2022年度科研費開始

つい先月、今年度の科研費（挑戦的研究）が採択され、その最初の事務処理を終えたばかりだが。

応募〆切の繰り上がりにより、この暑いはずの …

git pushできなくなった!?

2021年8月13日でパスワードアクセスができなくなる、それは知っていた。 で、事前にpasswordの代わりとなるTokenの準備までしていた。 しかし、git pushした途端、

remote: Support for password authentication was removed on August 13, 2021. Please use a personal access token instead …

第61回生命科学夏の学校オンライン開催のみに

生化学若い研究者の会による第61回生命科学夏の学校が2021年8月27〜29日に愛媛県松山市にて開催され、その2日目の28日に行われるシンポジウム「データの統合と共有」にてお話しさせていただくことになって …

コロナウイルスワクチン注射2回目

職域接種で、2回目。 　

2回目わず。ワクワクチン◯ン！ pic.twitter.com/JQmd53abz9

— トクニンティヌス (@bonohu) July 31, 2021

特にその場で …

2021年7月を振り返って

先月から出ていた緊急事態宣言などの規制が解かれて、今年度初の出張をすることができた月だった。 また、外部の …

2021年度初出張

前回の2020年度初出張（にして唯一の出張）以来、実に7ヶ月ぶりの出張。 もちろん、20201度初の出張。 本来であれば、日本ゲノム編集学会第6回大会などの出張もあったは …

Dockerを使うべきか、使わざるべきか

AlphaFoldの論文発表で、これをDockerで動かすというのがtwitterで話題になっていた。 Dockerで新規なツールを動かしてみることはだいぶ普及してきたのかなあ、と思う一方で意外にもそうでもないということを一連のtwitter timelineで知ったり。

思い起 …

オンラインでない議論も重要

共同研究者の方がいらしてくださり、オンサイトな議論。 オンラインで済むことも多い …

梅雨明けしたはずだが

今年2021年、居る地域は7月13日に梅雨明けと宣言されたものの、その後2日続けて時折雷雨の天気。

よくあるように、すぐにかんかん照りの夏日とはならず、ある意 …

停電その後に

雷による職場の停電。 すぐに電気は復旧したものの、ネットワーク接続が30分ちょい復活せず。

また、自宅も停電したようで …

Zoomで作成した講義動画のサイズ

私の講義動画作成方法で紹介したZoomを使ってひとりオンラインミーティングをして、それを動画として収録した動画はサイズが1680 x 1050となってて、変わったサイズだなあと …

16年ぶりの科研費研究代表者

令和３(2021)年度科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金）（挑戦的研究（開拓・萌芽））の交付内定の通知があり、萌芽 …

第61回生命科学夏の学校

生化学若い研究者の会による第61回生命科学夏の学校が2021年8月27〜29日に愛媛県松山市にて開催される。

お待たせいたしました！
第61回生命科学夏の学校 開催と申込スタートのお知らせです！🌻

今年 …

バイオDXウェブサイト公開

広島から世界最先端のバイオエコノミー社会を実現するBio×Digital Transformation（バイオDX）産学共創拠点（JST 共創の場形成支 …

レイアウト変更2107

去年(2020年)の10月にデスクを2つもらい受けて入れてあったところからのレイアウト変更。 さらに +=3 して、結果としてデスクは5つに。 3ヶ月前までボッチラボだったのがウソのようだ。

そして、電源タップが実は足りないことに気づ …

ROIS-DS-JOINT 2021 採択

ROIS-DS-JOINT 2021に研究代表者として提案した研究課題「ゲノム編集データ解析のための公共データの統合化ワークフ …

2021年6月を振り返って

先月に引き続き、緊急事態宣言が継続してなかなか外部との接触がない月だった。 このブログをホストしているサ …

モデルギクの染色体レベルのゲノム配列

6倍体栽培ギクのリファレンスとなる2倍体のモデルギクGojo-0 (Chrysanthemum seticuspe)の染色体レベルのゲノム配列の論文がbioRxivから公開された。

A chromosome-level genome sequence of a model chrysanthemum: evolution and 1 …

コロナウイルスワクチン注射1回目

職域接種が叶い、2021年6月26日(土)午後4時ごろに第1回目のコロナウイルスワクチン第1回目の注射をしていただきました。 　

1回目だん pic.twitter.com/rOCAk2z1eR

— トクニンティヌス (@bonohu) June 26, 2021

特にその場では …

広島大学先端科学セミナー「“ゲノム編集”で未来社会を拓く」2021年度第1回目

年度が変わってすぐに卓越大学院プログラムでやって …

日本ゲノム編集学会第6回大会

オンサイトで福岡で開催の予定が、オンラインになってしまった。 去年、中止になってしまっ …

Polysulfide-HIF論文 published

関西医科大学の広田さんとの共同研究論文が出版。 Polysulfide（多硫化物）がミトコンドリアを介して低酸素における低酸 …

カイコリファレンストランスクリプトーム論文出版

bioRxivに論文を公開してあったため、すでにデータは公開されていたカイコリファレンスト …

バイオDXの宣伝動画

約2ヶ月半前に取材していただいたBio×Digital Transformation (バイオDX)のアウトリーチ動画の編集作業が終わり、いつの間にか、公開されてた。 しかもYouTubeに。

共創の場 …

2021年5月を振り返って

これまでとは違って学生や研究員がラボに常駐しているので、彼らとの議論なども散発的にあって、一年前とは大 …

おそうじスリッパ

自分用の家のスリッパがそろそろダメで買い換えようとしていた時に見つけたこれに。

掃除効果 …

サヴァ缶

最近、このシリーズのレモンバジルパスタソースがお気に入り。 そこで、本家のサヴァ缶もということで。

缶詰 …

初めてのプレスリリース

今月（2021年5月）に出版された低酸素刺激の有無（低酸素vs常酸素）のトランスクリプトームデータとgene2pubmedの情 …

データ公開は人のためならず

これまで自分が出してきた論文では、公共塩基配列データベース(DDBJ,Sequence Read Archive(SRA))や遺伝子 …

論文マグカップ

自分がcorresponding authorの、自ラボから出た論文が出始めた。 twitterでも話題になっていた論文マグカップをbonohulabでもやってみたいと思ったが、コロナ禍の状況で海外のサービスを使ってオーダー …

低酸素トランスクリプトームとビブリオームの統合メタ解析論文

bioRxivで公開した論文が査読論文誌であるBiomedicinesに出版された。 前回の研究で使 …

広島大学先端科学セミナー「ゲノム編集で未来を拓く」

「バイオインフォマティクスがどのようにゲノム編集に利用で …

ナナフシ中腸比較トランスクリプトーム論文公開

2021年5月13日、かねてより取り組んできたナナフシの中腸トランスクリプト …

失われたファイルを求めて

ググったら、なんと出てきた。

以前個人のウェブサイトで公開していた自分のD論のPDFであるが、マシ …

2021年4月を振り返って

先月までとは打って変わり、ラボに人が常駐するようになった。 まずは彼らとやるべき課題を一緒に考え、そしてそ …

Bono本第2版ベストセラー？

1ヶ月前に出版された「Dr.Bonoの生命科学データ解析」(Bono本)の第2版であるが、ベストセラーマークが付いていた。 しかし、そのベストセラーなカテゴリーを見ていると…。

お、ベスト …

ハダカデバネズミの2つのMR遺伝子論文

Diversification of mineralocorticoid receptor genes in a subterranean rodent, the naked mole-rat. https://doi.org/10.1530/JME-20-0325

ハダカデバネズミの2つのミネラルコルチコイド受容体遺伝子論文が査読論文誌である Journal of Molecular Endocrinology に出版された。

学振 …

論文投稿ラッシュ

今週は、コラボ関係で論文が2本投稿された。 bioRxivへアップして、そして投稿という流れができつつあって、とてもいい感じ。

そうい …

RNAseqレシピ本第3刷

「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（略称、RNAseqレシピ本）の第3刷が送られてきた。 2019年11月末に上梓、2020年3月に第2刷をしたので、ちょうど1年ぶりに。

RNA-Seqデータ解析に特化したコンテンツで、同時期に出たDRY解析教本2にもRNA-Seq解析の章があったにもかかわらず、第3刷を出すことになるほどの売れ行き。

出版から1年後の2020年末にはAnnual Updateも公開され、売れ行きに拍車がか …

ボッチラボではなくなった

新年度（2021年度）を迎え、bonohulabも新しいメンバーを4人も迎えることとなった。

210401 統合生命科学研究科 ゲノム編集先端人材育成プログラム（卓越大学 …

2021年3月を振り返って

この3月は、年度末であることと、春の学会シーズンということもあって、外部講演が3つもあった。

1. 「データ駆動型ゲノム育種技術の …

新しい生活様式で新しい論文出版様式

2020年10月に入学した大学院生（社会人ドクター）による以下の論文がbioRxivから公開された。

Multi-omic meta-analysis of transcriptomes and the bibliome uncovers GPR146 as the novel hypoxia-inducible gene https …

酒都移転1年

今日で酒都西条に移転して丸1年。 職種の関係上、引きこもり生活になることが予測されていたが、COVID-19の影響でより完全に出張のない新しい …

独習 Pythonバイオ情報解析 出版

2週間ほど前のエントリの通り、独習 Pythonバイオ情報解析が出版された。 ご恵送、大変ありがとうございました。

先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム …

オンサイトセミナーの効用

年度の終わりではあるが、近くの研究所でセミナー。 オンラインのセミナーは何回かあっ …

デジタル細胞生物学

「デジタル細胞生物学」が出版された。 早速ご恵送いただく。ありがとうございました。

原著の題名は …

Bono本第2版序文

「Dr.Bonoの生命科学データ解析」(Bono本)が出版された。

そして、序文が公開されている。 それが出版社のウェブサイトだけでなく、Amazonにも。 というわけで …

借りを返す

有給休暇取得5日達成、ということで。 自覚症状あるぐらいの、大変良いリフレッシュに。 このようなリフレッシュ …

Bono本第2版落手

予告エントリにもあった通り、「Dr.Bonoの生命科学データ解析」(Bono本)の第2版が完成、あの震災からちょうど10年目の今日に手にとった。 中身は散々みて直したわけだが、実物となって素晴らしい表紙の …

TapeStation他納品

これで自ラボでRIN値が測定できるように。 外注でRNA-Seq出す時にサンプルのRIN値を求められることが多く、そこがメインの目的であったが、説明を聞いてみるとそれだけではない色々が。 大昔に使 …