業績

2020年4月にbonohulabが立ち上がってからの構成員による主な教育・研究業績です。 共同研究を含む、坊農個人の全ての論文は坊農の研究者総覧を参照ください。

bonohulabが中心となって発表した論文発表

• 査読済み論文
• プレプリント(査読なし)
• 総説・書籍(査読なし)

学会・研究会発表

広島大学ウェブサイトへの掲載

大学のウェブサイトに掲載されるほか、多くがプレスリリースとして報道機関に提供されています。

2025年度

• 250508 「AIがDNAを読み解いてミスを防ぐ！ ゲノム編集で起こり得るRNAへの影響を予測する新システムを開発」
  • 共同研究講座助教の中前さん、博士課程後期大学院生の鈴木さんと米澤さん、研究員の小野さん他と坊農による研究論文 Risk Prediction of RNA Off-Targets of CRISPR Base Editors in Tissue-Specific Transcriptomes Using Language Models (DOI: 10.3390/ijms26041723)

2024年度

• 250311 「大規模言語モデル(LLM)をゲノム編集メタデータベース(GEM)に活用することで、情報が高精度に取得可能に！」
  • 博士課程後期大学院生の鈴木さんと坊農による研究論文 Pipeline to explore information on genome editing using large language models and genome editing meta-database. (DOI: 10.1093/database/baaf022)
• 241018 「トコジラミの殺虫剤感受性および抵抗性系統のゲノム解読〜抵抗性の発達に寄与する可能性のある遺伝子を発見〜」
  • 研究員の栂さん、フマキラー株式会社と坊農による共同研究論文 Genome-wide Search for Gene Mutations likely Conferring Insecticide Resistance in the Common Bed Bug, Cimex lectularius. (DOI: 10.3390/insects15100737)
    • 「殺虫剤に強いトコジラミ、カギの遺伝子候補 広島大特定」2024年11月18日付 日本経済新聞
    • 「トコジラミの殺虫剤抵抗性、発達寄与の遺伝子発見 広島大など」2024年10月22日付 日刊工業新聞
    • 「トコジラミの殺虫剤抵抗性獲得に関与する可能性のある遺伝子 広島大学とフマキラーが発見」 大学ジャーナルONLINE 2024年10月27日
  • 英語プレスリリース：Study maps bed bugs' genomes in unprecedented detail to find out why they just won't die
  • フマキラー株式会社プレスリリース：世界初!殺虫剤抵抗性2万倍 スーパートコジラミのゲノム解読に成功トコジラミ対策商品の開発を推進～広島大学と共同研究～
• 240905 「疾患における酸化ストレスに応答する新規候補遺伝子の探索手法を開発」
  • 博士課程後期大学院生の鈴木さんと坊農による研究論文 A systematic exploration of unexploited genes for oxidative stress in Parkinson's disease. DOI: 10.1038/s41531-024-00776-1
  • 英語プレスリリース： Researchers develop analytical pipeline to identify unexploited genes that hold research value
• 240801 「公共データベースを活用したメタ解析により複数の家畜動物とそれらの原種間で発現が異なる遺伝子を複数同定〜データ駆動型ゲノム育種に向けた育種候補遺伝子の選出〜」
  • 博士課程前期大学院生の烏野さんと坊農による研究論文 Transcriptional Signatures of Domestication Revealed through Meta-Analysis of Pig, Chicken, Wild Boar, and Red Junglefowl Gene Expression Data. DOI: 10.3390/ani14131998
  • 英語プレスリリース： Genetic signatures of domestication identified in pigs, chickens
• 240402 「公共データベースを活用したメタ解析による植物におけるアブシジン酸関連ストレスの新たな知見〜大規模データの解析による環境ストレスに強い作物の開発に向けたゲノム編集ターゲット遺伝子を特定〜」
  • 博士課程後期大学院生の新谷さん、特任助教の田村さんと坊農による研究論文 Meta-analysis of public RNA sequencing data of abscisic acid-related abiotic stresses in Arabidopsis thaliana. DOI: 10.3389/fpls.2024.1343787
  • 英語プレスリリース：Genetic underpinnings of environmental stress identified in model plant

2023年度

• 231013 「公共データベースの利活用による高温に曝されると発生する熱ストレス応答の新たな知見〜気候変動に対応するためのデジタルトランスフォーメーション〜」
  • 博士課程前期大学院生の米澤さんと坊農による研究論文 Meta-Analysis of Heat-Stressed Transcriptomes Using the Public Gene Expression Database from Human and Mouse Samples. DOI: 10.3390/ijms241713444
• 230925 「ゲノム編集のための簡易的安全性評価ソフトウェアを新規開発〜バイオDXによる安全な品種改良やゲノム医療へ期待〜」
  • 共同研究講座助教の中前さんと坊農による研究論文 DANGER Analysis: Risk-Averse on/off-Target Assessment for CRISPR Editing Without a Reference Genome. DOI: 10.1093/bioadv/vbad114
  • 英語プレスリリース：Researchers develop DANGER analysis tool for the safer design of gene editing
• 230516 「社会性昆虫が繁殖を分業する仕組みに公共遺伝子発現データから迫る」
  • 研究員の栂さんと坊農による研究論文 Meta-Analysis of Public RNA Sequencing Data Revealed Potential Key Genes Associated with Reproductive Division of Labor in Social Hymenoptera and Termites. DOI: 10.3390/ijms24098353

2022年度

• 221202 「赤シソの高精度なゲノム配列情報を決定 〜デジタル育種に向けた基盤情報を取得〜」
  • 研究員の田村さん、国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室、三島食品株式会社、広島県立総合技術研究所農業技術センター、プラチナバイオ株式会社と坊農による研究論文 A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan　(DOI: 10.1093/dnares/dsac044)
  • 英語プレスリリース：Scientists sequence and annotate majority of Red Perilla’s genome, a step toward harnessing more of its medically valuable bioactive chemicals
• 221117 「公共データベースからのミツバチ参照遺伝子セットの構築〜農畜産生物のゲノム編集に向けたバイオデジタルトランスフォーメーション〜」
  • 農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構） 生物機能利用研究部門の横井さん、研究員の若宮さん（当時）と坊農による研究論文 Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data　(DOI: 10.3390/insects13100931)
    • 2022年12月2月付 科学新聞「公共データベースからのミツバチ参照遺伝子セットの構築〜農畜産生物のゲノム編集に向けたバイオデジタルトランスフォーメーション〜」
• 221013 「精密な転写産物参照配列セットを用いた低酸素応答性の評価-公共遺伝子発現データのデジタルトランスフォーメーション-」
  • 博士課程後期大学院生の小野さんと坊農による研究論文 Exploratory meta-Analysis of hypoxic transcriptomes using a precise transcript reference sequence set (DOI: 10.26508/lsa.202201518)
• 221007 「昆虫の個体数密度に依存して姿・行動を変える能力に関係する遺伝子の同定」
  • 研究員の栂さんと農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構） 生物機能利用研究部門の横井さん、坊農による研究論文 Meta-Analysis of Transcriptomes in Insects Showing Density-Dependent Polyphenism　(DOI: 10.3390/insects13100864)
    • 2022年11月4月付 科学新聞「個体数密度に応じ姿・行動変化ー昆虫の表現型関連遺伝子同定　広島大など」
  • Meta-analysis reveals how crowds may change gene expression in some insects
• 220818 「ニワトリの始原生殖細胞における性決定機構の予測に成功 ―鳥類特有の性決定機構の解明に向けて―」
  • 広島大学大学院統合生命科学研究科免疫生物学研究室との共同研究論文 Prediction of sex-determination mechanisms in avian primordial germ cells using RNA-seq analysis (DOI: 10.1038/s41598-022-17726-7)
  • 英語プレスリリース：Researcher team investigates sex-determination mechanisms in birds
• 220728 「冠水状態で植物の酸素取り込みが減少する「低酸素ストレス応答」のメカニズム解明につながる新たな候補遺伝子を発見」
  • 研究員の田村さんと坊農による研究論文 Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia (DOI: 10.3390/life12071079)
  • 英語プレスリリース：Newly identified genes may help protect crops against flooding, researchers say
• 220707 「ゲノム編集のための昆虫遺伝子機能アノテーションワークフローを開発～バイオDXによる昆虫機能利用に道～」
  • 東京農工大学大学院 農学研究院生物生産科学部門 動物生化学（昆虫系）研究室と理化学研究所 生命医科学研究センター 生命医科学大容量データ技術研究チームとの共同研究論文 Systematic functional annotation workflow for insects (DOI: 10.3390/insects13070586)
  • 英語プレスリリース：Scientists expand entomological research using genome editing

2021年度

• 220330 「がん耐性齧歯類ハダカデバネズミの化学発がん物質への強い発がん耐性を証明～炎症抑制を介したがん耐性機構の一端を解明～」
  • 熊本大学大学院生命科学研究部 老化・健康長寿学講座との共同研究論文 Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats (DOI: 10.1038/s42003-022-03241-y)
• 220228 「本学の提案が科学技術振興機構の『令和3年度・共創の場形成支援プログラム（COI-NEXT）本格型』に採択」
  • JST 共創の場形成支援プログラム（COI－NEXT）において、「Bio-Digital Transformation（バイオDX）産学共創拠点」が本格型に昇格
• 211207 「メタ解析によって酸化ストレスと低酸素刺激の共通因子を同定」
  • 博士課程前期大学院生の鈴木さん、博士課程後期大学院生の小野さんと坊農による研究論文 Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes (DOI: 10.3390/biomedicines9121830)
  • 英語プレスリリース：Meta-analysis of two types of molecular stresses reveals common factors
• 211027 「キク属モデル系統の高精度全ゲノム塩基配列を決定～栽培ギク品種育成におけるゲノム情報の活用へ～」
  • 広島大学大学院統合生命科学研究科の草場信教授との共同研究論文 A chromosome-level genome sequence of Chrysanthemum seticuspe, a model species for hexaploid cultivated chrysanthemum (DOI: 10.1038/s42003-021-02704-y)
• 210930 「カイコ遺伝子発現データの拡張・公開～昆虫活用技術開発やデータ駆動型研究促進に期待～」
  • 農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構） 生物機能利用研究部門との共同研究論文 Reference transcriptome data in silkworm Bombyx mori (DOI: 10.3390/insects12060519)
• 210818 「胃潰瘍治療薬やタバコの煙から抽出した物質に意外な効果～新型コロナウイルスのヒト細胞への感染を抑制～」
  • 広島大学原爆放射線医科学研究所の谷本圭司准教授との共同研究論文 Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting enzyme 2, via aryl-hydrocarbon receptor signal (DOI: 10.1038/s41598-021-96109-w)
  • 英語プレスリリース：Drugs that mimic effects of cigarette smoke reduce SARS-CoV-2's ability to enter cells
• 210525 「マルチオミックス解析手法によって新規の低酸素応答性遺伝子を発見～公共遺伝子発現データと文献データのデジタルトランスフォーメーション～」
  • 博士課程後期大学院生の小野さんと坊農による研究論文 Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and the Bibliome Uncovers Novel Hypoxia-Inducible Genes (DOI: 10.3390/biomedicines9050582)
  • 英語プレスリリース：Scientists use public databases to leap over scourge of publication bias

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