Articles by bonohu

  1. 11 years passed

    DBCLS11年

    この2018年7月で、2007年7月にDBCLSに移ってはや11年が過ぎた。 日本を代表する生命科学のデータベースセンターとしてやるべきだと思ったことを自分なりに自分の …

  3. Mishima.syk 12th

    Mishima.syk#12

    8ヶ月ぶりに開催されたMishima.sykは今回12回目。5年ほど前から開催されているので、年2-3回のペースということに。

    今回は発表者も多く、話題が多岐にわたり、いろんな方の発表を聞かせてもらった。名指 …

  4. Like Nishino Japan Tonight

    憂しと見し世ぞ 今は恋しき

    奇跡の復活を果たした友人と。いろいろ絶望していたが、話しているとポロポロと良い考 …

  7. Start Python Club 36th

    みんなのPython勉強会#36

    2年前に初めて参加して以来、数ヶ月に一度ぐらいの割合で予定が合えば参加してきた、みんなのPython勉強会だが、ついに2018年6月の第36回で発表させていただ …

  8. The self taught programmer

    独学プログラマー Python言語の基本から仕事のやり方まで

    YouTube Live越しにこっそりエア参加させていただいた2018年5月のみんなのPython勉強会で辻さんが紹介されていた独学プログラマー Python言語の基本から仕事のやり方まで。これまで必要に迫られてPythonで書かれたプログラムの吐くエラーからコードをちょこっと直したりはしてきたものの、Pythonプログラミングをガッツリ勉強したことは実はないので、一から学 …

  10. May2018

    2018年5月を振り返って

    4月とうって変わって、宿泊回数10日。そのうち、海外出張で6泊で、大型連休期間もあり、あまり職場に居ない月となってしまった。その海外出張 …

  13. April2018

    2018年4月を振り返って

    年度始めとあって出張が極めて少なく、宿泊回数も2日。その分、本務先で仕事を大幅に進めることができた。

    とくに、AOE …

  15. ぼうのブログ resumed

    ぼうのブログ再開

    ぼうのブログを復活させました。古いコンテンツのインポートを試みていますが、今のところWordPressのXMLからmarkdownへの変換がうまくいかないので、古 …

  16. HUB

    HUB

    とは、Hidemasa U Bono のinitialである。middle initial 'U'は、以下のテーブルにあるように、「ゆう」を前に付けることで名前の4文字はすべて熟語になることに由来している（昔の友人から指摘されて …

  17. 自宅鯖絶不調

    自宅鯖にしているMac miniの調子がここのところ悪い。今朝はおそらく早朝に勝手に再起動していたし、さっきはちょっと出かけている間に固まっ …

  18. 冬休みの宿題その1

    ある本の分担翻訳をひとまずやり遂げてしまった。打ち込んだ文字数の合計、約5万字ほど。冬休みの宿題として持ってきたが …

  20. Trinity前処理

    遠隔作業が可能なので、時間のかかる処理を仕込みつつ。

    fastq-dumpでヘッダを変えたFASTQでは、Trim Galore!(cutadapt)によるトリミングが失敗する …

  21. 2018年の計

    年頭恒例にしているその年の計。「2018年、かくありたい」

    1. 引き続き、ずっと取り組んでいるメインの仕事、公共DBの全レコードを対象としたデータ解析研究に力を注ぎ、懸案の仕事を …

  22. 2017年を振り返って

    2017年を振り返って。今年は収穫の年であった。

    ここのところの懸案だったDBCLSでのメインの仕事の論文が2本出版された。quanto論文とRefEx論文である。それぞれGigaScience、Scientific Dataというデータジャーナルと呼ばれる雑誌形態の論文誌。我々の活動を報告する場として今後もお世話になりそう。

    このぼうのブログで書 …

  24. 2017年出張外泊数

    三島に勤務しだした2014年から数えている「仕事で外泊」した日数。本日(12月28日)で仕事納め、というわけで、2017年の日数確定。 去年と同数の77泊。2014年50泊、2015年65泊、と年々増加してきたので、今年は抑 …

  26. dockerでfastq-dump

    - Docker

    SRAデータの再利用で困っているのでよく聞くのが、FASTQファイルが得られないという声。FASTQファイルでの配布は新規にはされていないので、SRA(.sra)形式でのファイルを取ってきてfastq-dumpコマンドを実行する必要があるわけであるが、このコマンドのインストールが上手く行かなかったりする模様。

    そ …

  29. Bono本第2刷

    しばらくブログをホストしているサーバーが落ちている間に、Bono本の第2刷が出回り始めていたり。

    それにしても9月末の第76回日本癌学会学術総会での発売開始(=出版)から三ヶ月も経たないうちに …

  30. '今日のワンライナー: Perl -a'

    今日のワンライナー。普通なら

    cut -f1,3 hoge.txt

    で済ますところだが、さらなる処理、IDのバージョン情報を取る(s/.d+//)とか必要な場合にPerlで処理したい場合、こんな風に …

  31. NBRPシンポジウム2017

    ナショナルバイオリソースプロジェクト(National BioResource Project; NBRP)のシンポジウムに参加。今年度(２０１７年)から第４期が開始ということであったが、それは５年を1期とするプロジェクトが3回行われ、今年度から4期目が始まったという意味で …

  33. SPARQLthon63

    BH17.11の続き。NCBI GEOのメタデータをDBCLS SRAのAPIから取得してこれるよう、AOEのコードを追加。そしてそれらをGitHubにアップすべくまとめたり、ドキュメントを充実させたり。短いコードであってもそれらを書き散らすのは楽し …

  35. ConBio2017 4日目

    最終日は、RefExとAOEの口頭発表。今回は@h_ono氏が発表をやってくれた。2年前に同じく神戸で(その時は自分が)口頭発表したときに比べて、disり質問もなく。(今は)公共データを再利用しよう、という流れを …

  36. ConBio2017 3日目

    この日には夜に癌研究者の集まりに。毎度研究コミュニティーのsmall world感を感じながらも、初めて会った人にも統合TVすごく使っていた …

  38. ConBio2017 1日目

    ConBio2017は初日の午前にいきなり主宰ワークショップ「いかにして『使える』データベースを維持し続けるか?」から開幕。以下のような豪華な演者陣でバイオなデータベース …

  39. ConBio2017 0日目

    次の日朝イチで主宰ワークショップだったので、午前にミーティングに出てから午後に移動で、前日入り。それに乗じ …

  40. BH17.11

    2017年の国内版バイオハッカソンは熊本にて、11月26日〜12月1日まで。 AOEのコード群をDBCLS傘下のGitHubに移し、書き散らしていたコードをまとめたり、発現定量値を使ったソレを議論したり。その裏で、共同研究 …

  46. SPARQLthon62

    無線LANのトラブルの中、いくつかのプロジェクトの打合せを進める。

  48. 日付変更線

    日付変更線を越えてきたため、私にとっての今日の日は物凄く短く、すぐに終わってしまった。11月1日が37時間あった分のツケ。

  49. Genome Informatics 2017 day4

    Genome Informatics 2017 day4

    カードキーがいきなり磁気が飛んで無反応になるやシャワーのお湯がなかなか温かくならない等、いろい …

  50. Genome Informatics 2017 day3

    Genome Informatics 2017 day3

    日本は祝日らしいが、こちらはとくに祝日でもないので、普通にセッションが朝から晩まで。

    最初だけかと思 …

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