業績
論文発表
2020年4月にbonohulabが立ち上がってからの構成員による主な教育・研究業績のうち、bonohulabが中心となって発表した論文発表をリストしています。 これ以外の業績は、学会・研究会発表をご覧ください。
bonohulabが中心となって発表した査読済み論文
- 2024
- Toga K, Kimoto F, Fujii H, Bono H. Genome-wide Search for Gene Mutations likely Conferring Insecticide Resistance in the Common Bed Bug, Cimex lectularius. DOI:
10.3390/insects15100737
- Nozu R, Kadota M, Nakamura M, Kuraku S, Bono H. Meta-analysis of gonadal transcriptomes in protogynous fishes provides novel perspective into sex change machinery. DOI:
10.1111/gtc.13166
- Tamura K, Chiba H, Bono H. Triterpene RDF: Developing a database of plant enzymes and transcription factors involved in triterpene biosynthesis using the Resource Description Framework. DOI:
10.5511/plantbiotechnology.24.0312c
- Suzuki T, Bono H. A systematic exploration of unexploited genes for oxidative stress in Parkinson’s disease. DOI:
10.1038/s41531-024-00776-1
- Uno M, Bono H. Transcriptional Signatures of Domestication Revealed through Meta-Analysis of Pig, Chicken, Wild Boar, and Red Junglefowl Gene Expression Data. DOI:
10.3390/ani14131998
- Toga K, Sakamoto T, Kanda M, Tamura K, Okuhara K, Tabunoki H, Bono H. Long-read genome assembly of the Japanese parasitic wasp Copidosoma floridanum (Hymenoptera: Encyrtidae). DOI:
10.1093/g3journal/jkae127
- Shintani M, Tamura K, Bono H. Meta-Analysis of Public RNA Sequencing Data of Abscisic Acid-Related Abiotic Stresses in Arabidopsis thaliana. DOI:
10.3389/fpls.2024.1343787
- Toga K, Kimoto F, Fujii H, Bono H. Genome-wide Search for Gene Mutations likely Conferring Insecticide Resistance in the Common Bed Bug, Cimex lectularius. DOI:
- 2023
- Yonezawa S, Bono H. Meta-Analysis of Heat-Stressed Transcriptomes Using the Public Gene Expression Database from Human and Mouse Samples. DOI:
10.3390/ijms241713444
- Nakamae K, Bono H. DANGER Analysis: Risk-Averse on/off-Target Assessment for CRISPR Editing Without a Reference Genome. DOI:
10.1093/bioadv/vbad114
- Toga K, Bono H. Meta-Analysis of Public RNA Sequencing Data Revealed Potential Key Genes Associated with Reproductive Division of Labor in Social Hymenoptera and Termites. DOI:
10.3390/ijms24098353
- Tamura K, Sakamoto M, Tanizawa Y, Mochizuki T, Matsushita S, Kato Y, Ishikawa T, Okuhara K, Nakamura Y, Bono H. A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan. DOI:
10.1093/dnares/dsac044
- Yonezawa S, Bono H. Meta-Analysis of Heat-Stressed Transcriptomes Using the Public Gene Expression Database from Human and Mouse Samples. DOI:
- 2022
- Suzuki T, Bono H. GEM: Genome Editing Meta-database, a dataset of genome editing related metadata systematically extracted from PubMed literatures. DOI:
10.1016/j.ggedit.2022.100024
- Nakamae K, Bono H. Genome editing and bioinformatics. DOI:
10.1016/j.ggedit.2022.100018
- Yokoi K, Wakamiya T, Bono H. Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data. DOI:
10.3390/insects13100931
- Ono Y, Bono H. Exploratory meta-Analysis of hypoxic transcriptomes using a precise transcript reference sequence set. DOI:
10.26508/lsa.202201518
- Toga K, Yokoi K, Bono H. Meta-Analysis of Transcriptomes in Insects Showing Density-Dependent Polyphenism. DOI:
10.3390/insects13100864
- Tamura K, Bono H. Genome Sequence of the Edible Green Alga Ulva prolifera, Originating from the Yoshinogawa River in Japan DOI:
10.1128/mra.00430-22
- Tamura K, Bono H. Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia. DOI:
10.3390/life12071079
- Bono H, Sakamoto T, Kasukawa T, Tabunoki H. Systematic functional annotation workflow for insects. DOI:
10.3390/insects13070586
- Suzuki T, Bono H. GEM: Genome Editing Meta-database, a dataset of genome editing related metadata systematically extracted from PubMed literatures. DOI:
- 2021
- Suzuki T, Ono Y, Bono H. Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes. DOI:
10.3390/biomedicines9121830
- Ono Y, Bono H. Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and the Bibliome Uncovers Novel Hypoxia-Inducible Genes. DOI:
10.3390/biomedicines9050582
- Sakamoto T, Sasaki S, Yamaguchi N, Nakano M, Sato H, Iwabuchi K, Tabunoki H, Simpson RJ, Bono H. De novo transcriptome analysis for examination of the nutrition metabolic system related to the evolutionary process through which stick insects gain the ability of flight (Phasmatodea). DOI:
10.1186/s13104-021-05600-0
- Bono H. Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects. DOI:
10.3390/antiox10030345
- Suzuki T, Ono Y, Bono H. Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes. DOI:
bonohulabメンバーが中心となって発表したプレプリント(査読なし)
- 2024
- Suzuki T, Bono H. Pipeline to explore information on genome editing using large language models and genome editing meta-database. DOI:
10.1101/2024.10.16.617154
- Toga K, Kimoto F, Fujii H, Bono H. Genome-wide Search for Gene Mutations likely Conferring Insecticide Resistance in the Common Bed Bug, Cimex lectularius. DOI:
10.1101/2024.08.27.607709
- Shintani M, Bono H. Meta-analysis of public RNA-sequencing data of drought and salt stresses in different phenotypes of Oryza sativa. DOI:
10.1101/2024.08.06.605779
- Uno M, Bono H. Transcriptional Signatures of Domestication Revealed by Meta-Analysis of Pig, Chicken, Wild Boar, and Red Junglefowl Gene Expression Data. DOI:
10.1101/2024.05.20.594049
- Nakamae K, Ide S, Ohnuki N, Nakagawa Y, Okuhara K, Bono H. PtWAVE: A High-Sensitive deconvolution software of sequencing trace for the Detection of Large Indels in Genome Editing. DOI:
10.1101/2024.04.17.589649
- Suzuki T, Bono H. A systematic exploration of unexploited genes for oxidative stress in Parkinson's disease. DOI:
10.1101/2024.03.11.583425
- Tamura K, Chiba H, Bono H. Triterpene RDF: Developing a database of plant enzymes and transcription factors involved in triterpene biosynthesis using the Resource Description Framework. DOI:
10.1101/2024.01.08.574260
- Suzuki T, Bono H. Pipeline to explore information on genome editing using large language models and genome editing meta-database. DOI:
- 2023
- Oec N, Hirota T, Nozu R, Bono H. Efforts to analyze pathways in non-model organisms. DOI:
10.37044/osf.io/spf3q
- Toga K, Sakamoto T, Kanda M, Tamura K, Okuhara K, Tabunoki H, Bono H. Long-read genome assembly of the Japanese parasitic wasp Copidosoma floridanum (Hymenoptera: Encyrtidae). DOI:
10.1101/2023.09.24.559078
- Nakamae K, Kakuzaki T, Yamamoto K. Machine learning of transcriptome data treated with DNA base editor. DOI:
10.37044/osf.io/zytkj
- Pico A, Ono H, Nozu R, Oec N, Bono H. BioHackJP 2023 Report R3: Expand the pathway analysis environment to non-model organisms. DOI:
10.37044/osf.io/4uskb
- Nozu R, Kadota M, Nakamura M, Kuraku S, Bono H. Meta-analysis of gonadal transcriptomes in protogynous fishes provides novel perspective into sex change machinery. DOI:
10.1101/2023.07.09.545663
- Yonezawa S, Bono H. Meta-analysis of heat-stressed transcriptomes using the public gene expression database from human and mouse samples. DOI:
10.1101/2023.04.30.537112
- Shintani M, Tamura K, Bono H. Meta-Analysis of Public RNA Sequencing Data of Abscisic Acid-Related Abiotic Stresses in Arabidopsis thaliana. DOI:
10.1101/2023.04.17.537107
- Nakamae K, Bono H. Danger Analysis: Risk-Averse on/off-Target Assessment for CRISPR Editing Without a Reference Genome. DOI:
10.1101/2023.03.11.531115
- Oec N, Hirota T, Nozu R, Bono H. Efforts to analyze pathways in non-model organisms. DOI:
- 2022
- Toga K, Bono H. Meta-analysis of public RNA sequencing data of queens and workers in social Hymenoptera and termites. DOI:
10.1101/2022.11.20.516280
- Suzuki T, Bono H. GEM: Genome Editing Meta-database. DOI:
10.37044/osf.io/wd3bu
- Tamura K, Sakamoto M, Tanizawa Y, Mochizuki T, Matsushita S, Kato Y, Ishikawa T, Okuhara K, Nakamura Y, Bono H. A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan. DOI:
10.1101/2022.09.16.508052
- Yokoi K, Wakamiya T, Bono H. Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data. DOI:
10.1101/2022.09.07.506879
- Tamura K, Bono H. Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia. DOI:
10.1101/2022.06.23.497423
- Bono H, Sakamoto T, Kasukawa T, Tabunoki H. Systematic functional annotation workflow for insects. DOI:
10.1101/2022.05.12.490705
- Toga K, Yokoi K, Bono H. Meta-analysis of transcriptomes in insects showing density-dependent polyphenism. DOI:
10.1101/2022.05.09.490177
- Ono Y, Bono H. Exploratory Meta-Analysis of Hypoxic Transcriptomes Using a Precise Transcript Reference Sequence Set. DOI:
10.1101/2022.05.01.489280
- Toga K, Bono H. Meta-analysis of public RNA sequencing data of queens and workers in social Hymenoptera and termites. DOI:
- 2021
- Suzuki T, Ono Y, Bono H. Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes. DOI:
10.1101/2021.11.01.466837
- Oec N, Bono H. Rapid metagenomic workflow using annotated 16S RNA dataset. DOI:
10.37044/osf.io/gbt8p
- Ono Y, Bono H. Multi-omic meta-analysis of transcriptomes and the bibliome uncovers novel hypoxia-inducible genes. DOI:
10.1101/2021.03.29.433661
- Bono H. Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects. DOI:
10.1101/2021.02.01.427354
- Suzuki T, Ono Y, Bono H. Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes. DOI:
bonohulabメンバーが執筆した総説・書籍(査読なし)
- 坊農秀雅編 論文に出る遺伝子 デルジーン300 PubMed論文の登場回数順にヒト遺伝子のエッセンスを一望 羊土社 2024
- 坊農秀雅 Dr.Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今 メディカル・サイエンス・インターナショナル 2024
- 坊農秀雅、小野浩雅編 生命科学研究のためのデジタルツール入門 第2版 メディカル・サイエンス・インターナショナル 2024
- 坊農秀雅 02 Slack で研究室内の情報共有を円滑に進める
- 小野浩雅 03 Googleドキュメント,スプレッドシートで書類を作成する
- 小野浩雅 09 統合TVを使って研究現場でよく使われるデジタルツールを知る,学ぶ,使う
- 米澤奏良 12 Jalviewを使って配列解析・系統樹解析をする
- 坊農秀雅 生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析道場 第2版 メディカル・サイエンス・インターナショナル 2023
- 坊農秀雅編 改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピ ヒトから非モデル生物まで 公共データの活用も充実 羊土社 2023
- 坊農秀雅 1. まずはこれだけ! 解析環境を整える
- 坊農秀雅 2. データを入手する(2)公共データの利用 〜SRA からのデータ取得
- 田村啓太 6. サンプル間で発現変動した遺伝子群の機能を推定する 〜エンリッチメント解析
- 横井 翔、坊農秀雅 7.サンプル間の類似度を比較する(1)階層クラスタリング
- 鈴木貴之、坊農秀雅 8. 公共データから興味あるデータを抽出,発現変動遺伝子群を検出する(メタ解析)(1)ikra を使ったヒトやマウスのRNA-Seq データメタ解析
- 栂浩平 8. 公共データから興味あるデータを抽出,発現変動遺伝子群を検出する(メタ解析)(2)非モデル生物の生物種間比較によるトランスクリプトームのメタ解析
- 野津了、坊農秀雅 [COLUMN]非モデル生物における機能アノテーション
- 坊農秀雅 [COLUMN]アノテーション情報とID変換 〜Gene Ontology,BioMart,Spotfire
- 小野擁子[COLUMN]ビブリオームを活用したマルチオミックス解析
- 坊農秀雅[COLUMN]RNA-Seq でのリード数はどれぐらい?
- 坊農秀雅[COLUMN]解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう
- 田村啓太、坊農秀雅 PacBio HiFiリードによるアカシソゲノム配列解読の実際 実験医学2023年6月号 羊土社 2023 DOI:
10.18958/7281-00002-0000489-00
- 実験医学増刊 Vol.40 No.17 バイオDBとウェブツール ラボで使える最新70選 小野浩雅 編集 羊土社 2022
- 田村啓太 1-9.figshare ─ 研究に関するあらゆるデータを引用可能な形で公開する p44-47
- 坊農秀雅 2-10.bioRxiv ─ 生命科学分野のプレプリントサーバー p78-80
- 鈴木貴之、坊農秀雅 3-1.NCBI Genome Data Viewer ─ さまざまな生物種のゲノム情報を視覚的に検索/解析する p87-89
- 中前和恭 4-2.CRISPOR ─ CRISPR-Cas9によるゲノム編集をデザインする p125-127
- 中前和恭 4-3.inDelphi ─ ゲノム編集で発生するインデルを予測する p128-130
- 中前和恭 4-4.PrimeDesign ─ Prime Editingによる精密ゲノム編集をデザインする p131-133
- 中前和恭 4-5.TIDE ─ ゲノム編集で発生するインデルを簡易解析する p134-136
- 中前和恭 4-6.CRISPResso2 ─ ゲノム編集サンプルのNGS解析を行う p137-139
- 奥原啓輔 Macか、Windowsか、それが問題だ pp115-120 がんゲノムデータ解析 清水厚志、坊農秀雅 編集 メディカル・サイエンス・インターナショナル 2022
- 坊農秀雅 プレプリントサーバーJxiv(ジェイカイブ)の開始と展望 DOI:
10.18958/7031-00004-0000183-00
実験医学2022年7月号 羊土社 2022 - 鈴木貴之 研究生活1年目に助けられたお役立ちツール DOI:
10.18958/7011-00007-0000167-00
実験医学2022年6月号 羊土社 2022 - 坊農秀雅 ゲノム・オミックスデータベース Precision Medicine 2021年12月臨時増刊号 ゲノム情報とオミックス情報を活用した『予防医学』
- 坊農秀雅編 メタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ 羊土社 2021
- 実験医学2021年12月号 みんなのバイオDX〜公共データの海で宝探しをはじめよう 坊農秀雅企画 羊土社 2021
- 坊農秀雅 概論―バイオDXとは何か,なぜ今バイオDXなのか
- 小野擁子, 坊農秀雅 バイオDXで発見する見逃されていた低酸素応答性遺伝子 DOI:
10.18958/6949-00001-0000838-00
- 奥原啓輔, 山本卓 「ゲノム編集」と「バイオDX」でバイオエコノミー社会を実現する DOI:
10.18958/6949-00001-0000841-00
- 中前和恭, 奥原啓輔, 山本卓 [コラム]ゲノム編集のドライ系ツール
- 坊農秀雅 Dr.Bonoの生命科学データ解析 第2版メディカル・サイエンス・インターナショナル 2021
- 坊農秀雅編 バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ 羊土社 2020
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