ハダカデバネズミの老化細胞死論文

Senescent cell death as an aging resistance mechanism in naked mole-rat https://doi.org/10.1101/2020.07.02.155903

2020年7月4日、プレプリントとして公開され …

重要なのは対面の議論

出張が解禁になって、訪問者が増えてきた。 その人たちとの議論がとても重要だと今更ながら …

2020年6月を振り返って

予算獲得のためにいろいろ考えたり、書き物したりの毎日だった6月。

リモート参加しようと思っていた今月のSPARQLthonであるSPARQLthon93 …

ノートパソコンスタンド導入

MacBookProでの作業はもう長い間やっているものの、長時間同じ姿勢を取ってしまいがち。 そこで自然と、体勢を変えたりして体が固まら …

仕込み

県外から初の来客。 そういうわけで、やはり初の街のご案内。 数ヶ月前にも自分が紹介される側で来たのだが、今 …

2020年5月を振り返って

StayHomeで家に缶詰の大型連休はかなり久しぶりではないだろうか。 その前から在宅続きのため、より長く感じたのは私だけではなかろう。

前半は、初の担当分の大学院講義の準備。 こ …

生徒のいない初授業

大学に転職して1ヶ月半、ついに本日(2020/05/15)についに初授業。 「先端生命技術概論」という毎回違う先生が …

ゼロから実践する遺伝統計学セミナー

異動する前に出版社の方からご恵贈いただいていたのだが、バタバタで見さ …

食器洗い乾燥機導入

Stay Home励行ということで、自炊が増えて、洗い物が増えた。 なかなか大変ということで、食器洗い乾燥機を検討してみよ …

研究・教育遍歴

2020年5月現在。

大学

生物に興味を持つも、具体的に何をやりたいかは決めきれずに東京大学理科２類に入学。 進学振り分け …

ルンバ復活

6年前に買ったルンバ871。

他の掃除機との併用ぐらしでそんなに利用頻度は高くなかったものの、すぐに充電切れになるように …

追悼James Taylorさん

TwitterにGalaxyの生みの親であるJames Taylorさんがなくなったと流れてきて、驚きを隠せなかった。 彼とは去年(2019年)のCold Spring Harbor Laboratoryでの The Biology of Genomes で会って、彼のポスター …

オープンアクセスと私

(2020年5月加筆)

オープンアクセス(Open Access)がこれほどまで広く、一般的になるとは思っていなかったのが正直 …

2020年4月を振り返って

怒涛の1ヶ月が終わろうとしている。

ラボの立ち上げということでほぼゼロから始めていたものの。 移ってきてすぐに周りのラボの方との挨 …

bonohulabウェブサイト

bonohulabのウェブサイトは、着任当初は来たばかりで大学で提供されているサービス等全くわからなかったこともあって、自鯖上に作った …

プリズナートレーニング開始

ようやく、生活も落ち着いてきたと思ったら、「週末・平日に関わらず外出を自粛」要請と …

bonohulabの立ち上げ

埼玉医大でのきしょいラボ(2003年)やDBCLS(2007年)など、新しい研究室のセットアップをこれまで何度か経験してきたが、今回は …

DBCLSでの約13年を振り返って

本日2020年3月31日をもってライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)を辞めました。 いつかはこの日が来るだろうと勤めだした …

DrBono本と道場本の電子版

先日公開したエントリ、生命科学データ解析の本ガイドでも紹介した以下の2冊の電子版が、医書.jpより本日2020年3月9日に発売開始に。

• Dr.Bonoの生命科学データ解析
• 生命科学者 …

RNAseqレシピ本第2刷

「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（略称、RNAseqレシピ本）が早くも第2刷をするという連絡が出版社から。 2019年11月末（実際には12月頭）に上梓されたから、3ヶ月ほどで。

RNA-Seqデータ解析に特化した内容で、同時期に出たDRY解析教本2にもRNA-Seq解析の章があるから、正直売れ行きは厳しいかと …

26th Workflow Meetup

なんとか開催になった26回目。 リモート参加も可能だったが、いつも通り、東京会場にて。 ほとんどリモート参加かと …

2020年2月を振り返って

2020年2月は前半に共同研究打ち合わせの出張があった他は出張も少なく、懸案の論文執筆を進めたり、データ解析を進めたり、研究を進めることができた。

そして、先月に続いて、論文の公開 …

AirPods Pro

ずっと欲しかったAirPods Pro。 自分への誕生日プレゼントと思い、Apple Storeに行った時に売っているかも、と思って何回か挑戦。 2020年1月頭に出張先のSan DiegoのApple Storeでも探したがやはり品切れ。

そこで観念して、帰国 …

生命科学データ解析の本ガイド

2019年に生命科学データ解析関連で4冊本を出版したため、「ぼうのうさんの本を読みました」と言われてもまず「どの本？」と訊き返すと …

25th Workflow Meetup

前回は大阪会場から参加。 25回目の今回はいつも通り、東京会場での参加。

今回は、学認クラウドのハンズオンがあり、実際に …

新規低酸素応答因子GLIS1の論文published

広島大学原爆放射線医科学研究所の谷本先生、廣橋先生のグループとの共同研究論文がadvance articleとして …

キンウワバトビコバチの多胚形成の論文published

去年(2019年)の3月に投稿して。 11ヶ月経ってようやくキンウワバトビコバチの多胚形成に関する論文が出版された。

Analysis of molecular mechanism for acceleration of polyembryony using gene functional annotation pipeline in Copidosoma floridanum. BMC Genomics 21:152 (2020) doi: https://doi.org …

生命科学データ解析を支える情報技術 発売から1年

本日(2020年2月9日)で「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）発売から …

2020年1月を振り返って

2020年1月はPlant and Animal Genome Conference (PAG)に行った影響で、出張外泊数にして年頭から9泊にもなった（PAGでの詳細は、各日のブログエントリ参照。1日目、2日目、3日目、4日目、5日目）。

また、年末に …

RNA-Seqデータ解析セミナー＠大阪大学微生物病研究所

大阪大学微生物病研究所にセミナーで呼ばれたので、大阪大学吹田キャンパスまで遠征 …

バイオとインフォの会10回目（くらい）

同業種飲み会であるバイオとインフォの会、だいぶご無沙汰していたが、今回予定が …

公共遺伝子発現DB目次AOEの論文がPLOS ONEにpublished

2019年5月のCold Spring Harbor Laboratory Meeting、The Biology of Genomesに参加、ポスター発表する前に、学会発表する前にはその内容をbioRxivにアップすると …

Uberデビュー

空港からの行きは乗せてもらって、帰りは自分でアカウントを作って、今回のPAG出張でUberデビュー。 支払いに一切現金を使わず、運転手 …

PAGXXVIII day5

最終日の5日目も、朝8時からplenary lecture x2。 プレゼンテーションがよく見える前方に陣取るが、場所を移してもやはり寒い。 終了後、トイ …

PAGXXVIII day4

今日も、朝8時からplenary lecture x2。 プレゼンテーションがよく見える座席は極寒の地でもあるが、着込んで我慢する。

休憩時間中に …

PAGXXVIII day3

朝8時からplenary lecture x2。 その後、ポスター発表。 電子メールで通達された番号とアプリで検索して出てくる自分のポスター番号 …

PAGXXVIII day2

朝8時からEBIのworkshop、Genome annotation resources at EMBL-EBIに参加。 知っていることも多いが、updateすべき情報も多く、ためになる。 途中から、Non-coding RNAのworkshopに。 R研のHさんの発表を拝聴する。

夕方、いつも通り最初のplenary lecture終了後、reception。

PAGXXVIII day1

4年ぶりのInternational Plant and Animal Genome Conference (PAG)参加。 朝8時からArthropod genomics and genome engineering のworkshopがあるなど。 これ以外にもArthropod関係のworkshopが複数、色々とあることが冒頭にアナウンスされ、予定に追加。

California roomの奥で時折PCを充電しつつ休憩。 かつてはこの奥で口頭発表してい …

低酸素トランスクリプトームメタ解析論文が査読論文誌にaccpet

低酸素関係の研究会で始めて発表したのは、2006年にあった第3回がんと …

2020年の計

明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしている「一年の計は元旦にあり」。 今年 …

2010年代を終えるにあたり

今日で、2010年代が終わる。

この10年間自分は何してきたのだろう？ そう思って、このぼうのブログを見返してみると、10年前何をしていたのか、克明に記録されていた。 それをみることで記憶 …

2019年を振り返って

もう今年(2019年）もわずかということで、今年の年頭に書いた「2019年の計」に沿って、2019年を振り返ってみたい。

1 公共遺伝子発現DB目次の論文化

AOEの論文化は、結果として …

作成したCWL ツール・ワークフローを実際に動かしてみた（その3）

stringtie-mergeができたものとして、次なるプロセスがmergeされたGFFから該当するFASTAファイルを作成すること。 このプ …

はじめての医学

単行本「はじめての医学」を編集に携わられた編集者の方から年末滑り込みセーフでご恵贈いただい …

2019年出張外泊数

三島勤務になった2014年以来、数えて来た「仕事で外泊」した日数。 年内の出張が全て終わって、2019年の日数が確定。 その結果、2019年は91泊で昨年より8泊増えて、さ …

2019年に出版した本

2019年もあと10日となって色々と振り返りモードな情勢。 私も振り返ってみたい。

2019年は、結果として4冊の本を世に出す結果となった。 去年の今頃、全て期限内に出せるか不安だったが、編集担当者や共著者の …

作成したCWL ツール・ワークフローを実際に動かしてみた（その2）

昨日のその1に引き続き、作成したHISAT2-StringTie2のワークフローを実際に動かした際のログを記す。

余談だが、次世 …

作成したCWL ツール・ワークフローを実際に動かしてみた（その1）

次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版（以下、DRY解析教本2）の目次が …

23rd Workflow Meetup

前回は参加できなかったが、23回目の今回は参加。

HISAT2-StringTieによる新規transcript発見ワークフローを自分で作ろうとしたのだが、Live codingの話題としていただき、一気に進んだ！ あとは、持ち帰って実際に動かしてみるところに。 あ …

次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版 正式発売開始

福岡であった第42回日本分子生物学会年会(2019/12/3-6)ですでに先行発売されていたが、2019年12月14日に正式に発売開始。

Amazonから …