研究人生の中間地点

大学院を出て働き出した2000年から今年2019年で、19年。 そして、65才まで働くとして（これは怪しいが）、あと19年。 今年は、そのちょうど中間地点の …

Jupyter本のサンプルコードのおかげで解決

諸事情あって、可視化をPythonでやろうとして、Jupyter notebookでグラフなどを出そうとしていた週末。 平日にはやらないような写経とかを楽しみながらも、どうやっても本にあるような …

AOEの外堀

SRAにRNA-seqとして登録されているものの、NCBI Gene Expression Omnibus(GEO)やEBI ArrayExpress(AE)といったいわゆる遺伝子発現データベースに登録されていないデータを抽出してAOEに突っ込んだ。 DDBJ Genomic …

あれから4年

前職で採用面接から立会い、プログラミングもできる分子生物学研究者（彼はスイッチヒッターと言って …

本サイトに関して

本サイトにおいてGoogle社が提供するWebアクセス解析ツール（以下「Google アナリティクス」といいます。）を使用しています。 この際、アクセス情報が …

2019年3月を振り返って

月初めからつくばまで行って農研機構 生物機能利用研究推進会議で登壇するなど、1月と2月の合計6泊よりも多い宿泊回数7泊の3月だった。

さらに、月初の阪大医学部Python会の2人の春合宿 …

日本応用動物昆虫学会大会2019＠つくば

2019年3月25日〜27日まで、第63回日本応用動物昆虫学会大会がつくばで開かれ、25と26日に参加。 昨年は小集会の講師として参加し、今年はサテラ …

2019年応用動物昆虫学会大会連動企画 データ解析講習会

2019年3月25日〜27日まで、第63回日本応用動物昆虫学会大会がつくばで開かれる。 それに連動して、その前日の2019年3月24日にデータ解析講習会を柏の葉キャン …

カイコの実験単

Amazonでは2019年3月22日発売予定のカイコの実験単。 この本の企画編集委員をされていた共同研究者よりご恵投いただく。 ありがとう …

みんなのPython勉強会#43

前回、参加できなかったみんなのPython勉強会。 ここのところスケジュールの都合がつかず、2018年の秋からの新しい会場になってから長い間参加できなかった。

今回は、スケジュール …

Dr.Bonoの生命科学データ解析第4刷

今月(2019年3月)で、Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)上梓から1年半あまりとなった。 そんな今日、第4刷をするという連絡が出版社からきた。

ここのところ、Amazonの「生命科学」カテゴリーでも上位に食い込んでおり、ひ …

生命科学データ解析を支える情報技術 発売一ヶ月

2019年2月9日に「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）が発売されてか …

阪大医Python会春合宿＠三島

阪大医Python会の優秀なる2人の医学部生が、春合宿と称して職場に来襲。 3/4-8までの5日間滞在。 その間、共同研究者も彼らの来襲に合わせて来 …

女子高生乱子によるベイズ統計学入門講座: とある弁当屋の統計技師(データサイエンティスト) 3

かつて職場に大学 …

農研機構 生物機能利用研究推進会議

農研機構の生物機能利用研究部門の会議に特別講演に呼ばれたので、つくばま …

生命科学データ解析を支える情報技術の紹介記事

「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）が正式に発売され …

活性酸素を除去する新型酵素を昆虫から発見

東京農工大学大学院農学研究院生物生産科学部門 天竺桂弘子准教授 …

生命科学データ解析を支える情報技術 発売一週間

2019年2月9日に「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）が正式に発売さ …

みんなのPython勉強会#42で紹介

自分は参加できなかったのだが、「生命科学データ解析を支える情報技術」をみんなのPython勉強会(stapy)#42の冒頭で紹 …

Mishima.syk#13

8ヶ月ぶりに開催されたMishima.sykは今回13回目。 もうすぐ、三島に来て丸5年ということは、この勉強会も約6年やっているということになる。

今回は、知り合いの研究者が関東から遠征してき …

生命科学データ解析を支える情報技術 発売

本日(2019年2月9日)、「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）発売。 調べてみたら …

Plan Sとは

論文を出すことを日常的にしている研究者にとって非常に関わりが深いことなのに、ほとんど知られてないの …

生命科学データ解析を支える情報技術 Kindle版

Kidle版も2019年2月6日に予約発売開始になっていた。PDF版はこれまでも経験あるが、自分の著書がKindle化されたのは実は初めて。うれしい。

出張で受け取れていなかった実物も手 …

生命科学データ解析を支える情報技術の実物

そういうわけで、今週末(2/9)に発売予定の「生命科学データ解析を支え …

生命科学データ解析を支える情報技術 先行発売開始

立春の今日(2/4)、今週末土曜日(2/9)に発売予定の「生命科学デー …

HISAT2→Samtoolsなワークフロー

以前書いたブログエントリなどを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ。

HISAT2でreference genomeにmappingして、genomeに対するアラインメントを得る場合。 HISAT2のウェブサイトにすでにindexずみのそれがある場合はしなくていいが、まずはindex作成。 hisat2-buildコマンドにて …

かつてCIBEXに登録したデータがGEAで復活

かつてCIBEXという遺伝子発現データベースがあった。 日本での遺伝子発現データベースということで、自分が …

Trinity前処理

以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ。 リンク先にあるスクリプトがちゃんと動 …

localBLASTのblastdbcmdを使って配列エントリの特定の領域を取得する

以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ、blastdbcmd版。

新規なモデル生物では、ゲノム配列が公 …

ぶらっとBLAT

以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ、BLAT版。

BLATはThe BLAST Like Alignment Toolというツールで …

GEAをAOEから検索可能に

前にも触れた遺伝子発現データのアーカイブ、Genomic Expression Archive (GEA)であるが、公開データも出てきている。

それらのデータはEBIの …

sequenceserver

需要あるので、以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載。

BioHackathon2015で参加者たちがそれぞれに持って …

生命科学データ解析を支える情報技術 印刷中

来月2019年2月9日に発売予定の「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）、2019年1月22日にamazonにも表紙と …

Genomic Expression Archive (GEA) に登録してみた

DDBJがメンテナンスから戻ってきた。 メンテナンスの前に投げてあった遺伝子発現データのアーカイブ、Genomic Expression Archive (GEA)から正式に …

生命科学データ解析を支える情報技術 予告編

来月2019年2月9日に発売予定の「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）、ぼうのブログで …

ぼうのブログ引越し

新しく買ったMacMini2018にサーバー移行作業。

基本、

• 「画面共有」をオン
• 「リモートログイン」をオン

にして手元のマシンから。 ブログ …

冬休みの宿題2019

昨年(2018年)の冬休みは、ゲノム第4版の翻訳が冬休みの宿題で、

• 第5章 Genome Annotation （ゲノムアノテーション）
• 第6章 Identifying Gene Functions …

PLOS ONE

昨日のエントリで紹介した本「なぜ科学はストーリーを必要としているのか」のp266には、馴染みの深い論文誌PLOS ONEに関 …

なぜ科学はストーリーを必要としているのか

2018/11/10-11/14に参加したアメリカ昆虫学会の年会。 そのkeynote speech speaker、Randy Olsonさんの著作、やっと完読。

研究者 …

2019年の計

あけましておめでとうございます。本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしているその年の計。「2019年、かくありたい …

2018年を振り返って

年頭に書いた「2018年、かくありたい」に沿って、2018年の活動を振り返ってみたい。

引き続き、ずっと取り組んでいるメインの仕事、公共DBの全レコードを対象としたデータ解析研究に力を注ぎ、懸案の仕事を論文 …

生命科学データ解析を支える情報技術 第一報

予約販売開始は年越しと思われた「生命科学データ解析を支える情報 …

2018年出張外泊数

三島勤務になって以来、ここ5年数えて来た「仕事で外泊」した日数。2018年の日数が確定。

その結果、2018年は83泊で昨年より6泊増えて、さらに悪化。

農研機構 農業情報研究センター

農研機構に2018年10月にできたばかりの農業情報研究センターを訪問。 内閣府や内閣総理大臣官邸が …

よくわかるバイオインフォマティクス入門

関西学院大学の藤博幸先生編集による「よくわかるバイオインフォマテ …

2018年忘年会

早いもので、忘年会が行われれる、もうそんな季節に。 隣のセンターの長の交代や統合牧場第三のチルドレンの加入 …

Biohack18 6日目

午前は今回やったことをdocumentathon。

個人的にはAOE関係でやろうと思っていたことが他のプロジェクトとの兼ね合いで進めれなかったものの、CWLで書くことを教わるということで別の形で自分のプロジェクトを進めることができた。 また、oec014さんが主に進めてくれたCellFishing.jlの件も、これまでスタックしていた案件が今後につながる形で再 …

Biohack18 5日目

この5日間でやり散らしたことをwrap-up。 結果として、AOEのCommon Workflow Language化がメインとなった今回。

Biohack18 4日目

AOEのCWL化に取り組む（CWLizationと呼んでる）。 CommandLineToolを2つ組み合わせて、1つのWorkFlowとした単純なものから。

色々なトラップがあったものの、プロフェッショナルの多大なる助言をいただいて、動くようになった。 GitHubにアップロードしてあるので、自動的に可 …

Biohack18 3日目

ようやく、Common Workflow Language(CWL)でAOEのindex作成ワークフローを書いてみる。 ネットワークづたいにデータを取ってくるからか、cwlファイルはvalidであっても、コケる。

発現類似性検索プロジェク …