道場本の章立て

2019年9月4日に、Amazon.co.jpで「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本の表紙イメージが公開された。 サムネールは準備中の …

道場本とは

以前にも書いたように、「Dr. Bono の生命科学データ解析」ことBono本はこのぼうのブログを生命科学データ解析の …

道場本第一報

今年(2019年)の年明けより書いていた原稿が「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」という名前の本になると正式決定。 著 …

生命科学分野の最新のデータ表現方法としてのRDF

いつの間にか、「生命科学データ解析を支える情報技術」が発売され …

お盆thon最終日

最終日の4日目も昨日に引き続き、vscodeでlive shareしつつ。 audioをonにするとwrap-upまでshareできてしまうという。

その際話題になったのが、condaで入れたcwltoolはバージョンが古いということだったが、どうもbiocondaチャンネルのcwltoolのバージョンが最新でも2018年製のそれでの模様。 conda-forgeチャンネルのは2019年製のそれにアップデートしているようだった。 なので、cwltoolのインストールは conda install -c conda-forge cwltool で良いのでは …

お盆thon3日目

昨日に引き続き、vscodeでlive shareしつつ、みんなでCWL書き。

今日は、kallisto BUStoolsのチュートリアルを襷リレーでCWL化。 自分は、bustools-correct.cwlを書かせていただいた。 それ以外のCWLを含めたコードも …

お盆thon2日目

実は、昨日にもやっていたのだが、vscodeのlive shareを使って、会場にいない人とも共同作業。 今日は、CWLを書くところを、Dockerfileを書くところから live codingしていただいて大変参考になった。 しかもlive shareにaudioまで加わって、実際にやって …

お盆thon1日目

15回目に参加して以来、workflow meetupは3回連続して参加。 前回の18回目は大阪出張(AJACSa6河内)と重なり不参加となったが。 19回目の今回は、お盆中に4日間連続の「お盆thon」。

今回の目標： RNA-seqデータの類似性検索 …

昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析3

ROIS-DS-JOINT共同研究集会として2017年度より始めた「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ …

2019年7月を振り返って

2019年7月は出張外泊多く、11泊にもなった。 前半は、国内版バイオハッカソンBH19.7で指宿、 後半は、統合データベース講習会AJACSa6河内などで大阪。 阪大医Python会の集まり …

統合データベース講習会AJACSa6河内を終えて

大阪府枚方市の関西医科大学にて、2019年7月25-26日に開催した、中上級向け講習会AJACSadvanced(AJACSa)のAJACSa6河内が終了した。

salmonの実行だけなら30分ほどで終了してしまうセミナーとなってしまうところだが、RUNデータの取得やSRAからFASTQへのフォーマット変換、トリミ …

阪医pythonもくもく会

2019年3月に三島合宿にきた阪医python会のyyoshiakiたちと、次に大阪に行った時には話する機会を作ろうと話していたのがきっかけで。

統合データベース講習会AJACSa6河内で …

国内版バイオハッカソンBH19.7

2019年7月8日〜12日まで、鹿児島県指宿市の国民休暇村で開かれた国内版バイオハッカソンBH19.7に参加。

前 …

質量分析インフォマティクス研究会 2019年ハッカソン・プレ・ミーティング

2019年7月7日に、国内版バイオハッカソンBH19.7に先立って鹿児島県 …

統合データベース講習会AJACS番町3

10年以上やっている統合データベース講習会AJACS。 元々はDBCLSが「統合データベースプロジェクト」の一環でやっていたデータベース講習会から始 …

DBCLS12年

この2019年7月で、2007年7月にDBCLSに移って一回り、すなわち12年が過ぎた。 昨年の今日のブログにも書いたことだが、 プロジェクトを開始した当時は、動画でDBを紹介することなん …

2019年6月を振り返って

前半は、5月から実行してきたメタ解析。 Dockerなスクリプトのikraを使ったわけだが、FASTQの取得を別でやったこともあって最初に書いたらそれで終わり、というわけにはいかなかった。 取得失敗するエント …

less-less なファイル操作

ファイルシステムにあるファイル（多くはダウンロードしてきたファイルだが）の中身を確認す …

17th Workflow Meetup

15回目に参加して以来、3回連続。

今回は17回目。 CommandLineToolを単体で動かすところだけだが、Shizuoka.ngs#2で人に紹介したりして、なんとなくCWLの活動に貢献できてきたかなと。

さらに調子に乗って、CWLでsalmonを動かしてみるコンテンツを作るこ …

統合データベース講習会AJACSa6河内

毎年やっている中上級向け講習会AJACSadvanced(AJACSa)を今年も開催。 今年は、大阪府枚方市の関西医科大 …

Shizuoka.ngs#2に参加しての雑感

このブログの過去のエントリにも書いたように、Shizuoka.ngs#2が開催された。 場所は、前回の読書会と同じ貸し会議室 …

Common Workflow Language(CWL)を使ってkallistoを実行する

このエントリは、Shizuoka.ngs#2で行われたワークショップの上級者用コンテンツです。

「生命科学データ …

PelicanをMarkDown付きでinstall

condaの不具合から一度全部アンインストール。 そのため、このブログが更新できなくなってしまったので、再度pelicanをインストール。 単純にpelicanをcondaで入れればいいだけでなく、MarkDownも必要。

#!/bin/sh
conda install pelican
conda install MarkDown

大学院講義 昆虫生理化学特論

東京農工大学農学府にて、大学院の集中講義として。

基本的には、Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)の内容に沿った …

生命科学データ解析を支える情報技術 発売4ヶ月

2019年2月9日に「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）が発売されてから早 …

日本ゲノム編集学会第4回大会

東京（船堀）開催だったというのもあって、初めて参加。 有用物質生産や育種での応用を調査す …

2019年5月を振り返って

前半は、4月から準備してきた、Cold Spring Harbor Meeting on Biology of the Genomes関係。 AOEの論文をプレプリントとしてbioRxivにアップロードしたり。 おかげで …

ikra再び

tximportで定量する部分を使わせてもらった、阪大医学部Python会のyyoshiaki氏によるikraであるが、また別プロジェクトで使わせてもらうことに。 Docker以外は特にデータ解析ソフトウェアをインストールしていない環境で手っ取り早くsalmonによる発現定量をしたかったため …

直リンク追加

ここで説明したことがないから気づかれてないかもしれないが。 現在のレイアウトでは右カラムに並 …

AOE、生命科学系データベースアーカイブに

All of gene expression(AOE)のデータ（遺伝子発現データのメタデータのindex）が、生命科学系デ …

AOEのHTTPS化

業界の多くのウェブページがHTTPS化する中、取り残されていた。 特に必要性を感じなかったからだが、やはり多くの人にそのサ …

時差ボケ

今回は13時間時差のあるところに5日間(4泊)だったのだが、やはり帰ってきても時差ボケに。 いつもなら帰ってきても欠かさずmelatonin投与してそれほどでもなかったのだが、今回はそれ …

Apple Watchのシアターモード

Apple Watchを普段から愛用している。

これまでApple Watchをつけて飛行機に長時間乗るとすぐに電池が消耗し、しかも飛行機によくついているUSBにApple Watch磁気充電ケーブルをさして充電しても全然充電が進まないどころか、むしろ電池が減るという事態に。

それをtweetしたところ、シアターモー …

The Biology of Genomes 2019 day5

meeting最終日。 来た日には、5日間もあって長いなあと思っていたが、実際にはあっという間だった。

全体的な雑感としては、順調に女性参加者の割合が増え …

The Biology of Genomes 2019 day4

「なんとかseq」はまだまだ増殖中、というのを再確認。 というか、手法の命名方法として多用されていて、それ …

The Biology of Genomes 2019 day3

Population Genomicsのセッションを聴いていて、ゲノムデータを使った研究の広がり、を感じた。 その使った研究がもっと増えていかねば。 もちろん …

The Biology of Genomes 2019 day2

ポスター発表は会期中の2,3,4日目に、毎日日替わりで、発表者のLast Name、アルファベット順。 ということで、Bから始まる私は初日に。

2日目だとバッチリ日周期(circadian …

The Biology of Genomes 2019 day1

2019/5/7-11まで Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) で開かれている The Biology of Genomes に参加。 ミーティングの名前を変えながらも、この時期に毎 …

ゲノム解析者用Docker設定

Docker Desktop for macのおかげで、macOSでもDockerを使ってツールを起動することが簡単になった。 インストールの際にライブラリの依存性に悩まされることもなく、またバ …

脱稿2019

年頭から書いてきたとある書き物を脱稿した。

#!/bin/bash
wc -m *.md

でカウントした文字数の合計は、212,364となった。

今回 …

AOEの論文をBioRxivにアップロード

All of gene expression (AOE)の論文を次週からのCold Spring Harbor Laboratory (CSHL)での学会発表（ポスター発表）を前にBioRxivにアップロードした。

All of gene expression (AOE …

チルダ

電子メールなどの文書には出てこないがUNIXコマンドラインで出てくる文字として、~がある。 読み方は、「にょろ」ではなく、「チルダ(tilde)」である。

かつてはウェブ …

バッククオート

クオート(quote)にはシングル(')とタブル(")があるのはよく知られているだろう。 実は、さらに第3のクオートが存在する。 それがバッ …

バックスラッシュを打つ設定

新学期でUNIXコマンドを使い始めた方も多いだろう。 その際によく受ける質問で最近気になっているのは、アルファベットや数 …

過去のブログコンテンツの統合

休日ともなると余裕ができる。 一年前からの懸案である、WordPressで作りためたコンテンツの統合。 再開当時はWordPressのXMLからmarkdownへの移行ツールが見つけられなかったが、今ならどう …

2019年4月を振り返って

4月は絶望より始まった。 やるべきことをやるしかないという思いで「引きこもって進めた」結果、出張は比較的少なく、宿泊回数3泊。 そして、AOEの外堀 …

Workflow Meetup＠東京日本橋

同僚に教えられ、15th Workflow Meetupに初参加。 東京会場は、COREDO日本橋にある理化学研究所 東京連絡事務所（15階）だったのだが、そこも初という、初め …

エンジニアのための生命科学データ勉強会＠静岡#2

昨年、生命科学ガチ初心でもできる！エンジニアのための生命科学 …

DEGノムコウ

発現差のあった遺伝子群のことをDifferentially Expressed Genes(DEG)と呼ぶのは、Allie的にもぶっちぎりのトップとなっている今日この頃。 そして、詳細ページを見ると2004年から文献中に登場して …

共同研究論文が PLOS ONE に掲載

関西医科大学 広田 喜一 学長特命教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Cancerous …