COI-NEXT本格型キックオフミーティング
2022年4月より本格型に昇格となった、JST 共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)において「Bio-Digital Transformation（バイオDX）産学共創拠点」（代表機関：広島大学）。 そのキックオフミー …
Articles in the misc category
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May2022
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every man knows his own business best
餅は餅屋
大学で研究室を持つようになって、大学院生に指導したり、いろんな方と話してて思うこと。 生命科学の専門 …
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2years passed since the sensei debut
センセイデビューから2年
生徒のいない授業で大学の先生デビューしてから2年。 また今年も「先端生命技術概論」という …
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Nature observation at Higashihiroshima Campus
東広島キャンパスの自然観察
TWitterでこれまで2年ほど過ごした勤務地に関わる本「東広島キャンパスの自然観察」が出版されたことを知った。
東広島キャンパスの自然 …
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April2022
2022年4月を振り返って
今月でついにこちらにきて3年目が始まった。 学生の数が3人から6人に倍増し、それに起因するさまざまな調整案件が増えた。
年度が変わって今月に …
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2nd Onsen Informatics 22
2022年第2回温泉インフォマティクス研究会
新年度に入って色々と頭の中で整理すべき事柄が多くなって、開催。 色々いいアイデアを浸透圧刺激で汗と共にしぼり出して、さらに熱風と熱刺激で焼きなますことができた。
温泉インフォマティクス研究会の …
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Jxiv
Jxiv
昨年度末の慌ただしい時期に公開された、科学技術振興機構(JST)によるプレプリントサーバーで、ジェイカイブと読 …
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RG abandons RG score
ResearchGate、RG scoreやめるってよ
最近そういえばRG scoreが自分のResearchGateのページに出てないなと思っていたら。 どうやら、2022年7月でやめる模様。
we announced the decision to remove the RG Score after July 2022
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March2022
2022年3月を振り返って
今月でついにこちらにきて丸2年。
月頭には3回目のワクチン接種。 そして月途中でマンボウが解除されて、ようやく人の行き来が再開し …
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BioDX outreach event 2022 done
ミライ牧場イベント1st無事終了
2022年3月26日(土)開催の「生命科学のミライを知ろう！ゲノム編集・バイオインフォマティクスのトップ研 …
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Shutoiten 2years
酒都移転2年
今日2022年3月25日で酒都西条に移転して丸2年。
1年目から継続してCOVID-19の影響で出張が満足に行けない1年だったけれども、まだ前年よりは行けるタイミングもあったということでマシではあったが。 国 …
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Takuetsu Online Symnposium 2022
ゲノム編集卓越大学院プログラムオンラインシンポジウム2022
2022年3月19日（土）に卓越大学院のシンポジウムとして、 市民シンポ …
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Open Lectures 2022
大学の公開講座2022
ゲノム編集イノベーション～最先端のバイオテクノロジー～ の3回シリーズの2回目で「みんなのバイオDX」と題して話する …
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syllabus2022
シラバス入力
今年もシラバスを記載する季節が。 卓越大学院の方からは依頼があってそれを知るが、去年同様特に連 …
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BioDX outreach event 2022
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customizing ikra
異なるファイル拡張子のFASTQでikra実行
ikraは、発現定量するFASTQファイルのファイル拡張子として、デフォルトでは
fastq（厳密にはfastq.gz）が想定されているようで、fq（厳密に … -
COVID-19 Vaccine 3rd shot
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Feburary2022
2022年2月を振り返って
今月もずっとマンボウ地域入りで、県外には出れず。 予定していた2つの研究会へオンサイト参加するための出張は潰れた。 もちろん2月はいろいろな発表会があり、仮にマンボウでなくても出張で外 …
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Routinely uniq
uniqコマンドのオプション
さまざまな事情で
uniqコマンドにはお世話になっている。 多くはsortコマンドと共に、sort -uというsortしたのちにuniqする … -
Python for Bioinformatics 2nd Eds seminar done
Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版 輪読終了
bonohulabでの教育プログラムにも書いてあるように、研究室セミナーとして関連分野の図書の輪読を行なっている。
2021年度は、前期 …
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NIG-JOINT 21 for insects
21年度遺伝研研究集会「昆虫におけるNGSおよびゲノムデータベース利用によるデータ解析」
国立遺伝学研究所研究集会(NIG-JOINT)「昆虫におけるNGSおよびゲノムデータベース利用によるデータ解析」は、2020年度に行うはずがコロナ禍で実施できず翌年度に延期。 さらに2021年度も、オンサイトでの開催を目指してずっ …
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Registering to DB for non-model RNA-Seq
非モデル生物RNA-Seqの際のDBへの登録
RNA-Seqデータの公共データベースへの登録手続きは、「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」にも載っているが、これはモデル生物が想定されて書かれている。
しかしながら、非モデル生物 …
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CBI seminar 431st done
第431回CBI学会講演会done
「バイオ、化学、製薬業界で進むデジタルトランスフォーメーション（DX）」というテーマの講演会にて、「バイオDXー知のめぐりのよい生命科学研究を目指して｣と題し …
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COI-NEXT continued
COI-NEXT本格型へ昇格！
2020年12月というと2年前のようだが、正確には1年2ヶ月前。 現在所属の機関がJST共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)に「育成型」として採択されたのは。 それから体制づくりとしてデザイン思考ワ …
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Special Issue "Insect Genome and Transcriptome Data"
InsectsでSpecial Issueやります
Insectsにて、Insect Genome and Transcriptome Dataと題したSpecial IssueのGuest Editorを農研機構の共同研究者たちと共にすることに。 その名の通り、昆虫のゲノムとトランスクリプトームデータに関する論文な …
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align_and_estimate_abundance.pl is not included in Trinity Docker image v2.13.2
Trinityの発現定量スクリプトがDockerにない
前は動いたはずなのに…。 Trinity in Dockerにある例の
docker run -vpwd:pwdtrinityrnaseq/trinityrnaseq /usr/local/bin/trinityrnaseq/util/align_and_estimate_abundance.plで no such file or directory。というわけで、どうも最近 …
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1st Onsen Informatics 22
2022年第１回温泉インフォマティクス研究会
ずっと缶詰になっているのも毒ということで、開催。 色々いいアイデアを浸透圧刺激とヒートショックで出して、さらに焼きなますことができた。
牡蠣づくし御膳！
🦪めし
🦪フラ … -
January2022
2022年1月を振り返って
今月は、華麗に加齢な上に。過冷な毎日だった。 年明け前から再び増え出した新規COVID-19感染者は増加の一途をたどり、ついに再びマンボウに。 さまざま …
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Cite papers by DOI!
論文はDOIで引用しよう
論文を引用するとき、今、ウェブブラウザで見ているURLを貼り付けるのが便利だが、それでは危険である。 そのURLが一時的なものである恐れがある。 なので、それはお勧めしな …
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Searching fulltext of papers
論文全文を探す方法
2020年代の今、多くの論文がオープンアクセスとなっていてインターネット検索によって自由に読めるよ …
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ScanSnap access from Monterey
MontereyからのScanSnap
どうしても必要な事務書類は、別の部屋に借りに行く方式で、ラボにプリンターを廃止してなんとかやっている。 次 …
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Bottom right corner of the screen
画面の右下
新しいM1 Mac with macOS Monterey (12.1)、基本的に快調に使えている。 ScanSnapが反応してくれなかったり、プリンタドライバーが対応してなかったり、という …
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Hiroshima Bio Forum 21
令和３年度広島バイオフォーラム
広島バイオテクノロジー推進協議会主催の広島バイオフォーラムという会で、講演。 コロナ感染者急増に伴い …
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Biomedicines SI E-book
Biomedicines Special Issue E-book
BiomedicinesのSpecial Issue, Hypoxia-Inducible Factors: Regulation and Therapeutic Potentialに掲載された論文を集めた、同名のE-bookが出版された。
ISBN 978-3-0365-2912-7 (Hbk); ISBN 978-3-0365-2913-4 (PDF) DOI: 10.3390/books978-3-0365-2913-4 © by the authors Hypoxia-Inducible Factors: Regulation …
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BioDX.org
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RNAseq handson 22
RNAseqハンズオン＠阪大
かねてよりお願いされていた講演とハンズオンの講師をやりに阪大医学部へ。 2回延期されて3度目の正直。 しかし感染者急増があって …
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networkQuality command
コマンドラインでネット速度測定
ニュース見てたら、こんなものを発見。
“｢ターミナル｣を開いたら、｢networkQuality｣と入力して（大文字 …
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Moving to M1 Mac
M1 Macへの引越
最新のMacBookPro(MBP)などのCPUがM1に変更され、これまで本やブログに書いてあったことがそのままで動かなくなっている。 そのせいか、個 …
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Plan 2022
2022年の計
明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。
明けましておめでとうございます🎍今年もよろし …
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Review 2021
2021年を振り返って
ラボをはじめて2年目の2021年は、飛躍の年になった。 研究室関係のニュースはラボのニュースに取り上げて溜めてきたが、2021年分を数えてみると47エントリにもなっていた。 その …
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December2021
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It's been a hard week 21
2021年末、怒涛の1週間
月火水、東へ西へそれぞれ別の2つの出張。 後半の木金は来客という怒涛の1週間。 そして、土には久しぶりに温泉インフ …
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Nights in hotels 2021
2021年出張外泊数
去年(2020年)は15泊だった出張外泊数。 コロナの影響を受ける前の1月から3月までで14泊なのに対して、その後（＝転職後）4月以降はわずか1泊であった。
今年2021年も偏っており、1-6月までで0泊。 その後、7月1泊、8月5泊、9,10月がそれぞれ0泊、11月3泊、12月2泊ということで、合計11泊ということで確定 …
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Mid-term presentation of master's thesis 21
修論中間発表会21
今年度からの取り組みということで、修論中間発表会が土曜日に。 所属プログラムでは別に10月にやっているから別にやらなくても、と思 …
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Wise2
Wise2で直接DNA-protein alignment
EBIのdirector Ewan Birneyによる、DNA-protein配列をpairwise alignmentするプログラムWise2はBiocondaにあってインストールは簡単だが、動かすのはちょっと大変かも。
まず、アミノ酸置換行列とコ …
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Press release for meta-analysis paper for oxidative transcriptomes
酸化ストレストランスクリプトームメタ解析論文のプレスリリース
今月（2021年12月）に出版されたトランスクリプトーム公 …
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November2021
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Bioinformatics Lecture 21 over
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Research Field Trip
研究社会見学
bioRxivに論文をアップして一息、というタイミングで、SPARQLthonに参加していろんな人がさまざまな研究をしていることを身をも …
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