ぼうのブログ - RecipeBook

RNA-Seq RecipeBook Ranking 2024

2025-01-10T23:00:00+09:00

RNAseqレシピ本2のランキング　2024年

2023年10月に発売されたRNAseqレシピ本2だが、出版元による2024年年間ランキングの生命科学・基礎医学で4位に。やはり、出版社がウェビナーやって宣伝強化した効果が大きかったのだろうか。

また、2024年12月に発売されたデルジーン300本も2024年12月の月刊ランキング（生命科学・基礎医学）で2位に!

12月ランキング2位✨
『論文に出る遺伝子　デルジーン300』
頻出遺伝子の概要がコンパクトにわかる😃
本の中はこんな感じです🐏↓↓↓ https://t.co/yyzIHkvGnr
— 羊土社実験医学 (@Yodosha_EM) January 10, 2025

果たしてこの流れがいつまで続くか。今後も注目していきたい。

RNA-Seq recipe 2 ranking 2401

2024-02-03T20:00:00+09:00

RNAseqレシピ本2のランキング　24年1月

2023年10月に発売されたRNAseqレシピ本2。出版元が毎月出しているランキングの生命科学・基礎医学で10月登場時に2位。その後、11月7位、12月9位と下がってきてたが、年が変わって2024年1月には5位と再浮上。このままコンスタントに売れ続けていくのだろうか？

RNA-Seq recipe 2 on pre-sale

2023-09-22T23:00:00+09:00

RNAseqレシピ本2先行発売

先のエントリで何が新しくなったかを書いた「改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピヒトから非モデル生物まで公共データの活用も充実」だが、Amazonでも予約できるようになっているが発売は2023年10月2日からとのこと。

しかしながら、今年の日本癌学会学術集会（2023年9月21日〜23日にパシフィコ横浜にて開催）で先行発売されており、手にした人もいた模様。

レシピ本2を入手した！ pic.twitter.com/hYvhEYFd0N
— takanzai (@takanzai) September 21, 2023

私は編集ということで私のところにも21日には送られてきていた。しかしながら、所用により出かけていたため、翌22日に手にした。早速本棚に配置して他の本とともに記念撮影。

無事入手。左下がそれ #RNAseqRecipe https://t.co/tVDsysZ9pt pic.twitter.com/K5O3r88w4S
— オープンサイエンス推進者なので情報を共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) September 22, 2023

みなさんの手元に届き、読んでもらうのが楽しみになってきた。

なお、この本のtwitterのハッシュタグは #RNAseqRecipeのつもり。この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。

What's new in RNA-Seq recipe 2

2023-09-15T12:00:00+09:00

RNAseqレシピ本2で何が新しくなったか

先のエントリで第一報をお届けした「改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピヒトから非モデル生物まで公共データの活用も充実」だが、Amazonでも予約できるようになったようなので今回のアップデートに関して追記したい。

まずは、2023年現在に合うように全てのレシピがアップデートされた点が大きい。 Apple silicon macやWindows上のWSL2でどのようにしてツールを動かしているか、1章の解析環境構築で実際に私がやっている（教えている）方法を解説した。プログラムの種類によっては動かないものもあるが、そのnativeに動かない場合にDocker上で動かすやり方に関しても。

また、書名が長くなり、その追加部分には、

ヒトから非モデル生物まで公共データの活用も充実

とあり、ここが今回のアップデートのポイントである。これまで全体的に、ヒトやマウスでのRNA-Seqデータ解析を想定していたのが、非モデル生物に対するその解析のレシピが増強されているほか、4章にコラム「非モデル生物における機能アノテーション」が追加されている。さらに、公共データベースにあるRNA-Seqデータを利活用してメタ解析を行う章「8. 公共データから興味あるデータを抽出，発現変動遺伝子群を検出する（メタ解析）」が新設されている。ここには、ikra を使ったヒトやマウスのRNA-Seqデータメタ解析のみならず、非モデル生物の生物種間比較によるトランスクリプトームのメタ解析までもがレシピ化されている。さらにPubmedにある文献情報（とそれにリンクしてる遺伝子情報）全体である「ビブリオーム」を活用したマルチオミックス解析のコラムを、実際にその手法開発した修了生に書いてもらった。

その結果、前にも述べられたように、改訂版では総ページ数が302となっており、前回よりも約2割増しに。それなのに値段が約1割増で済んだのは広告を出してくれたみなさんのおかげ。ありがとうございました。

なお、この本のtwitterのハッシュタグは #RNAseqRecipeのつもり。この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。

RNA-Seq recipe 2 dispatch

2023-09-08T20:00:00+09:00

RNAseqレシピ本2第一報

去年(2022年)9月。パシフィコ横浜で開催された第81回日本癌学会学術総会には出れなかったものの、他の用事で上京していた。その際に桜木町駅にて、RNA-Seqデータ解析レシピ本の今後に関して出版社の方と話し合った。 ANNUAL UPDATEが3回終わって次をどうするか、ということなのだが、実際には改訂版をどういう方向性で出すかということに関しての話し合いがメインだった。

まず1番に対処しないといけないのは、Apple silicon搭載Mac、Windows(WSL2)やDocker環境での解析実行に関して。特に前者はお手上げという人も少なからずいるようなので、その対処法を主に。その次に、追加したい項目。まずは、リファレンスゲノムを用いない（使うことができない）非モデル生物（新規モデル生物と言いたい！）での解析。そして、公共DBからデータを取得してきて自ら再解析するところから始まるメタ解析。それらをカバーすべく、内容を精査した結果が今回の改訂版。長くなった書名「改訂版RNA-Seqデータ解析　WETラボのための超鉄板レシピ　ヒトから非モデル生物まで　公共データの活用も充実」にそれが込められている。その結果、前回255ページだったのが、改訂版では302ページとなっている（約2割増し）ところから分かる通り、内容が大幅に増えている。

なお、この本のtwitterのハッシュタグは #RNAseqRecipeのつもり。この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。

Rise of MetaGenome analysis

2022-05-01T12:00:00+09:00

メタゲノム感の高まり

年度が改まって2022年度になってちょっとした異変が起きている。それは、メタゲノム解析に関する問い合わせが増えているということである。

「メタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ」を出したからなのだろうか？しかしそれなら本の出た昨年2021年末にきてもおかしくないと思うのだが、この年度始めになって急に、である。

2020年に転職して以来、これまではRNA-Seqデータ解析レシピ本がカバーするRNA-Seqに関する問い合わせが主であった。なので、まずこの本読んで下さいね、で済ませられたのであるが。

また、bonohulabに来てくれた学生さんもこれまでは全員がRNA-Seqデータ解析を駆使する研究テーマであった。やはり、ラボで指導する際にもRNA-Seqデータ解析レシピ本が大変重宝してきた。

2022年度になって、bonohulabの大学院生の研究テーマとしてもメタゲノムデータ解析が設定されている。来年度もそれが継続しそうな感じである。そういうメタゲノム解析感の高まりを感じた2022年度の始まりであった。

What is MetaGenome data analysis recipe

2021-11-24T23:00:00+09:00

メタゲノムデータ解析レシピ本とは

いよいよ、「メタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ」の発売が来週の2021年11月30日となった。その翌日から開催される第44回日本分子生物学会年会でお披露目となる。

これまでのバリアントレシピ本（真ん中）とRNA-Seqデータ解析レシピ本（右）で対象としている公共データと並んで、公共データベース(Sequence Read Archive (SRA))にそれ対象の配列データが多いのがメタゲノムである。それらのデータを利活用するドライ解析手法を指南してくれているのが、このメタゲノムデータ解析レシピ本である。

今回のレシピ本の編者プロフィールにも書いた、以下の想いがこの本を出版しようという原動力となった。

本書を企画したきっかけは、大量のメタゲノム配列データが公共データベースに登録されているにもかかわらず、メタゲノムデータ解析手法に関する情報が成書となってはいない現状に不満を感じたからです。 RNA-Seqやバリアントデータのようにデータ解析プロトコールをまとめてレシピ本にすれば、より多くの人の手によってメタゲノムがデータ解析されるだろう、そう願ってのことです。

しつこいようだが、本に掲載されている中身のレシピは、その道の達人たちがない時間を削って書いてくれたものである。しかも、中身のレシピはその達人たちがご厚意で公開してくれたものであり、公開されて当然というわけではない。そこに感謝して利用していただければと思う。

序文にも書かれている通り、この本のtwitterのハッシュタグは #MetaGenomeRecipeなので、このハッシュタグをつけて読者の皆さんも情報共有してください。感想でもいいですし、（あまりあって欲しくないですが）間違いの指摘でも結構です。それが編者からのお願いです。

MetaGenome data analysis recipe dispatch

2021-11-08T15:00:00+09:00

メタゲノムデータ解析レシピ本第一報

2020年10月に広島で開催された劇的に人が少ない第79回日本癌学会学術総会。その会場の大幅に縮小された本売り場にて発売されたばかりのバリアントレシピ本を前にしてメタゲノムもデータ解析レシピ本があるといいなあ、という話から始まったのがこのメタゲノムデータ解析レシピ本。その後、2020年末より企画を開始して、多くの達人たちに依頼してできた、メタゲノムデータ解析のレシピ満載の本が、「メタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ」として今月(2021年11月)末に発売開始される。

その目次は出版社のページに。今回も多くの達人たちに時間を割いていただき、その技を文書化していただいた。ありがとうございました。

編者的には「メタゲノムデータ解析レシピ本」と「データ解析」を強調したいが、おそらく「メタゲノムレシピ本」とさらに短縮されるんだろうなあ。なお、この本のtwitterのハッシュタグは #MetaGenomeRecipeのつもり。この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。

出版社のページだけでなく、すでにAmazonにも出ている。

経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。

RNAseqRecipe 3rd print

2021-04-05T23:00:00+09:00

RNAseqレシピ本第3刷

「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（略称、RNAseqレシピ本）の第3刷が送られてきた。 2019年11月末に上梓、2020年3月に第2刷をしたので、ちょうど1年ぶりに。

RNA-Seqデータ解析に特化したコンテンツで、同時期に出たDRY解析教本2にもRNA-Seq解析の章があったにもかかわらず、第3刷を出すことになるほどの売れ行き。

出版から1年後の2020年末にはAnnual Updateも公開され、売れ行きに拍車がかかったのだろうか。 3月末にはついに出版社在庫切れになってしまう事態になっていたが、これでまた供給されていくはず。

RNAseqRecipe Annual Update 2020

2020-12-14T23:00:00+09:00

RNAseqレシピ本 Annual Update 2020

「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（略称、RNAseqレシピ本）が出版されて１年が経った。

Mac界隈は相変わらず日進月歩である。その短い間に新しいバージョンのOSが2度もリリースされて、デフォルトのシェルがbashからzshに変更されるなど、RNAseqレシピ本販売直後から「書いてあるとおり入力しても動きません」が起きてしまったり。さらには、Apple M1チップを搭載したMacが販売開始されたり、などと。

このRNAseqレシピ本の目玉の一つであるAnnual Updateの第1回目が、本日2020年12月14日に公開された。 Annual Updateとは、そのような日進月歩の状況に対処するべく提供されたサービスで、

大なり小なりアップデートされていくデータ解析の手法を少しでも快適に実践いただくため、本書ではウェブ付録として、著者から更新情報が届く「Annual Updateサービス」をご利用いただけます（更新は出版から3年間、年1回を予定）

という、新しい企画。

今回提供されたのがその記念すべき第1回目で、すでに登録されたユーザーにはメールでお知らせがいっているかと。本は持っているけど、まだ登録してないよ、という方は、RNAseqレシピ本のp8にある説明を読んで登録していただきたい。書いてある通りやってもうまくいかなくて困っているとか、何かが変更されてしまったようで最近同じようにやっても動かなくなったという方、参考にしていただければと。

大変お忙しい中、今回のAnnual Updateを書いてくれた著者の皆さん、ありがとうございました。この場を借りて御礼申し上げます。

VariantRecipe 1month

2020-10-25T08:30:00+09:00

バリアントレシピ本出版1ヶ月

2020年9月25日に「バリアントデータ検索&活用変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」（以下、バリアントレシピ本）が出版されてから早いもので1ヶ月が経過した。無事、Amazonでの発売も開始され、今月(2020年10月)頭に広島であった日本癌学会学術総会でもお披露目がなされた。例年であればこの時期に色々行われる学会年会や大会などで書籍展示があり、そこで実際に手に取って見てもらう機会があって、twitter上でその反応があったりするのを楽しみにしていたのだが。今年はしょうがないですね。それでも何度かその分野「遺伝学・遺伝子工学」でのベストセラーとなってたり。

どんな中身か、ちょっと見てみたい方向けに、TogoVarの解説の部分がWeb立ち読みコンテンツとして公開されているようなので、そちらを読んで雰囲気を確認し、まだお持ちでない方はぜひポチってください。

ヒト関係の研究者だと（おそらくもうすでに）バリアントデータ解析は避けては通れない事項になっているし、またそうでない分野の研究者であっても以下のtweetに書かれているようにすぐに必要となる解析かと。

非モデルでは役にたたない！と思うかもしれない。しかしシーケンスコストが急降下しているのでバリアントを使って解析する機会は今後急上昇し始めるとおもうので、すでにできているコミュニティから学んでおくことは大切だと思うし、過去の歴史がそれを証明している。 https://t.co/LHIPz7w7T3
— kakeru↨yokoi (@KakeruYokoi) September 20, 2020

VariantRecipe for sale

2020-09-25T19:00:00+09:00

バリアントレシピ本発売開始

ついに本日、2020年9月25日に「バリアントデータ検索&活用変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」（以下、バリアントレシピ本）が発売。現状、リアル書店かY社直販などだけで、Amazonでの発売は来週以降らしい。

待ちきれない方向けに、TogoVarの解説の部分がWeb立ち読みコンテンツとして公開されているようなので、そちらを読んで雰囲気を確認してポチってください。

福岡での昨年2019年の日本分子生物学会年会で企画を開始し、初動が早かったおかげで、その後10ヶ月で出版にこぎつけることができた。初動が早かったのはもちろん編者の転職が予定されていたから。編者が転職してしまうなどがあったにもかかわらず、予定通りに出版できたのは素晴らしい。ほとんどそれによる影響がない部分にまで進められていたのは、Y社の編集者の段取りの良さに他ならない。ありがとうございました。

バリアントレシピ本を手に取った際には、中身はもちろんのこと、以前とは異なる編者プロフィール写真をお楽しみください。

VariantRecipe for whom

2020-09-19T20:00:00+09:00

バリアントレシピ本の想定読者

いよいよ来週末の2020年9月25日に「バリアントデータ検索&活用変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」（以下、バリアントレシピ本）が発売となる。

流通の関係で、Amazonでの発売はそれより遅くなるとのこと。早く手に入れたい方はリアル書店かY社直販などにてゲットするのが良いだろう。

ヒト培養細胞で実験されている方は、その研究対象の細胞のゲノムが公開されていればもっと研究に役立つのに、と感じることも多いのではないかと。実はそういうデータがないわけではなく、すでに解読されているのだけれども、ヒト個人の遺伝情報まで解読されてしまっているためにcontrol access下にある可能性が十分にある。例えば、HeLa細胞のゲノムなどがその典型であろう。そのような普段からヒト培養細胞を使って、ターゲットはそれぞれにさまざまであるものの「実験」している方にうってつけの内容ではないかと。ぶち当たったリファレンスゲノムとの違いは、実は生物学的に意味があるものであるかもしれない。その解釈に役立ててもらえれば幸いである。

そういった多型情報を、公開されているレベルでうまく使いこなし、必要であれば、control accessの情報も使うようにする、という対応が必要となってくる。その辺りの情報は体系的に得られるものではなく、今現在の状況を断片的に知る形でしか得られない。バリアントレシピ本は、そういった情報が満載といっても過言でない。

がんの研究をしていてもその変異はこれまでgermlineの多型としてよく知られているものかもしれない。逆もそうで、がんで知られている変異が参考になる場合だってあるかもしれない。そのような情報の「引き出し」にこの本で紹介しているデータベースやツールが役に立てば、と。そのような知のめぐりをよくするところにこの本が寄与できれば、編者としての役割を果たせたことになる。

「多型＝カラフル」というコンセプトに表紙をデザイナーさんに描いてもらったのだが、実はそのデザイナーさんはTogoVarのウェブサイトもデザインしている方という、中身をわかっている方がデザインした表紙なのである。

VariantRecipe chapters

2020-09-12T12:00:00+09:00

バリアントレシピ本の章立て

今回出版する「バリアントデータ検索&活用変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」は、その第一報と同時にAmazonでのエントリのみならず、出版社（羊土社）のウェブページも公開された。

ここにもその章立てを紹介し、編集した意図を簡単に紹介しておく。

バリアントデータを検索する（世界）
- （1）興味ある遺伝子の数塩基多型・構造多型を調べる〜dbSNP，dbVar
- （2）興味あるゲノム領域にみられるバリアントを調べる〜gnomAD（ノマド）
  - ［COLUMN］ヒト以外のバリアント情報の検索と比較
- （3）Pathogenic なバリアントを調べる〜ClinVar
  - ［COLUMN］OMIMとNCBI 〜疾患関連のリソース
- （4）アクセス制限されたデータベースから，興味あるバリアントを保有するデータを探索・利用する〜GA4GH Beacon とNBDC ヒトデータベース
- （5）病名・遺伝子名・バリアントのID などから検索してGWAS の知見を活用する〜GWAS catalog
- （6）症状から検索して類似の稀少・遺伝性疾患を探し，未知バリアントを評価する〜PubCaseFinder
  - ［COLUMN］今日から使える論文執筆支援サービス
バリアントデータを検索する（日本人）
- （1）日本人集団におけるバリアントの頻度情報を調べる〜TogoVar ①
- （2）バリアントの詳細情報を調べる〜TogoVar ②
- （3）日本人と日本人以外の集団のバリアント頻度を比較する〜TogoVar ③
  - ［COLUMN］コンピューターインフラとResource Description Framework（RDF）
- （4）個人レベルのバリアント情報を活用する〜Japanese Genotype-phenotype Archive（JGA）
  - ［COLUMN］dbGaP，EGA
- （5）多層オミクス情報と紐付いたバリアント情報を活用する〜jMorp
  - ［COLUMN］日本人のゲノム解析には日本人基準ゲノム配列JG1を
- （6）エピゲノム・遺伝子発現情報と紐付いたバリアント情報を活用する〜iMETHYL
  - ［COLUMN］ddbj/human-reseq：再現性のあるバリアント検出ワークフローの開発
がんの体細胞変異を検索する
- （1）興味あるバリアントのpathogenicity，構造や治療に与える影響などを調べる〜COSMIC/COSMIC-3D，CIViC
- （2）興味あるバリアントのがん種ごとの頻度の違いを調べる〜TCGAとcBioPortal
- （3）興味あるがん種に特徴的なバリアントを調べる〜TCGA とGDC-DP，COSMIC

章立てを見ての通り、「バリアントデータを検索する」ことが中心に構成されている。 1章で世界中にあるバリアントデータ、2章で日本人のバリアントデータに関してそのデータ検索手法を紹介しており、それらの多くは、生殖細胞系(germ line)のバリアントに関するものなので、3章でそれとは異なる癌細胞で見られる体細胞変異に関してそのデータの検索に関して紹介する形になっている。バリアントデータに特化して書かれた日本語の本はおそらく初めてで、良い本に仕上がったと思っている。

章立てを見て気づくと思うが、この本のハイライトは2章のTogoVarであり、3つの稿からTogoVarが紹介されている。 TogoVar（トーゴーバーと読む）とは、日本人のバリアントデータを統合し、海外のリソースも合わせて統合して比較解析ができるようになっている素晴らしいサイトである。そのTogoVarに統合されている日本人のバリアントデータのリソース（データベース）を維持管理されている方々にそれに続く形で2章に書いていただいた。誰でも使える形で公開されている日本人のバリアントデータを利用するための初の指南本ともなっているのも売りの一つである。実はそのようなデータをもっと使われるように日本語の本を出そうとしたことが、本書を企画した一番の原動力でもあった。

最後に蛇足ながら他書との被りに関して補足しておく。 1章の一部のツールは統合TV本の後半で紹介したgnomADやClinVar、GWAS Catalogは同じものが紹介されているが、執筆してもらう人は異なるので、また違う視点からの紹介となっている。それは第3章のTCGAとCOSMICに関しても同様である。そういうわけなので、安心してAmazonや出版社（羊土社）のウェブページで購入予約してください！

what is VariantRecipe

2020-09-05T11:00:00+09:00

バリアントレシピ本とは

2019年11月に出版した「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（RNAseqレシピ本）は、お披露目になった日本分子生物学会年会の書籍販売ブースでも一番の売り上げとなった。本を企画・編集したものとしては思いのほかの反響であった。というのも、生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場が9月に出ておりまだ新刊であったことや次世代シークエンサーDRY解析教本改訂第2版が同時に売り出されるなど、決してこの分野の本として新しい本のオンリーワンではなかったからだ。

しかしながらRNAseqデータ以上に公共データベースにデータが大量に蓄積している分野がある。それがバリアントデータだ。

そこで、RNAseqレシピ本が絶賛販売中の日本分子生物学会年会の最中にバリアントレシピ本の企画を開始。年が明けて2020年になってから多くのバリアント解析関係者にバリアントデータ解析のレシピを紹介することを依頼していった。

大きくデータの由来が世界中（1章）と日本人（2章）にわけ、さらに体細胞バリアントの解析となるがんゲノムに関しても3章でそのデータ利用の仕方に関して触れた。結果として、かつて出した統合TV本のバリアントデータ解析編的なイメージになっていて紹介しているデータベースやツールにはもちろん重なりがあるが、その本には収録されなかったDBCLS/NBDCによるバリアントデータの統合サイトTogoVarをガッツリ3章にも渡って紹介している点が新しく、そして有用だと考えている。なので、すでにそれを持っているという場合にもバリアント解析もやりたいんだけど、という方はmust buyかと。

研究者の皆さん、もっとノウハウを共有しましょうよ。自分で持っていたって、すぐに陳腐化しますよ。多くの人に知られて使われてなんぼもんじゃないでしょうか。そういうわけで、皆さんもよろしく。

VariantRecipe dispatch

2020-09-01T12:00:00+09:00

バリアントレシピ本第一報

2019年末より企画を開始して、多くの達人たちに依頼してきたバリアントデータ解析のレシピが詰まった本が「バリアントデータ検索＆活用〜変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」として今月(2020年9月)末に発売開始されることが決まった。略称は、編者的には「バリアントレシピ本」とするつもり。

目次は出版社のページに出ています。

すでにAmazonにも出ていたので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも書いておく。なお、この本のtwitterのハッシュタグは #VariantRecipe この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。

経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。

RNAseqRecipe 2nd print

2020-03-06T23:00:00+09:00

RNAseqレシピ本第2刷

「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（略称、RNAseqレシピ本）が早くも第2刷をするという連絡が出版社から。 2019年11月末（実際には12月頭）に上梓されたから、3ヶ月ほどで。

RNA-Seqデータ解析に特化した内容で、同時期に出たDRY解析教本2にもRNA-Seq解析の章があるから、正直売れ行きは厳しいかと思っていたのが正直なところだったが、予想に反して。

RNAseqレシピ本発売と前後してmacOSのメジャーアップデートがあり、デフォルトシェルがbashからzshに変更された。思ったよりもその影響があるらしい。 anacondaのインストーラーは、zshだと適切に設定ファイルを作ってくれないようでその辺を自ら対処する必要がある。そのうち対応されて直るだろうけれども。

Seminar at Osaka University

2020-01-31T23:00:00+09:00

RNA-Seqデータ解析セミナー＠大阪大学微生物病研究所

大阪大学微生物病研究所にセミナーで呼ばれたので、大阪大学吹田キャンパスまで遠征。きっかけは、2019年12月に福岡であった日本分子生物学会年会でお会いした際にセミナーお願いされたこと。

当初の予想を上回る数の方々にセミナーにお越しいただいた。話し始めた直後はちょっとビックリしていたのが本当のところ。

「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」(略称、RNAseqレシピ本) の内容への導入となるような話を心がけたが、結局概論と自らの実例を紹介した。話のTable of contentsはこんな感じ。

生命科学データ解析とはーRNA-seqデータ解析を中心に
公共データベースとその活用
1. 遺伝子発現の公共データベース
2. リファレンス発現データセット
3. 低酸素トランスクリプトームのメタ解析

RNAseqレシピ本だけを読み進めた場合にぶつかるであろう壁として、コマンドラインインターフェース(CUI)での操作が予測される。そこで今回は、わりとくどめに「データ解析実践道場」も併用してCUIを学ぶことを推奨してみた。

今回は、ウェットメインの方だけでなく、ドライ専門の方も聞きに来られるだろうという考えもあって、ちょうど1年前に出版した「生命科学データ解析を支える情報技術」の章立て俯瞰図を使い、話の導入にするなど、新しい試みもしてみた。

多くの方にお集まりいただいたものの、果たして講演は彼らの思っていた通りだったのだろうか？それはわからなかったが、終了後の時間には実践的な質問を多数いただいた。最近の講演ではあまりないパターンで、これもまた驚いた。

また、セミナー終了後には、かつて大変お世話になった懐かしい方ともかなり久しぶりにお会いできたり。セミナーをアレンジしていただいた、大阪大学微生物病研究所遺伝情報実験センターゲノム解析室の皆様に感謝申し上げます。

RNAseqRecipe for sale

2019-11-29T22:00:00+09:00

RNAseqレシピ本発売開始

ついに2019年11月29日。「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（略称、RNAseqレシピ本）が発売開始。 amazonでの発売開始が同時でなく、2019年12月4日とあってtwitterでは反応は鈍いものの。

去年の分子生物学会年会で実質的に企画を始めてから丸1年。大きなトラブルもなく、順調に出版までこぎ着けた。編集担当の方のご尽力の賜物だろう。ありがとうございました。

RNAseqRecipe for whom

2019-11-23T09:00:00+09:00

RNAseqレシピ本の想定読者

いよいよ来週末の2019年11月29日に「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（以下、RNAseqレシピ本）が発売となる。

流通の関係で、Amazonでの発売はそれより遅くなるとのこと。早く手に入れたい方はリアル書店か日本分子生物学会年会会場にてゲットするのが良いだろう。ちなみに、年会3日目の2019年12月5日(木)に本売場でRNAseqレシピ本を含めた私が編集や執筆でかかわった本の合同サイン会が予定されているので、乞うご期待。

RNA発現定量が手軽になり、多くの人がそれを試してみようとしている2019年現在、この本の想定読者は相当多くいるのではないか？そういう人を念頭にこの本を企画したのは言うまでもない。

簡略版の章立てを以下に示す。

まずはこれだけ！解析環境を整える
データを入手する
転写産物の発現を定量する
リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う
発現変動遺伝子群を検出する
サンプル間の発現変動した遺伝子群の機能を推定する〜エンリッチメント解析
多数のサンプル間の類似度を比較する〜1細胞RNA-Seqの場合
リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う〜iDEP
論文投稿に必須！データを登録・公開する〜DRA，GEA

断片的な知識はもちろんググって見つけることができる部分も多いと思うが、体系立ててそれを追えるのはこの本が初めてであろう。特にこの本の力点の一つである3,4,5章はそれを解説している日本語のウェブサイトも多い。しかしながら、それらの手法を比較し、それぞれの利点欠点を論じている日本語コンテンツはおそらく初めてであろう。また、1細胞RNAseqの7章もこれまでなかったコンテンツで、この本のウリの一つ。データ処理をしてその結果の解釈に使えるツールに関しても、もちろん紹介されており、それらは6,8章に詳しく。

それらに加えて、配列データ解析に関わる前処理（データ取得）と後処理（データ登録）のコンテンツも充実している。

まず前者であるが、データ解析環境を整える1章やデータ解析のためのデータを得る方法が述べられた2章はこの種の本ではあまり紙面を割かずにさらっと書かれていたところであろう。そこをがっつりその道のプロに書いてもらった。特に、2章の前半はRNAseq配列解読を受託してくれる会社の方に書いてもらった。

また後者に関しても、生の配列データのみならず、発現定量した結果を公共データベースに登録する方法に関する情報も、それを普段やられているプロに9章として書いてもらった。

そういった日本語のコンテンツを必要としている、RNAseqデータ解析を一から始めようという人向けの、まさにレシピ集となっているのがこの本である。もちろん、UNIXデータ解析環境をもっと深く習得したり、その周辺知識を含めて学びたい場合には、それぞれ道場本やBono本が役に立つと思うので、併せて読むとよいだろう。

RNAseqRecipe chapters

2019-11-11T20:00:00+09:00

RNAseqレシピ本の章立て

本日（2019年11月11日）に「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（以下、RNAseqレシピ本）の表紙イメージと章立てが出版社（羊土社）のウェブページとAmazonで公開された。サムネールは準備中のようで現状出てないが、以下のリンクをたどると表紙イメージを見ることが出来る。

ここにもその章立てを紹介しておく。

まずはこれだけ！解析環境を整える〜Mac＋Biocondaを中心に
データを入手する
- 2.1. RNA-Seqの注意点〜外注時のリード数，小分子・長分子での違いなど
- 【コラム】 RNA-Seq vs マイクロアレイ
- 2.2. 公共データの利用〜AOEとRefEx，SRAデータ取得，メタ解析
転写産物の発現を定量する
- 3.1. リファレンスゲノムにマッピングする方法①〜HISAT2 + StringTie
- 3.2. リファレンスゲノムにマッピングする方法②〜STAR + RSEM
- 【コラム】 Strand NGS〜RNA-SeqデータをGUIで解析する
- 3.3. リファレンスゲノムにマッピングしない方法〜salmon，kallisto，tximport & RNA-Seq定量にまつわるFAQ
- 3.4. 転写開始点を解析する方法〜CAGE
- 【コラム】各種ツールの実行時間比較
リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う
発現変動遺伝子群を検出する
サンプル間の発現変動した遺伝子群の機能を推定する〜エンリッチメント解析
- 【コラム】 Ingenuity Pathway Analysis〜発現プロファイルの生物学的意義をGUIで解析する
- 【コラム】アノテーション情報とID変換〜Gene Ontology，BioMart，Spotfire
多数のサンプル間の類似度を比較する〜1細胞RNA-Seqの場合
- 7.1. 次元削減と可視化
- 7.2. 類似度の計算とクラスタリング
- 【コラム】 1細胞RNA-Seq解析の動向
リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う〜iDEP
論文投稿に必須！データを登録・公開する〜DRA，GEA
- 【コラム】解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう

コマンドラインデータ解析環境整備(1.まずはこれだけ！解析環境を整える)や配列解読を外注するところ(2.1 RNA-Seqの注意点)から始まって、データを登録するところ(9. 論文投稿に必須！データを登録・公開する)までの解説書は他にはない。また、さまざまな発現定量ツールのレシピ(3. 転写産物の発現を定量する)が用意されているのも。門田法こと、TCCによる解析手法のGUI、TCC-GUIの解説（5. 発現変動遺伝子群を検出する）も原著論文以外日本語では初公開。しかし、何と言っても売りは、「1細胞RNA-Seq」を扱ったChapter7だろう。ウリを紹介しだしたら枚挙にいとまがないので、この辺にしておく。

自分で書いた章(2.2 公共データの利用)やコラムもあるが、多くの識者に執筆をお願いした。日々の研究でお忙しいところ、時間を割いて寄稿していただいたことに感謝したい。ありがとうございました。

なお、発行日は2019年11月29日で、一般書店は早いところだとその日から発売になるとか。しかし、Amazonの発売日は流通の関係で遅くなってしまうようで、2019年12月5日。 1日も早く手に入れたい人は、分セー会場にくれば2019年12月3日から確実に手に入るかと。しかも会場で著者を見つければ、きっとサインもしてもらえるに違いない。

what is RNAseqRecipe

2019-11-09T23:00:00+09:00

RNAseqレシピ本とは

RNA-Seqが遺伝子発現測定手法として使われるようになって久しい。 2016年には、実験医学別冊としてRNA-Seq実験ハンドブックが出版され、RNA-Seqを利用したさまざまな実験手法が日本語で紹介された。私も「RNA-seqはこうして誕生したーそしてデータ再利用へ」と題したコラムを寄稿させていただき、著者の一人となっている。

しかしながらRNA-Seqを含めた次世代シークエンサーを使った実験手法は、分子生物学の他の実験手法と比して比べ物にならないのデータ量（一回の実験(RUN)で数Gb）が得られる。また、そのデータ解析の過程で出てくるファイルなども膨大で、FAT32フォーマットの上限である4Gbを越えることも（DrBonoBonのp87のコラム参照）。そういった体験したことのないサイズのファイルを対象にしたデータ解析に戸惑っている人が非常に多いこと。もちろん、上述の本や、それよりも先に刊行されていた次世代シークエンサーDRY解析教本にそのデータ解析の具体的なやり方が書かれていたものの、それ以外のより新しい手法やアプリケーションが多く開発され、それらは日本語では紹介されてはいなかった。何より、RNA-Seqデータ解析に特化したプロトコール本がなかった。

そこで、2018年末の日本分子生物学会年会を契機に企画を開始。年が明けて2019年になってから多くの達人たちにRNA-Seqデータ解析のレシピを紹介することを依頼していった。並行して次世代シークエンサーDRY解析教本改訂第2版の編集が進められていたので、著者の選定に非常に苦労したのはご想像のとおりである。その結果、出来上がったのが、この「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」である。

この「RNAseqレシピ本」の中身を続けて解説したいところであるが、近日出版社から本の表紙や目次が公開されるので、それまでお待ちください！

RNAseqRecipe dispatch

2019-11-05T21:00:00+09:00

RNAseqレシピ本第一報

2018年末より企画を開始して、多くの達人たちに依頼してきたRNA-Seqデータ解析のレシピが詰まった本が「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」として今月(2019年11月)末に発売開始されることが決まった。

著者による略称は、「RNAseqレシピ本」とするつもり。

その日のうちにAmazonに出ていたので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも書いておく。なお、この本のtwitterのハッシュタグは #RNAseqRecipe この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。

経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。

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