Articles in the misc category

  1. BH13.13 最終日

    ランチョンwrap-up。特別、前に出て報告はしなかったものの、*Author'sサービスから他のサービスへの導線づくりは複数の手段で進められていくことに。乞うご期待!

  3. BH13.13 3日目

    いいだランニングクラブに参加。宿舎から会場までの往復5km/30min。さらに会場までバスに乗らずにウォーキング、2.5km/30min …

  4. BH13.13 2日目

    WordPressのプラグイン調査引き続き。とりあえずは、登録されている単語にマウスインでアノテーションを出し、リンクを張る手段を見出した。 コンテン …

  5. BH13.13 1日目

    沖縄県名護市の万国津梁館で開催中のBH13.13(国内版バイオハッカソン)に参加中。TeamWP(WordPress!)に属してDBCLSの各看板コンテンツ間のリンクを更に強化することを画策中。

  7. 今日の捨てコード

    一対一対応のデータなら対応付けは簡単。しかし、実際の研究活動においてはそんなことばかりでなく、特定のIDに対応づくデータが複数あり、それ …

  8. awkの細道・その1

    タブ区切りテキストのカラム切り出しはUNIXコマンドラインでは、これまでも紹介したように [shell] cut -f2 arraytable.txt > column2.txt [/shell] みたいな感じで、arraytable.txtファイルの左から2番目のカラムだけを切り出して、column2.txtファイルに書き込むみたいなことを日常茶飯事的に実行する …

  9. Alpine PhotoTile for Instagram プラグイン

    サイト投稿によってコンテンツの増えた「ぼうのブログ」の見てくれ変更。ブログの右カラムにInstagramで直近にアップした画像が出るようにして、冗長になっていた「ア …

  10. Happy birthday to me

    今年も職場の同僚たちに明日に控えた誕生日を祝ってもらえた。それぞれ忙しい中それを忘れずに覚えていてくれ …

  11. Be positive

    まだまだ、我々のやっていること、広まっていない。個別に、じみじみと広めていかねば。 友人の学問に対する前向きな姿勢、本当敬服。息切れ …

  12. 2014年仕事始め

    年末の出張の事務書類を出すところからスタート。その後、大ボスに呼び出されるなど。某仕様書、急ぎます。遅れていて …

  15. 配列セットを取得する(getentry編)

    前回の配列セットを取得するはTogoWSを使うものでした。TogoWSは汎用で前回例で示した塩基配列データベース以外のデータベースにも使えるので便利なのですが、取得が1エントリづつで遅いという欠点がありました。

    塩基配列に限っては、DDBJのgetentryを使うという方法が数万のエントリ取得において劇的に早いことが関係者の方の手助けを得て分かりました。 前回紹介したAK377185-AK388575の連番エントリを一気に取るには、以下のコマンド(curl)でいいよう …

  18. RでPCA

    マイクロアレイデータを再利用する際、遺伝子方向のみならずサンプル方向のデータの相関が気になってくると思 …

  19. エントリ数を数える

    ファイルが何行あるか知りたいだけなら、いちいちテキストファイルをWordで開いて文字カウントツールを使うまでもありません。そのファイルをfile.txtとするとコマンドラインでは [shell] wc -l file.txt [/shell] で良く …

  21. justRMAでnormalize

    マイクロアレイデータを再利用する場合、それらのデータのnormalizeは必須です。 GeneChipの場合、normalizeしたいCEL形式のファイル群を同じディレクトリに入れておいて、一気にやってしまうことがjustRMAで可能です。

    まずRが入っているかどうか。入っていな …

  23. fastacmdの後継者: blastdbcmd

    遺伝子上流配列など、ゲノム配列の任意の場所を切り出すのには、BLATパッケージに含まれている nibFrag をこれまで勧めてきました。FASTAフォーマットの配列ファイルに対して別個にnibインデックスを作らないといけなくて管理が面倒なのと、やはりBLATはfor profitには有償という大きな難点がありました(ライ …

  24. Mountain Lion で local BLAST

    MountainLion(MacOSX10.8.4)のhomebrewでBLASTがとくにいぢらなくても入るようになった模様です。バージョンの確認は、左上のリンゴマークメニューから「この Mac について」を選んで出てくるウインドウ …

  26. GUIとCUI

    GUIとはGraphical User Interfaceの略で、今使っているInternet ExplorerやGoogle Chromeなどのウェブブラウザのように主にマウス操作と最小限のキーボード入力でコンピュータが動いてくれるインターフェースのことです。ウェブブラウザ以外だと、表計算以外の目的でも頻繁に使われているExcelとか遺伝子発現解析ソフトウェアの定番GeneSpringなどがGUIなソフトウェアということになります。それらの操作法 …

  29. はじめに

    私は、約十年前に「初心者でもわかる!バイオインフォマティクス入門―やさしいUNIX操作から遺伝子・タンパク質解析まで」と題した本を …

  30. ブログ再開

    twitterを使うようになって、ブログをあまり書かなくなった。しかし、やはり、まとめた考えを発信したいと思い、「某のウェブログ」改め「ぼうのブロ …

  32. 若手研究集会

    なる会議を100kmほど離れた別部署にて。相互理解が深まったのではないかと勝手に確信。

  33. 生物オフ会

    学会(の年会)じゃないタイミングで参加するのはおそらく初めて。主賓の一人も神戸でのオフ会で知り合った人だっ …

  34. またジムへ

    復帰2回目。有酸素運動にウォーキング25分、筋トレ、水泳25m往復12回。利用券を使い果たしたので、早速次を頼んでおく。

  35. 進捗報告会

    昨年と打って変わって、不気味なほどにdisられず、むしろ恐ろしい。総評で言われた「対等なコラボをして、biologistだけじゃできない成果を出す」ことの実現に向け …

  36. ソトバリカン

    セルフウチバリカン続きでおかしくなったところを補正に。ちょうど割引券もあったので。しかし、何年ぶりだろう、お …

  37. ジムへ

    秘境を退去して以来、5年半以上ぶりかも。その頃と同じぐらいの体重になってきたのと、スキーのための筋力づくりのため。主に上半身 …

  38. Bono Conference day 3rd

    雪のお陰で帰り道が封鎖という事態にはなったものの、そのお陰で普段見れない景色が見れたと思えば。

  40. Bono Conference day 1st

    ずっとやりたいね、で終わっていた合宿。トーゴーの日の打ち上げの場で話が出てその場で日程を決めて。ついに実現 …

  41. 第二成人式

    ということで、職場でも祝っていただき…感無量でした。「四十にして惑わず」ということで、何事も「とりあえず」ではなく「ま …

  42. 2013年の計

    去年に立てた「計」はある程度は達成できたものの、3番目に掲げた「実際に、現場で、使った論文等を世に送り出す」ことが達成できなか …

  44. おつかれさまでした

    朝一から共同研究者の発表。学会デビューでいきなり口頭発表ということで緊張しただろうけど発表自体はうまく …

  45. 夏草や兵どもが夢の跡

    昨日までと打って変わってもの寂しい。企業展示ブースも半分ほどになり、空いたスペースが休憩所。屋台、タリーズコ …

  46. 隗より始めよ

    ブースアテンド最終日。さすがに4日も基本立ちっぱなしだと脚が痛くなる。この日だけはポスター発表と企業ブース展示の時間が被っていたのだが、ブース …

  49. 無線LAN狂想曲

    予想した以上に自分のを含め各抄録にイイネが付いて行く。自分が使っていた限りは会場のネット環境は概ね良好 …

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