Biohack18 2日目
Common Workflow Language(CWL)でAOEのindex作成ワークフローを書き直したいとふと思って、取り組む。
cwltoolが入らず。typingが入らないというエラーだったため、一度消去した上でpipで入れ直したり。
テストコードは …
Articles by bonohu
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BioHackathon2018 hackathon day1
Biohack18 1日目
会場は引き続き、松江のホテル、バイオハッカソン開始。 AOE周りのやるべき項目をまず、リストアップ。 SRAのRNA-seq取り込み周りは、他との兼ね合いで後回しに。
そこで、CellFishingを …
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BioHackathon2018 symposium
Biohackathon2018 シンポジウム
今年は松江で開催のBiohackthon。 しかし電車が人身事後で3時間ほど遅延して、大遅刻。 YouTube Live発信でネット参加しつつ、午後からシンポジウム会場へ。 自分の …
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A cure within
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togotv18 for sale
統合TV本発売一週間
統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる！研究がはかどる定番18選」が正式に …
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Impression on 41st annual meeting of the molecular biological society of Japan
第41回日本分子生物学会年会を終えて
今年も日本分子生物学会年会（分生）が終わった。
例年通り、NBDC/DBCLSはブース出展、今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーの一部で展示会 …
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41st annual meeting of the molecular biological society of Japan day3
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41st annual meeting of the molecular biological society of Japan day2
第41回日本分子生物学会年会2日目
本日11月29日(木)、2日目。
今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーを展示会/ポスター会場の一角にてやっており、NBDC/DBCLSもブース出展しております。 提供している …
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41st annual meeting of the molecular biological society of Japan day1
第41回日本分子生物学会年会1日目
本日2018年11月28日より、今年の日本分子生物学会年会（分生）。 そして、自らの執筆し、監修した本「生命科学データベース・ウェブツー …
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41st annual meeting of the molecular biological society of Japan
第41回日本分子生物学会年会0日目
いよいよ今年の日本分子生物学会年会（分生）が明日2018年11月28日から。
例年通り、NBDC/DBCLSはブース出展、今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーの一部で …
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togotv18 for whom?
誰のための統合TV本？
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Therefore support togotv18 by twitter
だから、twitterで統合TV本を盛り上げよう
統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる！研究がはかどる定番18選」に関し …
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But togotv18 is unofficial
しかし、統合TV本は非公式
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And what is togotv18?
そして、統合TV本とは?
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togotv18 autograph session
統合TV本サイン会＠第41回日本分子生物学会年会
Amazonのレコードによると「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる！研究がはかどる定番18選 …
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togotv18 chapters
統合TV本章立て
先日、Amazonに出てしまった 「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる！研究がはかどる定番18選」だが、本日 …
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NARO Insect Symposium
機能改変昆虫の産業利用の可能性
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Impression on 2018 ESA, ESC and ESBC Joint Annual Meeting
2018 ESA, ESC and ESBC Joint Annual Meeting に参加して
最終日の11/14には、あったPrenary lectureはRyan Churchさんという方で、またもやハリウッド関係という。どんだ …
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togotv18 dispatch
統合TV本第一報
「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる！研究がはかどる定番18選」。Amazonに出てしまったので、取り急ぎ …
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2018 ESA, ESC and ESBC Joint Annual Meeting
2018 ESA, ESC and ESBC Joint Annual Meeting
11/10-11/14まで、アメリカ昆虫学会の年会に参加。 カナダとブリティッシュコロンビア州の昆虫学会との合 …
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16th cancer hypoxia
16th cancer hypoxia
がんとハイポキシア研究会に今年も参加。 今回の会場は前回と打って変わって、JR京葉線海浜幕張駅前のアウトレットの真ん前のホテル。 今回は合宿形式ではなかっ …
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3rd RDF tutorial
第3回RDF講習会
第3回RDF講習会が2018年11月1日に開催。 一昨年昨年に続き、今年も市ヶ谷のJSTにて。 今年も参加して復習。 二週間前に申し込みサイトがオープンになった …
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drbonobon 1year and 1month
Bono本出版1年と1ヶ月
明日(2018/10/29)で出版から1年と1ヶ月。 去年の今頃の時点では、まだ2刷を、という話はなかったようだが。 1年経ってみると3刷まで出ているなど、先月末に判明した2018年5月までで1刷りの分を上回る冊数が売れた模様。
ただ …
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SPARC Japan seminar 2018 2nd done
第2回SPARC Japan セミナー2018「オープンサイエンス時代のクオリティコントロールを見通す」で講演
結果として、今年もオープン …
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Mishima-bar 10th
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No hope without data sharing
同業種交流会
ひょんなことからローカルな飲み会。 どのようなデータセットを選択すべきか、閾値をどう指定したら …
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SPARC Japan seminar 2018 2nd
第2回SPARC Japan セミナー2018「オープンサイエンス時代のクオリティコントロールを見通す」
今年度はセミナー企画ワーキング …
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recollection of togofarm
統合牧場の追憶
休みの日だったが、職場近くで行われていた若手の会が終わって、3人の若手がDBCLS見学に。 かつて、DBCLSが東大本郷に間借りしていた時はよくこうやって人がやってきたな、と思 …
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What they call GO analysis
GO解析という言い方
最近よく「GO解析（ジーオーカイセキ）」という言い方を聞く。 よく話を聞いてみると、発現差などのあった遺伝子群をエンリ …
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Symposium105 2018
トーゴーの日シンポジウム2018
今年も。作る側の報告会的な色合いが強い会だったが、大分使う側に向けた口頭発表が …
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drbonobon eratta by author
著者版の正誤表
Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)上梓から丸1年すぎた。 いただいた誤字脱字等の情報を、例によってGoogle Documentで書き記して来た。 隠す理由もなく、むしろ積極的 …
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Trami
ぼうのブログ復電
ぼうのブログをホストしているマシンが41時間ぶりに通電して復活。 台風による停電はおそらく初めて。 これまでは瞬電が …
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September2018
2018年9月を振り返って
9月は出張が多かった。 まず月初めから8月末からの熊本出張があり、その翌週には蓼科での若手支援技術講習会、広島でのゲノム編集特化型講習会、獣医学会のシ …
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77th annual meeting of the Japanese Cancer Association
第77回日本癌学会学術総会
2018年9月27-29日の日程で、今年も日本癌学会学術総会に参加してきた。今年は、大阪国際会議場（グランキューブ）＋リーガロイヤルホテル大 …
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GENOMES 4 in Japanese published
ゲノム第4版出版
翻訳を分担した最新の生命科学教科書、ゲノム第4版を3連休前の金曜日、2018年9月21日に拝受した。 500ページを超える分量の割には薄くて軽かった。帯にもあるようにスリム化した賜物であろ …
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ROIS Tachikawa
ROIS立川
研修で初めてROIS立川へ。 国立極地研究所と統計数理研究所が都内から移転してきて、現在ここに。
多摩都市モノレールも初 …
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What is BioRxiv
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161st meeting of Japanese Society of Veterinary Science
第161回日本獣医学会学術集会
2018年9月12日(水)、第161回日本獣医学会学術集会の生理学・生化学分科会シンポジウム「生理・生化学におけるバイオインフォーマティクスの潮流」に …
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AJACS advanced specialized for genome editing 2
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Tateshina wakate 2018
若手支援技術講習会2018
2018年9月6-8日、若手支援技術講習会2018に参加。 ずっとこの集まりとは縁がなかったのだが、昨年度ROIS-DS-JOINTというデータサイエンス共同利用基盤施設の活動で共同研究集会「若手カ …
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Visit to Kumamoto August 2018
熊本訪問2018年8月
熊本へ共同研究打ち合わせに。 それに便乗して、先方にお願いしてセミナーをやらせていただく。 「トーゴー …
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drbonobon 3rd print
Dr.Bonoの生命科学データ解析第3刷
早いもので来月(2018年9月)末で、Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)上梓から丸1年となる。 それを待たずして2018年8月に第3刷と相成った。 typoのほとんどは第2刷の時点で訂正されており、3刷においては2刷の後に見つかったtypoと以下の二点が追加されている。
- EnsemblとEnsemblGenomesは別物だという追記(p46)
- ArrayExpressがGEOデータの取り込みを止めた件に関する追記(p52)
Alignment-freeなRNAseqデータ解析に関しても追記した方がよかったかもしれないが、これは次回(or第2版)があれば検討し …
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ROIS DS JOINT INSECT 2nd
昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析2
ROIS-DS-JOINT共同研究集会として去年度より始めた「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ …
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GENOMES 4 in Japanese
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July2018
2018年7月を振り返って
出張が少なかった6月と打って変わって、7月は5月と同じ宿泊回数10日。 国内版バイオハッカソン＠徳島がその半分以上の6泊。結果として、AOE関係の仕事はとても進んだのでよかったのだが。
あと、統合データベース講 …
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BH18.7
国内版バイオハッカソンBH18.7
徳島県徳島市の眉山にあるかんぽの宿で開かれた国内版バイオハッカソンBH18.7に参 …
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AJACS advanced 5th
統合データベース講習会AJACSa5柏
毎年やっている中上級向け講習会AJACSadvanced(AJACSa)を今年も開催。今年は、DBCLS柏にて、2018年8月10日の午後に。詳細は案内のウェ …
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Start Python Club 37th
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AJACS 70th done
統合データベース講習会:AJACS筑波4を終えて
つくばの物質・材料研究機構で開催された統合データベース講習会:AJACS筑波4において、「ゲノム …
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Navigating Metabolism
代謝ナビゲーション
Nature Metabolismが2019年1月に発刊されるらしい。約20年前に日本生化学会の代謝マップを元にKEGGのデータを作成するお手伝いをしていた私にとってみると大変驚きの事実である。当時はシグナル伝達全盛で、なぜそんな時代遅れの代謝なんてやっているのかわ …
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