この日には夜に癌研究者の集まりに。毎度研究コミュニティーのsmall world感を感じながらも、初めて会った人にも統合TVすごく使っていた …
Articles in the misc category
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ConBio2017 2日目
2日目はブース対応をメインのはずだったが、Bono本サイン会があったりして迷惑かけてしまった…。そちらのイベント自体は大成功だったのだが。
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ConBio2017 1日目
ConBio2017は初日の午前にいきなり主宰ワークショップ「いかにして『使える』データベースを維持し続けるか?」から開幕。以下のような豪華な演者陣でバイオなデータベース …
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ConBio2017 0日目
次の日朝イチで主宰ワークショップだったので、午前にミーティングに出てから午後に移動で、前日入り。それに乗じ …
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BH17.11
2017年の国内版バイオハッカソンは熊本にて、11月26日〜12月1日まで。 AOEのコード群をDBCLS傘下のGitHubに移し、書き散らしていたコードをまとめたり、発現定量値を使ったソレを議論したり。その裏で、共同研究 …
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Annotathon2017
今回で2回目のアノテーソン。ゲノム配列解読系の人が多かったような。自分の考えていた「アノテーション」とは違う世界に戸惑うものの …
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kallisto
遅ればせながら、kallistoを試す。日本語でブログに書いている人もいる模様だが、最新の情報は英語の本家のドキュメント …
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第15回がんとハイポキシア研究会2日目
日が変わってもなお議論。いつにも増してハードな会となった。
自分ですべての「データ」を出すだけでなく、公共データ …
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SPARQLthon62
無線LANのトラブルの中、いくつかのプロジェクトの打合せを進める。
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みんなのPython勉強会#30
2017年5月以来、半年ぶりに参加。期せずして3冊のPython本の著者の人が話される節目の勉強会30回目で、大変参考になった。その3冊とは、以下の通り。
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日付変更線
日付変更線を越えてきたため、私にとっての今日の日は物凄く短く、すぐに終わってしまった。11月1日が37時間あった分のツケ。
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Genome Informatics 2017 day4
Genome Informatics 2017 day4
カードキーがいきなり磁気が飛んで無反応になるやシャワーのお湯がなかなか温かくならない等、いろい …
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Genome Informatics 2017 day3
Genome Informatics 2017 day3
日本は祝日らしいが、こちらはとくに祝日でもないので、普通にセッションが朝から晩まで。
最初だけかと思 …
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Genome Informatics 2017 day2
Genome Informatics 2017 day2
twitterから得た、参加者らしき人のtweetによれば、229の発表があり、そのうち44が口頭発表で残り185がポスター発表とか。 参加者数は345とか。これもtwitter情報。
発表者のLast nameのアルファベット順にポスター番号が振られ、口頭発表も含めて分け …
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Genome Informatics 2017 day1
Genome Informatics 2017 day1
2017/11/1-4まで Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) で開かれている Genome Informaticsに参加。 隔年でCSHLとWellcome Genome Campusとで開かれていて、今年は米国で。 実は、第1回目に出ていて口頭発表しているという最古参。 し …
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ROIS-DS-JOINT共同研究集会開催に向けて
セミナーから一夜明けて、また別の研究会の企画打合せ。「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析」は …
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SPARC Japan 2017 2nd done
第2回SPARC Japan セミナー2017「プレプリントとオープンアクセス」無事終了
セミナー企画ワーキンググループメンバーの担当と …
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SPARQLthon61
台風直撃により、前日入り。いろいろ作業を進めて、それぞれそれなりに進捗があったのだが、SPARQLthonでメインでやるべきAOEまわりはほとんど進まず、無念。今年度の開発の仕 …
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SPARC Japan 2017 2nd
第2回SPARC Japan セミナー2017「プレプリントとオープンアクセス」
今年も、セミナー企画ワーキンググループに入ってやらせてい …
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職場でのGitHubの利用法
(このエントリは、Mishima.syk#11のLightning Talkネタ)
職場では、GitHubを日常的に使っている。その実例を紹介する。
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統合データベース講習会AJACSでは講習会資料が基本GitHubで管理している …
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xenomeその後
githubに復活したものの、実行が終わらないxenome。他の人も同様な状況らしく。1.0.1に関することとか書かれていたので、ちゃんと見て試そうと思っていたが。そのバー …
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研究会ラッシュ
気がついたら今年度の後半戦。ちょっとした研究会ラッシュ。これから広報を開始するフェーズの研究会や、旅費の申 …
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代謝ナビゲーション
Dr.Bonoの生命科学データ解析と同じ出版社(メディカル・サイエンス・インターナショナル)から同時に出版された本の一つがこの代謝ナビ …
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第2回RDF講習会
10月6日はトーロクの日。データを登録し、他の人に使ってもらう機会を増し、データの再利用性を高める機会にすると良い、ということでこ …
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トーゴーの日シンポジウム2017
今年も巡ってきた10月5日。ということで、「トーゴーの日」シンポジウム。今年も東京大学弥生講堂にて2日間に渡って開催されたが、ポスター発表数が多 …
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第76回日本癌学会学術総会3日目
学会は、視野を広げて話を聞く良い機会であることを昨晩実感したので、それを更に実践。興味はあるものの、普段は聞 …
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第76回日本癌学会学術総会2日目
癌学会2日目は自分のポスター発表。デバネタで発表するのは今回が初めてだが、あくまでもDB再利用研究の実例として。張り付き義務時間になってポスターの前に行っ …
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第76回日本癌学会学術総会1日目
2017年9月28日からの3日間、パシフィコ横浜で開催された第76回日本癌学会学術総会に参加。今回のハイライトは、1年前からこの学会に照準を合わせて取り組んできたBono本の出版。
なんとか間に合ってよかった。
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ArrayExpressのmirror復活
ArrayExpressがaspera経由でのmirrorできなくなっていた件。-Pでポート番号を指定するだけで復活。セキュリティのため、default以外のポート番号になった?
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BioHackathon2017 最終日
最終日は論文thonということで、今回取り組んだことをまとめて、BioHackathon2017論文のコンテンツをみんなでそれぞれに。参加者の皆さん、一週間おつかれさまでした。
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BioHackathon2017 day4
４日目は、温泉インフォマティクス研究会はやはり朝夕の２回開催。修学旅行生が入るという情報もあって夕方早めに。
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BioHackathon2017 day3
翌朝になっても計算終わらず。その周りでごちゃごちゃと。 お昼周りを散歩するも、食事できるところは、かつてあった …
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BioHackathon2017 day2
温泉インフォマティクス研究会は、朝と夜の2回開催。AOE3にあたるプロジェクトを粛々と進めるも、計算終わらず。
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BioHackathon2017 day1
2日に渡るシンポジウムが終わり、ハッカソン開始。 SPARQLthonの時にやってきていたDBCLS SRAとAOEまわりで仕事を進める予定。その前に、まずは温泉インフォマティクス研究会。1日目は、夜に1回の開催。
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BioHackathon2017 symposium
今年で10回目のBioHackathon。10回目記念ということもあって、いつもならシンポジウムは1日のところ、今年は2日間でしかも東京開催。FAIR Principles (FAIR原則: Findable, Accessible, Interoperable, and Re-usable)で有名なMark Wilkinsonさん曰く、
[The final version of FAIR Principles were crafted by participants of #BioHack15 , led by …
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RefEx論文報道
RefEx論文発表のその後の顛末。 論文に関するプレスリリースが、職場(DBCLS)と共同研究先の研究機関(遺伝研)から出され、マイナビや医学関係のニュー …
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SPARQLthon59 day1
今回は理研和光にてSPARQLthon開催。諸事情により、今回は今日だけの参加。 サンプル方向の検索実装はBioHackathonで頑張ることを確認。 今回はArrayExpressのデータ更新をしこめなかったため、インデックス更 …
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RefEx論文
NBDC/DBCLSの遺伝子発現のデータベースというかウェブツール、RefExの論文が公表された。 これは２００６年に文部科学省統合データベースプロジェクトが始まったときにすでにその原型があったサービスで、さまざまな測定手法による遺伝子発現データを並べてみるというコンセプトでデー …
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統合データベース講習会AJACS河内
2017年8月24日に大阪府枚方市の関西医科大学で統合データベース講習会AJACS河内に講師やTeaching Assistant (TA)として参加。講師としては、「遺伝子発現DBを含む公共オミックスDBの使い方」を担当。1日のみの講習で開始時間も朝早くからで(しかも学長から挨拶 …
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木を見て森を見ず
生化学若い研究者の会九州支部夏のセミナーの講師に呼ばれたので話しに。5年前に同じく生化学若い研究者の会の夏の学校で話ししたときのものを現時点版にアップデートしてお話し …
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xenomeでclassify
xenome続き。indexができたので、それを使って分類。 [shell] xenome classify -T 12 -M 48 -P fuga_in_hoge -i fuga_RNAseq1.fq [/shell] FASTQファイルであるが、どうもbz2圧縮のままでは実行できない模様で、展開してから。
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統合データベース講習会AJACSa4つくば
これまで、三島の国立遺伝学研究所で開催して来た中上級向けの講習会、統合データベース講習会AJACSadvancedを、初めて外部(つく …
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xenomeのindex作成
xenome続き。indexの作成だが、以下のように。 [shell] xenome index -v -T 6 -P fuga_in_hoge -H hoge.fa -G fuga.fa [/shell] 最初この実行が終わらず、プログラムが暴走しているのかと思 …
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xenomeのインストール
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gffread
Cufflinksパッケージに入っているコマンドgffreadは、以下のオプションでGFF3形式からGTFに変換してくれる。 [shell] gffread hoge.gff -T -o hoge.gtf [/shell] これまで知らなかったが、便利な局面がありそう、ということで。
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訃報
これまた信じられない訃報。直接一緒に働いたことはないものの、間接的にいろいろお世話になってきたこの分野の …
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北大出張
どちらかというと、こちらが教える立場であったはずだが、自分的にもいろいろ刺激を受けてきた。それを実現する方 …
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SPARQLthon58 day2
まず、昨晩飛び込んで来たproofの対処。 ArrayExpressにデータとして明に含まれなくなったINSTRUMENT_MODEL(Sequencerの情報)をSRAのmetadataから抜き出してくる実装をして、githubへpush。コードの整理しなきゃな…。
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SPARQLthon58 day1
三島にてSPARQLthon。まずは、AOEの拡張で発現データmatrixと格闘。
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MEGA début
分子系統樹の描画といえば、これまでJalviewで満足してきた。しかしながら、bootstrap値の計算など系統樹描画に限界を感じ、食わず嫌いはいかんと思い立ち、MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis …
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