ぼうのブログ - NGS_DAT

CancerDAT now on sale

2022-08-29T20:00:00+09:00

がんゲノムデータ解析本発売開始

目次も公開され、セミナー動画も公開された「がんゲノムデータ解析」。ついに本日2022年8月29日(月)から発売開始！

『がんゲノムデータ解析』が編集部に納品されました。
皆様のお手元に届くのも後数日です。#CancerDAT pic.twitter.com/x2o0G3Xyu0
— 厚志 (@atsushi_ngs) August 29, 2022

第1章がんのゲノム・オミックス解析を視野に入れた検体保存方法
- COLUMN 1　がんゲノム研究と倫理的・法的・社会的課題
第2章がんのターゲットリシークエンス―がんパネルシークエンスによる乳がん変異検出
- 再現・検証　とある検査技師のブラックボックスへの挑戦録
- 再現・検証　DRY解析初心者遺伝カウンセラーの挑戦
- 特別寄稿　遺伝カウンセラーが「がん患者」になるとき
- COLUMN 2　がんゲノムプロファイリング検査におけるエキスパートパネルの概要と課題
- COLUMN 3　がん遺伝子パネル検査の課題 ①医師の立場として　
- COLUMN 4　がん遺伝子パネル検査の課題 ②臨床検査会社として
第3章がんの融合遺伝子検出―RNAシークエンスによるがん融合遺伝子検出
- 再現・検証　Macか，Windowsか，それが問題だ
第4章がんのCNV検出―SNPアレイによる転移性肝がん，およびメラノーマのコピー数変異検出　
- 再現・検証　中年も，大志を抱け―Linuxを扱うべきか扱わないべきかそれが問題だ　
第5章がんのゲノム解析―ロングリードシークエンサーによる肺がんゲノム構造変異検出　
- 再現・検証　遺伝子解析？　それ美味しいの？　完全門外漢によるはじめての遺伝子解析　
- COLUMN 5　完全ヒトゲノム配列ががんゲノム解析にもたらす恩恵
第6章がんのGWAS―GWASによる乳がん感受性多型の検出
- 再現・検証　世界で一番スマートなGWAS体験をあなたへ
第7章がんのポリジェニックリスクスコア―ゲノムデータから乳がんリスクスコアを計算
- 再現・検証　Mac初心者にもできる！できると楽しい！PRSの再現・検証　
- COLUMN 6　がん環境要因の疫学研究と分子疫学
第8章　がんのエピゲノム解析―マイクロアレイによる腎がんエピゲノム変異検出
- 再現・検証　R（ほぼ）初心者，EWASに挑戦―驚愕!?メチル化データによる性別推定の有用性と謎
第9章　がんのcfDNA解析―リキッドバイオプシーによる大腸がん変異検出
- 再現・検証　「血の一滴」はどれだけ「重い」―cfDNAで読みとく運命の行方　
- COLUMN 7　がんワクチン臨床試験の統計学的課題

DRY解析教本同様に、各章ごとに再現者が割り当てられ、著者だけでなく、彼らと、あと編集の我らが再現を試みた。しかし、今回はできる限り(intel) Macで、という緩い制約での再現。 Linux上でしか再現できてないものもあれば、Apple silicon Macでも動くというプロトコールもあるので、ご注意のほど。

CancerDAT seminar movies

2022-08-26T15:00:00+09:00

がんゲノムデータ解析のセミナー動画

目次も公開された「がんゲノムデータ解析」はついに来週2022年8月29日(月)から発売開始となる。

それに先立って2022年7月2日に行われた「第2章がんのターゲットリシークエンシング」ハンズオンセミナーの動画が出版社のウェブページから公開された。セミナーの講師はいずれの当該章を執筆担当された先生方。

がんゲノム医療の検査（Wet）工程

講師：柳田絵美衣（慶應義塾大学病院臨床検査科ゲノム検査室）
【20:33】DANと書いてしまっていますが，DNAです。
がんゲノム医療の検査（Wet）工程『がんゲノムデータ解析』「第2章がんのターゲットリシークエンシング」ハンズオンセミナー

がん遺伝子パネル検査バイオインフォマティクス解析

講師：谷嶋成樹（三菱電機ソフトウエアバイオインフォマティクス部）
＊動画で紹介しているのは本書制作途中の校正刷です。最終的な内容は本書をご覧ください。

その1

その2

CancerDAT contents

2022-08-12T21:00:00+09:00

がんゲノムデータ解析本の中身

Amazonにも登場した「がんゲノムデータ解析」であるが、目次等はまだ公式には出てない。しかし、実は以下のtweetにある「電子チラシ」にそのコンテンツが載っている。

本日の日本人類遺伝学会大会のシンポジウムで初お披露目しましたが、来年３月にがんゲノム解析に特化した教科書を発刊予定です。長鎖シークエンサー解析やポリジェニックリスクモデル構築もあります。
表紙は僕の希望で @nagatarj 先生に作成いただきました。
誠意制作中です。半年ほどお待ち下さい。 pic.twitter.com/BWsR4lFyHZ
— 厚志 (@atsushi_ngs) October 16, 2021

以下にテキストでも記しておく。

がんのゲノム・オミックス解析を視野に入れた検体保存方法
がんのターゲットリシークエンシング
がんの融合遺伝子検出
がんのCNV検出
がんのゲノム解析
がんのGWAS
がんのポリジェニックリスクスコア
がんのエピゲノム解析
がんのcfDNA解析

（2022年8月19日追記）出版社のウェブページに目次が掲載されました。インデントなどを施したバージョンをこちらにも転記しておきます。

第1章がんのゲノム・オミックス解析を視野に入れた検体保存方法
- COLUMN 1　がんゲノム研究と倫理的・法的・社会的課題
第2章がんのターゲットリシークエンス―がんパネルシークエンスによる乳がん変異検出
- 再現・検証　とある検査技師のブラックボックスへの挑戦録
- 再現・検証　DRY解析初心者遺伝カウンセラーの挑戦
- 特別寄稿　遺伝カウンセラーが「がん患者」になるとき
- COLUMN 2　がんゲノムプロファイリング検査におけるエキスパートパネルの概要と課題
- COLUMN 3　がん遺伝子パネル検査の課題 ①医師の立場として　
- COLUMN 4　がん遺伝子パネル検査の課題 ②臨床検査会社として
第3章がんの融合遺伝子検出―RNAシークエンスによるがん融合遺伝子検出
- 再現・検証　Macか，Windowsか，それが問題だ
第4章がんのCNV検出―SNPアレイによる転移性肝がん，およびメラノーマのコピー数変異検出　
- 再現・検証　中年も，大志を抱け―Linuxを扱うべきか扱わないべきかそれが問題だ　
第5章がんのゲノム解析―ロングリードシークエンサーによる肺がんゲノム構造変異検出　
- 再現・検証　遺伝子解析？　それ美味しいの？　完全門外漢によるはじめての遺伝子解析　
- COLUMN 5　完全ヒトゲノム配列ががんゲノム解析にもたらす恩恵
第6章がんのGWAS―GWASによる乳がん感受性多型の検出
- 再現・検証　世界で一番スマートなGWAS体験をあなたへ
第7章がんのポリジェニックリスクスコア―ゲノムデータから乳がんリスクスコアを計算
- 再現・検証　Mac初心者にもできる！できると楽しい！PRSの再現・検証　
- COLUMN 6　がん環境要因の疫学研究と分子疫学
第8章　がんのエピゲノム解析―マイクロアレイによる腎がんエピゲノム変異検出
- 再現・検証　R（ほぼ）初心者，EWASに挑戦―驚愕!?メチル化データによる性別推定の有用性と謎
第9章　がんのcfDNA解析―リキッドバイオプシーによる大腸がん変異検出
- 再現・検証　「血の一滴」はどれだけ「重い」―cfDNAで読みとく運命の行方　
- COLUMN 7　がんワクチン臨床試験の統計学的課題

CancerDAT dispatch

2022-07-30T21:00:00+09:00

がんゲノムデータ解析本第一報

昨年2021年より清水厚志さんが中心となって企画してきた「がんゲノムデータ解析」が2022年8月末に発売開始されることが決まった。

今後、出版社のページに順次情報が出るかと。

すでにAmazonにも出ていたので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも書いておく。なお、この本のtwitterのハッシュタグは #CancerDAT この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。

「がんゲノムデータ解析」本、ついにAmazonに出たようです https://t.co/wO4ESYWIbI https://t.co/VhzmERR9Pz pic.twitter.com/6a00YAz8Ex
— 崖っぷちのボニョ a.k.a. 大学院でバイオインフォマティクスを教えるニンキありなトクニンティヌス (@bonohu) July 30, 2022

経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。

CommonWL for practical use 1

2019-12-19T21:30:00+09:00

作成したCWL ツール・ワークフローを実際に動かしてみた（その1）

次世代シークエンサーDRY解析教本改訂第2版（以下、DRY解析教本2）の目次が出版社のページから公開された。その目次を見ての通り、Level1（準備編）、Level2（実践編）、Level3（応用編）の三編構成で、第1版と大きな構成に変化はない。大きくは、Level2にメタゲノム解析、アッセンブル解析が加わって、Level3が総取っ替えされたといえば適切だろうか。ちなみに、この本のtwitterのハッシュタグは #NGS_DAT で、この本に関わるtweetは、このハッシュタグを付けて是非。

しかしながら、大きな変更点が実はそれ以外にある。 Common Workflow Language (CWL)の追加だ。 Level2の一番最後(p331-338)に付録「CWLがあれば、DRY解析はもう怖くない」がある。 CWLについて日本語でコンパクトに解説してくれて、非常に有用である。しかし、実はすごいのはここだけでない。 Level2で紹介した全てのワークフローが、CWLで書かれたWorkflowとしてこの記事のサポートサイトで公開されている。つまり、ここにあるCWLをgit cloneしてきて自分にとって必要なように書き換えさえすれば、CWLを使ったNGSデータ解析が割と手間が少なくできる。

残念ながら、HISAT2-Stringtieによるワークフローは、DRY解析教本2には収録されなかった。そこで、このワークフローをCWLで記述して実際に動かすことを目標として、2019年12月16日(月)に行われた23rd Workflow Meetupにて、自分の課題として取り組んだ。 Meetup当日のlive codingに関しては別に書かれている（「実際に、指先一つで立ち上げる CWL ツール・ワークフロー作成環境を試してみた」）ので、そちらを参照。このエントリは、その後の顛末を。

まず、live codingで書いてもらったのはHISAT2のmappingの部分からなので、その前のindexを作成する必要がある。もっともメジャーな生物だとすでにindexを直接ダウンロードできたりするが、いつもそうであるとは限らない。 FASTA形式のゲノム配列ファイルをゲットしてそれに対してindexを作成する。幸い、pitagora-networkプロジェクトでHISAT2のCWLを作成し公開してくれているので、それをgit cloneしてありがたく利用させていただく。

#!/bin/bash
git clone https://github.com/pitagora-network/pitagora-cwl
cwltool pitagora-cwl/tools/hisat2/index/hisat2_index.cwl \
--index_basename org1 --reference_fasta organism1.fa

無事、indexができたので、先日のlive codingで作成していただいたrepoをgit cloneしてくる。そして、それをつかってHISAT2のmappingを実行する。

#!/bin/bash
git clone https://github.com/tom-tan/cwl-live-coding-2019-12-16
cwltool cwl-live-coding-2019-12-16/cwl/hisat2-stringtie_wf_se.cwl \
--annotation organism1.gtf --fastq fibroblast.fq.gz \
--hisat2_idx_basedir . --hisat2_idx_basename org1 --nthreads 6

実行中に、Samtools view が並列化されていないことに気が付いたので、pitagora-cwl/tools/samtools/sam2bam/samtools_sam2bam.cwlを以下のように改変して並列化可能なように。

cwlVersion: v1.0
class: CommandLineTool

hints:
  DockerRequirement:
    dockerPull: quay.io/biocontainers/samtools:1.9--h46bd0b3_0

baseCommand: ["samtools", "view", "-b"]

arguments:
  - prefix: -o
    valueFrom: $(runtime.outdir)/$(inputs.output_filename)

inputs:
  output_filename:
    label: "Filename to write output to"
    doc: "Filename to write output to"
    type: string
    default: out.bam
  nthreads:
    type: int
    default: 1
    inputBinding:
      prefix: -@
  input_sam:
    label: "SAM format input file"
    doc: "SAM format input file"
    type: File
    inputBinding:
      position: 50

outputs:
  bamfile:
    type: File
    outputBinding:
      glob: $(inputs.output_filename)

$namespaces:
  s: https://schema.org/
  edam: http://edamontology.org/

s:license: https://spdx.org/licenses/Apache-2.0
s:codeRepository: https://github.com/pitagora-network/pitagora-cwl
s:author:
  - class: s:Person
    s:identifier: https://orcid.org/0000-0003-3777-5945
    s:email: mailto:inutano@gmail.com
    s:name: Tazro Ohta

$schemas:
  - https://schema.org/docs/schema_org_rdfa.html
  - http://edamontology.org/EDAM_1.18.owl

その上で、cwl-live-coding-2019-12-16/cwl/hisat2-stringtie_wf_se.cwlのsamtools_sam2bamの部分をローカルなCWLを参照するように、

  samtools_sam2bam:
    run: samtools_sam2bam.cwl

に書き換えて実行すると、sam2bam(samtools view)も並列で動くようになった。

これを使っていくつかのFASTQに対して実行し、複数のGTFを作成することができた。そこで調子に乗って、stringtie mergeでそれらのGTFを束ねるプログラムもCWLで、ともう一つ作成してもらったCWLを動かそうとした。しかし、

#!/bin/bash
cwltool cwl-live-coding-2019-12-16/cwl/stringtie-merge.cwl \
--nthreads 6 --guide organism1.gtf --o_name merged.gtf \
--mergelist_txt mergelist.txt

とすると Error: cannot find file 'Brain.gtf' and /var/lib/cwl/stg4116466b-c5a7-4b66-8aac-76fe5a0ef6d1/mergelist.txt does not look like GFF! というエラーとなった。どうも、テキストファイルの中に書いたファイルというのがうまくCWL内から見られていないようで。今日のところはここで力尽きました（その2に続く）。

NGS_DAT2 for sale

2019-12-14T00:00:00+09:00

次世代シークエンサーDRY解析教本改訂第2版正式発売開始

福岡であった第42回日本分子生物学会年会(2019/12/3-6)ですでに先行発売されていたが、2019年12月14日に正式に発売開始。

Amazonからも出荷が開始された模様。しかし、すぐに在庫切れになっている。それに伴ってひょっとすると出荷プロセスが止まっている？

今回も多数の生命科学研究者に多忙な中御助力願い、自作のプログラムを解説し、それらを再利用可能な形で公開してくれたことに大変感謝しております。ありがとうございました！

この本のtwitterのハッシュタグは #NGS_DAT で、この本に関わるtweetは、このハッシュタグを付けて是非よろしくお願いします。

NGS_DAT2 dispatch

2019-11-06T21:00:00+09:00

次世代シークエンサーDRY解析教本改訂第2版第一報

言わずと知れた「次世代シークエンサー DRY解析教本」であるが、2015年9月の出版で色々と古くなっていた点も多く。特にRNAseqのTopHat→Cufflinksによるデータ解析など、使われなくなっている現状。

そこで、前回の監修者の清水厚志さんと共に、2018年の夏から改訂を進めてきた。 Level2実践編、Level3共に執筆者を総入れ替え、改訂第2版とはいえ、ほぼ別の本となった。

Amazonに出てしまったので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも記しておく。なお、この本のtwitterのハッシュタグは #NGS_DAT この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。

今回も多くの生命科学研究者に御助力願った。お忙しい中、自作のプログラムを解説し、それらを再利用可能な形で公開してくれたことに感謝したい。ありがとうございました！

経験上、Amazonでの購入の場合、早く手に入れたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。

「次世代シークエンサーDRY解析教本」2刷

2016-08-25T08:00:10+00:00

DRY解析教本ですが、2015年の10月に出版されて早10ヶ月。その間、「細胞工学」の発刊が最終号を迎えるなどいろいろありましたが、初刷の在庫が無くなってきたとのことで、2刷の連絡が少し前に。

その2刷が出回り始めた模様。大きな内容の差し替えはないものの、正誤表は反映されているはず。今後も間違いがあれば是非お知らせを。#NGS_DATハッシュタグを付けてtwitterでつぶやいてもらうのが一番簡単かと。

統合データベース講習会AJACSa三島2やりました

2016-02-29T02:09:38+00:00

中上級向けの統合データベース講習会AJACSadvanced(AJACSa)の第二弾として、2016年2月25日と26日の両日、国立遺伝学研究所内のDBCLS三島の講習スペースにてAJACSa三島2を実施しました。参加者は13人で、ほとんどが遺伝研のなかのひとかその関係者、近隣の製薬会社の研究員でした。今回、次世代シークエンサーDRY解析教本を教科書としてはじめての講習会ということで、想定外のことがいろいろ起きました。

まず、Homebrew でいろいろインストールしているとGithubにアクセスできなくなり、結果としてbrewコマンドがコケるという事態に。出口となるところが一箇所だったためか、ということで別のWiFiアクセスポイントや有線LAN、果てはPocketWiFi等も利用して乗り切りました。出来る限り、あらかじめインストールしてきてもらうとか対処が必要のようです。

また、FASTQ形式のファイルのダウンロードは、すぐ近く(というか所内)にDDBJのサーバーがあるからそこからダウンロードすればいいと思っていましたが、これもサイズがデカすぎる(圧縮されていても数Gbyteオーダー)ため、みんなでアクセスすると非常にダウンロード速度が落ちるなど。これに関してはDRY解析教本の専用サイトに置いたデータをダウンロードする際も同様でした。講習会時には、独自にlocalにサーバーを立てるとかの対処が必要のようです。

1日目の意見交流会ならびにデータ解析よろず相談に多くの方が残ってくださり、貴重な御意見をいただけるとともに所内の方と交流する機会が持てたことは大変良かったと思います。是非今後も続けてやりたいと思います。

統合データベース講習会AJACSa三島2やります

2016-02-23T07:18:49+00:00

すでにDBCLSのニュースでもアナウンスしておりますが、2016年2月25日と26日の両日、国立遺伝学研究所内になるライフサイエンス統合データベースセンターにて、統合データベース講習会AJACSadvanced(AJACSa)三島2として、中上級向けのadvancedな内容の講習会を行います。開催案内にある通り、自らのMacを持ち込んでもらって、2015年10月に出版された「次世代シークエンサーDRY解析教本」を教科書として、その「Level2 ②発現解析」のセクションを参加者の皆様とともに実践するという試みです。 NGSハンズオン講習会として今年度もNBDCでも講習は行われていますが、前述のテキストも出版されたし、MacによるNGS発現解析(RNA-seq)に特化したデータ解析の講習をやってみようということで。基本テキストである「DRY解析教本」にすべて書かれていますが、そこない補足の部分は統合データベース講習会AJACSでも使っているgithubにアップしていきます。

「次世代シークエンサー Dry解析教本」正誤表

2015-12-18T01:00:48+00:00

印刷物には誤表示等はつきものですが。Dry解析教本にもそれが見つかってまいりました。とくにUNIXのコマンドに間違いがあるものは問題ですが、そのタイプのものも見つかってきたのでこちらでも。公式な正誤表は本の公式なウェブサイトの本の表紙のイメージの下に「正誤表」と書かれたところからリンクしていますので、ご利用下さい。

ただ、こちらの「正誤表」に掲載されるまえの著者や読者から寄せられた最新の情報は、主にtwitter上で情報がやりとりされています。twitterのハッシュタグ#NGS_DATにある情報も併せてご利用下さい。

(2016年8月25日追記) 次世代シークエンサーDRY解析教本2刷が出回り始めました。この2刷には、これらの誤表示の多くが訂正されております。

細胞工学別冊「次世代シークエンサー Dry解析教本」

2015-10-07T22:21:23+00:00

いよいよ出版されます。本日、2015年10月8日からの第74回日本癌学会学術総会@名古屋国際会議場にて先行発売されます。私自身、今年も癌学会学術総会に出席しており、先行発売の状況をその場で確認できるのは大変楽しみです。なお、正式な発売日は来週2015年10月15日です。

内容に関しては、目次が出版社のこの本のウェブサイトで確認できますので、そちらをご覧下さい。この本誕生秘話は「はじめに」に詳しくかかれているのでそちらに譲るとして、私の個人的なこの本に対する思い入れについてここに書き記しておこうと思います。 DBCLSに移った2007年から、生命科学分野のDBやウェブツールに関する動画チュートリアルを統合TVとして作成、維持管理に8年間やってきました。統合TVの動画チュートリアルは初心者向けで(講義を収録した統合TVはそれこそ超マニアックなものもありますけど…)、中上級者向けのコンテンツを、という御意見もあり、実際のデータ解析のtips的なものをこのブログの「2010年代のバイオインフォマティクス」というカテゴリーで書き溜めてきました。中上級者ならそういったサイトをインターネット上に置いておけば勝手に見つけてくれるだろうと言うハラもあり、とくに宣伝していませんが。それもある程度溜まってきたのと、NGSデータ解析に関してある程度いろいろ出尽くしてきた感もあり、私なりのNGSデータ解析のまとめ的なコンテンツを「次世代シークエンサーにより得られたデータの解析」と題して領域融合レビューに書かせてもらいました。さらに突っ込んで学んでもらうには、オンラインだけでは到達しない読者層もあり、やはり成書が必要だろうという声も多く、それに自分自身も賛同するところがあったので、今回の本の企画の話に乗っからせてもらいました。 Level1の「Macの買い方」と「データベースの選び方」を執筆した他、分担監修者として主にLevel3を担当し、著者たちが書いてきた「コード」がちゃんと動くかどうか、チェックする係を担当しました。でも、この本のメインはLevel2です。RNA-seq, Exome, ChIP-seq, WGBSの解析プロトコールが母国語で、しかも実際にそれを様々なバックグラウンドの人がやってみたレポート付きです。DRY研究ならでは、の企画ですが…正直とても大変だったことを白状しておきます。それはそこを担当された監修者が、いつかきっと何らかの形で語ってくれることでしょう…。

細胞工学別冊「次世代シークエンサー Dry解析超入門(仮)」

2015-06-21T06:59:19+00:00

しばらくご無沙汰になっていまいました。ネタはたまっているのですが、なかなか公開qualityに達せず。前エントリで、「薄い本」パートの概念的なまとめの領域融合レビューへの掲載をお知らせしましたが、その後に続く「データ解析プロトコル」パートの本の出版(予定)のお知らせをいたします。出版は2015年の秋なので概要しか公開されていませんが、私の構想通り、NGSな「データ解析プロトコル」となる本です。乞うご期待!