ゲノム編集とバイオインフォマティクスの総説論文出版
共同研究講座助教の中前さんと共に執筆した総説が出版 …
Articles by bonohu
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Web-connected text bioinformatics
Web連携テキストバイオインフォマティクス
東京大学大学院農学生命科学研究科ではアグリバイオインフォマティクス教育プログラムを10年以上前からやっている。 そのユニットに …
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Bioinformatics Lecture 22 recording done
バイオインフォマティクス講義22収録完了
目下の最重要事項である卓越大学院のバイオインフォマティクス講義。 本日(22/11 …
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First poster presentation in 3 years
3年ぶりのポスター発表
理研科技ハブ共同研究プログラム 2022年度合同ワークショップで2020年1月のPAG以来ほぼ3年ぶりのポスター発表。 転職もあって研究内容が大幅に変わって。 発表準備期間としては3年はだいぶ長かったものの、コロ …
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October2022
2022年10月を振り返って
この2022年10月は、前半は先月に引き続き出張に出ていることが多く。 こちらに来て3年目にして初めてのリアル酒まつり参加とか、12年ぶりのBioJapan参加など、多くの人とお会いする刺激的な出来 …
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First private grant awarded
民間助成金初獲得
これまでずっと縁がなかった民間助成金を初めて獲得。 もちろん、これまでも出してはきていたの …
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Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data published
セイヨウミツバチリファレンストランスクリプトームデータ構築論文出版
先月2022年9月にbioRxivにアップした論文が査読論文として公開された。 研 …
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BioJapan2022
BioJapan2022
おそらく2010年以来、12年ぶりにBioJapanに参加。 現職に移ってから初めて会う方ばかり、ということで名刺を渡すことがとても多く。 2日間でこちらの手元に残った名刺数としては約40枚。 多くの方に現 …
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Exploratory Hypoxic Transcritome Meta-Analysis Published
新しいリファレンストランスクリプトームによる新しい探索的メタ解析
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sakematsuri 22
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Press release 22 4th
2022年度4回目のプレスリリース
先月末（2022年9月23日）に出版された密度依存的なポリフェニズムを示す昆虫のトランスクリプトームのメタ解析の論文をプ …
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Hold your dreams it never ends
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September2022
2022年9月を振り返って
この2022年9月は、とにかく出張に出てた月だった、久しぶりに。
- 1-2 柏の葉（DBCLS兼業）
- 4-9 BH22.9
- 11-13 植物バイオテクノロジー学会
- 29-30 理研横浜 …
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GEM report in BH22.9
Genome Editing Meta-DB report in BH22.9
2022年9月に参加した国内版バイオハッカソンBH22.9 での Genome Editing Meta-database (GEM) の報告が2022年9月26日、BioHackrXivにプレプリントとして公開された。
GEM: Genome …
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Meta-analysis of transcriptomes in insects showing density-dependent polyphenism published
密度依存的なポリフェニズムを示す昆虫のトランスクリプトームのメタ解析論文出版
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1st Doctoral Degree Recipient from bonohulab
新しい教育方式による新しい博士学位取得者
D2の大学院生（社会人ドクター）が本日2022年9月20日、博士（理学）を取得した。 年限を1年短縮しての早期修了であるうえに、bonohulabはじまって以来、初の博士 …
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A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan
アカシソゲノム配列解読論文
プロジェクト研究員によるアカシソゲノム配列解読論文がbioRxivから公開。 材料をいただいた三島 …
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JSPB39th
第39回 日本植物バイオテクノロジー学会(堺)大会
久しぶりのオンサイト学会年会的な集まりへの参加。 そして、この学会 …
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Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data
セイヨウミツバチの公共RNA-Seqデータのメタ解析によるリファレンストランスクリプトームデータの構築論文
研究員（当時）とNARO横井さんによる、セイヨウミツバチApis melliferaの公共RNA-Seqデータのメタ解析によってリファレンストランスクリプトームデータを構築し、それを利用した解析事例の論文がbioRxivから公開。
先 …
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BH22.9
国内版バイオハッカソン BH22.9
コロナ禍のバイオハッカソン3回目。 今年も国際版はなしで、国内版バイオハッカソン BH22.9 …
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Two English Press release 22
2本同時の英語プレスリリース
日本語のプレスリリースをすでに出してあった以下の2本の論文の英語のプレスリリースが同日に。
- 2022年7月19日に出版された低酸素環境下における植物トランスクリプトームの …
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ROIS-DS-JOINT 22 for insects
2022年度ROIS-DS-JOINT共同研究集会「昆虫における次世代シーケンスデータ解析および公共データベース利用」
前年度は遺伝研研究集会としてオンラ …
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bonohulab member++ 202209
bonohulabメンバー++ 22/9
この2022年9月1日にさらに新しい研究員が1人追加された。 先月(2022年8月）の1日にも新しい研究員が1人追加されており、2ヶ月連続。 今度は共同研究講座BioDX研究室の方で。 人が増えてますますマネージメントを頑張らないと …
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August2022
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Green Alga Genome by MinION published
MinIONによるアオノリゲノム配列解読論文出版
はじめはMinIONで初のゲノム配列解読のテストのつもりでやっていたのだが、きっちり論文にまとめるところまでやっていただき、プロジェクト研究員によるアオノリゲノム解読 …
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CancerDAT now on sale
がんゲノムデータ解析本発売開始
目次も公開され、セミナー動画も公開された「がんゲノムデータ解析」。 ついに本日2022年8月29日 …
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CancerDAT seminar movies
がんゲノムデータ解析のセミナー動画
目次も公開された「がんゲノムデータ解析」はついに来週2022年8月29日(月)から発売開始と …
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Python de Text Mining
Pythonで学ぶテキストマイニング入門
徳島大学の石田基広先生によるPythonで学ぶ テキストマイニング入門をご恵送いただいた。 約10年前はRからMeCabを動かすやり方だったが、今は昔Pythonからそうするやり方を実際のコマンドとともに解説されている。 第9章の「テキストの分 …
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Prediction of sex-determination mechanisms in avian primordial germ cells using RNA-seq analysis published!
RNA-seq解析による鳥類始原生殖細胞の性決定機構の予測論文出版
私が現職の広島大学に移ってきてすぐに私の異動を知ってRNA-Seqデータ解析について相談に来てくれたとても積極的な大学院生がいた。 その彼の論文がこの度、査読ずみ論文として出版さ …
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CancerDAT contents
がんゲノムデータ解析本の中身
Amazonにも登場した「がんゲノムデータ解析」であるが、目次等はまだ公式には出てない。 しかし、実は …
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Conventional Interim Doctoral Thesis Presentation
従来の博士論文中間発表会
博士論文中間発表会がオンサイトで開催。 ポスター発表形式で、オンライン形式ではない …
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A new way of PhD viva
新しい博士学位発表会様式
2020年10月に入学した大学院生（社会人ドクター）による博士学位論文発表会（公聴会）をオンラインにて行った。 入学する …
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Revealing Landscapes of Transposable Elements in Apis Species by Meta-Analysis published
ミツバチ種のゲノム中の転移因子のメタ解析論文出版
2年前に今のところに来た時にbioRxivにアップしたが色々あって、この2022年の4月に再度改訂版をにアップした論文が、査読済み論文となって出 …
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bonohulab member++22
bonohulabメンバー++2022
この2022年8月1日にさらに新しい研究員が1人追加された。 昨年2021年の9月1日にも新しい研究員が1人追加されており、それ以来の研究員増員。
いつも言ってることだが、ラボのメンバーが多ければ良いと …
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July2022
2022年7月を振り返って
この7月は、月頭の2日に大学院入試があり、15日にその合格発表が。 13日に大学の公開講座の講師を初めて体験したが、これまでの講演と …
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CancerDAT dispatch
がんゲノムデータ解析本第一報
昨年2021年より清水厚志さんが中心となって企画してきた「がんゲノムデータ解析」が2022年8月末に発売開始されることが決まった。
今後、出版社のページに順次情報が出るかと。
すで …
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Press release 22 2nd
2022年度2回目のプレスリリース
先週（2022年7月19日）に出版された低酸素環境下における植物トランスクリプトームのメタ解析の論文をプレスリリース。 今回 …
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Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia published
低酸素環境下における植物トランスクリプトームのメタ解析論文出版
bioRxivにもアップしてあった論文を査読済み論文として出版。
Meta-analysis of RNA Sequencing Data of …
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Graduate School Admission Announcement of Acceptance 22
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Flood of guests
千客万来
どういうわけか。 非常に来客の多い一週間であった。
まだ今年度も1/4終わったところに過ぎないというのに。 自分も次年度以降に向けた動きを考 …
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Nonta's Sake Brewery
道の駅のん太の酒蔵オープン
オープン初日の2022年7月15日に行ってきた。 今後、お土産の調達などにお世話になりそう。
道の駅西条 のん太の酒 …
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Open Lectures 2022 done
大学の公開講座2022終了
大学の公開講座、ゲノム編集イノベーション～最先端のバイオテクノロジー～の3回シリーズの2回目ということで「みんなのバイオDX …
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Press release 22 1st
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Graduate School Admission 22
大学院入試2022
2023年4月入学に向けて、まずは推薦入試Aというカテゴリーの大学院入試。 今年は梅雨も明けてからの大変暑い中での開催となってしまったが、無事終了。 お …
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ROIS-DS-JOINT 2022
ROIS-DS-JOINT 2022 採択
ROIS-DS-JOINT 2022に研究代表者として提案した研究課題「ゲノム編集データ解析のための公共データの統合化ワークフ …
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June2022
2022年6月を振り返って
この6月は、COI-NEXT本格型キックオフから始まった(1日)。 それに引き続き、大阪への出張も。 また、先月から続いていた、研究費の締め切りクラスタを …
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Fanflow4Insects
昆虫用Fanflowにいたるまで
論文がまた一本出た。 と言っても、bonohulabからは、去年2021年12月以来、ほぼ半年ぶり。 久しぶりの自分がfirst authorの論文だった（と言っても1年4ヶ月ぶり）。 今回のテーマ …
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Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia
低酸素環境下における植物トランスクリプトームのメタ解析
プロジェクト研究員による低酸素環境下におけるシ …
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Call for researchers in tayo event
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RIKEN-Hirodai Science and Technology Hub 22
理研-広大 科学技術ハブ共同研究プログラム22
理研ー広大の連携は以前より図られており、そもそも今ラボが入って …
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