サンプリング大会

自分は最初と最後だけだったが、現場まで2往復してバトンを渡す。 どちらかというとサンプリングリレーかもしれない …

独習 Pythonバイオ情報解析

これもまた、Twitterでその出版予定を知る。 2021年3月末に出版されるらしい。 副題が「Jupyter、NumPy、pandas、Matplotlibを理解し、実装して学ぶシングルセル、RNA-Seqデータ解析」で、 出版社のこの書籍のページの説明文に曰く …

AHRシグナルを介したACE2の抑制によるSARS-CoV-2感染のin vitroでの抑制

メンバー的には以前からの共同研究者との研究だが、広島に来てから始めた共同研究。 bioRxivにアップロードされたのが公開。

Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting …

Bono本第2版第1報

出版から3年経って、多くのウェブサイトがHTTPS化したことや、URL自体が変わってしまっていることなど、気がついたアップデートは山ほど見つかった。 これらは出版社に連絡して …

2021年2月を振り返って

緊急事態宣言継続で引きこもりも継続だったが、大学や大学院の研究発表会の季節ということでそれを嘆く暇も …

Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版 出版

前にぼうのブログのエントリでも言及した、Pythonによるバイオインフォマティクス原著第2版が出版された。 そのせいか、ご恵送いただいた。ありがとうございまし …

CWL使ってHISAT2

約1年前にも似たようなことしていた（作成したCWL ツール・ワークフローを実際に動かしてみた）が、HISAT2をインストールしてない新しい環境で動かす必要が出てきて。

Common Workflow Language(CWL)に関しては、上述の過去のブログや次 …

Catalinaの罠（Java編)

リモートからラボのmacOS Catalina(c10.15.7)なマシンにsshして計算させているときに。 なぜか、いつもはすぐに実行されるプロセスが開始しない。 おかし …

昆虫における酸化ストレス刺激のメタ解析

公共データベースからストレス刺激のtranscriptomeを集めてきてメタ解析をする研究をずっとしてきて、2020年1月に最初の査読論文を公開した(DOI: 10.3390/biomedicines8010010)。

そのシリーズ第二 …

2021年1月を振り返って

緊急事態宣言発令により、出張が全てキャンセルになってしまった。 職場のエリアには出なかったものの、出張先が …

第31回日本疫学会学術総会

第28回疫学セミナー「ゲノム・オミックス解析技術の疫学研究への展開」にて

疫学研究における生命科学データベース利活用

と …

完全長16S rRNAをMinIONでアンプリコン配列解読

ヒト腸内細菌叢でそれを試したところ、種レベルの解像度で細菌の同定ができるという共同研究論文が …

Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版

Twitterでその出版予定を知る。 2021年2月末に出版されるらしい。

BioPythonの本が出ます Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版 / Sebastian Bassi 　著 樋口 千洋　監訳 石井 学　大川 和史　玉木 聡志　樋口 千洋　堀田 倫英　山根 健治　訳 | 共立出版 …

Anaconda パッケージリポジトリが「大規模な」商用利用では有償に

Twitterで流れてきて知る。 確かに最近Anacondaでのインストールが一発ではうまくいかないことが多く、数回時間を置いてから実行することが増 …

道場本重版

2020年の年末に生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場(道場本)の重版するという連絡が出版社からきた。

それが今日、出版社にブツが …

今日のワンライナー

今日重宝したワンライナー。

gene1
gene2
gene3
...

みたいなfile.txtというファイルに書き込まれた改行区切りの …

今日のワンライナー

今日重宝したワンライナー。

gene1 -2.0
gene2 -1.5
gene3 1
...

みたいなデータから-1以下の行だけ抽出。

% perl -anle 'print $_ if(@F[1] < -1)' DEG.txt

Gene …

共同研究論文が Antioxidants 誌に出版

初出勤よりも早く、査読ずみ論文として、関西医科大学の広田さんとの共同研究論文が出 …

2021年の計

明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしている「一年の計は元旦にあり」。 今年 …

2020年を振り返って（後編）

2020年の振り返り、「前編」に引き続き。 こちらでは主に、今年の年頭に書いた「2020年の計」に沿って、今年2020年を振り返ってみたい。

1 公共DBのメタ解析結果にもとづいた新しい研究方向性を見出し、その筋道をつける

2 そこ …

2020年を振り返って（前編）

もう今年(2020年）も振り返りエントリ。 2020年は13年ぶりに転職したので、盛りだくさん。 年頭の「2020年の計」に対する振り返りは「後編」にて。

まずはいうまでもな …

2020年12月を振り返って

書類上の出勤日は昨日28までということで、少し早めの12月の振り返りエントリ。

先月からの流れで、（ウェットな）実験室整備を着々と進めた2020年12月であった。 特に注文していたMinIONが届いたり。

そん …

機械学習を生命科学に使う!

ヒトゲノム解読プロジェクトが始まった1990年代から、ニューラルネットワークや隠れマルコフモ …

Python インタラクティブ・データビジュアライゼーション入門

この本の作成時に査読をされた、という辻さんのtweet

『Pythonインタラクティブデータビジュアライゼーション入門』
査 …

2020年出張外泊数

2014年から去年(2019年)までの6年間では単調増加だった「仕事で外泊」した日数は、2019年には91泊にも達した。

今年はコロナと転職して職種が変わったこともあり …

ゲノム編集まるわかりBOOK

現在の所属のゲノム編集イノベーションセンターのセンター長より、アウトリーチのリソ …

街のスキマ植物図鑑

実は、大学院で理学研究科生物科学専攻を出てて、しかも今も生物科学科の教員もしているにも …

第2回SPARC Japan セミナー2020「プレプリントは学術情報流通の多様性をどこまで実現できるのか？」で講演

オールオンラインで企 …

ナノポアがやってきた

発注してからちょうど丸1ヶ月で、MinIONが納品。

そして約15年ぶりに、自ラボでのウェット＆ドライ復活。

MinIONがやってきた pic.twitter.com/FlGlNOGSoS

— bonohu / ぼう …

共創の場形成支援プログラム「育成型」採択

2020年4月に東広島に来た当初からその構想を練り、準備して来た「共創の場形成支援プログラム」に広島大学が代表機関とし …

RNAseqレシピ本 Annual Update 2020

「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（略称、RNAseqレシピ本）が出版されて１年が経った。

Mac界隈は相変わらず日進月歩である。 その短い間に新しいバージョンのOSが2度もリリースされて、デフォルトのシェルがbashからzshに変更されるなど、RNAseqレシピ本販売直後から「書いてある …

2020年度初出張

転職後初の出張で、古巣へ。 つまり、2020年度初の出張ということなのだが、去年度まで100日近い出張宿泊日数であった自分。 それからすると、激変した今年であったわけで。 COVID-19が主な原因ではあるが、転職というのも …

年会の新しいスタイルを模索しよう

第43回日本分子生物学会年会（ブンセー）は、多分に漏れず、オンライン開催だった。 去年の年会最終日のブロ …

Evolutionary insights into Mariner-like elements in Apis species

着任後まもない、この4月に一度bioRxivにアップロードしてあったApis（ミツバチ属）のMariner-like elementに関する論文（プレプリント）をアップデート。 とはいえ、ほぼ全 …

2020年11月を振り返って

9月から本格的に取り掛かってきた卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズのオンデマンド講義の収録が終わり、それらの公開もま …

汝の隣人を愛せよ

これまで足を踏み入れたことがなかった学内の研究所にお邪魔して実験機器を見せてもらい、色 …

根回し重要

本日、2つの講演依頼が来た。 1つはかねてより他の機会にその話を聞いていたもの、他方は今日初めて「寝耳に水」的にしかも学会事務局から事務的に来たものであった。 結果は言う …

芸は身を助く

卓越大学院のバイオインフォマティクス講義の最終回がオンデマンド配信され、講義が終了した。 10月の最初から週2回で配信が順に開始され、2ヶ月かけて全15回の配信が11月末の25日に完了した …

キャンパス内徘徊

毎週末やっていたバイオインフォマティクス講義の収録も先週で完了したので、物理的にも精神 …

FANTOM20周年論文公開

2020年11月19日、Nucleic Acids Research のdatabase issueに FANTOM resource の論文が公開された。

FANTOM enters 20th year: expansion of transcriptomic atlases and functional annotation of non-coding RNAs https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1054

論文の内容に関しては …

第2回SPARC Japan セミナー2020「プレプリントは学術情報流通の多様性をどこまで実現できるのか？」

今年はオープンアクセスウィ …

がんゲノムデータ解析再現担当募集

このたびMEDSiからがんに特化したゲノム・オミックス解析の本を出すことになりました。 つきましては、再現 …

バイオインフォマティクス講義収録終了

9月の中頃から始めた卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズ全15回の収録を終た。 収録にほぼ …

ハダカデバネズミの褐色脂肪論文

Characterization of brown adipose tissue thermogenesis in the naked mole-rat (Heterocephalus glaber), a heterothermic mammal https://doi.org/10.1038/s41598-020-74929-6

2020年4月末にbioRxivにプレプリントとして公開されていたハダカデバネズ …

第14回広島大学ホームカミングデー

広島大学ホームカミングデーのウェブサイトによると

広島大学ホームカミングデーは、広島大学と広島大学校 …

2020年10月を振り返って

これのためにここにいると言っても過言でない。卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズがついに …

バリアントレシピ本出版1ヶ月

2020年9月25日に「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」（以下、バリアント …

TUAT insecta論文公開

2020年10月15日、TUATinsectaデータベースの論文が公開された。 昆虫とそれが食べる植物（食草）の関係をデータベース化して、そこから見つけてきたこ …

バイオインフォマティクス講義収録折り返し

9月の中頃から始めた卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズ全15回の8回目の収録を終え、ようや …

オンライン酒まつり2020

2020年10月10,11日はオンライン酒まつり2020ということで。 先日買ってきた限定酒で独り酒まつり。

Happy online sake matsuri 2020 …