語, JST バイオサイエンスデータベースセンター, オンライン
    • 赤紫蘇を用いたゲノム編集データ解析基盤技術の開発, 奥原啓輔, 加藤義啓, 石川武, 馬場堅治, 松下修司, 坊農秀雅, 日本ゲノム編集学会第6回大会, ポスター発表, 2021年06月17日, 日本語, オンライン
  • 2020
    • ゲノム編集研究のためのデータベース基盤技術開発, 坊農秀雅, 奥原啓輔, トーゴーの日シンポジウム2020, ポスター発表, 2020年10月05日, 日本語, オンライン

広島大学からのプレスリリース

2022年度

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広島大学 大学院統合生命科学研究科 ゲノム情報科学研究室 / ゲノム編集イノベーションセンター プラチナバイオ共同研究講座 バイオDX研究室
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