1. Moving to M1 Mac

    M1 Macへの引越

    最新のMacBookPro(MBP)などのCPUがM1に変更され、これまで本やブログに書いてあったことがそのままで動かなくなっている。 そのせいか、個 …

  2. Plan 2022

    2022年の計

    明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。

  4. December2021

    2021年12月を振り返って

    大学の出勤日は今日28日まで、自分の出勤日は実は24日までだったということで、今年も少し早めの12月の振り返りエントリ。

    先月から引き続き、来客やこちらから出かけて …

  5. It's been a hard week 21

    2021年末、怒涛の1週間

    月火水、東へ西へそれぞれ別の2つの出張。 後半の木金は来客という怒涛の1週間。 そして、土には久しぶりに温泉インフ …

  6. Nights in hotels 2021

    2021年出張外泊数

    去年(2020年)は15泊だった出張外泊数。 コロナの影響を受ける前の1月から3月までで14泊なのに対して、その後（＝転職後）4月以降はわずか1泊であった。

    今年2021年も偏っており、1-6月までで0泊。 その後、7月1泊、8月5泊、9,10月がそれぞれ0泊、11月3泊、12月2泊ということで、合計11泊ということで確定 …

  8. Wise2

    Wise2で直接DNA-protein alignment

    EBIのdirector Ewan Birneyによる、DNA-protein配列をpairwise alignmentするプログラムWise2はBiocondaにあってインストールは簡単だが、動かすのはちょっと大変かも。

    まず、アミノ酸置換行列とコ …

  10. Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes

    トランスクリプトーム公共DBのメタ解析による酸化ストレスおよび低酸素ストレス応答遺伝子の比較論文

    ほぼ1ヶ月前に投稿と同時にbioRxivで公開した論文が査読論文誌であるBiomedicinesに出版された。 火曜日にaccepted、木曜日の夜にProofreadingが送られてきて、それを翌金曜日の午前に …

  20. A new way of training students

    新しい大学院生の育成方法

    2021年4月に入学した博士課程前期の大学院生による以下の論文がbioRxivから公開された。 今回はなぜか通常は24時間程度で終わるbioRxivのスクリーニングに時間がかかり、uploadしてから60時間目にメールが来るというのはこれまでの最長記録だったが。

    Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes https://doi.org/10.1101/2021.11.01.466837

    公共DBから集めてきたヒト培養細胞の低酸素トランスクリプトームに対して先輩の大学院生が論文化し …

  21. October2021

    2021年10月を振り返って

    先月末で緊急事態宣言が解除されて、研究者の行き来が再開。 そういうわけで多くの共同研究者に東広島に来てい …

  24. BMS seminar 2021

    所属プログラム必修のセミナー

    ということで、現在のラボの学生3人全員（M1,D1,D2それぞれ1人）が集合した初めての機会となった。 みなさ …

  25. Getting cold immediately 2021

    急激に寒くなった日曜日

    暑い日がダラダラと続いていた2021年の秋。 数日前まで夜もクーラーをつけるかという日々だったのに、急に寒 …

  27. Web interface for BLAST in DDBJ suspended

    DDBJのBLASTウェブインターフェース停止

    今日2021年10月15日に以下のようなアナウンスがDDBJよりあった。

  29. Lunch at Gakusei-Kaikan

    学生会館でランチを

    朝に（学生）会館食堂が土曜日もやっていること、そして他の食堂よりも多く集客したいというtweetを見て …

  30. Mk1C is come

    Mk1Cがやってきた

    7月末に発注してから2ヶ月以上かかってようやく、MinION Mk1Cが納品。 去年2020年の12月にMinION Mk1Bを買って以来。

    そしてタイミングの良いことにNanopore sequencingを（なぜか私が）教える会に間に合った。

  32. BioDX special issue in JikkenIgaku

    実験医学バイオDX特集

    今では唯一の生命科学系月刊紙となった実験医学でバイオDXの特集を企画。 単行本はこれまで出してきたもの …

  33. Symposium105 21

    トーゴーの日シンポジウム2021

    10月5日は、トーゴーの日。 昨年に続いて、トーゴーの日シンポジウムもオンラインに。 去年の状況 …

  35. We are all alone

    bonohulab1年半

    bonohulabを始めてから今日2021年10月1日で1年半。 そんなに感慨らしきものはなく、むしろ、なんとか科研費の申請書を仕上げたという感じの …

  37. September2021

    2021年9月を振り返って

    先月から引き続いての緊急事態宣言。 どこにも行けないし、来てももらえない日々再び。 しかし、翌月から始まるバイオイ …

  40. zotero can export a file in bibTeX format

    ZoteroでbibTeX出力

    最近は、論文の引用リストを作るのに大変お世話になっているfreeの引用管理ソフトZotero。 実はエクスポートのフォーマットにbibTeX形式も選ぶことができる。

    それを …

  41. Cancer-Hypoxia 21

    がんとハイポキシア研究会　オンライン講演会2021

    第3回の2006年以来ほぼ毎回参加してきたがんとハイポキシア研究会。 それから今年でもう15年にもなるが、COVID-19の影響で去年に引き続いて今年も研究会はオンサイトでは開催されず。 だが、研究 …

  45. August2021

    2021年8月を振り返って

    先月からまたCOVID-19感染者が増えて、月末にはまた緊急事態宣言。 そんな中、転職して初めてのお盆休みをとることができ、また月末には …

  48. BH21.8

    国内版バイオハッカソン BH21.8

    コロナ禍のバイオハッカソン2回目。 今年も本来なら国際版のそれをやるところを国内版 …

  49. Developing new ideas based on study of the past

    温故知新

    Agilentさんのウェビナーシリーズ、アジレントゲノミクスVirtualユーザーミーティングで講師をすることに。 トランスクリプトーム解析編ということで、「ゲノム編集時代のトランスクリプ …

  50. Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing ACE2 via AHR signal published

    AHRシグナルを介したACE2の抑制によるSARS-CoV-2感染のin vitroでの抑制

    2021年3月にbioRxivにアップロードした論文、

    Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting enzyme 2, via aryl-hydrocarbon receptor signal. https://doi.org/10.1101/2021.03.04.433658

    が、査読論文誌にpublished。

    Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting enzyme 2, via …

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