Articles in the misc category

  2. seminar at NARO NIAS 2019

    生命科学データ解析セミナー＠農研機構

    農研機構の生物機能利用研究部門にセミナーで呼ばれたので、つくばまで遠 …

  3. Japan Spotfire User Group Meeting 2019

    Japan Spotfire User Group Meeting 2019

    去年はほぼ参加できなかったので、2年ぶりのJASPUG meeting。 160人ぐらい参加ということで、15年前ぐらいに始めた時と比べると人が格段に増えた。

    分科会の盛り上がりは相変わらず。 GWAS Catalogのデータを再利用 …

  4. Symposium105 2019

    トーゴーの日シンポジウム2019

    今年で9回目。 だが相変わらず、作る側の報告会的な色合いが強く感じられる。 使う側に向け …

  5. 20th Workflow Meetup

    20th Workflow Meetup

    今回も参加。 話を聞いて、塩基配列のPSSMはオワコンかと思っていたが、復権するかもしれないかもと思ったり。 zatsu-cwl-generatorを動かして感銘を受けたり。

    個 …

  6. 78th JCA day2

    第78回日本癌学会学術総会2日目

    午前は、「モデル生物を用いたがん研究の最前線／Cutting edge of cancer research from model organisms」のシンポジウムに共同研究者の発表を聞きに …

  7. Shizuoka.ngs mokumoku-kai

    Shizuoka.ngsもくもく会

    前回のShizuoka.ngsとはまた別の貸し会議室＠静岡駅前で、Shizuoka.ngsもくもく会が開催された。

    これまでのRNA-seqではなく、今回はメタゲノムデータ解析に用いられるQiime2のチュートリアルをみんなでやろうということで。 Oさんをはじめとして参加者によって、チュー …

  8. Mishima.syk 14th

    Mishima.syk#14

    14回目となったMishima.sykは7ヶ月ぶりに。 場所はいつものプラザヴェルデ4階の会議室にて。

    今回は、ちょうど阪医Python会の3人が三島合宿にきていたということもあり、彼らにも話してもらう機会を得た。 彼ら …

  12. 19th Workflow Meetup 4

    お盆thon最終日

    最終日の4日目も昨日に引き続き、vscodeでlive shareしつつ。 audioをonにするとwrap-upまでshareできてしまうという。

    その際話題になったのが、condaで入れたcwltoolはバージョンが古いということだったが、どうもbiocondaチャンネルのcwltoolのバージョンが最新でも2018年製のそれでの模様。 conda-forgeチャンネルのは2019年製のそれにアップデートしているようだった。 なので、cwltoolのインストールは conda install -c conda-forge cwltool で良いのでは …

  14. 19th Workflow Meetup 2

    お盆thon2日目

    実は、昨日にもやっていたのだが、vscodeのlive shareを使って、会場にいない人とも共同作業。 今日は、CWLを書くところを、Dockerfileを書くところから live codingしていただいて大変参考になった。 しかもlive shareにaudioまで加わって、実際にやって …

  16. ROIS DS JOINT INSECT 3rd

    昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析3

    ROIS-DS-JOINT共同研究集会として2017年度より始めた「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ …

  18. AJACS advanced 6th done

    統合データベース講習会AJACSa6河内を終えて

    大阪府枚方市の関西医科大学にて、2019年7月25-26日に開催した、中上級向け講習会AJACSadvanced(AJACSa)のAJACSa6河内が終了した。

    salmonの実行だけなら30分ほどで終了してしまうセミナーとなってしまうところだが、RUNデータの取得やSRAからFASTQへのフォーマット変換、トリミ …

  19. OUMed-python mokumoku kai

    阪医pythonもくもく会

    2019年3月に三島合宿にきた阪医python会のyyoshiakiたちと、次に大阪に行った時には話する機会を作ろうと話していたのがきっかけで。

    統合データベース講習会AJACSa6河内で …

  23. June2019

    2019年6月を振り返って

    前半は、5月から実行してきたメタ解析。 Dockerなスクリプトのikraを使ったわけだが、FASTQの取得を別でやったこともあって最初に書いたらそれで終わり、というわけにはいかなかった。 取得失敗するエント …

  24. QuickLook

    less-less なファイル操作

    ファイルシステムにあるファイル（多くはダウンロードしてきたファイルだが）の中身を確認す …

  29. Install pelican with markdown

    PelicanをMarkDown付きでinstall

    condaの不具合から一度全部アンインストール。 そのため、このブログが更新できなくなってしまったので、再度pelicanをインストール。 単純にpelicanをcondaで入れればいいだけでなく、MarkDownも必要。

    #!/bin/sh
conda install pelican
conda install MarkDown

  31. JSGEDIT 4th

    日本ゲノム編集学会第4回大会

    東京（船堀）開催だったというのもあって、初めて参加。 有用物質生産や育種での応用を調査す …

  33. ikra revisted

    ikra再び

    tximportで定量する部分を使わせてもらった、阪大医学部Python会のyyoshiaki氏によるikraであるが、また別プロジェクトで使わせてもらうことに。 Docker以外は特にデータ解析ソフトウェアをインストールしていない環境で手っ取り早くsalmonによる発現定量をしたかったため …

  34. Direct search links added

    直リンク追加

    ここで説明したことがないから気づかれてないかもしれないが。 現在のレイアウトでは右カラムに並 …

  36. Always on SSL for AOE

    AOEのHTTPS化

    業界の多くのウェブページがHTTPS化する中、取り残されていた。 特に必要性を感じなかったからだが、やはり多くの人にそのサ …

  37. Jet Lag in 2019

    時差ボケ

    今回は13時間時差のあるところに5日間(4泊)だったのだが、やはり帰ってきても時差ボケに。 いつもなら帰ってきても欠かさずmelatonin投与してそれほどでもなかったのだが、今回はそれ …

  38. Apple Watch Theater mode

    Apple Watchのシアターモード

    Apple Watchを普段から愛用している。

    hoge

    これまでApple Watchをつけて飛行機に長時間乗るとすぐに電池が消耗し、しかも飛行機によくついているUSBにApple Watch磁気充電ケーブルをさして充電しても全然充電が進まないどころか、むしろ電池が減るという事態に。

    hoge

    それをtweetしたところ、シアターモー …

  39. The Biology of Genomes 2019 day5

    The Biology of Genomes 2019 day5

    meeting最終日。 来た日には、5日間もあって長いなあと思っていたが、実際にはあっという間だった。

    全体的な雑感としては、順調に女性参加者の割合が増え …

  40. The Biology of Genomes 2019 day4

    The Biology of Genomes 2019 day4

    「なんとかseq」はまだまだ増殖中、というのを再確認。 というか、手法の命名方法として多用されていて、それ …

  41. The Biology of Genomes 2019 day3

    The Biology of Genomes 2019 day3

    Population Genomicsのセッションを聴いていて、ゲノムデータを使った研究の広がり、を感じた。 その使った研究がもっと増えていかねば。 もちろん …

  42. The Biology of Genomes 2019 day2

    The Biology of Genomes 2019 day2

    ポスター発表は会期中の2,3,4日目に、毎日日替わりで、発表者のLast Name、アルファベット順。 ということで、Bから始まる私は初日に。

    2日目だとバッチリ日周期(circadian …

  44. Docker setting for genomer

    ゲノム解析者用Docker設定

    Docker Desktop for macのおかげで、macOSでもDockerを使ってツールを起動することが簡単になった。 インストールの際にライブラリの依存性に悩まされることもなく、またバ …

  45. completion of writing 2019

    脱稿2019

    年頭から書いてきたとある書き物を脱稿した。

    #!/bin/bash
wc -m *.md

    でカウントした文字数の合計は、212,364となった。

    今回 …

  46. what is tilde

    チルダ

    電子メールなどの文書には出てこないがUNIXコマンドラインで出てくる文字として、~がある。 読み方は、「にょろ」ではなく、「チルダ(tilde)」である。

    かつてはウェブ …

  47. what is backquote

    バッククオート

    クオート(quote)にはシングル(')とタブル(")があるのはよく知られているだろう。 実は、さらに第3のクオートが存在する。 それがバッ …

  48. how to type backslash

    バックスラッシュを打つ設定

    新学期でUNIXコマンドを使い始めた方も多いだろう。 その際によく受ける質問で最近気になっているのは、アルファベットや数 …

  49. Exit Wordpress

    過去のブログコンテンツの統合

    休日ともなると余裕ができる。 一年前からの懸案である、WordPressで作りためたコンテンツの統合。 再開当時はWordPressのXMLからmarkdownへの移行ツールが見つけられなかったが、今ならどう …

About Me