令和４年度バイオエコノミー産業創出支援事業費補助金

県内に事業所を有する「広島バイオテクノロジー推進協議会」の会員企業が，大学等と連携して行うバイオエコ …

門前の小僧習わぬ経を読む

そう思わせる事例が何件か。 それは、個人的には環境のおかげとは思わず、個人の力だと思 …

日本ゲノム編集学会第7回大会

今年もオンライン。 去年の時点からオンラインでやるということだった。 準備に取り組んで …

COI-NEXT本格型キックオフミーティング

2022年4月より本格型に昇格となった、JST 共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)において「Bio-Digital Transformation（バイオDX）産学共創拠点」（代表機関：広島大学）。 そのキックオフミー …

2022年5月を振り返って

この5月は、一回だけ担当する授業もあったり、さまざまな研究費の締め切りがあったり、夢中で走り抜けた感じの5月であった。

ま …

餅は餅屋

大学で研究室を持つようになって、大学院生に指導したり、いろんな方と話してて思うこと。 生命科学の専門 …

センセイデビューから2年

生徒のいない授業で大学の先生デビューしてから2年。 また今年も「先端生命技術概論」という …

シン・モデル生物の機能アノテーション

ちょうど一年前の今日2021年5月13日にアマミナナフシの機能アノテーションによるナナフシ中腸比較トランスクリプトーム論文を …

密度依存的な表現型多型を示す昆虫のトランスクリプトームのメタ解析

プロジェクト研究員による混み合い刺激 …

東広島キャンパスの自然観察

TWitterでこれまで2年ほど過ごした勤務地に関わる本「東広島キャンパスの自然観察」が出版されたことを知った。

東広島キャンパスの自然 …

新しいリファレンストランスクリプトームで新しい探索的メタ解析

D2の大学院生（社会人ドクター）による論文がbioRxivから公開された。

Exploratory Meta-Analysis of Hypoxic Transcriptomes …

メタゲノム感の高まり

年度が改まって2022年度になってちょっとした異変が起きている。 それは、メタゲノム解析に関する問い合わせが増えているということであ …

2022年4月を振り返って

今月でついにこちらにきて3年目が始まった。 学生の数が3人から6人に倍増し、それに起因するさまざまな調整案件が増えた。

年度が変わって今月に …

2022年第2回温泉インフォマティクス研究会

新年度に入って色々と頭の中で整理すべき事柄が多くなって、開催。 色々いいアイデアを浸透圧刺激で汗と共にしぼり出して、さらに熱風と熱刺激で焼きなますことができた。

温泉インフォマティクス研究会の …

ラット初代培養肝細胞おける転写因子HIFの活性化によるIL-1β誘導性NO産生抑制論文出版

ラットの細胞ということで、オハコのikraでのRNA-Seqデータ解析パイプラインが使えず。 非モデル生物専門の出番というこ …

Jxiv

昨年度末の慌ただしい時期に公開された、科学技術振興機構(JST)によるプレプリントサーバーで、ジェイカイブと読 …

ResearchGate、RG scoreやめるってよ

最近そういえばRG scoreが自分のResearchGateのページに出てないなと思っていたら。 どうやら、2022年7月でやめる模様。

we announced the decision to remove the RG Score after July 2022

2022年3月を振り返って

今月でついにこちらにきて丸2年。

月頭には3回目のワクチン接種。 そして月途中でマンボウが解除されて、ようやく人の行き来が再開し …

ハダカデバネズミの炎症反応の抑制による化学発がん誘導への抵抗性論文出版

bioRxivにプレプリントとして公開していた、ハダカデバネズミは炎 …

ミライ牧場イベント1st無事終了

2022年3月26日(土)開催の「生命科学のミライを知ろう！ゲノム編集・バイオインフォマティクスのトップ研 …

酒都移転2年

今日2022年3月25日で酒都西条に移転して丸2年。

1年目から継続してCOVID-19の影響で出張が満足に行けない1年だったけれども、まだ前年よりは行けるタイミングもあったということでマシではあったが。 国 …

ゲノム編集卓越大学院プログラムオンラインシンポジウム2022

2022年3月19日（土）に卓越大学院のシンポジウムとして、 市民シンポ …

大学の公開講座2022

ゲノム編集イノベーション～最先端のバイオテクノロジー～ の3回シリーズの2回目で「みんなのバイオDX」と題して話する …

シラバス入力

今年もシラバスを記載する季節が。 卓越大学院の方からは依頼があってそれを知るが、去年同様特に連 …

バイオDXのアウトリーチイベント2022

2022年の計で書いた

1. アウトリーチ活動に注力し、より多く人に理解してもらう

がついに具現化する。

来年には学内に …

異なるファイル拡張子のFASTQでikra実行

ikraは、発現定量するFASTQファイルのファイル拡張子として、デフォルトではfastq（厳密にはfastq.gz）が想定されているようで、fq（厳密に …

コロナウイルスワクチン注射3回目

去年（2021年）7月末日に2回目を打った時はまさか次があるとは思わなかったが、ほぼ7ヶ月後に再び職域接種で3回目。

ワクチン3回目だん。今 …

2022年2月を振り返って

今月もずっとマンボウ地域入りで、県外には出れず。 予定していた2つの研究会へオンサイト参加するための出張は潰れた。 もちろん2月はいろいろな発表会があり、仮にマンボウでなくても出張で外 …

uniqコマンドのオプション

さまざまな事情でuniqコマンドにはお世話になっている。 多くはsortコマンドと共に、sort -uというsortしたのちにuniqする …

RNA-seq解析による鳥類始原生殖細胞の性決定機構の予測

JST共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)の「バイオDX」産学共創拠点で共に取り組んでいる同じ研究科の研究室からのプレプリントが、 日本時間の2022年2月26日、bioRxivにプレプリントとして公開された …

SAQE論文1周年

論文投稿してから24日という爆速で出版された論文から1年。 厳密には、論文タイトルとしては「昆虫における酸化ストレス刺激のメタ解析」であるが …

Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版 輪読終了

bonohulabでの教育プログラムにも書いてあるように、研究室セミナーとして関連分野の図書の輪読を行なっている。

2021年度は、前期 …

21年度遺伝研研究集会「昆虫におけるNGSおよびゲノムデータベース利用によるデータ解析」

国立遺伝学研究所研究集会(NIG-JOINT)「昆虫におけるNGSおよびゲノムデータベース利用によるデータ解析」は、2020年度に行うはずがコロナ禍で実施できず翌年度に延期。 さらに2021年度も、オンサイトでの開催を目指してずっ …

非モデル生物RNA-Seqの際のDBへの登録

RNA-Seqデータの公共データベースへの登録手続きは、「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」にも載っているが、これはモデル生物が想定されて書かれている。

しかしながら、非モデル生物 …

第431回CBI学会講演会done

「バイオ、化学、製薬業界で進むデジタルトランスフォーメーション（DX）」というテーマの講演会にて、「バイオDXー知のめぐりのよい生命科学研究を目指して｣と題し …

COI-NEXT本格型へ昇格！

2020年12月というと2年前のようだが、正確には1年2ヶ月前。 現在所属の機関がJST共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)に「育成型」として採択されたのは。 それから体制づくりとしてデザイン思考ワ …

InsectsでSpecial Issueやります

Insectsにて、Insect Genome and Transcriptome Dataと題したSpecial IssueのGuest Editorを農研機構の共同研究者たちと共にすることに。 その名の通り、昆虫のゲノムとトランスクリプトームデータに関する論文な …

Trinityの発現定量スクリプトがDockerにない

前は動いたはずなのに…。 Trinity in Dockerにある例の docker run -vpwd:pwdtrinityrnaseq/trinityrnaseq /usr/local/bin/trinityrnaseq/util/align_and_estimate_abundance.pl で no such file or directory。

というわけで、どうも最近 …

2022年第１回温泉インフォマティクス研究会

ずっと缶詰になっているのも毒ということで、開催。 色々いいアイデアを浸透圧刺激とヒートショックで出して、さらに焼きなますことができた。

牡蠣づくし御膳！
🦪めし
🦪フラ …

2022年1月を振り返って

今月は、華麗に加齢な上に。過冷な毎日だった。 年明け前から再び増え出した新規COVID-19感染者は増加の一途をたどり、ついに再びマンボウに。 さまざま …

論文はDOIで引用しよう

論文を引用するとき、今、ウェブブラウザで見ているURLを貼り付けるのが便利だが、それでは危険である。 そのURLが一時的なものである恐れがある。 なので、それはお勧めしな …

論文全文を探す方法

2020年代の今、多くの論文がオープンアクセスとなっていてインターネット検索によって自由に読めるよ …

MontereyからのScanSnap

どうしても必要な事務書類は、別の部屋に借りに行く方式で、ラボにプリンターを廃止してなんとかやっている。 次 …

画面の右下

新しいM1 Mac with macOS Monterey (12.1)、基本的に快調に使えている。 ScanSnapが反応してくれなかったり、プリンタドライバーが対応してなかったり、という …

令和３年度広島バイオフォーラム

広島バイオテクノロジー推進協議会主催の広島バイオフォーラムという会で、講演。 コロナ感染者急増に伴い …

Biomedicines Special Issue E-book

BiomedicinesのSpecial Issue, Hypoxia-Inducible Factors: Regulation and Therapeutic Potentialに掲載された論文を集めた、同名のE-bookが出版された。

ISBN 978-3-0365-2912-7 (Hbk); ISBN 978-3-0365-2913-4 (PDF)
DOI: 10.3390/books978-3-0365-2913-4 
© by the authors
Hypoxia-Inducible Factors: Regulation …

RefExの英語総説

DBCLS時代に書いて既に提出してあったRefExの英語総説（レビュー）が Practical Guide to Life Science Databases (Eds: Imad Abugessaisa & Takeya Kasukawa) の一つの章として出版された。

RefEX: Reference Expression Dataset https://doi.org/10.1007/978-981-16-5812-9_6

これを書いていたの …

一般社団法人バイオDX推進機構

天赦日と一粒万倍日が重なる「最強の吉日」という2022年1月11日に一般社団法人バイオDX推進機構が設立された。

一般 …

RNAseqハンズオン＠阪大

かねてよりお願いされていた講演とハンズオンの講師をやりに阪大医学部へ。 2回延期されて3度目の正直。 しかし感染者急増があって …

コマンドラインでネット速度測定

ニュース見てたら、こんなものを発見。

“｢ターミナル｣を開いたら、｢networkQuality｣と入力して（大文字 …