Articles by bonohu

  1. Genome Informatics 2017 day2

    Genome Informatics 2017 day2

    twitterから得た、参加者らしき人のtweetによれば、229の発表があり、そのうち44が口頭発表で残り185がポスター発表とか。 参加者数は345とか。これもtwitter情報。

    発表者のLast nameのアルファベット順にポスター番号が振られ、口頭発表も含めて分け …

  4. SPARC Japan 2017 2nd done

    第2回SPARC Japan セミナー2017「プレプリントとオープンアクセス」無事終了

    セミナー企画ワーキンググループメンバーの担当と …

  6. SPARQLthon61

    台風直撃により、前日入り。いろいろ作業を進めて、それぞれそれなりに進捗があったのだが、SPARQLthonでメインでやるべきAOEまわりはほとんど進まず、無念。今年度の開発の仕 …

  8. SPARC Japan 2017 2nd

    第2回SPARC Japan セミナー2017「プレプリントとオープンアクセス」

    今年も、セミナー企画ワーキンググループに入ってやらせてい …

  11. xenomeその後

    githubに復活したものの、実行が終わらないxenome。他の人も同様な状況らしく。1.0.1に関することとか書かれていたので、ちゃんと見て試そうと思っていたが。そのバー …

  12. 研究会ラッシュ

    気がついたら今年度の後半戦。ちょっとした研究会ラッシュ。これから広報を開始するフェーズの研究会や、旅費の申 …

  14. 著者版の正誤表

    原因不明だが、ブログをホストしている自宅サーバーがおちてて、ブログへのアクセスやアップデートがこの一週間 …

  15. 第2回RDF講習会

    10月6日はトーロクの日。データを登録し、他の人に使ってもらう機会を増し、データの再利用性を高める機会にすると良い、ということでこ …

  18. 第76回日本癌学会学術総会2日目

    癌学会2日目は自分のポスター発表。デバネタで発表するのは今回が初めてだが、あくまでもDB再利用研究の実例として。張り付き義務時間になってポスターの前に行っ …

  19. 第76回日本癌学会学術総会1日目

    2017年9月28日からの3日間、パシフィコ横浜で開催された第76回日本癌学会学術総会に参加。今回のハイライトは、1年前からこの学会に照準を合わせて取り組んできたBono本の出版。

    なんとか間に合ってよかった。

  20. ArrayExpressのmirror復活

    ArrayExpressがaspera経由でのmirrorできなくなっていた件。-Pでポート番号を指定するだけで復活。セキュリティのため、default以外のポート番号になった?

  21. Where did I write drbonobon

    Bono本はどこで書いていたか?

    Google documentに直接書いていたことは前のエントリで書いたが、実際どこでBono本を書いていたか?その答えはシンプルで、家がほとんど、である。職場で、ではない。その方が仕事とそ …

  23. drbonobon for whom

    Bono本の想定読者とは?

    Bono本の想定読者であるが、基本的には生命科学分野の大学院生やポスドクを想定している。とくに、出版社の名前を見 …

  24. How did I write drbonobon

    どうやってBono本を書いたか?

    Bono本の著者は私1人であったが、編集者とのやり取りの即時性、ファイルでやり取りした際に原稿に複数のバージョン …

  25. drbonobon chapters

    Bono本の章立て

    Twitterでの反応を見ていると、思ったよりも多くの方にBono本を出すというtweetがfavられているようで嬉しい半面、過剰な期待を抱かせていないか心配になってきた。出版社の人の許 …

  26. Why drbonobon

    なぜBono本を書いたのか?

    生命科学データ解析界隈で本が出ないなあと思っていたが、これは日本だけじゃなくて世界的にもそのよう …

  29. BioHackathon2017 最終日

    最終日は論文thonということで、今回取り組んだことをまとめて、BioHackathon2017論文のコンテンツをみんなでそれぞれに。参加者の皆さん、一週間おつかれさまでした。

  31. BioHackathon2017 day4

    ４日目は、温泉インフォマティクス研究会はやはり朝夕の２回開催。修学旅行生が入るという情報もあって夕方早めに。

  32. BioHackathon2017 day3

    翌朝になっても計算終わらず。その周りでごちゃごちゃと。 お昼周りを散歩するも、食事できるところは、かつてあった …

  33. BioHackathon2017 day2

    温泉インフォマティクス研究会は、朝と夜の2回開催。AOE3にあたるプロジェクトを粛々と進めるも、計算終わらず。

  34. BioHackathon2017 day1

    2日に渡るシンポジウムが終わり、ハッカソン開始。 SPARQLthonの時にやってきていたDBCLS SRAとAOEまわりで仕事を進める予定。その前に、まずは温泉インフォマティクス研究会。1日目は、夜に1回の開催。

  37. SPARQLthon59 day1

    今回は理研和光にてSPARQLthon開催。諸事情により、今回は今日だけの参加。 サンプル方向の検索実装はBioHackathonで頑張ることを確認。 今回はArrayExpressのデータ更新をしこめなかったため、インデックス更 …

  38. RefEx論文

    NBDC/DBCLSの遺伝子発現のデータベースというかウェブツール、RefExの論文が公表された。 これは２００６年に文部科学省統合データベースプロジェクトが始まったときにすでにその原型があったサービスで、さまざまな測定手法による遺伝子発現データを並べてみるというコンセプトでデー …

  41. xenomeでclassify

    xenome続き。indexができたので、それを使って分類。 [shell] xenome classify -T 12 -M 48 -P fuga_in_hoge -i fuga_RNAseq1.fq [/shell] FASTQファイルであるが、どうもbz2圧縮のままでは実行できない模様で、展開してから。

  43. xenomeのindex作成

    xenome続き。indexの作成だが、以下のように。 [shell] xenome index -v -T 6 -P fuga_in_hoge -H hoge.fa -G fuga.fa [/shell] 最初この実行が終わらず、プログラムが暴走しているのかと思 …

  45. gffread

    Cufflinksパッケージに入っているコマンドgffreadは、以下のオプションでGFF3形式からGTFに変換してくれる。 [shell] gffread hoge.gff -T -o hoge.gtf [/shell] これまで知らなかったが、便利な局面がありそう、ということで。

  46. 訃報

    これまた信じられない訃報。直接一緒に働いたことはないものの、間接的にいろいろお世話になってきたこの分野の …

  47. 北大出張

    どちらかというと、こちらが教える立場であったはずだが、自分的にもいろいろ刺激を受けてきた。それを実現する方 …

  48. SPARQLthon58 day2

    まず、昨晩飛び込んで来たproofの対処。 ArrayExpressにデータとして明に含まれなくなったINSTRUMENT_MODEL(Sequencerの情報)をSRAのmetadataから抜き出してくる実装をして、githubへpush。コードの整理しなきゃな…。

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