忙しい人のための代謝学

とあるきっかけで、忙しい人のための代謝学〜ミトコンドリアがわかれば代謝がわかる 田中 …

ゲノム編集で2020ノーベル化学賞！

昨年2019年10月7日に低酸素研究で共同研究者たちの師匠であるGregg L. Semenza先生が2019ノーベル生理学・医学賞を受賞された。 奇しくもその2週間前に日本癌学会学術総会と関西医科大学でダブルヘ …

オンラインのトーゴーの日シンポジウム2020

10月5日は、トーゴーの日。 今年でついに10回目だが、やはり今年はトーゴーの日シンポジウ …

酒まつり2020前哨戦

10月1日にお客さんを連れて賀茂鶴さんに行くと、日本酒の日、ということで。

10月1日は日本酒の日ということで、奮発して「酒まつり2020純米大吟醸 広系酒33号」をhttps://t.co/1bQjg8vWX1 pic.twitter.com/gdsaISuqKo

— bonohu …

第79回日本癌学会学術総会

今年2020年の癌学会学術総会は、広島での開催だった。 ちょうど自分が広島に異動して、いいタイミングで多くの人と再会し、またその前後 …

ぼっちラボでなくなった?

大学院は10月入学もありまして。 生命医科学プログラム博士課程後期の社会人大学院生として入学された小野 …

2020年9月を振り返って

ついに来月10月からとなった本務中の本務である卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズ全15回の準備がメインの毎日。 オンデマンド対応が必要となって、収録 …

WSL2でバイオインフォマティクス

Windows Subsystems for Linux2(WSL2)を使って、ubuntuをインストールしたことは2ヶ月ほど前のエントリに書いた。 その際、いくつかのツールがaptの仕組みを使ってインストールできることも確 …

道場本出版1年

今日(2020/09/26)で日本癌学会学術総会の会場で売り始めてから丸一年。

その間、転職によって自分の立場も …

バリアントレシピ本発売開始

ついに本日、2020年9月25日に「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」（以 …

私の講義動画作成方法

講義動画作成に頑張っていらっしゃる学校の先生方、おつかれさまです。 今年度からは自分も …

純米吟醸まぼろし

昨日のエントリで紹介した大長檸檬酒の中尾醸造と言えば、まぼろし。

まずは、お膝元の道の駅たけ …

大長檸檬酒

「おおちょうレモンしゅ」と読む。 客人がお土産として買って、逆に勧められた逸品。

メーカーの中尾醸造さん …

バリアントレシピ本の想定読者

いよいよ来週末の2020年9月25日に「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人 …

バリアントレシピ本の章立て

今回出版する「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」は …

酒米ハンドブック

「ハダカデバネズミのひみつ」で紹介されているdebalabがちょうど熊本に移り始めた時に、その熊本で開 …

（執筆は2020年）

ゲノムと私の四半世紀

今年(2020年)、大学院に入ってからちょうど四半世紀、丸25年を迎えて区切りの年を迎えている。 以前(2005年)に研究活動10年の節目にRNAと私の10年を書いた …

バリアントレシピ本とは

2019年11月に出版した「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（RNAseqレシピ本）は、お披露目になった日本分子生物学会年会の書籍販売ブースでも一番の売り上 …

ハダカデバネズミのひみつ

国内版バイオハッカソンBH14.14の帰りにふと北大に寄り道したことがきっかけとなって …

Interview バイオ×デジタル

初のbonohulab紹介記事「バイオとデジタルの融合 バイオインフォマティクス」を、凸版印刷さんが出されているソー …

バリアントレシピ本第一報

2019年末より企画を開始して、多くの達人たちに依頼してきたバリアントデータ解析のレシピが詰まった本が「バリ …

2020年8月を振り返って

ひき続き予算獲得のための諸々と10月からのバイオインフォマティクスの授業準備がメインの毎日。 中旬は世間は夏休みだったが、体のメンテナンスのため有給休暇を（転職後初めて …

第2回東広島100人論文

東広島市産学金官連携推進協議会、広島大学学術・社会連携室によるイベント。 そのウェブサイトによる説明は …

ゲノム編集のウェビナー参加

広島大学大学院統合生命科学研究科山本先生と佐久間先生によるゲノム編集に関す …

東京往還

通院で、約半年ぶりに東京というか関東へ。 前日の仕事終わってから飛んで宿泊という一泊二日のコース。 大 …

ゆかり®味のり

朝食のご飯のともにいろいろな味付海苔を試してきたが、結果としてやま磯というローカルな味付海 …

連敗中

野球の話じゃなくて、自分のこと。 なかなかにむづかしい、研究費獲得。

もちろん現職は卓越大学院の教育が本務 …

統合牧場復活に向けて

人材育成の話の流れから、いつもこの話になる。 そう、「統合牧場 (togofarm)」を現職場でやろうという。 しか …

「ゲノム編集とはなにか」出版

講談社ブルーバックスから広島大学大学院統合生命科学研究科 山本卓教授による「ゲノ …

理系のアナタが知っておきたいラボ生活の中身〜バイオ系の歩き方

研究室生活（ラボライフ）を説明するのにいいリフ …

広島大学オンラインオープンキャンパス2020

Withコロナの状況でのオンラインオープンキャンパスが今週(2020/08/17-23)開催されている。

https://open.campus.hiroshima-u.ac.jp/

からアクセス可能。

ちなみにゲノ …

データ視覚化のデザイン

データ可視化関係で、データ視覚化のデザインという新刊があると聞いて、買ってみて読ん …

応用昆虫学の教科書

今年(2020年)に「応用昆虫学」の教科書が全面改訂されて出版されたということで、それを購入して勉強 …

TransDecoderをDocker上で実行してみたが

Trinityがうまくいったので、その塩基配列をアミノ酸配列に変換するTransDecoderを。 BiocontainersのTransdecoderを使わせてもらう。

#!/bin/sh
docker run --rm -v `pwd`:`pwd` quay.io/biocontainers/transdecoder:5.5.0--pl526_2 TransDecoder.LongOrfs \
-t `pwd`/$1 …

TrinityをDocker上で実行する

新しいマシン環境で de novo transcriptome assembly のためにTrinityを動かす必要が出てきた。 Trinityをインストールするには多数のツールを入れる必要がある。

まっさらな環境に一度入れるだけならそれでいいのだが、他のプログ …

広島で8月6日

実は広島県人クオーターな私は、小さな頃からこの8月6日という日にあったことを学校教育だけでなく、親類にも刷り込まれて生きてきた。 そういうこともあ …

侵略! 外来いきもの図鑑

今の勤務先になって、以前よりも昆虫をはじめとする生き物に遭遇することが多くなり。 自分 …

セミハンドブック

2020年4月からの勤務地は、梅雨の最中からヒグラシが夕方に大合唱。 セミの鳴き声を聴く機会が以前にも増して多くなっ …

2020年7月を振り返って

ひき続き予算獲得のための諸々がメインの毎日だが、共同研究者の来訪が相次いだ7月だった。 ようやく、この7月になって外部資金も一つ獲得できた。

そし …

遺伝子関連Web情報検索本第2版

医療に役立つ 遺伝子関連Web情報検索 第2版が出版。 実は、事前にご恵送いただいていた。 より多くの人に遺伝子関連 …

FANTOM6論文公開

2020年7月27日、Genome Research に FANTOM6 の最初の論文が公開された。

Functional Annotation of Human Long Non-Coding RNAs via Molecular Phenotyping https://doi.org/10.1101/gr.254219.119

論文の内容に関しては理化学研 …

WSL2 のインストール

先週届いた ThinkPad P15s に、Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2)のインストールをついに完了。

実は、届いてすぐにqiitaの記事「WSL2導入｜WinアップデートからWSL2を既定にするまでのスクショ」を参考に …

iconv

TIBCO Spotfireで出力したデータそのもののテキストファイルはそのままではlessで見るとテキストなのに文字化け。 なのにvimで開くとバッチリ見える。 それはUTF-16になっているからのようで、普通にテキストファイルと …

TogoEx report in the BioHackathon Europe 2019

昨年(2019年)の秋に参加したBiohackathon Europe 2019 での TogoExグループの報告が2020年7月13日、BioHackrXivにプレプリントとして公開された。

TogoEx: the integration of gene expression data https://doi.org/10 …

賀茂鶴 純米酒仕込 梅酒

今月(2020年7月)から移動解禁になったところも多く、東広島に来てくれたお客さんを西条酒蔵通りに …

出汁醤油道楽

kikkomanというとアメリカでは醤油が出て来るほど、醤油はキッコーマンが一番メジャーだというのはもちろん知っているが、日本各地で地域特色を生 …

タワー式電源タップ

7月になって来客が増えて来た。 その度にお客さんから「これは何？」と言われるのが、このタワー式電源タップ。

USBポートの給電も直接できて、アダプタいらず …

ROIS-DS-JOINT 2020 採択

ROIS-DS-JOINT 2020に研究代表者として提案した研究課題「ゲノム編集データ解析のための公共データの統合化ワークフ …

Marp再び

昨年ぐらいまではこのMarpをmarkdownエディタとして愛用してきた。 しかし、エディタ機能はディスコンということで、Visual Studio Code(VS Code)を使うようになり、現在もVS …

ゲノム編集とはなにか

講談社ブルーバックスから広島大学大学院統合生命科学研究科 山本卓教授による「ゲノム編 …