ぼうのブログ - togotv18

togotv18 2nd dispatch

2024-05-02T00:00:00+09:00

統合TV本第2版第一報

「生命科学研究のためのデジタルツール入門第2版」。Amazonに出てしまったので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも書いておく。約5年半前の2018年に出版された「生命科学データベース・ウェブツール」のアップデート版で、「データベース・ウェブツール」まとめて「デジタルツール」となった。書いている途中でtwitterがXになったりと、もう一人の監修者が転職したりなど、諸行無常の影響を受けて大変だったなあと思い起こしたり。経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。

前作が好評を得たということでありがたいことに第2版のお声がけをいただきました🙌生命科学データの基礎的な「読み・書き・そろばん」スキルを身につけるための入門書です📖

生命科学研究のためのデジタルツール入門第2版 - 結果に差がつく使いこなし術https://t.co/D7SkOQH0aq
2024/6/21発行予定 https://t.co/i5izHDIMLg
— 小野浩雅 ONO, Hiromasa (@h_ono) May 1, 2024

なお、twitterのハッシュタグは #togotv18

78th JCA day3

2019-09-28T23:00:00+09:00

第78回日本癌学会学術総会3日目

3日目の最終日の午前にようやく自分の発表が。「公共データベースを活用したDRYながん研究入門 / Introduction to DRY-intensive cancer research that makes full use of public databases」と題して、入門的な話をさせていただいた。癌研究者が使いそうなツールを中心に五月雨式に紹介していった50分だったが、大きく分けて

Gene expression
Variant
Cancer

の3つのカテゴリに分けて、8種類のツール群を紹介した。その詳細は以下のスライドの通り。 100枚を超えるスライド数になったが、ちゃんと時間の50分に収まった。

基本、拙著生命科学データベース・ウェブツール（通称：統合TV本）の後半で紹介したデータベースやウェブツールを紹介したのだが、見ての通り対応する章がない項目もある。それでも統合TVにはチュートリアル動画があるものばかりなので、「ツール名」＋「統合TV」のキーワードでインターネット検索してください、と。動画を見れば使えるようになると思うが、本を買って学ぶやり方もあり、ということで。

ここで紹介したウェブツールが使いこなせるようになったら、この癌学会学術総会で発売開始した「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本や、「Dr.Bonoの生命科学データ解析」ことBono本で学んでいって下さい、と締めた。

これまでの知り合いやそうでない人に拘わらず、会期中にあった人たちと話した感じでは個人的に問い合わせたい人が多いようだ。しかし、本もあるのだし、それのネタになったことはこのぼうのブログや英語版のブログにもコンテンツはあるので、 まずは自分で調べてはいかがだろうか。最近の統合TVにはRNA-Seqなどのデータ解析手法を紹介するものも増えてきているし。

その上で解決できない場合に、上記の本のハッシュタグ( #drbonobon や #drbonodojo )をつけてtweetしてみてはいかが。ただ、誰かのtweetを見るだけ、じゃなくて。

つぶやけ、されば救われん

道場本(p1)より。

AJACS 77th

2019-07-05T21:00:00+09:00

統合データベース講習会AJACS番町3

10年以上やっている統合データベース講習会AJACS。元々はDBCLSが「統合データベースプロジェクト」の一環でやっていたデータベース講習会から始まっており、最初は私がその任を担っていた。 2011年にJSTにバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)が発足し、それ以後はNBDCがAJACSを開催するようになっている。

通し番号で 77回目 の今回は、2019年8月7日(水)に、東京は市ヶ谷駅前のJST開催。題して、統合データベース講習会:AJACS番町3。今週その詳細が公開され、申込みも始まった。今回、私は自分の専門であり、十八番である発現データベースに関する講習、「遺伝子発現データベース／遺伝子発現解析ツール」を1時間半、受け持つことになった。

統合TV本でも紹介されているRefExなどを活用したウェブベースの演習がメインになりますので、ぜひお越しを。参加される場合には、2019年7月31日までにエントリする必要があるので、そちらも忘れずに。

togotv18 for sale

2018-12-06T22:00:00+09:00

統合TV本発売一週間

統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール　図解と動画で使い方がわかる！研究がはかどる定番18選」が正式に発売され、流通するようになった。

出版した経緯と公式ではないこと、だからtwitterで盛り上げようと書いてきたが、論より証拠、実際に見てもらっての反響がチラホラtwitter上にも出出した模様。ぜひ、ご意見等は以前にも書いたハッシュタグの #togotv18をつけてtweetしていただけれると大変見つけやすくなってありがたい。

それによると、これまで知らなかった人が、紙の書籍から入るというのがスムーズな統合TVの動画への誘いなのかなと。 YouTubeにあるから検索して見てね、よりは障壁が低いのかなと。そのような話が今後も出てくるといいな、と。

ほとんどスクリーンショットで文字が少ないからか、まだほとんど見つかってない誤植だが、今後見つかってくると思う。それは見つけ次第、twitterのハッシュタグ #togotv18 をつけて呟いていただけるとありがたい。増刷等あった時に訂正しますので。

togotv18 for whom?

2018-11-26T21:00:00+09:00

誰のための統合TV本？

統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール　図解と動画で使い方がわかる！研究がはかどる定番18選」に関して、出版した経緯と公式ではないこと、だからtwitterで盛り上げようと書いた。自分は関係ない、とお考えの方もいるかもしれない。しかし、全ての生命科学研究者のための本だということをここで伝えたい。

もちろん、研究室に配属されたばかりの入りたての学部学生や修士課程の大学院生に向けて、Part1 生命科学系研究室の新人が絶対に知っておくべき5 つのツールが書かれている。しかし、このようなコンテンツを必要としているのは当の新人だけでなく、それを教える上級生や先生方であるのは、これまでに教えた経験のある方ならわかることだろう。教えるための情報が整備されているのは両方の立場の人にとって有用だからだ。この本からDOIでリンクされている統合TVの動画は再生を止めれば待ってくれるし、また何回でも見れるし。

また、Part3 生命科学系データ解析の現場で，押さえておきたい「鉄板」ツールやPart4 ビッグデータ時代の疾患ゲノム解析で使いこなしたいデータベースで紹介されているDBやツールは知っていて損はない。自分の研究を支持する事実となったり、これまで思いもしなかった示唆があったりするかもしれない。研究を始める新人さんにとっては、どういったことを研究するか、データベースから見つけられるかもしれない。本書のガイドをきっかけに研究が始まった、なんてことが起こるといいなあと妄想したり。

新人のためだけでなく、現役の研究者の皆様にも参考になるコンテンツが満載で、そういう意味で、全ての生命科学研究者に向けた本なのだ。出版社のこの本のウェブページには目次の詳細や序文が公開されているので、ぜひご確認を。

ひょっとするとあなたの見つけた誤植が他の人がまだ気づいていないものかもしれない。 twitterのハッシュタグ #togotv18をつけて呟いていただけるとありがたい。増刷等あった時に訂正しますので。

Therefore support togotv18 by twitter

2018-11-25T09:00:00+09:00

だから、twitterで統合TV本を盛り上げよう

統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール　図解と動画で使い方がわかる！研究がはかどる定番18選」に関して、出版した経緯と、公式ではないことを書いた。

だからNBDCやDBCLSの公式受付窓口に統合TV本に関することを問い合わることはしないで欲しい。代わりに、意見やメッセージがある場合は以下のハッシュタグをつけてtwitterで気軽につぶやいて欲しい。 twitterのハッシュタグは#togotv18と出版前から決めてすでに使っており、書籍の中にも明記されている。

統合TVはtwitterに支えられて開発してきた。新しい動画ができたときに告知し、見てもらうキッカケを作ってきたのはtwitterだ。それだけでなく、twitterは動画作成のアルバイトをしてくれる人を集める場としても活躍してきた。余談だが、現在も統合TVの動画や静止画作成のアルバイトを募集している。

また、アルバイトにいつ来てくれるかといった連絡も当初はtwitterでのやりとりで全部やっていた（現在はslackでのやりとりに移行してしまっているが）。その結果、twitterを通じて多くの人と知り合いになった。学会の年会やオフ会を通じてtwitterの外での交流も数知れない。中にはそれがキッカケとなって共同研究が始まり、一緒に論文を出した例すらある。 twitterに支えられてきたのは統合TVだけでなく、何を隠そう、この私自身なのだ。

だから、せっかくの機会なので学会年会で声をかけて欲しい。それを楽しみに今年もDBCLSブースでデータ解析よろず相談に居るので。ここを見たといえば、私が著した書籍にサインをします。本を持ってない？なければ、目の前が書籍販売コーナーなのでそこで買うといい。それをキッカケに話しかけてくれれば、と。

But togotv18 is unofficial

2018-11-24T09:00:00+09:00

しかし、統合TV本は非公式

統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール　図解と動画で使い方がわかる！研究がはかどる定番18選」に関して、それを出版した経緯を書いた。それだけを読むと、統合TV作製に予算を出しているJSTのバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)や実際に作製し公開してきたライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が、その研究開発の一環として書籍出版をしたかのように見えるかもしれない。しかし、実態はそうではない。 NBDCもDBCLSも無関係で、統合TVに関わる有志が協力して成書としてまとめたものなのだ。

その証拠に書名には「統合TV」が入ってはいない。本を買った時に付いていることもある「帯」には、「統合TV編集部責任編集」と書かれてはいるが。しかし、この本の出版を仕事としてではなく有志の活動として行った、というのが実情である。

統合TV編集部である我々が、これまで公開してきた1500ほどの統合TVの動画をまずレビューした。結果としてリストアップされた18のDBやツールに関して、統合TV作製者や関係者がそスクリーンショットとオリジナルの統合TVの動画へのリンクとともに解説してある。そう、紙媒体の書籍から、インターネット上の電子的な動画への導線として。

And what is togotv18?

2018-11-23T14:00:00+09:00

そして、統合TV本とは?

統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール　図解と動画で使い方がわかる！研究がはかどる定番18選」であるが、名前の通り、図解と動画で生命科学分野のデータベース(DB)や（ウェブ）ツールを紹介する書籍である。古くは手取り足取り本など、DBやツールを紹介する類書は過去に何冊か出ている。そのうちのいくつかに自らも関わってきた中でさらに新たに一冊出すわけなので、今回また本を出したわけを書き記しておきたいと思う。

実は、紙媒体の書籍（最近では電子媒体もあるが）で生命科学分野のDBやツールを紹介すること自体に限界を感じたため、動画でそれらを紹介するプロジェクト統合TVを2007年7月に始めた。しかしながら、統合TV開始から約10年が経ち、時代も変わって、ウェブページを介して生命科学分野のDBやツールが使えるのが当たり前になっている。結果として、それらの利用が一般化し誰もが使うようになった。当然ながら、利用者のコンピュータリテラシーのレベルもさまざまなわけである。すなわち、かつての生命科学ラボによくあったような、研究室のコンピュータ係の得意な人だけがDBやツールを使えればいい、そんな時代ではないのだ。

そこで、自分でインターネット検索してそういったDBやツールを探し出してきて、使い方を習得することに馴れていない人向けに書籍としてそのガイドを作成しようという話になった。逆説的ではあるが、最終的には統合TVなどの動画やオリジナルサイトのドキュメントを読んで、詳しく使えるようになってもらう、そのための導線としての入門書として、である。 TVを見るためのガイドとして「ザテレビジョン」があった（ある？）ように、生命科学分野のDBやツールを使うためのガイドブックが今回の統合TV本だと理解していただければと思う。

各章8ページを基本に、18のDBやツールでまとめられている。それ以外にも統合TVエバンジェリストによるコラムや、付録「動画作製の舞台裏」があり、中上級者にも楽しんでいただけるかと思う。そして、一通り読んだら周りの後輩や学生さんに紹介してあげてほしい。

そしてもう一つの目的が、書籍として出回り紹介されているDBやツールを最新コンテンツにするということである。出版されている類書は、その出版から4,5年以上経っており、そのままで利用できないものも多い。ちょっとしたウェブインターフェースの変更などでつまづいて先に進めなくなっていた人を数多くこれまで見てきた。そこで、それらをアップデートするという目的も込めている。また、より新しい良いDBやツールが多数出ている。それらを新たに紹介するという意味も大きい。統合TV本の最後の方の章に、そういったDBやツールがまとめて紹介されている。

最後に、出版社のこの本のウェブページに序文が掲載されているので、それも参考にして欲しい。

togotv18 autograph session

2018-11-22T23:00:00+09:00

統合TV本サイン会＠第41回日本分子生物学会年会

Amazonのレコードによると「生命科学データベース・ウェブツール　図解と動画で使い方がわかる！研究がはかどる定番18選」の発売日は2018年12月4日となっている。その日ぐらいには皆さんの手元に届くということだろう。

しかし、来週2018年11月28日〜30日までパシフィコ横浜で開かれる第41回日本分子生物学会年会の会場において先行発売すると出版社から連絡があった。しかも年会初日の28日には監修者のサイン会も行われる、と。詳細は以下の通り。

日時：2018年11月28日（水）12:00-13:00
場所：展示場書籍売場 [B06] メディカル・サイエンス・インターナショナル(MEDSi)の書籍ブース

皆さんのお越しをお待ちしております！

togotv18 chapters

2018-11-21T12:00:00+09:00

統合TV本章立て

先日、Amazonに出てしまった「生命科学データベース・ウェブツール　図解と動画で使い方がわかる！研究がはかどる定番18選」だが、本日メタデータが更新され、章立てまでもが公開された。

その内容は以下の通り。

Part 1 生命科学系研究室の新人が絶対に知っておくべき5 つのツール

1章 PubMed で論文を効率的に検索する
- PubMed とPMC の使い方
2章 PowerPoint で欲しいイラストを描く
- 遠沈管を描こう─基本操作を学ぶ
- マイクロチューブを描こう─応用編
- 3-D 書式で描こう
3章 Google のサービスを活用する
- Gmail の使い方
- Googleドライブで共同作業を進めよう
- Google Site で研究会のウェブサイトを作ろう
4章 BLAST で遺伝子の配列類似性検索をする
- NCBI BLAST の基本的な使い方
5章 PCR プライマーを設計する- Primer3Plus とPrimer-BLAST
- Primer3 で自分の実験条件に合ったプライマーを設計する
- PrimerBlast でイントロン境界などの条件を設定する

Part 2 「仮説・実験・解析・出版」の研究サイクルを加速させる便利なツール

6 章 ImageJ で画像ファイルを操作する
- ImageJ のソフトウェアを自分のパソコンにインストールする
- ゲル写真を加工してみよう
- バンド強度を半定量してグラフにしよう
7 章ゲノムブラウザを使って遺伝子を知る─ UCSC Genome Browser など
- UCSC ゲノムブラウザで目的の遺伝子に関する情報を得る
- UCSC BLAT で目的の遺伝子の配列をゲノム中から検索する
8 章英語表現や略語をすばやく検索する─ inMeXes とAllie
- inMeXes で文献に頻出する英語表現や関連語をチェックしよう
- Allie を使って略語の正式名称を検索する
9 章最新知見を日本語で知る・読む・学ぶ─新着論文レビューと領域融合レビュー
- 新着論文レビューで新着論文の解説記事を閲覧する
- 領域融合レビューで総説を閲覧する

Part 3 生命科学系データ解析の現場で,押さえておきたい「鉄板」ツール

10 章 MEGAで系統樹を作成する
- MEGA で配列のアラインメントや系統解析を行う
- DoMosaics を使ってドメイン構造と系統樹を可視化する
- MAFFT・RAxML・FigTree を組み合わせて分子系統解析を行う
11 章 RefEx とChip-Atlas で公共の遺伝子発現データを快適に検索する
- RefEx を使って正常組織での遺伝子発現を調べよう
- ChIP-Atlas で,自分の遺伝子リストを制御する転写因子は何かを検索しよう
12 章 Metascapeでエンリッチメント解析をして自分の持つ遺伝子リストを解釈する
- Metascape でヒト,マウス,ラットのエンリッチメント解析を行う

Part 4 ビッグデータ時代の疾患ゲノム解析で使いこなしたいデータベース

13 章 TCGAで各がん種の公開データのダウンロードや解析を行う
- 変異や遺伝子名で検索してみよう
- いろいろなデータをダウンロードしてみよう
14 章 COSMIC でがん遺伝子の体細胞変異を調べる
- COSMIC の基本的な使い方を知ろう
- COSMIC-3D で立体構造を見てみよう
15 章 GWAS Catalog で形質とバリアントの関連について検索する
- GWAS Catalog を疾患名で検索してみる
- SNP を染色体上に配置して見ることができる
16 章 ClinVar で疾患に関連するバリアントを検索する
- 疾患名から臨床的に重要なバリアントにたどりつこう
17 章 gnomAD でヒトのエキソームやゲノムのデータから変異を探す
- バリアント(変異)の臨床的意義や集団中の頻度を調べる
18 章 GTEx Portal でヒトの各組織での遺伝子発現量や影響するeQTL を調べる
- 遺伝子に影響するeQTL を調べよう

付録動画作製の舞台裏

付録1 統合TV の動画はどのように作られているか
付録2 統合TV の静止画はどのように作られているか
付録3 講演・講習会の収録とYouTubeLive 配信のノウハウ

確かに、18章あることがおわかりかと。

togotv18 dispatch

2018-11-13T00:00:00+09:00

統合TV本第一報

「生命科学データベース・ウェブツール　図解と動画で使い方がわかる！研究がはかどる定番18選」。Amazonに出てしまったので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも書いておく。経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。なお、twitterのハッシュタグは #togotv18