Articles in the misc category

  1. roomba reloaded

    ルンバ復活

    6年前に買ったルンバ871。

    他の掃除機との併用ぐらしでそんなに利用頻度は高くなかったものの、すぐに充電切れになるように …

  2. R.I.P. James Taylor

    追悼James Taylorさん

    TwitterにGalaxyの生みの親であるJames Taylorさんがなくなったと流れてきて、驚きを隠せなかった。 彼とは去年(2019年)のCold Spring Harbor Laboratoryでの The Biology of Genomes で会って、彼のポスター …

  3. April2020

    2020年4月を振り返って

    怒涛の1ヶ月が終わろうとしている。

    ラボの立ち上げということでほぼゼロから始めていたものの。 移ってきてすぐに周りのラボの方との挨 …

  4. Website for bonohulab

    bonohulabウェブサイト

    bonohulabのウェブサイトは、着任当初は来たばかりで大学で提供されているサービス等全くわからなかったこともあって、自鯖上に作った …

  5. Convict Conditioning Started

    プリズナートレーニング開始

    ようやく、生活も落ち着いてきたと思ったら、「週末・平日に関わらず外出を自粛」要請と …

  6. launching bonohulab

    bonohulabの立ち上げ

    埼玉医大でのきしょいラボ(2003年)やDBCLS(2007年)など、新しい研究室のセットアップをこれまで何度か経験してきたが、今回は …

  9. 26th Workflow Meetup

    26th Workflow Meetup

    なんとか開催になった26回目。 リモート参加も可能だったが、いつも通り、東京会場にて。 ほとんどリモート参加かと …

  10. Feburary2020

    2020年2月を振り返って

    2020年2月は前半に共同研究打ち合わせの出張があった他は出張も少なく、懸案の論文執筆を進めたり、データ解析を進めたり、研究を進めることができた。

    そして、先月に続いて、論文の公開 …

  11. AirPods Pro

    AirPods Pro

    ずっと欲しかったAirPods Pro。 自分への誕生日プレゼントと思い、Apple Storeに行った時に売っているかも、と思って何回か挑戦。 2020年1月頭に出張先のSan DiegoのApple Storeでも探したがやはり品切れ。

    そこで観念して、帰国 …

  14. January2020

    2020年1月を振り返って

    2020年1月はPlant and Animal Genome Conference (PAG)に行った影響で、出張外泊数にして年頭から9泊にもなった（PAGでの詳細は、各日のブログエントリ参照。1日目、2日目、3日目、4日目、5日目）。

    また、年末に …

  15. bio info meeting around 10th

    バイオとインフォの会10回目（くらい）

    同業種飲み会であるバイオとインフォの会、だいぶご無沙汰していたが、今回予定が …

  16. Uber debut

    Uberデビュー

    空港からの行きは乗せてもらって、帰りは自分でアカウントを作って、今回のPAG出張でUberデビュー。 支払いに一切現金を使わず、運転手 …

  20. Plant and Animal Genome Conference XXVIII day2

    PAGXXVIII day2

    朝8時からEBIのworkshop、Genome annotation resources at EMBL-EBIに参加。 知っていることも多いが、updateすべき情報も多く、ためになる。 途中から、Non-coding RNAのworkshopに。 R研のHさんの発表を拝聴する。

    夕方、いつも通り最初のplenary lecture終了後、reception。

  21. Plant and Animal Genome Conference XXVIII day1

    PAGXXVIII day1

    4年ぶりのInternational Plant and Animal Genome Conference (PAG)参加。 朝8時からArthropod genomics and genome engineering のworkshopがあるなど。 これ以外にもArthropod関係のworkshopが複数、色々とあることが冒頭にアナウンスされ、予定に追加。

    California roomの奥で時折PCを充電しつつ休憩。 かつてはこの奥で口頭発表してい …

  22. Plan 2020

    2020年の計

    明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしている「一年の計は元旦にあり」。 今年 …

  25. Nights in hotels 2019

    2019年出張外泊数

    三島勤務になった2014年以来、数えて来た「仕事で外泊」した日数。 年内の出張が全て終わって、2019年の日数が確定。 その結果、2019年は91泊で昨年より8泊増えて、さ …

  26. Books published in 2019

    2019年に出版した本

    2019年もあと10日となって色々と振り返りモードな情勢。 私も振り返ってみたい。

    2019年は、結果として4冊の本を世に出す結果となった。 去年の今頃、全て期限内に出せるか不安だったが、編集担当者や共著者の …

  27. 23rd Workflow Meetup

    23rd Workflow Meetup

    前回は参加できなかったが、23回目の今回は参加。

    HISAT2-StringTieによる新規transcript発見ワークフローを自分で作ろうとしたのだが、Live codingの話題としていただき、一気に進んだ！ あとは、持ち帰って実際に動かしてみるところに。 あ …

  31. 42rd annual meeting of the molecular biological society of Japan day2

    第42回日本分子生物学会年会2日目

    朝起きるとbioRxivから連絡があって、先週末にアップした論文は新規でなく、以前に出してcloseされてしまったプレプリントのバージョンアップということでまとめていただいた。 そこで、その処理をすると程なく公開。 文字 …

  34. November2019

    2019年11月を振り返って

    秋になって出張も多くなって、長らく月末の振り返りエントリがご無沙汰だった。 調べてみると7月以来で、四ヶ月ぶり。

    2019年11月は中盤からずっと出張で、出 …

  35. BioHackathon Europe 2019 day5

    #BH2019Europe day5

    ようやく、朝起きるのが正常になった。 しかし、今日でBiohackathon Europe最終日。 Final wrap-upとして以下のまとめを。

    • Achievements:
      • 1 Clarified what is needed in the data production for gene expression data collection including FANTOM, GTEx and Human Cell Atlas …

  36. BioHackathon Europe 2019 day4

    #BH2019Europe day4

    やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 このままボケたまま日本に帰れるか!?

    まずは、昨日の続きで …

  37. BioHackathon Europe 2019 day3

    #BH2019Europe day3

    やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 3日目にして初めて、gitterというメッセージングツールが使われていることを …

  38. BioHackathon Europe 2019 day2

    #BH2019Europe day2

    時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 感動的に美味い朝食のあと、午前9時からhack開始。

    現在のさまざまな問題点をリストア …

  39. BioHackathon Europe 2019 day1

    #BH2019Europe day1

    パリ市内から会場のある郊外へ。 順調に乗り換えれると約1時間半のところ、途中で1時間の待ちぼうけをくらった。 最寄駅からは歩くのは非推奨だったよう …

  41. Statistical genetics 2019 day3

    第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 3日目

    3日目の最終日には、奄美文化センターにて市民公開講座。 コホートに参加いただいた …

  45. annotathon2019

    アノテーソン2019

    Annotatho(n=Annotation+Marathon)もこれで3回目。 今回は、前回までの三島の遺伝研から場所を改めて、柏の葉キャンパス駅前のDBCLS柏にて …

  46. Talk on Comparative Insect Transcriptomics

    虫の会前座＠第42回日本分子生物学会年会

    分セーにあわせて今年も開催される「虫の会（本会）」の前座で話します（意訳：第42回日本分子生物学会年会で開かれる「虫の会（まじめ版）6：昆虫 …

  48. 4th RDF tutorial

    第4回RDF講習会

    第4回RDF講習会が2019年10月31日に開催。 これまでと異なり、今年は市ヶ谷駅に近いほうのJSTではなく、JST東京本部の地下会議室にて。 今年も参加して復習。

    去年と比べて、さらに洗練さ …

  49. 21st Workflow Meetup

    21st Workflow Meetup

    21回目の今回も参加。 cwltoolが古いかも疑惑があり、 conda install -c conda-forge cwltool でconda-forgeからインストールし直し。 ただ、達人的にはpipやapt-getによるインストールが推奨らしい …

  50. rsync hacks

    必要な拡張子のファイルだけをrsync

    AOEのindexを作成するためにArrayExpressのメタデータだけをダウンロードして使っていたのが始まりだったが、DDBJとの協力関係の下、ArrayExpressのファイル全体をmirrorしてきた。

    しかしながら、諸事情あってそれを止めることになったので、AOEの更新のために必要なメタデータだけ取得することに。 同梱されて …

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