Workflow Meetup＠東京日本橋
同僚に教えられ、15th Workflow Meetupに初参加。 東京会場は、COREDO日本橋にある理化学研究所 東京連絡事務所（15階）だったのだが、そこも初という、初め …
Articles in the misc category
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Shizuoka.ngs#2
エンジニアのための生命科学データ勉強会＠静岡#2
昨年、生命科学ガチ初心でもできる！エンジニアのための生命科学 …
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Beyond differentially expressed genes
DEGノムコウ
発現差のあった遺伝子群のことをDifferentially Expressed Genes(DEG)と呼ぶのは、Allie的にもぶっちぎりのトップとなっている今日この頃。 そして、詳細ページを見ると2004年から文献中に登場して …
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half time of my research life
研究人生の中間地点
大学院を出て働き出した2000年から今年2019年で、19年。 そして、65才まで働くとして（これは怪しいが）、あと19年。 今年は、そのちょうど中間地点の …
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thanks to jupyter bon
Jupyter本のサンプルコードのおかげで解決
諸事情あって、可視化をPythonでやろうとして、Jupyter notebookでグラフなどを出そうとしていた週末。 平日にはやらないような写経とかを楽しみながらも、どうやっても本にあるような …
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AOE layer the 3rd
AOEの外堀
SRAにRNA-seqとして登録されているものの、NCBI Gene Expression Omnibus(GEO)やEBI ArrayExpress(AE)といったいわゆる遺伝子発現データベースに登録されていないデータを抽出してAOEに突っ込んだ。 DDBJ Genomic …
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4 years have passed
あれから4年
前職で採用面接から立会い、プログラミングもできる分子生物学研究者（彼はスイッチヒッターと言って …
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March2019
2019年3月を振り返って
月初めからつくばまで行って農研機構 生物機能利用研究推進会議で登壇するなど、1月と2月の合計6泊よりも多い宿泊回数7泊の3月だった。
さらに、月初の阪大医学部Python会の2人の春合宿 …
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odokon2019
日本応用動物昆虫学会大会2019＠つくば
2019年3月25日〜27日まで、第63回日本応用動物昆虫学会大会がつくばで開かれ、25と26日に参加。 昨年は小集会の講師として参加し、今年はサテラ …
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AJACS insect special1
2019年応用動物昆虫学会大会連動企画 データ解析講習会
2019年3月25日〜27日まで、第63回日本応用動物昆虫学会大会がつくばで開かれる。 それに連動して、その前日の2019年3月24日にデータ解析講習会を柏の葉キャン …
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Kaiko no jikkentan
カイコの実験単
Amazonでは2019年3月22日発売予定のカイコの実験単。 この本の企画編集委員をされていた共同研究者よりご恵投いただく。 ありがとう …
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IT for Biological Data Analysis in stapy 43rd
みんなのPython勉強会#43
前回、参加できなかったみんなのPython勉強会。 ここのところスケジュールの都合がつかず、2018年の秋からの新しい会場になってから長い間参加できなかった。
今回は、スケジュール …
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RNA-seq data analysis in-turn
阪大医Python会春合宿＠三島
阪大医Python会の優秀なる2人の医学部生が、春合宿と称して職場に来襲。 3/4-8までの5日間滞在。 その間、共同研究者も彼らの来襲に合わせて来 …
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The Introductory Bayesian Statistics Course by High School Girl Ranko
女子高生乱子によるベイズ統計学入門講座: とある弁当屋の統計技師(データサイエンティスト) 3
かつて職場に大学 …
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NARO NIAS
農研機構 生物機能利用研究推進会議
農研機構の生物機能利用研究部門の会議に特別講演に呼ばれたので、つくばま …
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Mishima.syk 13th
Mishima.syk#13
8ヶ月ぶりに開催されたMishima.sykは今回13回目。 もうすぐ、三島に来て丸5年ということは、この勉強会も約6年やっているということになる。
今回は、知り合いの研究者が関東から遠征してき …
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Plan S
Plan Sとは
論文を出すことを日常的にしている研究者にとって非常に関わりが深いことなのに、ほとんど知られてないの …
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HISAT2 Samtools workflow
HISAT2→Samtoolsなワークフロー
以前書いたブログエントリなどを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ。
HISAT2でreference genomeにmappingして、genomeに対するアラインメントを得る場合。 HISAT2のウェブサイトにすでにindexずみのそれがある場合はしなくていいが、まずはindex作成。
hisat2-buildコマンドにて … -
CIBEX data reloaded to GEA
かつてCIBEXに登録したデータがGEAで復活
かつてCIBEXという遺伝子発現データベースがあった。 日本での遺伝子発現データベースということで、自分が …
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pre Trinity
Trinity前処理
以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ。 リンク先にあるスクリプトがちゃんと動 …
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blastdbcmd2019
localBLASTのblastdbcmdを使って配列エントリの特定の領域を取得する
以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ、blastdbcmd版。
新規なモデル生物では、ゲノム配列が公 …
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BLAT
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Make GEA Searchable from AOE
GEAをAOEから検索可能に
前にも触れた遺伝子発現データのアーカイブ、Genomic Expression Archive (GEA)であるが、公開データも出てきている。
それらのデータはEBIの …
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sequenceserver2019
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Genomic Expression Archive debut
Genomic Expression Archive (GEA) に登録してみた
DDBJがメンテナンスから戻ってきた。 メンテナンスの前に投げてあった遺伝子発現データのアーカイブ、Genomic Expression Archive (GEA)から正式に …
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MacMini 2018
ぼうのブログ引越し
新しく買ったMacMini2018にサーバー移行作業。
基本、
- 「画面共有」をオン
- 「リモートログイン」をオン
にして手元のマシンから。 ブログ …
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PLOS ONE described in "Houston, we have a narrative"
PLOS ONE
昨日のエントリで紹介した本「なぜ科学はストーリーを必要としているのか」のp266には、馴染みの深い論文誌PLOS ONEに関 …
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Houston, we have a narrative
なぜ科学はストーリーを必要としているのか
2018/11/10-11/14に参加したアメリカ昆虫学会の年会。 そのkeynote speech speaker、Randy Olsonさんの著作、やっと完読。
研究者 …
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Plan 2019
2019年の計
あけましておめでとうございます。本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしているその年の計。「2019年、かくありたい …
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Review 2018
2018年を振り返って
年頭に書いた「2018年、かくありたい」に沿って、2018年の活動を振り返ってみたい。
引き続き、ずっと取り組んでいるメインの仕事、公共DBの全レコードを対象としたデータ解析研究に力を注ぎ、懸案の仕事を論文 …
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Nights in hotels 2018
2018年出張外泊数
三島勤務になって以来、ここ5年数えて来た「仕事で外泊」した日数。2018年の日数が確定。
その結果、2018年は83泊で昨年より6泊増えて、さらに悪化。
年 泊数 2017 77 2016 77 2015 65 … -
NARO RCAIT
農研機構 農業情報研究センター
農研機構に2018年10月にできたばかりの農業情報研究センターを訪問。 内閣府や内閣総理大臣官邸が …
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Bioinformatics primer book edited by Prof. Toh
よくわかるバイオインフォマティクス入門
関西学院大学の藤博幸先生編集による「よくわかるバイオインフォマテ …
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Bonen2018
2018年忘年会
早いもので、忘年会が行われれる、もうそんな季節に。 隣のセンターの長の交代や統合牧場第三のチルドレンの加入 …
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BioHackathon2018 hackathon day6
Biohack18 6日目
午前は今回やったことをdocumentathon。
個人的にはAOE関係でやろうと思っていたことが他のプロジェクトとの兼ね合いで進めれなかったものの、CWLで書くことを教わるということで別の形で自分のプロジェクトを進めることができた。 また、oec014さんが主に進めてくれたCellFishing.jlの件も、これまでスタックしていた案件が今後につながる形で再 …
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BioHackathon2018 hackathon day5
Biohack18 5日目
この5日間でやり散らしたことをwrap-up。 結果として、AOEのCommon Workflow Language化がメインとなった今回。
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BioHackathon2018 hackathon day4
Biohack18 4日目
AOEのCWL化に取り組む（CWLizationと呼んでる）。 CommandLineToolを2つ組み合わせて、1つのWorkFlowとした単純なものから。
色々なトラップがあったものの、プロフェッショナルの多大なる助言をいただいて、動くようになった。 GitHubにアップロードしてあるので、自動的に可 …
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BioHackathon2018 hackathon day3
Biohack18 3日目
ようやく、Common Workflow Language(CWL)でAOEのindex作成ワークフローを書いてみる。 ネットワークづたいにデータを取ってくるからか、cwlファイルはvalidであっても、コケる。
発現類似性検索プロジェク …
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BioHackathon2018 hackathon day2
Biohack18 2日目
Common Workflow Language(CWL)でAOEのindex作成ワークフローを書き直したいとふと思って、取り組む。 cwltoolが入らず。
typingが入らないというエラーだったため、一度消去した上でpipで入れ直したり。 テストコードは … -
BioHackathon2018 hackathon day1
Biohack18 1日目
会場は引き続き、松江のホテル、バイオハッカソン開始。 AOE周りのやるべき項目をまず、リストアップ。 SRAのRNA-seq取り込み周りは、他との兼ね合いで後回しに。
そこで、CellFishingを …
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BioHackathon2018 symposium
Biohackathon2018 シンポジウム
今年は松江で開催のBiohackthon。 しかし電車が人身事後で3時間ほど遅延して、大遅刻。 YouTube Live発信でネット参加しつつ、午後からシンポジウム会場へ。 自分の …
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A cure within
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Impression on 41st annual meeting of the molecular biological society of Japan
第41回日本分子生物学会年会を終えて
今年も日本分子生物学会年会（分生）が終わった。
例年通り、NBDC/DBCLSはブース出展、今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーの一部で展示会 …
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41st annual meeting of the molecular biological society of Japan day3
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41st annual meeting of the molecular biological society of Japan day2
第41回日本分子生物学会年会2日目
本日11月29日(木)、2日目。
今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーを展示会/ポスター会場の一角にてやっており、NBDC/DBCLSもブース出展しております。 提供している …
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41st annual meeting of the molecular biological society of Japan day1
第41回日本分子生物学会年会1日目
本日2018年11月28日より、今年の日本分子生物学会年会（分生）。 そして、自らの執筆し、監修した本「生命科学データベース・ウェブツー …
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41st annual meeting of the molecular biological society of Japan
第41回日本分子生物学会年会0日目
いよいよ今年の日本分子生物学会年会（分生）が明日2018年11月28日から。
例年通り、NBDC/DBCLSはブース出展、今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーの一部で …
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NARO Insect Symposium
機能改変昆虫の産業利用の可能性
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Impression on 2018 ESA, ESC and ESBC Joint Annual Meeting
2018 ESA, ESC and ESBC Joint Annual Meeting に参加して
最終日の11/14には、あったPrenary lectureはRyan Churchさんという方で、またもやハリウッド関係という。どんだ …
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2018 ESA, ESC and ESBC Joint Annual Meeting
2018 ESA, ESC and ESBC Joint Annual Meeting
11/10-11/14まで、アメリカ昆虫学会の年会に参加。 カナダとブリティッシュコロンビア州の昆虫学会との合 …
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