ぼうのブログ - papers

Genome editing paper for Perilla frutescens published

2026-08-03T10:00:00+09:00

アカシソゲノム編集論文

東広島に来て以来、広島県農業技術センターさんと三島食品さんの協力のもと、有用物質生産生物のゲノム編集の実例の一つとして、アカシソのゲノム編集研究を進めてきた。まずは、そのゲノム配列解読から始め、ゲノム解読論文が出版されたのが2022年11月。

A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan https://doi.org/10.1093/dnares/dsac044

それから3年半ほど経ったが無事、ゲノム編集論文を出版することができた。

【プレスリリース】遺伝子をピンポイントで編集できる技術により高機能なシソの開発に成功 ─シソの遺伝子の働きをピンポイントに抑えることで、健康成分「ルテオリン」が大幅アップ─ research-er.jp/articles/vie... アカシソが見た目「青」シソに

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— bonohu (@bonohu.bsky.social) 9:11 · Jul 1, 2026

CRISPR-Cas9 disruption of flavanone 3-hydroxylase produces a green phenotype and alters flavone metabolites in allotetraploid perilla https://doi.org/10.3389/fpls.2026.1877946

大学からもプレスリリースしていただいた。

ゲノム解読だけでなく、ついにゲノム編集も論文として世に出せるようになったのは、「どうせ実験してないんでしょ」と言われ続けてきた自分にとっては個人的にとても感慨深い。

Review on Recent Advances in Genome Editing and Bioinformatics 2025 published

2025-04-07T23:00:00+09:00

ゲノム編集とバイオインフォマティクスの最近の進歩2025

英文総説がやっと出版。

Recent Advances in Genome Editing and Bioinformatics: Addressing Challenges in Genome Editing Implementation and Genome Sequencing https://doi.org/10.3390/ijms26073442

オープンアクセス。しかし、苦難の連続であった。

この英文総説は、2024年中に脱稿予定だったのだが、年度末の学務が重くて締切を2025年2月末まで延ばしてもらったり（それでもさらに2日遅延）。さらに投稿してからも自己引用が多いから減らせと言われて、泣く泣く、表の中の引用をDOIを単に記述するなどして論文引用を減らしたものの（PIになってからこれまでの5年間でやってきたことをまとめた総説なのだから、自己引用が多くて当然なのだが）。

Reviewでもいろいろ言われたのだが、やはり期日中に返すことができなくて、延ばしてもらうなど。中身を反映した総説タイトルに変更することで対応、というちょっとアレなやり方でクリアー。と、思ったらrevisionの際にアップロードするファイルを間違えて、すぐに返ってきてやり直すなど（これは自分が悪い…疲れすぎてたらしい）。

そして、Published! Bono, H. Recent Advances in Genome Editing and Bioinformatics: Addressing Challenges in Genome Editing Implementation and Genome Sequencing. Int. J. Mol. Sci. 2025, 26, 3442. doi.org/10.3390/ijms...

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— bonohu (@bonohu.bsky.social) 2025年4月8日 7:10

acceptedになってから、表の中にあるDOIのリストは引用リストに入れろと言われて、復活させたなど…。

自分でいうのもなんだけど、2025年現在のゲノム編集に関連したバイオインフォマティクス技術に関してまとめたつもりで、前作の2022年の総説に比べるとだいぶゲノム解析に偏っている。今回もうちのラボでやってきたことに関して世界初公開になるかと。実は日本語で書く機会もなかったし。何かの参考にしていただけると幸いです。

Insecticide-resistant Cimex Genome Sequencing Published

2024-10-07T21:00:00+09:00

殺虫剤抵抗性トコジラミのゲノム配列解読論文published

2年前の2022年に大学の公開講座ゲノム編集イノベーション～最先端のバイオテクノロジー～の3回シリーズの2回目ということで「みんなのバイオDX」と題した話を聞いてくれたことで始まった共同研究、殺虫剤抵抗性トコジラミのゲノム配列解読論文が出版され、共同研究先の会社からプレスリリースがなされた。

241007 研究員の栂さん、フマキラー株式会社と坊農による共同研究論文が「世界初！殺虫剤抵抗性2万倍　スーパートコジラミのゲノム解読に成功トコジラミ対策商品の開発を推進～広島大学と共同研究～」と題してフマキラー株式会社からプレスリリースされました！ #bonohulab https://t.co/ylTuLs44X5
— 広大理・生物科学・院統合生命ゲノム情報科学 / ゲノム編集イノベーションセンターバイオDX研究室 (@bonohulab) October 7, 2024

共同研究を始めた当時は、まだインバウンド回復していなかったこともあり、それほどまだトコジラミが社会的には話題になってなかったが、共同研究が本格化した2023年にはそれが社会問題化。そして、これを早く論文にして公表せねば、と2024年3月にあったオウドウコン（応用動物昆虫学会）で話し合い、研究をまとめていき、2024年8月にあったICE2024の期間中に投稿。関心は高かったようで、すぐに査読コメントが来て、鋭意対応して、2024年9月末にはaccepted&published。そして、月が変わって2024年の投資(107)の日にめでたくプレスリリースとなった。

Meta-analysis of Transcriptomes in Sex-Changing Fishes Published

2024-09-30T18:00:00+09:00

性転換のメカニズムにせまる魚類の性腺トランスクリプトームのメタ解析論文出版

魚類の研究をされてきた研究員がbonohulabに来てメタ解析を知り、自分の研究対象でもやってみた論文が、査読ずみ論文としてGenes to Cellsから公開。

Meta-analysis of gonadal transcriptomes in protogynous fishes provides novel perspective into sex change machinery. DOI: 10.1111/gtc.13166

240930 研究員の野津さんと理化学研究所、沖縄美ら島財団総合研究所、国立遺伝学研究所と坊農による共同研究論文 Meta‐analysis of gonadal transcriptome provides novel insights into sex change mechanism across protogynous fishes https://t.co/EQgWuNkjv5 が Genes to Cells に公開 #bonohulab
— 広大理・生物科学・院統合生命ゲノム情報科学 / ゲノム編集イノベーションセンターバイオDX研究室 (@bonohulab) September 30, 2024

なかなか査読にも回らず、また査読されてもacceptしてもらえず。最初に投稿してから約15ヶ月かかってpublished。その間に色々な技も覚え、Figure4にあるパスウェイダイアグラムも自分で。活躍の場を増やして頑張っていってほしい。

Triterpene RDF Paper Published

2024-08-27T09:00:00+09:00

トリテルペンRDF論文出版

特任助教の田村さんによる植物トリテルペン生合成関連配列のRDF化の論文が、査読ずみ論文としてPlant Biotechnologyから公開。

Triterpene RDF: Developing a database of plant enzymes and transcription factors involved in triterpene biosynthesis using the Resource Description Framework https://doi.org/10.5511/plantbiotechnology.24.0312c

年始に投稿して、3月にaccepted。特集号掲載のため、そこから長く放置されて8月末にpublished。短報であるが、これを使った発見が今後出していけるといい流れになるな、と。

GeneDiseaseLinker Paper Published

2024-08-17T19:00:00+09:00

パーキンソン病における酸化ストレスに応答する新規候補遺伝子の探索手法開発論文出版

D2の大学院生がfirst authorであるパーキンソン病における酸化ストレスに応答する新規候補遺伝子の探索手法開発の論文が、査読ずみ論文としてnpj Parkinson's diseaseから公開。

A systematic exploration of unexploited genes for oxidative stress in Parkinson’s disease https://doi.org/10.1038/s41531-024-00776-1

3月に投稿して、8月のお盆前にaccepted。そして、お盆休み中に校正が来てしまったが、お盆休み明けにpublished。なので、ほぼ5ヶ月かかったが、ドライ解析のみのメタ解析の論文をこれまでとは違う系列のnpjシリーズにpublishできたことは非常に感慨深い。

240819 博士課程後期大学院生の鈴木さんと坊農による研究論文 A systematic exploration of unexploited genes for oxidative stress in Parkinson’s disease (DOI: 10.1038/s41531-024-00776-1) が npj Parkinson's disease に公開されましたhttps://t.co/kqm97WUIvF #bonohulab
— 広大理・生物科学・院統合生命ゲノム情報科学 / ゲノム編集イノベーションセンターバイオDX研究室 (@bonohulab) August 19, 2024

この研究と並行して行ってきたゲノム編集のデータベースの研究と併せて、いい感じに博士論文がまとまりそうな流れに。引き続き頑張っていって欲しい。

Meta-analysis of Transcriptomes in Domesticated Animals Published

2024-07-06T19:00:00+09:00

公共遺伝子発現データベースを用いた家畜動物トランスクリプトーム比較のメタ解析論文出版

M2の大学院生がfirst authorである公共遺伝子発現データベースを用いた家畜動物トランスクリプトーム比較のメタ解析の論文が、査読ずみ論文としてAnimalsから公開。

Transcriptional Signatures of Domestication Revealed through Meta-Analysis of Pig, Chicken, Wild Boar, and Red Junglefowl Gene Expression Data https://doi.org/10.3390/ani14131998

5月末に投稿して、7月頭にaccepted、そしてpublished。なので、ほぼ7週間弱で。

これまでは主にストレスの前後であったトランスクリプトームメタ解析の対象を家畜動物に広げ、イノシシvsブタとセイショクヤケイvsニワトリで検討した論文。

Published https://t.co/6MCsbn68cq https://t.co/tuARIP6Ku9 pic.twitter.com/5ddw48cNbd
— HUBちゃん (@bonohu) July 6, 2024

この研究の過程で得た技術を基にこれからも研究を進めていってほしい。

Genome sequences of Japanese Copidosoma floridanum published

2024-06-11T21:00:00+09:00

日本のキンウワバトビコバチゲノム配列解読論文

bioRxivから公開していた日本のキンウワバトビコバチゲノム配列解読論文が査読済み論文として G3 Genes|Genomes|Genetics からpublished。東京農工大学大学院農学研究院生物生産科学部門動物生化学（昆虫系）研究室との共同研究。

Long-read genome assembly of the Japanese parasitic wasp Copidosoma floridanum (Hymenoptera: Encyrtidae) https://doi.org/10.1093/g3journal/jkae127

バイオDX研究室の PacBio Sequel IIe で最初のランで配列解読したデータ。すなわち、そのシーケンサからのデータとしては、最初のゲノム配列解読論文ということで、大変感慨深い。

Published.
Long-read genome assembly of the Japanese parasitic wasp Copidosoma floridanum (Hymenoptera: Encyrtidae)https://t.co/hN7jZuOjAR
Genome sequence and assembly by in-house PacBio sequencer!
— HUBちゃん (@bonohu) June 11, 2024

Meta-analysis of Plant Abiotic-Streassed Transcriptomes Published

2024-03-22T19:00:00+09:00

公共遺伝子発現データベースを用いた植物のアブシジン酸関連ストレストランスクリプトームのメタ解析論文出版

M2の大学院生がfirst authorである公共遺伝子発現データベースを用いた植物のアブシジン酸関連ストレストランスクリプトームのメタ解析の論文が、査読ずみ論文としてFrontiers in Plant Scienceから公開。

Meta-analysis of public RNA sequencing data of abscisic acid-related abiotic stresses in Arabidopsis thaliana https://doi.org/10.3389/fpls.2024.1343787

11月末に投稿して、翌3月にaccepted、そしてpublished。なので、ほぼ4ヶ月で出たわけだが。論文自体はその年の4月末にbioRxivにアップしていて、いろいろなところに出したのだが、オリジナルデータがないということで門前払いのところも多く。そういうわけで11ヶ月、つまり約1年かけて出版されたという労作。

アブシジン酸(ABA)およびABAと関連する塩、乾燥、浸透圧、低温の5つのストレスによるトランスクリプトーム(RNA-Seq)データを公共遺伝子発現データベースから集めてきてメタ解析。そこからゲノム編集の候補遺伝子となるような遺伝子群を絞り込んでいるのであるが、もともとの目的は、データ解析手法を覚えてもらうため。公共データの多いシロイヌナズナで試してもらったが、目論見通りデータ操作やプログラミングの良い練習問題になった。

この研究で得た技術をベースにこれからも研究を進めていってほしい。

Meta-analysis of Heat-Streassed Transcriptomes Published

2023-08-30T19:00:00+09:00

公共遺伝子発現データベースを用いたヒトとマウスの熱ストレストランスクリプトームのメタ解析論文出版

M2の大学院生がfirst authorである公共遺伝子発現データベースを用いたヒトとマウスの熱ストレストランスクリプトームのメタ解析の論文が、査読ずみ論文としてInternational Journal of Molecular Sciences (IJMS)から公開。

Meta-Analysis of Heat-Stressed Transcriptomes Using the Public Gene Expression Database from Human and Mouse Samples https://doi.org/10.3390/ijms241713444

実に8月1日に投稿して、10日にMajor Revisionで返ってきて、お盆休みを挟んで21日に再投稿し、29日にacceptとなったのであった。しかし、論文自体はその3ヶ月前の5月1日にbioRxivにアップしていて、すぐに査読誌に投稿していたものの、まあ色々とあって。

Preprint published! https://t.co/UbdRS9jPEP
— オープンサイエンス推進者なので情報を共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) May 1, 2023

大学時代に熱を発する植物の研究とその代謝酵素を研究していたとあって、熱ストレスをテーマにトランスクリプトームメタ解析をやってもらった。データ解析手法を覚えてもらうため、公共データの多いヒトとマウスのデータで試してもらったが、目論見通りデータ操作やプログラミングの良い練習問題になった。

それのみならず、いくつかの発見も。これまでよく研究されてきたと分野でHSP関係が確かに発現変動しているものの、それ以外に変動するものも見えており。さらに公共ChIP-seqデータのメタ解析結果を利用することで、これまで知られているHSF1,HSF2以外にもPPARGC1A(PGC-1α)によって制御されている遺伝子群も熱ストレスで変動するそれの模様。データ駆動型の研究ならではの発見である。

温暖化が言われ、気候変動していく今、メタ解析による熱ストレスの発現変動遺伝子群のデータはきっと有用になってくると確信している。

R3 WikiPathways report in BioHack23

2023-07-13T23:00:00+09:00

R3 WikiPathways group report in BioHack23

2023年6月に参加したBioHackathon2023 。

BioHackathon2023 / "2019年に博多で開催して以来、開催できてなかった国際版のBiohackathon。4年ぶりについに開催で、今年2023年は香川県の高松と小豆島にて。" https://t.co/a0vh2yzrfh #biohackjp pic.twitter.com/Nfr5DQcU8K
— オープンサイエンス推進者なので情報を共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) July 9, 2023

我々は、Dr. Alex Picoさんに教えてもらいながらWikiPathwaysの仕組みを非モデル生物にも拡張するプロジェクトに取り組み、それの報告が2023年7月13日、BioHackrXivにプレプリントとして公開された。

BioHackJP 2023 Report R3: Expand the pathway analysis environment to non-model organisms 10.37044/osf.io/4uskb

所用のため、ハッカソンの前半半分しか自分は参加できなかった。その後も最初に話し合った流れで進めてくれて、このレポートをまとめるまでしてくれたのは本当素晴らしい！ハッカソンだけの活動にとどめず、引き続きこのプロジェクトを進めていく予定。

Meta-analysis of queen and workers transcriptomes in eusocial insects published

2023-05-06T18:00:00+09:00

社会性昆虫における生殖分業に関連する候補遺伝子同定論文出版

2022年11月にbioRxivにプレプリントアップロードしてあった、プロジェクト研究員による公共RNAシーケンスデータのメタ解析による社会性昆虫における生殖分業に関連する候補遺伝子同定の論文が、査読ずみ論文としてInternational Journal of Molecular Sciences (IJMS)から公開。

Meta-analysis of public RNA sequencing data revealed potential key genes associated with reproductive division of labor in social Hymenoptera and termites https://doi.org/10.3390/ijms24098353

今回は社会性昆虫（女王とワーカー）のRNAシーケンスデータを公共DBから集めてきての解析で、昨年2022年に出版した混み合い刺激のメタ解析論文に次いでのメタ解析研究。 bonohulabを立ち上げて一番最初に公開した昆虫における酸化ストレス刺激のメタ解析論文から数えると3本目。昆虫も公共データベースにデータが蓄積してきたので、さらにいろんなメタ解析を今後やっていけそう。

1st GEM paper published

2022-12-22T23:00:00+09:00

1stGenome Editing Meta-DB paper

2022年9月に参加した国内版バイオハッカソンBH22.9 での Genome Editing Meta-database (GEM) の報告をその月の終わりにBioHackrXivにプレプリントとして公開したが、この度、その論文を査読済み論文としてGene and Genome Editingに出版。

GEM: Genome Editing Meta-database, a dataset of genome editing related metadata systematically extracted from PubMed literatures https://doi.org/10.1016/j.ggedit.2022.100024

今回はFull paperではなく、Short Communicationであるが、大学院生(M2)の鈴木さんの頑張りでハッカソン後、約3ヶ月以内に査読済み論文出版することができた。

ビッグデータの中に埋まっている宝石(GEM)を採掘(mining)するコンピュータツールとして、このGenome Editing Meta-database (GEM)が活用されることを期待してます。

Reference genome sequences of Mythimna separata published

2022-12-17T21:00:00+09:00

アワヨトウゲノム配列解読論文

1ヶ月前にbioRxivから公開していたアワヨトウゲノム配列解読論文が査読済みとなり、Insectsからpublished。 acceptedから1日でという爆速はいつも通り。

Reference Genome Sequences of the Oriental Armyworm, Mythimna separata (Lepidoptera: Noctuidae) https://doi.org/10.3390/insects13121172

今年になって始めたゲノム配列解読論文の三作目で、それらが全て年内に査読済みでpublishedとなった。それら3種は、和名が全て「ア」から始まるという偶然の一致も奇妙なポイント。

農研機構生物機能利用研究部門の横井さんと上樂さん、筑波大学古川グループと坊農による研究論文 Reference Genome Sequences of the Oriental Armyworm, Mythimna separata (Lepidoptera: Noctuidae) DOI: 10.3390/insects13121172 が Insects に公開 #bonohulab https://t.co/SfkkEUwmJv
— 広島大学統合生命科学研究科ゲノム情報科学研究室・ゲノム編集イノベーションセンターバイオDX研究室 (@bonohulab) December 17, 2022

Meta-analysis of public RNA sequencing data of queens and workers in social Hymenoptera and termites

2022-11-23T08:00:00+09:00

社会性ハチ目およびシロアリにおける女王と働き蜂のトランスクリプトームのメタ解析

プロジェクト研究員による社会性昆虫のメタ解析論文がbioRxivから公開。

Meta-analysis of public RNA sequencing data of queens and workers in social Hymenoptera and termites https://doi.org/10.1101/2022.11.20.516280

私にとっては、bioRxivで初のEcologyのSubject area。

Meta-analysis of public RNA sequencing data of queens and workers in social Hymenoptera and termites https://t.co/ZUjGBg5QEG #biorxiv_ecology
— bioRxiv Ecology (@biorxiv_ecology) November 22, 2022

Reference genome sequences of Mythimna separata

2022-11-19T16:00:00+09:00

アワヨトウゲノム配列解読論文

NARO横井さん、上樂さん、筑波大学の古川先生、によるアワヨトウMythimna separataのゲノム配列決定論文がbioRxivから公開。ゲノムサイズは約682Mb。

Reference genome sequences of Mythimna separata (Lepidoptera: Noctuidae) https://doi.org/10.1101/2022.11.18.516534

これまでのメタ解析とガラリと変わって、実際に解読したゲノム配列の解析論文。今年になって始めたゲノム配列解読論文の三作目。そして、私にとっては初の昆虫ゲノム決定論文での共著。

Reference genome sequences of Mythimna separata (Lepidoptera: Noctuidae) https://t.co/6y4uRMCGak #bioRxiv
— bioRxiv (@biorxivpreprint) November 19, 2022

Genome paper for Perilla frutescens in Japan

2022-11-16T23:00:00+09:00

アカシソゲノム配列解読論文

約2ヶ月前にbioRxivから公開していたアカシソゲノム配列解読論文が査読済みとなり、DNA Researchからpublished。

A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan https://doi.org/10.1093/dnares/dsac044

実は初DNA Researchだったりするばかりでなく、長い間お世話になってきた中村保一さんとも初共著。

研究員の田村さん、遺伝研大量遺伝情報研究室、三島食品(株)、広島県立総合技術研究所農業技術センター、#PtBio と坊農による研究論文 A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan が DNA Research に公開 https://t.co/T99HpHwbFq #bonohulab
— 広島大学統合生命科学研究科ゲノム情報科学研究室・ゲノム編集イノベーションセンターバイオDX研究室 (@bonohulab) November 16, 2022

大学院生時代からゲノム配列決定論文の恩恵にあずかりまくってきた研究人生だったが、先日のアオノリに続いて2本目のゲノム配列決定論文 from our group。ゲノム配列決定が私ごときの主宰する研究室から発表できるなんて、すごい時代になったものだ（もちろん、さまざまな方の多大なるご助力あっての賜物であるのだが）。

Review Genome Editing and Bioinformatics published

2022-11-08T23:00:00+09:00

ゲノム編集とバイオインフォマティクスの総説論文出版

共同研究講座助教の中前さんと共に執筆した総説が出版。オープンアクセス。

Genome editing and bioinformatics https://doi.org/10.1016/j.ggedit.2022.100018

自分でいうのもなんだけど、2022年現在のゲノム編集に関連したバイオインフォマティクス技術に関してまとまっております。あと、うちのラボでやってきたこととこれからやっていくことに関して世界初公開になるかと、日本語で書く機会もなかったし。

この総説のために中前さんがゲノム編集関連ソフトウェアをまとめたウェブサイト準備してくれました。ご活用ください。

レビュー内でも紹介していますが、既存のゲノム編集関連ソフトウェアをまとめたガイドページ『Genome Editing Software Guide』も立ち上げました。382点にも及ぶソフトウェアの分類とリンクを掲載していますので、是非ご活用いただけますと幸いです。https://t.co/b1L2NeCqZc pic.twitter.com/gthb6K5HSb
— 中前和恭 | Kazuki Nakamae (@kazuki_nakamae) November 9, 2022

Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data published

2022-10-14T23:00:00+09:00

セイヨウミツバチリファレンストランスクリプトームデータ構築論文出版

先月2022年9月にbioRxivにアップした論文が査読論文として公開された。研究員（当時）とNARO横井さんによる、セイヨウミツバチApis melliferaの公共RNA-Seqデータのメタ解析によってリファレンストランスクリプトームデータを構築し、それを感染症関係のRNA-Seqデータの再解析に利用したという論文である。

Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data https://doi.org/10.3390/insects13100931

知らない間にタイトルの英単語の先頭が大文字に変えられたほか、変なところでやはり大文字にされておかしくなっているが、まあ時期に直るでしょう。。

221014 農研機構の横井さん、研究員の若宮さん（当時）と坊農による研究論文 Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data　(DOI: 10.3390/insects13100931) が Insects に公開 https://t.co/Sj4VZjosnv #bonohulab
— 広島大学統合生命科学研究科ゲノム情報科学研究室・ゲノム編集イノベーションセンターバイオDX研究室 (@bonohulab) October 14, 2022

これで2022年は査読論文10本目ということで節目。今年は自ラボからの論文が多く出てて、収穫の時。このペースで今後も頑張っていきたい。

Exploratory Hypoxic Transcritome Meta-Analysis Published

2022-10-11T17:00:00+09:00

新しいリファレンストランスクリプトームによる新しい探索的メタ解析

先月学位をとって修了された社会人大学院生（当時）による論文が査読論文として公開された。

Exploratory meta-analysis of hypoxic transcriptomes using a precise transcript reference sequence set https://doi.org/10.26508/lsa.202201518

最初の投稿から5ヶ月あまり経過してしまったが、それはその間に大学院生の学位申請があったから。おめでとうございます！

Exploratory meta-analysis of hypoxic RNA-seq data using FANTOM-CAT as a reference transcriptome facilitates the evaluation of relationship between sense-antisense transcripts from the same locus. @HiroshimaUnivEn @bonohulab https://t.co/yw4OLQWYHn pic.twitter.com/R1IAIznAgs
— LifeScienceAlliance (@LSAjournal) October 11, 2022

GEM report in BH22.9

2022-09-26T18:00:00+09:00

Genome Editing Meta-DB report in BH22.9

2022年9月に参加した国内版バイオハッカソンBH22.9 での Genome Editing Meta-database (GEM) の報告が2022年9月26日、BioHackrXivにプレプリントとして公開された。

GEM: Genome Editing Meta-database https://doi.org/10.37044/osf.io/wd3bu

主に大学院生(M2)の鈴木さんが取り組んでいる「ゲノム編集のデータベース」に向けた取り組み、Genome Editing Meta-database (GEM)にかかわるプレプリント。前回はsubmitしてから5日、今回は6日。彼の頑張りでハッカソン後1ヶ月以内に公開することができた。

今後の研究開発の一つの方向性として、この「ゲノム編集のデータベース」の研究も引き続きやっていくつもり。

Meta-analysis of transcriptomes in insects showing density-dependent polyphenism published

2022-09-23T21:00:00+09:00

密度依存的なポリフェニズムを示す昆虫のトランスクリプトームのメタ解析論文出版

プレプリントとして2022年5月にbioRxivにアップロードしてあったプロジェクト研究員による混み合い刺激のメタ解析論文がInsectsから公開。

Meta-analysis of transcriptomes in insects showing density-dependent polyphenism https://doi.org/10.3390/insects13100864

昨年2021年に出版した低酸素トランスクリプトームのメタ解析論文をモデルケースとして取り組んでもらった。しかし、その場合と違ってトランスクリプトーム解析(RNA-Seqデータ解析)の対象生物は非モデル生物の昆虫で、ゲノム配列がまだ解読されてない種も解析対象に。また、公共DBとして利用可能な機能アノテーションも不十分な生物種が対象ということで、これまた昨年2021年に出版したナナフシ中腸比較トランスクリプトーム論文などを参考に色々と手法を模索する必要があった。データ数としてはそれほど多くないものの、きっちりpositive controlとしてこれまでに報告されてきた遺伝子が作成した指標で上位にきたり、ということで多くの他の候補遺伝子がリストアップできている。

昆虫の配列データ解析の入門編としてとても良い肩慣らしであったとともに、論文としてまとめられてとても良かった。

A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan

2022-09-17T08:00:00+09:00

アカシソゲノム配列解読論文

プロジェクト研究員によるアカシソゲノム配列解読論文がbioRxivから公開。材料をいただいた三島食品さん、ウェットラボがない時代にご協力いただいた広島県農業技術センターさん、そしてゲノムアセンブリで多大なるご助力を賜った遺伝研中村さんの研究室の方々との共同研究。ゲノムシーケンスそのものは広島県から予算。またその後のゲノムアセンブリを中心とするデータ解析に関しては、JST共創の場形成支援(COI-NEXT)のバイオDX産学共創拠点において、追加予算でいただいた「データ利活用促進費によるデータベース開発」による遺伝研中村さんの研究室との和衷協同のたまもの。非常に近い分野で研究してきた中村さんとはかれこれもう四半世紀の付き合いになるが、実は今回の論文が初の共著という。ありがとうございました。

それにしても今回は爆速でbioRxivのスクリーニングが進んだ。前日9/16の午後7時ごろにアップロードしたにもかかわらず、その日のうちにスクリーニングを通過し、日が変わった頃には公開されていた模様（寝てた）。

A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan https://doi.org/10.1101/2022.09.16.508052

A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan https://t.co/gFM9CDVu8V #bioRxiv
— bioRxiv (@biorxivpreprint) September 16, 2022

Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data

2022-09-12T23:00:00+09:00

セイヨウミツバチの公共RNA-Seqデータのメタ解析によるリファレンストランスクリプトームデータの構築論文

研究員（当時）とNARO横井さんによる、セイヨウミツバチApis melliferaの公共RNA-Seqデータのメタ解析によってリファレンストランスクリプトームデータを構築し、それを利用した解析事例の論文がbioRxivから公開。

先週の木曜日にbioRxivにアップロードしたものの、スクリーニングが時間がかかり（通常48時間以内ということになっている）、月曜日に問い合わせたらその日の夜遅くに公開された。

Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data https://doi.org/10.1101/2022.09.07.506879

Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data https://t.co/7vjawsXPBr #bioRxiv
— bioRxiv (@biorxivpreprint) September 12, 2022

Green Alga Genome by MinION published

2022-08-30T08:00:00+09:00

MinIONによるアオノリゲノム配列解読論文出版

はじめはMinIONで初のゲノム配列解読のテストのつもりでやっていたのだが、きっちり論文にまとめるところまでやっていただき、プロジェクト研究員によるアオノリゲノム解読論文がpublished。昨年2021年の9月にbonohulab参入、12月に一緒にサンプリングしに行って、その後データ解析、そして5月に投稿、のペースで、比較的早い方かと。

Genome Sequence of the Edible Green Alga Ulva prolifera, Originating from the Yoshinogawa River in Japan. DOI: 10.1128/mra.00430-22

これでついに晴れてゲノム配列データをpublishした「ゲノム屋」となった。ゲノム研究初めて28年目にして。

220829 研究員の田村さんと坊農による研究論文 Genome Sequence of the Edible Green Alga Ulva prolifera, Originating from the Yoshinogawa River in Japan (DOI: 10.1128/mra.00430-22) が Microbiology Resource Announcements に公開されました https://t.co/2P0KNdxnkt #bonohulab
— 広島大学統合生命科学研究科ゲノム情報科学研究室・ゲノム編集イノベーションセンターバイオDX研究室 (@bonohulab) August 29, 2022

Prediction of sex-determination mechanisms in avian primordial germ cells using RNA-seq analysis published!

2022-08-18T18:00:00+09:00

RNA-seq解析による鳥類始原生殖細胞の性決定機構の予測論文出版

私が現職の広島大学に移ってきてすぐに私の異動を知ってRNA-Seqデータ解析について相談に来てくれたとても積極的な大学院生がいた。その彼の論文がこの度、査読ずみ論文として出版された。

Prediction of sex-determination mechanisms in avian primordial germ cells using RNA-seq analysis https://doi.org/10.1038/s41598-022-17726-7

それに先立ち、bioRxivにプレプリントとして公開していたのであるが。査読ずみ論文としての出版と同時に「ニワトリの始原生殖細胞における性決定機構の予測に成功 ―鳥類特有の性決定機構の解明に向けて―」と題してプレスリリースされた。

【注目プレスリリース】ニワトリの始原生殖細胞における性決定機構の予測に成功 ―鳥類特有の性決定機構の解明に向けて― / 広島大学 https://t.co/zzYzU7oAn5
— 日本の研究.comニュース (@rjp_news) August 18, 2022

Revealing Landscapes of Transposable Elements in Apis Species by Meta-Analysis published

2022-08-03T23:00:00+09:00

ミツバチ種のゲノム中の転移因子のメタ解析論文出版

2年前に今のところに来た時にbioRxivにアップしたが色々あって、この2022年の4月に再度改訂版をにアップした論文が、査読済み論文となって出版。

Revealing Landscapes of Transposable Elements in Apis Species by Meta-Analysis https://doi.org/10.3390/insects13080698

2017年のトーゴーの日シンポジウムの日に初めて相談された研究テーマで、その後色々と議論を重ね、前職の公募型共同研究の制度であるROIS-DS-JOINTを使って議論するための旅費などをいただいて研究を進めてきた。最初からやっていることは一貫してて、転移因子(Transposable Element)をミツバチゲノム中から予測してその結果を比較解析する研究なのであるが、その間、公共データベースへの複数のミツバチゲノムの蓄積があり、解析の方向性がより多くのデータを使った「メタ解析」と言って遜色のないレベルにまでなった。現職である広島大学に来てから最初の年にいただいた広島県の予算（令和２年度未来ニーズ探索型Ｆ／Ｓ研究開発補助金）にも助けられて、議論を継続させることができた。そして比較的長い年月（約5年）をかけて、ついに論文を査読論文として出版することができた。

210803 農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構）生物機能利用研究部門との共同研究論文 Revealing Landscapes of Transposable Elements in Apis Species by Meta-Analysis (DOI: 10.3390/insects13080698) が Insects に公開されました https://t.co/EqjasMCgvu #bonohulab
— 広島大学統合生命科学研究科ゲノム情報科学研究室・ゲノム編集イノベーションセンターバイオDX研究室 (@bonohulab) August 3, 2022

この論文は、これからのミツバチ研究の「先鋒」となるべき論文となるであろう。

Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia published

2022-07-19T21:00:00+09:00

低酸素環境下における植物トランスクリプトームのメタ解析論文出版

bioRxivにもアップしてあった論文を査読済み論文として出版。

Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia https://doi.org/10.3390/life12071079

知り合いの先生がMDPIのLifeでSpecial Issue State of the Art in Plant ScienceのGuest Editorされてて、そこに出させていただいた形。

今回の解析の源流は、ちょうど10年前の2012年に、札幌の北のシャトレーゼガトーキングダムであった酸素生物学の内藤コンファレンスでポスター発表する機会をいただいたところにある。

Cross species analysis of hypoxia responsive transcriptomes from public gene expression database, Hidemasa Bono, 第33回内藤コンファレンス「酸素生物学:酸素濃度に対する生物応答とその制御破綻による疾患」, 2012年06月26日, 通常, 日本語, 札幌

その際に参加されてた植物の研究者から、植物の低酸素ストレスの話を聞いて、いつかやりたいと思っていた、植物の低酸素ストレスによるトランスクリプトーム解析。その時から10年経ってトランスクリプトーム解析手段がマイクロアレイからRNA-Seqになったものの。植物が専門の研究員がラボにjoinして、その方に公共RNA-Seqデータのメタ解析の練習がてらに始めてもらった研究が低酸素環境下におけるシロイヌナズナとイネのRNAシーケンスデータのメタ解析論文として論文に今回なった。

Published なう。植物系でも公共データベースからのメタ解析、ガンガンやって行きますよ！
Meta-Analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia.
DOI: 10.3390/life12071079https://t.co/T46D6vN73H #mdpilife https://t.co/MPySx38Xcc
— 崖っぷちのボニョ a.k.a. 大学院でバイオインフォマティクスを教えるニンキありなトクニンティヌス (@bonohu) July 19, 2022

Fanflow4Insects

2022-06-28T17:00:00+09:00

昆虫用Fanflowにいたるまで

論文がまた一本出た。と言っても、bonohulabからは、去年2021年12月以来、ほぼ半年ぶり。久しぶりの自分がfirst authorの論文だった（と言っても1年4ヶ月ぶり）。今回のテーマは、機能アノテーションのためのワークフロー。遺伝子の機能アノテーションこそが私の研究人生のスタート地点であり、今なお取り組んでいるテーマである。

今年2022年から遡ること約四半世紀(25年前)、バクテリアのゲノムが次々と決定されてOpen Reading Frame(ORF)がゲノム中に予測されコードするタンパク質配列の情報も合わせて公開されていたのを利用する研究をということで始めた。その時に作ったシステム名が Gene Function Identification Tool (GFIT)。遺伝子機能予測のシステムで、主に酵素遺伝子に対してその酵素番号を予測するということでKEGGでも使っていただいた。

Reconstruction of Amino Acid Biosynthesis Pathways from the Complete Genome Sequence. 1998 DOI: 10.1101/gr.8.3.203

その仕組みを理研で当時集めていたcDNAコレクションにもということで。ただ、機能予測しただけではコミュニティーの賛同を得られないと考え、その機能予測した結果をいろんなバックグラウンドの研究者に見てもらうという会を企画した。それが Functional annotation of mouse (FANTOM) になっていった。

Functional Annotation of a Full-Length Mouse CDNA Collection. 2001 DOI: 10.1038/35055500

Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs. 2002 DOI: 10.1038/nature01266

そして、機能アノテーションの「パイプライン」を作成した。

Development and Evaluation of an Automated Annotation Pipeline and CDNA Annotation System. 2003 DOI: 10.1101/gr.992803

それをカイコの研究でも、ということで、Kaiko Annotation Pipeline も作って、それを使って

Identification of Key Uric Acid Synthesis Pathway in a Unique Mutant Silkworm Bombyx Mori Model of Parkinson’s Disease. 2013 DOI: 10.1371/journal.pone.0069130

それをさらに多くの昆虫種に使えるように改良を重ね、さらにnon-coding RNAや発現情報からの機能アノテーションパイプラインをプラスして「ワークフロー」となり、今回の Fanflow4Insects となった。

Systematic functional annotation workflow for insects. (2022) DOI: 10.3390/insects13070586

for insectsに限定しているのは、他のいろんな生物種に適用できるようにして、Functional annotation workflow (Fanflow)としたいから。まだまだ完全というには程遠いが、より実際にワークフローとして使ってもらえるようにしていきたい。

220627 東京農工大学大学院農学研究院生物生産科学部門動物生化学（昆虫系）研究室と理化学研究所生命医科学研究センター生命医科学大容量データ技術研究チームとの共同研究論文 Systematic functional annotation workflow for insects が Insects に出版 https://t.co/hTCvRfwrPW #bonohulab
— 広島大学統合生命科学研究科ゲノム情報科学研究室・ゲノム編集イノベーションセンターバイオDX研究室 (@bonohulab) June 27, 2022

Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia

2022-06-24T23:00:00+09:00

低酸素環境下における植物トランスクリプトームのメタ解析

プロジェクト研究員による低酸素環境下におけるシロイヌナズナとイネのRNAシーケンスデータのメタ解析論文がbioRxivから公開。

Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia https://doi.org/10.1101/2022.06.23.497423

Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia https://t.co/ROjJA5w1cA #biorxiv_plants
— bioRxiv Plant Bio (@biorxiv_plants) June 24, 2022

Yet another FANTOM preprint

2022-05-13T23:00:00+09:00

シン・モデル生物の機能アノテーション

ちょうど一年前の今日2021年5月13日にアマミナナフシの機能アノテーションによるナナフシ中腸比較トランスクリプトーム論文を出版した。論文の字数の関係でその時は機能アノテーションの詳細は論文にかけずじまいで、その時からその詳細について論文化したいと思っていた。

De novo transcriptome analysis for examination of the nutrition metabolic system related to the evolutionary process through which stick insects gain the ability of flight (Phasmatodea). DOI: 10.1186/s13104-021-05600-0

その後、2021年7月に16年ぶりに科研費採択されたが、その研究課題は「データ駆動型ゲノム育種を実現するデータ解析基盤技術の開発」という、まさにその機能アノテーション手法をさらに前に進める課題であった。

そして、今回論文をまとめ、bioRxivにアップすることができた。

Systematic functional annotation workflow for insects. DOI: 10.1101/2022.05.12.490705

A sequel to the paper published just over a year ago is now available from #bioRxiv titled "Systematic functional annotation workflow for insects" https://t.co/BJpIYZQIWi https://t.co/BswOqYlJCR
— 崖っぷちのボニョ a.k.a. バイオインフォマティクスを教えるニンキありトクニンティヌス (@bonohu) May 13, 2022

Meta-analysis of transcriptomes in insects showing density-dependent polyphenism

2022-05-10T23:00:00+09:00

密度依存的な表現型多型を示す昆虫のトランスクリプトームのメタ解析

プロジェクト研究員による混み合い刺激のメタ解析論文がbioRxivから公開。

Meta-analysis of transcriptomes in insects showing density-dependent polyphenism https://doi.org/10.1101/2022.05.09.490177

Meta-analysis of transcriptomes in insects showing density-dependent polyphenism https://t.co/w8xyVEnHX8 #bioRxiv
— bioRxiv (@biorxivpreprint) May 10, 2022

Exploratory Hypoxic Transcritome Meta-Analysis

2022-05-02T19:00:00+09:00

新しいリファレンストランスクリプトームで新しい探索的メタ解析

D2の大学院生（社会人ドクター）による論文がbioRxivから公開された。

Exploratory Meta-Analysis of Hypoxic Transcriptomes Using a Precise Transcript Reference Sequence Set https://doi.org/10.1101/2022.05.01.489280

前回の研究では、低酸素刺激の有無（低酸素vs常酸素）のトランスクリプトームデータを約500ペア集め、さらにNCBIがPubMedから作成しているgene2pubmedの情報を使うことでビブリオーム(bibliome)データを統合したメタ解析を行った。

Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and the Bibliome Uncovers Novel Hypoxia-Inducible Genes https://doi.org/10.3390/biomedicines9050582

その際出てきたnon-coding RNA (ncRNA) metabolic processに関わる遺伝子群の発現減少の謎に迫るべく、研究を進めた。そして、FANTOM-CATという、理研のFANTOMプロジェクトによるncRNAをさまざまなレベルで含めたトランスクリプトームセットを使った探索的なメタ解析を行った。

前作がちょうど一年前(2021年)の5月に出てから丸一年での次の論文で、本当すごいです…。

Our preprint is now published in #bioRxiv ! Successive and thorough study on meta-analysis of hypoxic transcriptomes for the previous study "Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and the Bibliome Uncovers Novel Hypoxia-Inducible Genes" https://t.co/ORblt82RoB #bonohulab https://t.co/Lbnj8VLpPe
— トクニンティヌス a.k.a. バイオインフォマティクスを教えるニンキあり1年毎更新トクニン教員 (@bonohu) May 1, 2022

Activation of transcription factor HIF inhibits IL-1beta-induced NO production in primary cultured rat hepatocytes published

2022-04-20T23:59:00+09:00

ラット初代培養肝細胞おける転写因子HIFの活性化によるIL-1β誘導性NO産生抑制論文出版

ラットの細胞ということで、オハコのikraでのRNA-Seqデータ解析パイプラインが使えず。非モデル生物専門の出番ということに。

Activation of transcription factor HIF inhibits IL-1β-induced NO production in primary cultured rat hepatocytes https://doi.org/10.1016/j.niox.2022.04.002

Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats published

2022-03-30T19:00:00+09:00

ハダカデバネズミの炎症反応の抑制による化学発がん誘導への抵抗性論文出版

bioRxivにプレプリントとして公開していた、ハダカデバネズミは炎症反応を抑制することで強力な化学発がん誘発に対して並外れた抵抗性を示すということを報告した論文が査読済み論文として公開。

Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats https://doi.org/10.1038/s42003-022-03241-y

そして、共同プレスリリースを行い、弊学からも。

🆕【#研究成果プレスリリース】📝

大学院先導機構/同大学院生命科学研究部の三浦恭子准教授らのグループは、他大学との共同で、ハダカデバネズミの化学発がん物質への強い発がん耐性とその耐性機構の一端を明らかにしました。#熊本大学 https://t.co/8P1j8Y1K48 pic.twitter.com/Xjx2SpESxn
— 熊本大学 Kumamoto University (@kumamotoUniv_PR) March 31, 2022

Prediction of sex-determination mechanisms in avian primordial germ cells using RNA-seq analysis

2022-02-26T10:00:00+09:00

RNA-seq解析による鳥類始原生殖細胞の性決定機構の予測

JST共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)の「バイオDX」産学共創拠点で共に取り組んでいる同じ研究科の研究室からのプレプリントが、日本時間の2022年2月26日、bioRxivにプレプリントとして公開された。

Prediction of sex-determination mechanisms in avian primordial germ cells using RNA-seq analysis https://doi.org/10.1101/2022.02.24.481709

first authorは、私がこちらに移ってきてすぐに私の異動を知ってRNA-Seqデータ解析について相談に来てくれるなど、とても積極的な大学院生。プレプリント公開、おめでとうございます。

Prediction of sex-determination mechanisms in avian primordial germ cells using RNA-seq analysis https://t.co/6Wufr8GEi7 #bioRxiv
— bioRxiv (@biorxivpreprint) February 25, 2022

SAQE papert 1st anniversary

2022-02-25T23:00:00+09:00

SAQE論文1周年

論文投稿してから24日という爆速で出版された論文から1年。厳密には、論文タイトルとしては「昆虫における酸化ストレス刺激のメタ解析」であるが。

Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects https://doi.org/10.3390/antiox10030345

旗揚げ後、初論文publishedから1年経って。あと1ヶ月後にはこちらにきて丸2年。
「おちこんだりもしたけれど、私はげんきです。」 https://t.co/zK6P5x5l8P pic.twitter.com/Isv7anHVdY
— トクニンティヌス＠下り坂46（ニンキアリ） (@bonohu) February 26, 2022

実際にはこの論文のデータを作るためにこしらえたワークフローSAQEの方が非モデル生物データ解析においては価値が高く。続編も頑張って論文の形にしてアップデートしていかねば。

RefEx English Review

2022-01-15T15:00:00+09:00

RefExの英語総説

DBCLS時代に書いて既に提出してあったRefExの英語総説（レビュー）が Practical Guide to Life Science Databases (Eds: Imad Abugessaisa & Takeya Kasukawa) の一つの章として出版された。

RefEX: Reference Expression Dataset https://doi.org/10.1007/978-981-16-5812-9_6

これを書いていたのは2018年の夏だったので、実に3年半かかって。とりあえず、出版されてよかった。

出してから3年半経って…#RefEx の review が Practical Guide to Life Science Databases の 1chapter として出版されたらしい。それをRGのalertで知るなど
DOI: 10.1007/978-981-16-5812-9_6https://t.co/NaW2juypvQ #DBCLS
— トクニンティヌス＠下り坂46（ニンキアリ） (@bonohu) January 14, 2022

Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes

2021-12-03T23:59:00+09:00

トランスクリプトーム公共DBのメタ解析による酸化ストレスおよび低酸素ストレス応答遺伝子の比較論文

ほぼ1ヶ月前に投稿と同時にbioRxivで公開した論文が査読論文誌であるBiomedicinesに出版された。火曜日にaccepted、木曜日の夜にProofreadingが送られてきて、それを翌金曜日の午前に送り返したら、その日の遅くに公開されてしまうというスピード感はこの出版社ならでは。それに加えて、First authorの博士課程前期の大学院生がテキパキと対応してくれたおかげもあって、非常にスムーズに出版までたどり着けた感がある。

博士課程前期大学院生の鈴木さん、博士課程後期大学院生の小野さんと坊農による研究論文 Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes (DOI: 10.3390/biomedicines9121830) が Biomedicines に公開 https://t.co/6afhBZiq2Z #bonohulab
— bonohulab (@bonohulab) December 3, 2021

Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes https://doi.org/10.3390/biomedicines9121830

プレプリントの際のブログエントリにも書いたことだが、公共DBから集めてきたヒト培養細胞の低酸素トランスクリプトームに対して先輩の大学院生が論文化した研究に引き続いて、データ解析に必要なリテラシーのトレーニングがてらに酸化ストレスによるトランスクリプトーム変化のメタ解析を同様に研究してもらったものだった。

低酸素ストレスと並んで酸化ストレスもここにきて急に始めたわけでなく、パーキンソン病モデルカイコの研究など10年ほど前から研究してきたテーマ。今年2021年2月に昆虫の酸化ストレスのデータを公共DBから集めて解析した論文を出しており（実際はショウジョウバエとその比較対象の線虫）、今回はヒト培養細胞に対してそれを集めて解析しよう、という流れでもあった。

Proofreading done. https://t.co/LsorZWFadj
— トクニンティヌス＠下り坂46（ニンキアリ） (@bonohu) December 3, 2021

論文おめでとう。4月に入学して、11月に初めての論文投稿、12月にそれが出版されるとか凄すぎる。今後が非常に楽しみです。

BioDX issue in Experimental Medicine

2021-11-11T09:00:00+09:00

実験医学バイオDX特集

2021年5月に低酸素トランスクリプトームのメタ解析の論文が出た直後から企画させていただいていた、実験医学のバイオDX特集が出版社のウェブサイトから表紙とその章立てが公開された。また、Amazonにも掲載された。

企画から原稿締め切りまで時間も短く、執筆をお願いした方には大変な思いをさせてしまったが、個人的には公共データを利活用するという方向性のバイオDXを紹介することができ、興味深いコンテンツになったと満足している。是非ご一読のほど。

“実験医学 2021年12月号 Vol.39 No.19　みんなのバイオDX公共データの海で宝探しをはじめよう坊農秀雅／企画 2021年11月19日発行 B5判 133ページ ISBN 978-4-7581-2550-5”　表紙が公開、章立て確定版が出てた / “実験医学：みんなのバイオDX〜公共データの海で宝探しをは…” https://t.co/rGCpVhB0S0
— トクニンティヌス＠下り坂48 (@bonohu) October 29, 2021

(2021年11月11日追記) 実験医学2021年12月号のバイオDX特集号の出版に先立ち、坊農による概論の「バイオDXとは何か，なぜ今バイオDXなのか」が出版社のウェブサイトで全文公開された。すぐに読める分量なので、是非ご一読を。

A new way of training students

2021-11-04T23:59:00+09:00

新しい大学院生の育成方法

2021年4月に入学した博士課程前期の大学院生による以下の論文がbioRxivから公開された。今回はなぜか通常は24時間程度で終わるbioRxivのスクリーニングに時間がかかり、uploadしてから60時間目にメールが来るというのはこれまでの最長記録だったが。

Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes https://doi.org/10.1101/2021.11.01.466837

公共DBから集めてきたヒト培養細胞の低酸素トランスクリプトームに対して先輩の大学院生が論文化した研究に引き続いて、酸化ストレスによるトランスクリプトーム変化のメタ解析を同様に研究してもらった。酸化ストレスに関しては、また別の論文で昆虫に対して解析しており（実際はショウジョウバエとその比較対象の線虫）、今回はヒト培養細胞に対してそれを集めて解析しよう、というプロジェクトである。

これは、公共データベースのRNA-Seqデータの利活用を通して、On The Job Training (OJT) で、公共DBからデータを集めたり、それらをデータ解析したりという、ドライな研究手法の基礎体力を身につけてもらう狙いがあった。しかしながら、学生さんがものすごく優秀で6月末までには一番難航が予想された酸化ストレストランスクリプトームデータのリストアップを終えた。そこからRNA-Seqデータ解析パイプライン ikraを使った大規模なRNA-Seqデータ解析を開始。 ikraのおかげもあって夏の終わりにはそれを終えてしまい、メタ解析した発現データからわかることをまとめて生物学的に興味深い知見をまとめるフェーズに。それを進めるにあたり、どうせなら、ということで論文化を念頭に研究を進めてもらった。何回か議論を重ねた結果、驚くべき早さで、10月末までに英語の論文としてまとまった。そこで、今回もまずプレプリントとしてbioRxivで公開した上で査読論文雑誌に投稿するというスタイルで。

今後がとてもとても楽しみである。

Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats

2021-10-24T16:00:00+09:00

ハダカデバネズミの炎症反応の抑制による化学発がん誘導への抵抗性論文

Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats https://doi.org/10.1101/2021.10.21.465383

日本時間の2021年10月24日、bioRxivにプレプリントとして公開された。ハダカデバネズミは、炎症反応を抑制することで、強力な化学発がん誘発に対して並外れた抵抗性を示すということを報告している論文。

（続き）ました。RIPK3 阻害剤投与/ノックアウトマウスでは、組織の炎症応答が弱まり化学発がんの発症が遅延しました。以上のことから、デバでのNecroptosis制御遺伝子の機能欠失が、組織の炎症応答減弱と発がん耐性の一因になっている可能性が示唆されます。
— くまだいデバ研 (@deba_labo) October 24, 2021

A chromosome-level genome sequence of Chrysanthemum seticuspe, a model species for hexaploid cultivated chrysanthemum

2021-10-07T23:59:00+09:00

モデルギクの染色体レベルのゲノム配列 published

すでにbioRxivにアップロードしてあった6倍体栽培ギクのリファレンスとなる2倍体のモデルギクGojo-0 (Chrysanthemum seticuspe)の染色体レベルのゲノム配列の論文がCommunications Biologyから出版。

A chromosome-level genome sequence of Chrysanthemum seticuspe, a model species for hexaploid cultivated chrysanthemum https://doi.org/10.1038/s42003-021-02704-y

同じ研究科の草場先生との共同研究で、同じ研究科の別のグループとの共同研究による査読ずみ論文は初めて。自分は、6倍体栽培ギクのRNA-Seqデータを公共DB(Sequence Read Archive)から集めてきて、新たに決定したゲノム配列にマッピングすることによるデータ解析で貢献させていただいた。

Publishedわず、だったらしいhttps://t.co/ttBOlj5GKg
2021年の査読ずみ論文11本目
— トクニンティヌス (@bonohu) October 9, 2021

このプロジェクトに関わるきっかけは、昨年(2020年)の8月末にあった第2回東広島100人論文という学内の他の方との交流を促進するというオンラインイベント。そのイベントでメールのやり取りしたことから、先方のゲノム配列解析の一部に関わることとなったのであった。東広島100人論文を企画運営された東広島市産学金官連携推進協議会、広島大学学術・社会連携室の皆様に感謝申し上げます！

Ref16S report in BH21.8

2021-09-30T23:59:00+09:00

Ref16S report in BH21.8

2021年8月に参加した国内版バイオハッカソンBH21.8 での Metagenome analysis workflow group の報告が2021年9月30日、BioHackrXivにプレプリントとして公開された。

Rapid metagenomic workflow using annotated 16S RNA dataset https://doi.org/10.37044/osf.io/gbt8p

かねてよりドッグランの大石さんと取り組んでいたメタゲノムデータ解析のワークフローで、まとまった時間が取れたBH21.8で主に取り組んだ。前回は公開されるまでに半年かかったのだが、今回はsubmitしてから5日、ハッカソン後約1ヶ月での公開。

今後の研究開発の一つの方向性として、このメタゲノムデータ解析の研究も引き続きやっていくつもり。

Kaiko transcriptomes paper press released

2021-09-30T14:00:00+09:00

カイコリファレンストランスクリプトーム論文プレスリリース

Insectsに論文を出版していたカイコリファレンストランスクリプトーム論文

Reference transcriptome data in silkworm Bombyx mori https://doi.org/10.3390/insects12060519

に関して、本日2021年9月30日に、以下の3カ所から同時に「カイコ遺伝子発現データの拡張・公開 - 昆虫活用技術開発やデータ駆動型研究促進に期待 -」プレスリリース。

気づけば、2021年度、この半年で3回目のプレスリリースであった。

Neurosecretory protein GL-induced fat accumulation is accompanied by repressing the immune-inflammatory response in the adipose tissue of mice

2021-08-29T14:00:00+09:00

NPGLによる脂肪蓄積のトランスクリプトーム解析

マウスの脂肪組織におけるNPGL(Neurosecretory protein GL)による脂肪蓄積のトランスクリプトーム解析の論文がbioRxivから公開された。

Neurosecretory protein GL-induced fat accumulation is accompanied by repressing the immune-inflammatory response in the adipose tissue of mice. https://doi.org/10.1101/2021.08.27.457926

同じ研究科の浮穴先生の研究で、今回はじめてトランスクリプトーム解析を一部手伝わせていただいた共同研究。今後の研究の発展が楽しみ。

Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing ACE2 via AHR signal published

2021-08-17T18:00:00+09:00

AHRシグナルを介したACE2の抑制によるSARS-CoV-2感染のin vitroでの抑制

2021年3月にbioRxivにアップロードした論文、

Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting enzyme 2, via aryl-hydrocarbon receptor signal. https://doi.org/10.1101/2021.03.04.433658

が、査読論文誌にpublished。

Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting enzyme 2, via aryl-hydrocarbon receptor signal. https://doi.org/10.1038/s41598-021-96109-w

RNA-Seqデータ解析結果をどう可視化するか、を一緒に考える部分での貢献であった。前々職時代からの15年以上共同研究をしている方が主体の研究であるが、その彼らのいる広島大学に来てから始めた研究という点で感慨深い。現職で学内共同研究による初めての論文となったのだから。今後もこういった同一組織内の共同研究は積極的にやっていきたい。

これで査読ずみ論文としては、2021年で10本目節目の論文ともなった。プレプリント3本もあわせると、のべ13本に。

（2021年8月18日追記）そして、以下のような題で広島大学と関西医科大学からプレスリリース。

新型コロナウイルス SARS-CoV-2 受容体の発現抑制機構を解明 ― 新型コロナ感染症治療薬開発の可能性 ―

A chromosome-level genome sequence of a model chrysanthemum: evolution and 1 reference for hexaploid cultivated chrysanthemum

2021-06-29T23:59:00+09:00

モデルギクの染色体レベルのゲノム配列

6倍体栽培ギクのリファレンスとなる2倍体のモデルギクGojo-0 (Chrysanthemum seticuspe)の染色体レベルのゲノム配列の論文がbioRxivから公開された。

A chromosome-level genome sequence of a model chrysanthemum: evolution and 1 reference for hexaploid cultivated chrysanthemum. https://doi.org/10.1101/2021.06.28.450068

同じ研究科の草場先生との共同研究で、同じ研究科の別のグループとの共同研究による成果は初めて。 6倍体栽培ギクのRNA-Seqデータを公共DB(Sequence Read Archive)から集めてきて、新たに決定したゲノム配列にマッピングすることによる解析で貢献させていただいた。

Polysulfide inhibits hypoxia-elicited hypoxia-inducible factor activation in a mitochondria-dependent manner

2021-06-13T23:59:00+09:00

Polysulfide-HIF論文 published

関西医科大学の広田さんとの共同研究論文が出版。 Polysulfide（多硫化物）がミトコンドリアを介して低酸素における低酸素誘導因子の活性化を抑制する、という論文で、おもしろい結果だと思うのだが、なかなかすっと出版されなかったのが不思議。

Polysulfide inhibits hypoxia-elicited hypoxia-inducible factor activation in a mitochondria-dependent manner. https://doi.org/10.1016/j.mito.2021.06.007

Paywalledなのがちょっと残念だが。

Kaiko transcriptomes paper published

2021-06-03T23:00:00+09:00

カイコリファレンストランスクリプトーム論文出版

bioRxivに論文を公開してあったため、すでにデータは公開されていたカイコリファレンストランスクリプトーム論文がこの度査読ずみ論文として出版された。

Reference transcriptome data in silkworm Bombyx mori https://doi.org/10.3390/insects12060519

bioRxivにアップロードした際にすでに公開されているが、この論文で発表しているデータは以下の通り。

生配列データは Sequence Read Archive (SRA)へ DRA008737
アッセンブルしたトランスクリプトームデータ（配列）は、 Transcriptome Shotgun Assembly (TSA)へ ICPK01000001-ICPK01051926
遺伝子発現量は、Gene Expression Archive (GEA)へ E-GEAD-315
以上の公共データアーカイブに置けないデータは、JSTバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)のDBarchiveへ doi:10.18908/lsdba.nbdc02443-000.V001

bioRxivに論文を公開したタイミングでデータをリリースして、早い段階からデータを利活用してもらえたようで、科学の進展が加速したことに貢献できたことはよかった。諸事情あってデータを公開してから1年半あまり経ってしまったが、結果として査読論文として出版できてよかった。これに引き続いて論文を出していきたい！

そして、2021年に公開された論文がのべ10本に到達。

Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and the Bibliome Uncovers Novel Hypoxia-Inducible Genes

2021-05-20T21:30:00+09:00

低酸素トランスクリプトームとビブリオームの統合メタ解析論文

bioRxivで公開した論文が査読論文誌であるBiomedicinesに出版された。前回の研究で使った低酸素刺激の有無（低酸素vs常酸素）のトランスクリプトームデータをさらにアップデートして約500ペア集め、さらにNCBIがPubMedから作成しているgene2pubmedの情報を使うことでビブリオーム(bibliome)データを統合したメタ解析を行った研究。

Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and the Bibliome Uncovers Novel Hypoxia-Inducible Genes https://doi.org/10.3390/biomedicines9050582

2020年10月に入学したばかりのD1の大学院生（社会人ドクター）による論文、つまりbonohulab初の学生がfirst authorの論文となった。入学して8ヶ月目での査読論文出版というのは、後輩たちへすごくハードルを上げた先例を作ってしまったような。本当、新しい生活様式による新しい論文出版様式を実現した…。おめでとう！

#bonohulab 初の学生さん(D1)による査読あり論文が出版！ “Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and the Bibliome Uncovers Novel Hypoxia-Inducible Genes / 低酸素トランスクリプトームとビブリオームの統合メタ解析論文” / “ぼうのブログ” https://t.co/5O2TJVNYrM
— bonohu / ぼうのうひでまさ@下り坂48 (@bonohu) May 20, 2021

Comparative stick insect midgut transcriptomes paper out

2021-05-14T07:00:00+09:00

ナナフシ中腸比較トランスクリプトーム論文公開

2021年5月13日、かねてより取り組んできたナナフシの中腸トランスクリプトーム解析の論文が公開された。アマミナナフシ(Entoria okinawaensis)のmidgut transcriptomeは独自にRNA-Seqで解読し、公共データベースに登録された他のナナフシ7種のデータと合わせて、統合データ解析。東京農工大学大学院農学研究院生物生産科学部門動物生化学（昆虫系）研究室とオーストラリアLa Trobe UniversityのProf Richard J. Simpsonとの共同研究。

De novo transcriptome analysis for examination of the nutrition metabolic system related to the evolutionary process through which stick insects gain the ability of flight (Phasmatodea). https://doi.org/10.1186/s13104-021-05600-0

具体的には、まず普通にアマミナナフシのRNA-SeqデータをTrinityで de novo assemblyして、これまで作ってきた「パイプライン」で機能アノテーション。それと、他の7種のナナフシのRNAーSeqデータに関してもTranscriptome Shotgut Assembly (TSA)に登録されているものはそれを用い、ないものに関してはSequence Read Archive (SRA)から同じく de novo assembly。それらの転写単位（遺伝子）とアマミナナフシのそれとの対応をBLASTでとって、対応表を作成。さらに全ての転写単位に対して発現定量をしてそれぞれの発現強度をTPMで得て、その情報を元にサンプル方向に階層クラスタリングしてヒートマップとデンドログラムを作成。

From Fig1. Functional annotation pipeline for E. okinawaensis midgut transcriptome assembly. https://t.co/AlzTrL5N0W pic.twitter.com/44XqI3vvVQ
— bonohu / ぼうのうひでまさ@下り坂48 (@bonohu) May 16, 2021

RNA-SeqのリードをSRAにだけでなく、それをアッセンブルしたデータを上述のTSA、定量した発現値はGenomic Expression Archive (GEA)に登録してある。

The RNA sequencing reads reported in this article are available in the Sequence Read Archive (SRA) under the accession ID DRA007226. The assembled transcriptome sequences are available in the Transcriptome Shotgun Assembly (TSA) database under the accession ID IADO01, and the estimated abundance of transcripts is available from the Genomic Expression Archive (GEA) under the accession ID E-GEAD-295.

そのデータセットを使って、特に翅有り無し、飛ぶかどうかで分けて発現の異なる遺伝子について調べたのが今回の結果。他にも色々と調べていきたい。

2021年は、これで論文8本目となった。

Diversification of mineralocorticoid receptor genes in a naked mole-rat

2021-04-15T21:00:00+09:00

ハダカデバネズミの2つのMR遺伝子論文

Diversification of mineralocorticoid receptor genes in a subterranean rodent, the naked mole-rat. https://doi.org/10.1530/JME-20-0325

ハダカデバネズミの2つのミネラルコルチコイド受容体遺伝子論文が査読論文誌である Journal of Molecular Endocrinology に出版された。

学振PDの岡香織さんの、ハダカデバネズミのミネラルコルチコイドレセプター（MR）の遺伝子重複に関する論文がJ Mol Endocrinolに出ました！岡さんおめでとうございます！(´ϖ` )
哺乳類でMR遺伝子の重複が報告されているのは、今のところフタコブラクダとデバだけです。https://t.co/pNjI4baBAd
— デバ日誌＠くまだいデバ研 (@deba_labo) April 16, 2021

これもまた、老化細胞死論文や褐色脂肪論文と同じく、先方のラボの方がデータ解析方法を覚えて自らやってくれた実例で、そちらの意味でも大変嬉しい。何度でもいうが、私自身がやってしまうよりも、そのやり方を他の研究者に教える方を優先してきたことによる成果である。この成果だけでなく、この論文の筆頭著者は今後もそのデータ解析法を応用した研究を展開していくに違いない。そのことがなにより嬉しい。

奇しくも、この2021年4月15日はbonohulabでの初ミーティング、初セミナーの日であった。ここbonohulabでもこのような成果を出していけるよう、頑張っていきたい。

2021年は、これで論文7本目、投稿中が1つ減ったけどまた1つ増えてこちらも7本となった。 2003年の年間最高記録をついに塗り替えそうな勢いである。さらに頑張っていきたい。

A new way of life, a new way of publishing papers

2021-03-30T18:00:00+09:00

新しい生活様式で新しい論文出版様式

2020年10月に入学した大学院生（社会人ドクター）による以下の論文がbioRxivから公開された。

Multi-omic meta-analysis of transcriptomes and the bibliome uncovers GPR146 as the novel hypoxia-inducible gene https://doi.org/10.1101/2021.03.29.433661

公共データベースのRNA-Seqデータの利活用ということで研究を始めてもらった。私がやっていきた低酸素による発現変動のデータ(transcriptomes)を集めるところから始めてもらったが、論文のデータ全体(bibliome)との統合的な解析手法を考え出し、これまで論文でほぼ言及はないがデータ駆動型の発現解析からは低酸素による発現変動がある遺伝子群をあぶり出すことを実現している。

新しい生活様式の下、外出もままならない中、遠隔でのオンライン指導であったが、かなりしっかり取り組んでくれたこともあり、入学から半年経ってないにもかかわらず論文投稿することができた。

また、査読論文雑誌に出して査読結果を待って修正して論文出版するというこれまでのやり方とは違う、新しい論文出版様式にも挑戦してもらった。すなわち、まずプレプリントとしてbioRxivで公開した上で査読論文雑誌に投稿するというスタイルである。

今後が大変楽しみである。

Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing ACE2 via aryl-hydrocarbon receptor signal

2021-03-05T15:00:00+09:00

AHRシグナルを介したACE2の抑制によるSARS-CoV-2感染のin vitroでの抑制

メンバー的には以前からの共同研究者との研究だが、広島に来てから始めた共同研究。 bioRxivにアップロードされたのが公開。

Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting enzyme 2, via aryl-hydrocarbon receptor signal. https://doi.org/10.1101/2021.03.04.433658

Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects

2021-02-02T20:00:00+09:00

昆虫における酸化ストレス刺激のメタ解析

公共データベースからストレス刺激のtranscriptomeを集めてきてメタ解析をする研究をずっとしてきて、2020年1月に最初の査読論文を公開した(DOI: 10.3390/biomedicines8010010)。

そのシリーズ第二弾として、今回昆虫における酸化ストレス刺激のメタ解析を。まず、2021年2月1日に論文をbioRxivにアップロードしたら、現在のような状況下であってもほぼ丸1日で公開。素晴らしいスピード感。

Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects https://doi.org/10.1101/2021.02.01.427354

（2021年2月26日追記）

1日 bioRxivアップロードと同時に査読論文誌に投稿
13日 minor revisionの知らせ、期限18日までと
14日週末を使ってrevise、英文校閲に出す
17日英文校閲から戻ってきたので、早速再投稿
18日 bioRxivもそのrevise版にアップデート
22日正式にaccept。投稿からジャスト3週間。
24日 Proofread。期限24時間以内
25日 Published

Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects https://doi.org/10.3390/antiox10030345

投稿から24日間で論文が出版されてしまった。実に、1年で一番短い2月中に投稿から出版までが完結という、驚異のスピードで。

Full-length 16S rRNA gene amplicon analysis of human gut microbiota using MinION nanopore sequencing confers species-level resolution

2021-01-26T23:00:00+09:00

完全長16S rRNAをMinIONでアンプリコン配列解読

ヒト腸内細菌叢でそれを試したところ、種レベルの解像度で細菌の同定ができるという共同研究論文が出版。

Full-length 16S rRNA gene amplicon analysis of human gut microbiota using MinIONTM nanopore sequencing confers species-level resolution https://doi.org/10.1186/s12866-021-02094-5

CSE activates HIFs in a ROS-dependent manner in human endometrium stroma cells

2021-01-03T20:00:00+09:00

共同研究論文が Antioxidants 誌に出版

初出勤よりも早く、査読ずみ論文として、関西医科大学の広田さんとの共同研究論文が出版。タバコの煙によって誘導されるhypoxia-inducible factorsの活性化をヒト子宮内膜由来の間質細胞とその培養細胞系で調べた、という論文。

Cigarette smoke extract activates hypoxia-inducible factors in a reactive oxygen species-dependent manner in stroma cells from human endometrium https://doi.org/10.3390/antiox10010048

Mariner-like elements in Apis

2020-12-01T23:59:00+09:00

Evolutionary insights into Mariner-like elements in Apis species

着任後まもない、この4月に一度bioRxivにアップロードしてあったApis（ミツバチ属）のMariner-like elementに関する論文（プレプリント）をアップデート。とはいえ、ほぼ全てfirstかつcorresponding authorの横井翔さんがほぼやってくれたのであるが。

Evolutionary insights into Mariner-like elements in Apis species https://doi.org/10.1101/2020.04.15.035063

FANTOM enters 20th year

2020-11-19T23:59:00+09:00

FANTOM20周年論文公開

2020年11月19日、Nucleic Acids Research のdatabase issueに FANTOM resource の論文が公開された。

FANTOM enters 20th year: expansion of transcriptomic atlases and functional annotation of non-coding RNAs https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1054

論文の内容に関してはFANTOM5と6のリソースを紹介するもので、今年2020年7月にでたFANTOM6論文を補完する内容となっている。今年2020年でFANTOMを2000年に始めて20周年ということで、名付け親の自分としてはなんとも感慨深い。

The first FANTOM meeting was held from August 28, 2000. Thus, today is the 20th anniversary of the FANTOM project!

Thank you for your continued interests and supports to FANTOM.
— FANTOM Project (@FANTOM_project) August 28, 2020

途中、長い間FANTOMプロジェクトから外れていたが、最近はその作成したDB利用の方から関わるようになっており、現在の所属でもそれを継続してやっていく体制に。

2020年は、これで査読論文10本目で2桁に到達。 FANTOM2のsatellite issueでGenome Researchに一度に10本論文の出た2003年以来。なお、プレプリント含めると16本目。ということで、ついにその2003年の記録14本を更新した（していた）。

Characterization of brown adipose tissue thermogenesis in the naked mole-rat

2020-11-10T21:00:00+09:00

ハダカデバネズミの褐色脂肪論文

Characterization of brown adipose tissue thermogenesis in the naked mole-rat (Heterocephalus glaber), a heterothermic mammal https://doi.org/10.1038/s41598-020-74929-6

2020年4月末にbioRxivにプレプリントとして公開されていたハダカデバネズミの褐色脂肪論文が査読論文誌である Scientific Reports に出版された。個人的には、今回初めて発現定量値をDDBJのGenomics Expression Archive(GEA)に登録(E-GEAD-294)、それが公開された例となった。ただ、プレプリントとして論文をアップロードした際にすでにデータは公開してあるので、このタイミングで公開した、というわけではないのではあるが。

これもまた、老化細胞死論文の時にも書いたように、first authorの（当時）学生さんがデータ解析方法を覚えて自らやってくれた実例で、そちらの意味でも大変嬉しい。繰り返しになるが、自分がやってしまうよりも、そのやり方を他の研究者に教える方を優先してきた効果が大きく出た成果である。今後もその方向で、ここbonohulabにおいても推進していきたい。

2020年は、これで査読論文9本目、プレプリント含めると15本目。今後は、bonohulabメインのそれを増やしていきたい。

TUATinsecta paper

2020-10-15T20:00:00+09:00

TUAT insecta論文公開

2020年10月15日、TUATinsectaデータベースの論文が公開された。昆虫とそれが食べる植物（食草）の関係をデータベース化して、そこから見つけてきたことを掘り下げてまとめる、というDB利用の理想的なカタチにまとまっている。

Construction of TUATinsecta database that integrated plant and insect database for screening phytophagous insect metabolic products with medicinal potential https://doi.org/10.1038/s41598-020-74590-z

東京農工大学大学院農学研究院生物生産科学部門動物生化学（昆虫系）研究室との共同研究だが、あくまで先方がメイン。私はその公開にあたり、TOGODBを使うことを勧めたりとか、そういう脇役での貢献。

2020年は、これで査読論文8本目、プレプリント含めると14本目。そして、ついにFANTOM2 special issue効果で14本出た2003年の記録と並んだ。

Functional annotation of human long noncoding RNAs via molecular phenotyping

2020-07-27T23:59:00+09:00

FANTOM6論文公開

2020年7月27日、Genome Research に FANTOM6 の最初の論文が公開された。

Functional Annotation of Human Long Non-Coding RNAs via Molecular Phenotyping https://doi.org/10.1101/gr.254219.119

論文の内容に関しては理化学研究所のプレスリリースに詳細があるので、そちらを。このFANTOMという名前は、ちょうど20年前(2000年)に（のちにFANTOM1と呼ばれる）マウスのcDNA機能アノテーションミーティングに向けて我々が開発していた機能予測プログラムの名前だったのだが、それが今も引き続き使われているものである。

個人的には、Genome Research に名前の入った論文が出るのは2003年の FANTOM2 特集号以来で、なんと17年ぶり。これまでに出した論文の数でいうと一番それが多い雑誌（今回のを含めて14本）がこの Genome Research なのだが、かなりのご無沙汰だった。

そして、現所属の入った初めての（査読論文誌）での論文発表となった。 2020年は、これで査読論文７本目、プレプリント含めると13本目。今年は、ついに前回Genome Research論文の出た2003年の記録14本を更新する可能性が出てきた。

TogoEx report in BH19 Europe

2020-07-13T23:59:00+09:00

TogoEx report in the BioHackathon Europe 2019

昨年(2019年)の秋に参加したBiohackathon Europe 2019 での TogoExグループの報告が2020年7月13日、BioHackrXivにプレプリントとして公開された。

TogoEx: the integration of gene expression data https://doi.org/10.37044/osf.io/esrc9

レポート自体は年末に言われて年始には出したのだが、色々とダメ出しをくらって、共著者の粕川さんにも多大なるご助力をいただいて、ようやくの公開。ある意味マイルストーン的な報告であり、特に何か新しい仕組みができたわけではなく。

今後の研究開発の一つの方向性として、この研究も引き続きやっていくつもりであるが、論文中に切実に書いてあるように、それを一緒にやる人材を集めていかねば。引き続き、頑張ろう！

Senescent cell death as an aging resistance mechanism in naked mole-rat

2020-07-04T21:00:00+09:00

ハダカデバネズミの老化細胞死論文

Senescent cell death as an aging resistance mechanism in naked mole-rat https://doi.org/10.1101/2020.07.02.155903

2020年7月4日、プレプリントとして公開された。

自分がこの研究に関わり始めたのはちょうど5年前、2015年の7月だった。その前の研究が一段落して次の研究テーマも、ということで。

当初はTopHat2で発現定量していたのだが、その過程でいろいろなツールが開発され、それらを知って試しての繰り返し。また、リファレンス配列に関してもEnsemblのメインで維持されるようになり、その結果機能アノテーション情報も大変使いやすく。この5年で、Alignment-freeのsalmonやkallistoでも発現定量が実行できるレベルにまでリソースが整備されている状況になってきている。もちろん、ヒトやマウスほどにアノテーション情報が充実しているわけではないのではあるが。

そして、それらのツールやデータベースを使いこなせる研究者を増やせたのが何よりもよかった。彼らに教えることで得た気づきは、その5年のうちに出版した複数の生命科学データ解析に関わる本に反映されている。

そのおかげで、後半は優秀な生徒たちの手によってデータ解析がほぼこなせるようになり、研究が加速する原動力になった。自分がやってしまうよりも、そのやり方を他の研究者に教える方を優先してきた効果が大きく出たものだと確信している。今後もその方向で絶賛進めていきたい。

GLIS1 Paper Published

2020-02-12T23:00:00+09:00

新規低酸素応答因子GLIS1の論文published

広島大学原爆放射線医科学研究所の谷本先生、廣橋先生のグループとの共同研究論文がadvance articleとして、published。

GLIS1, a novel hypoxia-inducible transcription factor, promotes breast cancer cell motility via activation of WNT5A. Carcinogenesis doi: https://doi.org/10.1093/carcin/bgaa010

この論文に関してもデータ解析手法を教えて、その結果の解釈をサポートした程度ではあるが。 ~~内容に関しては後ほど追記予定。~~

（2020年3月12日追記）2020年3月12日に低酸素環境において活性化して、がん細胞の遊走・浸潤を促進し、放射線抵抗性を促進する分子 GLIS1 を発見した論文に関して、広島大学からとDBCLSから、それぞれにプレスリリースがあったので、内容を補足。低酸素環境にあるがん細胞では、転写因子GLIS1量が増えて遺伝子発現量の調節を行い、特に WNT5Aというがん細胞の浸潤を促進することが知られている遺伝子を調節することにより、がん細胞の浸潤能力を高めていることを確認。遺伝子発現解析の基準となる各遺伝子の正常組織、細胞における遺伝子発現量を簡単に検索、閲覧できるウェブツールRefExを用いて、低酸素環境で働く他の転写因子に比べて、GLIS1は特に正常細胞における発現量が少ない事を見出し、副作用の少ないがん治療標的となり得る可能性を示した。

Copidosoma Polyembryony Paper Published

2020-02-11T23:00:00+09:00

キンウワバトビコバチの多胚形成の論文published

去年(2019年)の3月に投稿して。 11ヶ月経ってようやくキンウワバトビコバチの多胚形成に関する論文が出版された。

Analysis of molecular mechanism for acceleration of polyembryony using gene functional annotation pipeline in Copidosoma floridanum. BMC Genomics 21:152 (2020) doi: https://doi.org/10.1186/s12864-020-6559-3

個人的にはデータ解析手法を教えて、その結果の解釈をサポートした程度であるが、今回は大変嬉しい。内容に関しては後ほど追記する。

AOE paper published

2020-01-25T11:00:00+09:00

公共遺伝子発現DB目次AOEの論文がPLOS ONEにpublished

2019年5月のCold Spring Harbor Laboratory Meeting、The Biology of Genomesに参加、ポスター発表する前に、学会発表する前にはその内容をbioRxivにアップするという慣例に基づき、公共遺伝子発現DB目次AOEに関するプレプリントをアップした。

All of gene expression (AOE): an integrated index for public gene expression databases. bioRxiv 626754; doi: https://doi.org/10.1101/626754

bioRxivにアーカイブした、そのままでも良かったのだが、

将来的にどう流れていくか解らないしどうせbioRxivに投稿する所まで完成しているのなら査読誌に通しておこう（research for the best cure™::blog-for hypoxia research-の公共DBのデータのメタ解析が査読論文誌に掲載されましたより引用）

という流れで、査読誌にも投稿してみることに。

まずは Nucleic Acids Research のDatabase特集号に（pre-submission inqueryとして）出してみたが、門前払い。ご新規さんには高嶺の花なのだろうか、それとも…。

次に、bioRxivからSubmit bioRxiv Preprint to a Journal or Peer Review Serviceの機能を使って Gigascience に出してみたものの、1ヶ月ほど放置されたのちにEditor kick。データベースの論文に対して論文誌は冷たいな、と痛感。

そこで、PLOS ONE に内容のよくわかってくれそうなEditorを見つけたので、その人を指定して投稿。それが福岡でのBiohackathon 2019の始まる前の8月末。 Biohackathon Europe 2019などの出張で出ずっぱりの季節にReviseがきたが、なんとか2回で分子生物学会年会の終わった12月10日にaccepted。しかしながら、クリスマスや年始休暇などがあって、年が明けた1月も後半の2020年1月24日にやっとpublished。

Bono H All of gene expression (AOE): An integrated index for public gene expression databases. PLoS ONE 15: e0227076 (2020) https://doi.org/10.1371/journal.pone.0227076

この間、この論文がacceptedとなるちょっと前に投稿した別の論文が投稿から40日でpublishedとなって抜き去られる、という不思議な体験も。

あと、この論文はAOEをやっていた研究者は私だけということで、単著論文（自分がfirst, last, corresponding authorのすべて）となった。これで査読誌に掲載された論文のうち単著は2本目。前回は、以下の15年前のSayaMatcher論文だった。

Bono HU SayaMatcher: genome scale organization and systematic analysis of nuclear receptor response elements. Gene 364:74-78 (2005) https://doi.org/10.1016/j.gene.2005.05.039

最後に伝えたいことが一つ。なんと、EditorからのDecision letterや私からのrebuttal letterのやり取りがこの論文のPeer Reviewメニューからアクセスできるページで全て公開されている。こういうやり取りを経て論文は受理されるのであるが、みたことがない方にはもの珍しいかと。またこれからそれを経験する人には参考になるのではないかと。

Paper accepted: meta-analysis of hypoxic transcriptome

2020-01-08T17:00:00+09:00

低酸素トランスクリプトームメタ解析論文が査読論文誌にaccpet

低酸素関係の研究会で始めて発表したのは、2006年にあった第3回がんとハイポキシア研究会で、実に14年前。まだDBCLSに移る前。それからこの分野の研究も、本業のDBを使いやすくする仕事と並行して細々とやってきた。さまざまな研究者が発表する低酸素ストレスで発現が変動する遺伝子たち。それらを遺伝子発現DBから再解析して、より多くのデータでサポートされる遺伝子をリストアップしておけば有用ではないかと考え、上述の研究会で複数の研究者に使ってもらえるようお願いした。そして、2年前(2018年)の2月に、その結果を、bioRxivへの初の論文として投稿した。

Meta-analysis of hypoxic transcriptomes from public databases. bioRxiv 267310; doi: https://doi.org/10.1101/267310

その後、版を重ね（複数回バージョンアップして）、本日2020年1月8日、ついにその論文が、Biomedicinesという査読論文誌にacceptされた。

当初は別の論文のSupplemental dataの説明みたいな位置付けでbioRxivに載せたつもりだった。しかしながら、その後紆余曲折あり、現状ではまだ査読誌に載せて論文として認めてもらうようにした方が良いだろう、という判断で、共同研究者の広田さんにもご協力いただき、公共ChIP-seqデータのメタ解析をさらに追加し、査読論文誌に挑戦していた。

（2020年1月11日追記）acceptの翌日の2020年1月9日付けでpublishされた。

Bono H, Hirota K. Meta-Analysis of Hypoxic Transcriptomes from Public Databases. Biomedicines 2020, 8(1), 10; https://doi.org/10.3390/biomedicines8010010

Superoxide dismutase down-regulation and the oxidative stress is required to initiate pupation in Bombyx mori

2019-10-28T23:00:00+09:00

蛹化が早まる現象の分子メカニズムの一端を解明

東京農工大学大学院農学研究院生物生産科学部門天竺桂弘子准教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Superoxide dismutase down-regulation and the oxidative stress is required to initiate pupation in Bombyx mori” が Scientific Reports に掲載された。

チョウ目昆虫であるカイコ (Bombyx mori)が蛹期に幼虫の体を成虫の体へ“つくりかえる”ために幼虫の体を一旦溶かし、成虫の体をつくるプロセスにおいて、カイコは蛹になる前にわざと体内の活性酸素の量を増加させることが明らかになりました。公共データベースからの必要なデータの探索ならびに非モデル生物におけるトランスクリプトーム配列データ解析と可視化などのドライ解析において貢献しました。

今回は、単にウェブページでのお知らせだけでなく、東京農工大学ーライフサイエンス統合データベースセンターの共同プレスリリースとなった。

Kaiko RefEx

2019-10-18T23:00:00+09:00

カイコのリファレンストランスクリプトームデータ公開

微力ながら参画させていただいたカイコリファレンストランスクリプトームセットを作るプロジェクトの論文がbioRxivから公開。

Reference transcriptome data in silkworm Bombyx mori https://doi.org/10.1101/805978

それに伴って、データも同時に全部オープンに。

生配列データは Sequence Read Archive (SRA)へ DRA008737
アッセンブルしたトランスクリプトームデータ（配列）は、 Transcriptome Shotgun Assembly (TSA)へ ICPK01000001-ICPK01051926
遺伝子発現量は、Gene Expression Archive (GEA)へ E-GEAD-315
以上の公共データアーカイブに置けないデータは、JSTバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)のDBarchiveへ doi:10.18908/lsdba.nbdc02443-000.V001

1と2に関しては、DDBJのニュースに、また4に関してはNBDCのニュースとして取り上げられた。前者でGEAに関して言及がないのは謎であるが。

Bulkの解析にはこのデータの公開だけで十分であるが、GUIから見れる仕組みも公開される予定があるのでお楽しみに。

【2019年11月7日追記】DDBJのニュースに、GEAのエントリのほか、NBDCのDBarchiveにアーカイブされたデータや、bioRxivの論文へのリンクが追記。ありがとうございました。

AOE paper uploaded to BioRxiv

2019-05-04T20:00:00+09:00

AOEの論文をBioRxivにアップロード

All of gene expression (AOE)の論文を次週からのCold Spring Harbor Laboratory (CSHL)での学会発表（ポスター発表）を前にBioRxivにアップロードした。

All of gene expression (AOE): integrated index for public gene expression databases Hidemasa Bono bioRxiv 626754; doi: https://doi.org/10.1101/626754

いわゆる「論文」と違う点は、この論文はまだ査読(peer-review)を受けていないということである。なので、業績などにカウントする「査読付き論文」には入らない。しかしながら、学会発表でどうせ公表するのであれば、その内容を論文としてまとめておいて誰にでも見てもらえるようにしておくのは実は理に適っているのではないか、と。

前回約1年半前に、同じくCSHLの学会（今回のそれとは開催場所は同じだが、ターゲットは異なる）に参加した際に口頭発表の人はもちろん、ポスター発表の人であってもそうしていることにいたく感銘し、次回は自分もそうするぞ、と決意したのであった。そして、今回。それを実践してみたわけである。ちなみに前回は直前にRefExの論文を苦難の末にpublishしており（こちらは査読付き）、それはなかったわけだが。

今回特筆したいのが、BioRxivのスピードである。 BioRxivには、アップロードされた論文がちゃんとした論文であるかというスクリーニングがある。そのスクリーニングをパスすると公開されるようになるわけだが、それにかかる時間は

Completion of article screening typically completes within 48 hours but may take longer over a weekend or holiday.

とされており、前回は2日弱かかったのだが、今回はなんとアップロードしてから19時間でスクリーニングを終えて公開された。より正確に受け取った電子メールの時刻を羅列すると、

date	time	action
2019/05/03	13:26	Manuscript received
2019/05/04	08:22	Manuscript screened
2019/05/04	08:46	Preprint has posted on bioRxiv

という具合である。無事、来週からの学会での掲示物に＆配り物に論文のDOIを含めることができた。

Hypoxia-inducible factors are not activated by isoflurane

2019-04-16T12:00:00+09:00

共同研究論文が PLOS ONE に掲載

関西医科大学広田喜一学長特命教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Cancerous phenotypes associated with hypoxia-inducible factors are not influenced by the volatile anesthetic isoflurane in renal cell carcinoma” が PLOS ONE に掲載された。全身麻酔で一般的に広く用いられている揮発性吸入麻酔薬「イソフルラン」が、通常の手術で使われる濃度と使用時間ではヒト腎臓がん由来の細胞株の、包括的ながん細胞としての性質には統計学的に有意な影響を与えないことを示した論文で、広田さんとの共同研究論文は3本目。

前々回の論文や前回の論文のときと同様、RNA-seqデータ解析は、次世代シークエンサーDRY解析教本に沿って。

first authorとcorresponding authorの方々が自分でやり方をDRY解析教本で勉強して、Figure7にあるような論文の図を作成するところまでやり遂げていただいた。 Figure8の散布図による発現値の可視化に関しては、新たに議論して作り出した産物である。

普段から私がよく言っているデータ解析する人を教育するカタチの理想的な形での共同研究。こういった形であれば、今後も共同研究は受け入れられるが、データを投げられて図や表を作って、みたいなカタチは今後も受け付けませんので、悪しからず。

Comparative analysis of seven types of superoxide dismutases for their ability to respond to oxidative stress in Bombyx mori

2019-02-19T10:00:00+09:00

活性酸素を除去する新型酵素を昆虫から発見

東京農工大学大学院農学研究院生物生産科学部門天竺桂弘子准教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Comparative analysis of seven types of superoxide dismutases for their ability to respond to oxidative stress in Bombyx mori” が Scientific Reports に掲載された。

活性酸素を除去する酵素を、カイコガ(Bombyx mori)とタバコスズメガ(Manduca sexta)でタンパク質ドメイン検索して候補を選定、それを生物（ナマモノ）で様々な条件で発現を調べたという研究。今回も主に、RNA-seqデータ解析とタンパク質ドメインの配列解析で共同研究に貢献した。もちろん、それらのデータは公共DB(Sequence Read Archive)に登録され、再利用可能なようになっている。今回のRNA-seqデータは、前回公開したRNA-seqデータの追加分なので、SRAのaccessionとしては別のID(DRA005878)が追加されているが、BioProjectIDとしては同じID(PRJDB4976)から辿れるようになっている。

今回は、単にウェブページでのお知らせだけでなく、東京農工大学ー国立遺伝学研究所ーライフサイエンス統合データベースセンターの共同プレスリリースとなった。

今のところ、ニュースとして取り上げてくれたところはないようだが。

Suppression of mitochondrial oxygen metabolism mediated by the transcription factor HIF-1 alleviates propofol-induced cell toxicity

2018-06-12T19:00:00+09:00

共同研究論文がScientific Reportsに掲載

関西医科大学広田喜一学長特命教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Suppression of mitochondrial oxygen metabolism mediated by the transcription factor HIF-1 alleviates propofol-induced cell toxicity” が Scientific Reports に掲載された。転写因子HIF-1によるミトコンドリアの酸素代謝の抑制がプロポフォールによって引き起こされる細胞毒性を緩和することを示した論文で、広田さんとの共同研究論文は2本目。

前回の論文のときと同様、RNA-seqデータ解析はその発現定量化などは、first authorの方が次世代シークエンサーDRY解析教本を元に自分でやり方を覚えてやってくれてて。とはいえ、自分でやってみて出てきた疑問点を中心にお答えする会を一度開いて教え込みましたが。

それ以外にもFigure6のGene set enrichment analysisなど、データ解析で貢献。あと、今回は配列データの登録も（前回はSRAからデータを検索してきて再利用しただけだったので登録はなかった）。これはSequence Read Archive(SRA, a.k.a. DRA)だけでなく、BioProjectとBioSampleにも同時に登録が必要で、何気に手間かもしれないが、DRAハンドブックを参照しながら、画面の指示に従ってやればちゃんとできるはず。ただ、実例を掲載するなど、利用者に対して配慮は必要だということは、自分でやってみた上で、さらに別件で学生さんと一緒にやってみての気づき。ぜひ、ご検討いただきたく。