Articles by bonohu

  1. pip update

    pip updateコマンドはないので、pipで入れたパッケージのアップデートは以下のようにする。 [shell] pip3 list --outdated | awk '{print $1}' | xargs pip3 install -U [/shell] そろそろ、python3をデフォルトのpythonにして、version3系のpipをpip3と打たないで済むようにしたいところ。

  4. SPARQLthon56 day1

    AOEの追加機能の計算をpythonでやろうとするが、データがでかすぎて思うようにできず。できる手段を探しつつ、データをまとめて減らすことも検討。 メタデータの …

  8. ぶらっとBLAT

    BLATはThe BLAST Like Alignment Toolで、UCSC Genome Browser のサイトにあるリファレンスゲノム配列に特化した配列類似性というか配列マッピングツール …

  10. 曖昧配列パターン検索

    配列パターン検索はUNIX的にはgrepでできるが、バイオな配列に対してだと、パターン中に改行が入った場合やヘッダ行中の「誤爆」を防ぎたい …

  13. samtools indexも並列化

    割とすぐに終わるからこれまで特に気にしていなかったが。調べてみたら、やはりsamtools indexもスレッドオプションがあった。他のコマンドと同じで-@のあと …

  15. BAMからCRAMへのバッチ変換

    ファイル変換weekになってしまったので、BAMからCRAMへのバッチスクリプトも紹介しておく。 SAMBAM変換とは異なり、リファレンスゲノム配列が必要で、それは各環境で違う場所にあると思うので、それは自分の環 …

  16. SAMからBAMへのバッチ変換

    SAMからBAMに変換して、そのまま中間ファイルを作らずにBAMをソートする。それをバッチで処理するには。 SAMファイルの置いてあるディレクトリに移動(cd)してから、以下のようなスクリプトを実行 …

  19. 満を持して

    ついにこの日がやってきた。各所に働きかけた末に。

    That's one small step for (a) man, one giant leap for mankind.

    ただの盛り上がったミーティングに …

  20. 背水の陣

    配列データ解析、頑張らないと。それを後押しする事象発生。折しもそれ関連の計算を始めていたのは、虫が知らせたか …

  24. 春の心の嵐

    直接は被っていないものの、それでも学生委員会の同窓会で最近も何回か会った、同学年の同志の訃報。そんな私にも …

  26. SPARQLthon55 day2

    AWSに移設したAOE2の更新ができるように、いろいろと準備してもらいつつ。昨日やったことのまとめ。 AWSにsshできるように/Users/hoge/.ssh/configに以下の設定を追記。

    host fuga
 user ec2-user
 hostname xxx.xxx.xxx.xxx
 identityfile /Users/hoge/.ssh/fuga.pem

    そして [shell …

  27. SPARQLthon55 day1

    AOE2いよいよ公開へ。セキュリティ強化と停電のないサーバーでのサービスを、ということでAWS化を急遽。達人たちに教えてもらい、AWSでセットアップしてもらう。いろいろと …

  30. Trinity実行時のFASTQヘッダ問題

    Trinityを実行する際にFASTQのヘッダが問題となる事例。以前から同様の事が起きており、その場合は、 [shell] bzcat file.fq.bz2 | awk '{if(NR%4==3) $0=sprintf("'"+${index}%d"'",(1+i++)); print;}' | awk '{if(NR%4==1) $0=sprintf("'"@${index}%d"'",(1+i++)); print;}' | bzip2 …

  31. 諸行無常

    未来永劫続くプロジェクトやデータベースはないとはわかっていても、その継続を仮定してしまうのはなぜだろう …

  32. 国立遺伝学研究所一般公開2017年

    DBCLSが三島の国立遺伝学研究所に移転した2014年から毎年の参加で、これで4回目。しかしながら、雨になったのは初めてと。 去年に引き続き、公開講演会の撮影補助。もちろん撮影にかかわる …

  38. 春の嵐

    三島も4年目に突入。年度頭から締め切りに追われているが、ブレインストーミングに温泉インフォマティクス研究会単独開催 …

  40. 2017年第1四半期終了

    2017年も三ヶ月が終了した。その実感はやはりない。あっという間に終わってしまった感。 本務の共同研究に関わる打合せが多かった他、科研費 …

  46. 説明会、その後

    説明会。この種のそれは約十年勤めてきて初めて。わかったことは、現状今後のことはよくわからないということ。 終了 …

  47. 命の洗濯

    有給休暇扱いにして、ホームワーク。所属はしていないが勤務先のある研究所で開催される公開セミナーを聞きに職 …

  48. csvlookが使えない

    ある日、タブ区切りのデータを人に見せる必要があって、csvlookを使おうとしたら

    zsh: /usr/local/bin/csvlook: bad interpreter: /usr/local/opt/python3/bin/python3.5: no such file or directory

    というエラー …

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