Articles in the misc category

  1. 16th cancer hypoxia

    16th cancer hypoxia

    がんとハイポキシア研究会に今年も参加。 今回の会場は前回と打って変わって、JR京葉線海浜幕張駅前のアウトレットの真ん前のホテル。 今回は合宿形式ではなかっ …

  2. 3rd RDF tutorial

    第3回RDF講習会

    第3回RDF講習会が2018年11月1日に開催。 一昨年昨年に続き、今年も市ヶ谷のJSTにて。 今年も参加して復習。 二週間前に申し込みサイトがオープンになった …

  5. No hope without data sharing

    同業種交流会

    ひょんなことからローカルな飲み会。 どのようなデータセットを選択すべきか、閾値をどう指定したら …

  6. SPARC Japan seminar 2018 2nd

    第2回SPARC Japan セミナー2018「オープンサイエンス時代のクオリティコントロールを見通す」

    今年度はセミナー企画ワーキング …

  7. recollection of togofarm

    統合牧場の追憶

    休みの日だったが、職場近くで行われていた若手の会が終わって、3人の若手がDBCLS見学に。 かつて、DBCLSが東大本郷に間借りしていた時はよくこうやって人がやってきたな、と思 …

  8. What they call GO analysis

    GO解析という言い方

    最近よく「GO解析（ジーオーカイセキ）」という言い方を聞く。 よく話を聞いてみると、発現差などのあった遺伝子群をエンリ …

  9. Symposium105 2018

    トーゴーの日シンポジウム2018

    今年も。作る側の報告会的な色合いが強い会だったが、大分使う側に向けた口頭発表が …

  10. Trami

    ぼうのブログ復電

    ぼうのブログをホストしているマシンが41時間ぶりに通電して復活。 台風による停電はおそらく初めて。 これまでは瞬電が …

  11. September2018

    2018年9月を振り返って

    9月は出張が多かった。 まず月初めから8月末からの熊本出張があり、その翌週には蓼科での若手支援技術講習会、広島でのゲノム編集特化型講習会、獣医学会のシ …

  13. ROIS Tachikawa

    ROIS立川

    研修で初めてROIS立川へ。 国立極地研究所と統計数理研究所が都内から移転してきて、現在ここに。

    多摩都市モノレールも初 …

  14. What is BioRxiv

    BioRxivとは何か

    BioRxivにアップした論文をポスター発表していたら意外な質問が。

    「このBioRxivって何ですか？」

    そもそも読み方からして知られていない。「バ …

  17. ROIS DS JOINT INSECT 2nd

    昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析2

    ROIS-DS-JOINT共同研究集会として去年度より始めた「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ …

  19. July2018

    2018年7月を振り返って

    出張が少なかった6月と打って変わって、7月は5月と同じ宿泊回数10日。 国内版バイオハッカソン＠徳島がその半分以上の6泊。結果として、AOE関係の仕事はとても進んだのでよかったのだが。

    あと、統合データベース講 …

  21. Start Python Club 37th

    みんなのPython勉強会#37

    前回に続いて、連続参加。おとなしく、聴衆に戻った。

    第37回目の今回はPython教育がテーマということで、社内で導入した例や勉強するためのさまざ …

  22. Navigating Metabolism

    代謝ナビゲーション

    Nature Metabolismが2019年1月に発刊されるらしい。約20年前に日本生化学会の代謝マップを元にKEGGのデータを作成するお手伝いをしていた私にとってみると大変驚きの事実である。当時はシグナル伝達全盛で、なぜそんな時代遅れの代謝なんてやっているのかわ …

  23. 11 years passed

    DBCLS11年

    この2018年7月で、2007年7月にDBCLSに移ってはや11年が過ぎた。 日本を代表する生命科学のデータベースセンターとしてやるべきだと思ったことを自分なりに自分の …

  25. Mishima.syk 12th

    Mishima.syk#12

    8ヶ月ぶりに開催されたMishima.sykは今回12回目。5年ほど前から開催されているので、年2-3回のペースということに。

    今回は発表者も多く、話題が多岐にわたり、いろんな方の発表を聞かせてもらった。名指 …

  26. Like Nishino Japan Tonight

    憂しと見し世ぞ 今は恋しき

    奇跡の復活を果たした友人と。いろいろ絶望していたが、話しているとポロポロと良い考 …

  27. Start Python Club 36th

    みんなのPython勉強会#36

    2年前に初めて参加して以来、数ヶ月に一度ぐらいの割合で予定が合えば参加してきた、みんなのPython勉強会だが、ついに2018年6月の第36回で発表させていただ …

  28. The self taught programmer

    独学プログラマー Python言語の基本から仕事のやり方まで

    YouTube Live越しにこっそりエア参加させていただいた2018年5月のみんなのPython勉強会で辻さんが紹介されていた独学プログラマー Python言語の基本から仕事のやり方まで。これまで必要に迫られてPythonで書かれたプログラムの吐くエラーからコードをちょこっと直したりはしてきたものの、Pythonプログラミングをガッツリ勉強したことは実はないので、一から学 …

  30. May2018

    2018年5月を振り返って

    4月とうって変わって、宿泊回数10日。そのうち、海外出張で6泊で、大型連休期間もあり、あまり職場に居ない月となってしまった。その海外出張 …

  32. April2018

    2018年4月を振り返って

    年度始めとあって出張が極めて少なく、宿泊回数も2日。その分、本務先で仕事を大幅に進めることができた。

    とくに、AOE …

  34. ぼうのブログ resumed

    ぼうのブログ再開

    ぼうのブログを復活させました。古いコンテンツのインポートを試みていますが、今のところWordPressのXMLからmarkdownへの変換がうまくいかないので、古 …

  35. 自宅鯖絶不調

    自宅鯖にしているMac miniの調子がここのところ悪い。今朝はおそらく早朝に勝手に再起動していたし、さっきはちょっと出かけている間に固まっ …

  36. 冬休みの宿題その1

    ある本の分担翻訳をひとまずやり遂げてしまった。打ち込んだ文字数の合計、約5万字ほど。冬休みの宿題として持ってきたが …

  38. Trinity前処理

    遠隔作業が可能なので、時間のかかる処理を仕込みつつ。

    fastq-dumpでヘッダを変えたFASTQでは、Trim Galore!(cutadapt)によるトリミングが失敗する …

  39. 2018年の計

    年頭恒例にしているその年の計。「2018年、かくありたい」

    1. 引き続き、ずっと取り組んでいるメインの仕事、公共DBの全レコードを対象としたデータ解析研究に力を注ぎ、懸案の仕事を …

  41. 2017年出張外泊数

    三島に勤務しだした2014年から数えている「仕事で外泊」した日数。本日(12月28日)で仕事納め、というわけで、2017年の日数確定。 去年と同数の77泊。2014年50泊、2015年65泊、と年々増加してきたので、今年は抑 …

  43. dockerでfastq-dump

    - Docker

    SRAデータの再利用で困っているのでよく聞くのが、FASTQファイルが得られないという声。FASTQファイルでの配布は新規にはされていないので、SRA(.sra)形式でのファイルを取ってきてfastq-dumpコマンドを実行する必要があるわけであるが、このコマンドのインストールが上手く行かなかったりする模様。

    そ …

  46. '今日のワンライナー: Perl -a'

    今日のワンライナー。普通なら

    cut -f1,3 hoge.txt

    で済ますところだが、さらなる処理、IDのバージョン情報を取る(s/.d+//)とか必要な場合にPerlで処理したい場合、こんな風に …

  47. NBRPシンポジウム2017

    ナショナルバイオリソースプロジェクト(National BioResource Project; NBRP)のシンポジウムに参加。今年度(２０１７年)から第４期が開始ということであったが、それは５年を1期とするプロジェクトが3回行われ、今年度から4期目が始まったという意味で …

  48. SPARQLthon63

    BH17.11の続き。NCBI GEOのメタデータをDBCLS SRAのAPIから取得してこれるよう、AOEのコードを追加。そしてそれらをGitHubにアップすべくまとめたり、ドキュメントを充実させたり。短いコードであってもそれらを書き散らすのは楽し …

  50. ConBio2017 4日目

    最終日は、RefExとAOEの口頭発表。今回は@h_ono氏が発表をやってくれた。2年前に同じく神戸で(その時は自分が)口頭発表したときに比べて、disり質問もなく。(今は)公共データを再利用しよう、という流れを …

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