三島開催。だが、急用で1日目だけの参加。 引き続き、ArrayExpressにない、RNA-seqデータを回収する件。ArrayExpressのデータと同じようにTitle行をどう取得するか、悩みどころ。いろいろな不具合が見つかってバグ出しには貢献したものの、解 …
Articles in the misc category
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なんでブログやSNSをやっているのか?
ブログを始めたのっていつからだろう?と考え込むぐらい日常的にブログを書いたり、他人のそれを読んだりな自分 …
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丸6年経った今日
黙祷。もう6年、つまり小学校を卒業するだけの年数が経ってしまったと考えると、本当に時が経つのは早いという印象 …
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あの頃の未来
26年前の今日(1991/3/10)、大学の合格発表だった。その時から画一的な評価基準を離れ、好き勝手にやってきたわけだが。曲がりなりに …
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足元を見られる
来週の講演に向けて、外行きの靴を買いに。まったくないわけではないが、良い機会なので。「足元を見られる」という話を …
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もっと並列に!
多数のプロジェクトをかかえ、それぞれにさまざまな進捗状況になるのは当たり前。それをうまく並列に御して業績 …
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三人寄れば文殊の知恵
お世話になっている研究所内部の共同研究プロジェクト打合せ。今回、痛感したのは、
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公共DBに関する正確な知識のアップデートの重要性
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研究者間でのデータ共有 …
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共同研究打合せ＠広島大学原爆放射線医科学研究所
2017年3月2-3日は、広島大学原爆放射線医科学研究所の放射線災害・医科学研究拠点の共同研究打合せに広島大学霞キャンパスへ …
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2月は逃げる
本当に今年2017年の２月はそんな感じだった。１月のうちは、それほど予定も詰まっておらずじっくり研究に取り組めると思っていたのだが…蓋を開けてみると …
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情報・システム研究機構シンポジウム2016
現在所属しているセンターが属している大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構(ROIS: Research Organization of Information and Systems)が毎年主 …
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出会いを大事に
今回の東京連続出張の機会に複数の知り合いと再会。人との出会いの中から自分のアイデンティティを再確認。ちょ …
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SPARQLthon53 day2
昨日でデータは取ってこれるようになったので、それを整形して必要なデータだけ抽出できるように。
まずは、BioProject（PRJから始まるID)と …
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SPARQLthon53 day1
前回に引き続き、DBCLS SRAのAPIをいじる。AOE2.0に必要なデータを作成するパイプラインを作成するために。 前回上手くいかなかったREST APIによる大量データ取得を再度試みる。BioProjectのデータでGEO SeriesのIDを持つエントリとSRA中のRNA-seqエントリのメタ情報の取得ができるようになった。ポイントは1000件ごとのデータ取得。 ただ、取ってきた結果は改行を含んでいな …
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科学技術・学術政策研究所(NISTEP)講演会聴講
予定されていた会議がなくなったため、科学技術・学術政策研究所(NISTEP)講演会「欧州のオープンサイエンス政策-その狙 …
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'第3回 SPARC Japan セミナー2016「科学的知識創成の新たな標準基盤へ向けて : オープンサイエンス再考」'
2016年度SPARC JAPANセミナー3回目で今年度最後の今回は、セミナー担当を外れて、聴講者の一人として。
オープンデータやオープンサイエンスに対する考え方や温度は …
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パスウェイ再構築
中心となるデータベースがなく、信頼のおけるアノテーションがない場合、それを自ら付けないといけない。BLAST2GOを使う …
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歴史は繰り返す
約20年前、大学院生だったころと全く同じ手順を、対象配列セットを換え、ツールを換え、やっていることにふと気づく。かつ …
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RSEM (RNA-Seq by Expectation-Maximization)
RSEM is a software package for estimating gene and isoform expression levels from RNA-Seq data.
というわけで、Trinityで遺伝子クラスターを作成した後に、Trinityがインストールされているディレクトリ(うちの環境だと /usr/local/Cellar/trinity/2.3.2/)中のutilディレクトリにある align_and_estimate_abundance.pl を実行する際に使 …
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WordPressテーマ変更
鯖が復活して、WordPressの設定をいろいろいじっていて、気分転換にWordPressのテーマを変更してみた。バックアップ先"ぼうのブログ(Backup)"で使っていたテーマそのものだが、バナーの写真を伊 …
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bonohu.jp鯖復旧
マシンも老朽化しているので、別の例にもあったようにマシンリプレイスが必要となるかと思いきや、単にInternet connectionが切れていただけ。約2週間ほどダウンしていたわけだが …
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GTExへのリンク
human transcriptomeのデータベース The Genotype-Tissue Expression (GTEx) へリンク張るには、いわゆる遺伝子名(Gene Symbol)で、例えばEPAS1の場合、
http://www.gtexportal.org/home/gene/EPAS1
とすればいいが、これがEnsemblのGeneIDでもできるらしいことが、いろい …
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Papers using RefEx
RefExを使ってくれている論文たちを、2017年1月現在でリストアップ。PMCの全文検索、Google Schalor、そして出版社提供のalertによる定点観測から得たデータを総合。6本あって、やはり医学系ばかりという特徴。思ったよりも多かった印象。
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Murine colon proteome and characterization of the protein …
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Papers using RefEx
RefExを使ってくれている論文たちを、2017年1月現在でリストアップ。PMCの全文検索、Google Schalor、そして出版社提供のalertによる定点観測から得たデータを総合。
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Murine colon proteome and characterization of the protein pathways. doi: 10.1186/1756-0381-5-11
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Aberrant IDH3α expression promotes malignant tumor growth by inducing HIF-1-mediated metabolic reprogramming and angiogenesis. doi: 10.1038/onc.2014.411
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Gene Expression …
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Identification of functional enolase genes of the silkworm Bombyx mori from
public databases with a combination of dry and wet bench processes wordpress_id: 3081 categories:
2016年年末にacceptになったとブログエントリ「Pfamから得たプロファイルHMMでhmmsearch」で書いた論文、ついにpublish。
**Identification of functional enolase genes of the silkworm Bombyx mori from public databases with a combination of …
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ArrayExpress mirror自動化
移動中、ふと思い立って、これまで都度パスワードを入力しないといけなくなっていたascpの件を解決しようと。ちょっと調べたら、“Setting an environment variable …
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DOIのすゝめ
Nucleic Acids Research誌では、毎年年頭にデータベース特集号(Database issue)が刊行されている。いつからかは知らないが、私が大学院生の頃(20世紀末…)にはす …
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macOS Sierraにアップデート
年末に予約できるようになって速攻予約していて、やっと届いたAirPods。自分へのクリスマスプレゼントのつもりだった …
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2017 NBDC 新年会
日頃から共同研究先としてお世話になっているNBDC (National Bioscience Database Center:バイオサイエンスデータベースセンター)の新年会に呼 …
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2017年の計
年末に書いた2016年を振り返って、につづいて、年頭恒例にしているその年の計を。
2017年は、大学院に入って研究を本格的に始めてからの年数 …
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2016年を振り返って
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2016年出張外泊数
一昨年から数えだしている「仕事で外泊」した日数。明日(12月28日)で2016年仕事納め、というわけで、2016年の日数確定。 なんと77泊。 1年は365日なので、単純に計算しても5日に1日は外泊している。2014年50泊、2015年65泊だったので …
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Trim Galore! のインストール
Trim Galore! (trim_galore)を使うためにはfastqcとcutadaptのインストールが必要となる。cutadaptはpipでインストールできるのだが、そのpipはデフォルトでは入っていない。 pipのインストールには、いくつかのやり方があるが、ここではhomebrewでpython3を入れて、その際に入るpip3を利用する方法をとる。ここでpython3,pip3と末尾に3が付いているのは、pythonのバージョン3のそれ、というこ …
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倉廩実ちて礼節を知る
今月(2016年12月)は、AJACSadvanced講習会や共同研究関係で、次世代シークエンサーから得られたデータを自ら直接解析することに関わる事が多 …
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bashのバッチスクリプト
ワイルドカードによるファイル指定でそのコマンドに一括で引数で指定できず、数多くのファイルに対して同じ処 …
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バックアップツールとしてのrsync
卒論、修論、追い込みの方も多い今日このごろ、バックアップは重要。大事なデータほどきっちりとバックアップを。もち …
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Pfamから得たプロファイルHMMでhmmsearch
カイコ(Bombyx mori)のEnolaseに関する論文がacceptになりました。研究成果としてすでに公開されている配列情報データベースから候補をドライ解析(in silico)で探 …
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PGXユーザー勉強会#1
Oracle Labs PGX(Parallel Graph Analytics) というグラフに対するクエリや分析のためのフレームワークのユーザー勉強会にお誘いいただいた …
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Trinityの結果をtransdecoderでアミノ酸配列に翻訳する
先日のAJACSadvanced講習会で、Trinityで得た結果をアミノ酸配列に翻訳するプログラムをここで言及していないのに気がついたので。Trinityで得られるのは塩基配列レベルの情報で、それをアミノ酸配列に翻訳してくれるのがこのtransdecoder。
brew install -v transdecoderでインストールされる。#!/bin/sh TransDecoder.LongOrfs -t Trinity.fasta … -
遺伝研研究会+DDBJing+AJACSadvanced講習会
今回の遺伝研研究会では、初の試みとして講習会を連続開催してみた。つまり、研究会をやる前(1日目午前)と後(2日目午後)に講習会を実 …
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次世代モデル生物におけるゲノム情報利用ワークショップ
遺伝研研究会として「次世代モデル生物におけるゲノム情報利用ワークショップ」を2016年12月15,16日にオーガナイズさせていただいた。「ゲノム情報利用ワークショ …
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BH16.12 2日目
2日目。引き続き、SRAからのRNA-seqデータ回収のパイプライン作り検討。それ以外に、統合TVがflashで再生できなくなっていた問題の対処をお願いするなど。
午後には山口情報芸術センター(YCAM)を見学させて頂く。
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BH16.12 1日目
今日2016年12月12日から、国内版Biohackathon(BH16.12)、山口県湯田温泉にて。「公共遺伝子発現データ目次AOEを使ったデータ解析事例作成」というテーマで取り組む予定。遺伝子発現デ …
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'Mishima.syk #9'
今回が9回目のMishima.syk(ミシマ・エス・ワイ・ケー、三島創薬勉強会)。今回は仮想環境の上のLinuxでTensorFlow（てんさーふろー、と読むらしい)と …
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知のめぐりは果たして良くなったのか?
第39回日本分子生物学会年会にて、「いかにして使えるデータベースを維持し続けるか?」というフォーラムをオーガナイズした。本来ワークショップ …
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ArrayExpressデータのFTPミラーサイト構築
要するに、ArrayExpressのデータをコピった。やった事自体、簡単そうだが、転送量が数十TByteもあると、そう簡単にいかなかった。2016年5月に英国Cambridge郊外のHinxtonにあるEuropean Bioinformatics Institute(EBI)に行って打ち合わせして …
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SPARQLthon50 day2
地震で飛び起きたSPARQLthon50の2日目。結局、ArrayExpressのmirrorは終わらず。来月のSPARQLthonへと持ち越し。それ以外のデータ収集手段についてupdateしていただき、より簡単に高速にデータを取得できる …
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SPARQLthon50 day1
久しぶりの参加。ArrayExpressのmirrorに関しても目処がついて、次期開発に向けてのちょうど良いタイミング。RDFやSPARQLの利用実例として実用的なものに発展させていければいいな。 50回目のキリ番SPARQLthonのためか、参加者が多く、annexの柏での作業スペースでの参加。仲間と議論するのは楽しいが …
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Pitagora Galaxy Meetup 2016-11
AJACSadvanced三島３でPitagora GalaxyをNGSデータ解析環境として紹介したいと考え、Pitagora Galaxy Meetup 2016-11に参加。仮想環境のダウンロードページにある仮想環境イメージのアップデートのお願いがメ …
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Aspera ascp
普通のftpやrsyncでコピーするとしたら、数ヶ月単位かかるような数十Tbyteのデータを転送する必要があり、先方にAsperaを設定してもらい。ascpというコマンドラインのプログラムをネット上からググって探してダウンロードインストールして、以下のようなコマンドで実行。 [shell] ascp -p -k 1 -QT -l 1G --overwrite=diff+older hoge@xxxx:hoged …
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第14回がんとハイポキシア研究会2日目
今年(2016年)の３月に急逝したLorenz Poellinger氏の追悼シンポジウム(Professor Lorenz Poellinger Memorial Symposium)で縁の深かった方々によるプレゼンテーションは、泣きそうになる一方、彼らの研究の遍歴がうかがい知れて勉強になっ …
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