https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/2026-08-02T13:00:00+09:002026-08-02T13:00:00+09:002026-08-02T13:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2026-08-02:/blog/bonohu-blog-reloaded.html

<h1>ぼうのブログ復活！</h1> <p>ブログの更新ができなくなってしまっていたのはコンテンツがないのではなくて、</p> <blockquote> <p>UnserializableContentError: Control characters are not supported …</p></blockquote>

<h1>ぼうのブログ復活！</h1> <p>ブログの更新ができなくなってしまっていたのはコンテンツがないのではなくて、</p> <blockquote> <p>UnserializableContentError: Control characters are not supported in XML 1.0 </p> </blockquote> <p>というエラーが出てmarkdownをHTMLに変換するのがこけていたから、であった。 geminiに訊いてみると「XML 1.0 の規格で許可されていない制御文字（非表示の特殊コードなど）がデータ内に含まれている際に発生するエラー」ということで、これを解決すべく、以下のようなコードでどんな文字が入っているのか、調べてみた。</p> <div class="highlight"><pre><span></span><code>for f in * perl -ne &#39; print $_ if (/[\x00-\x08\x0B\x0C\x0E-\x1F\x7F]/);&#39; $f </code></pre></div> <p>すると、<code>^H</code>が2つのファイルに複数箇所入っているのがわかり、それらを消してやることで変換がちゃんとできるようになった。 以前はうまくいってたのはこれらのコードが無視されていたからなんだろうか？</p> <p>そういうわけでぼうのブログを研究室のウェブサイト以下に復活させた。 再び情報発信に取り組んでいきたいと思います、よろしくお願いします。</p>2025-12-30T10:00:00+09:002025-12-30T10:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2025-12-30:/blog/nights-in-hotels-2025.html

<h1>2025年出張外泊数</h1> <p>すっかりブログの更新ができなくなってしまっているが、これだけは記録したい。</p> <p>毎年恒例の出張外泊数だが、年内 …</p>

<h1>2025年出張外泊数</h1> <p>すっかりブログの更新ができなくなってしまっているが、これだけは記録したい。</p> <p>毎年恒例の出張外泊数だが、年内の出張がすべて終わって数が確定、2025年は46泊となった。 2021年は11泊、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/nights-in-hotels-2022.html">2022年は22泊</a>、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/nights-in-hotels-2023.html">2023年は42泊</a>と倍増してきた。 しかしながら、昨年<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/nights-in-hotels-2024.html">2024年は41泊</a>で、今回の46泊とこの3年ほぼ横ばいとなり、現職の体制ではこれぐらいが上限なのかなと。 つまり、前職時代のほぼ半分ぐらいということだろうか。</p> <p>来年2026年は学科長も1年限りで辞めることになり、今後はまた増えるのではないかと予想している。</p>2025-07-31T23:59:00+09:002025-07-31T23:59:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2025-07-31:/blog/july2025.html

<h1>2025年7月を振り返って</h1> <p>学部講義を担当する第2タームの後半戦の7月。 基本週2回で、祝日の振替で3回授業がある週が出てきたり。 しかもその週はオムニバス講義の担当もちょうどあって、0.5コマ分ではあったが週4回 …</p>

<h1>2025年7月を振り返って</h1> <p>学部講義を担当する第2タームの後半戦の7月。 基本週2回で、祝日の振替で3回授業がある週が出てきたり。 しかもその週はオムニバス講義の担当もちょうどあって、0.5コマ分ではあったが週4回、しかも同じ学年に講義することに。 さすがにその週末は疲れMAXで熱を出して寝込んでしまうぐらいになったが、一晩で回復。 やはり、まるっきり初めての講義シリーズを一人でやるのは至難の業である。。</p> <p>そんな状況だったので、さすがにこの7月は久しぶりに出張なしの月となった。 が、院試関係の色々があったり、ブンセイの演題締切が月末ということで色々と慌ただしく。</p> <p>そして、今月出版された査読済み原著論文は2本。</p> <blockquote> <p>Meta-Analysis of Wild Relatives and Domesticated Species of Rice, Tomato, and Soybean Using Publicly Available Transcriptome Data (<a href="https://doi.org/10.3390/life15071088">DOI: <code>10.3390/life15071088</code></a>) <br /> The metabolic ability of swallowtails results in the production of bioactive substances from plant components (<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pone.0321438">DOI: <code>10.1371/journal.pone.0321438</code></a>) </p> </blockquote> <p>これで2025年の査読済み論文は10本到達。 そして、in revision + submitted 3本という状況。 出すべき論文も今月で複数増えた感じ。 今年度の山場の担当講義シリーズも終わったので、出せてない論文の投稿に向けてさらに頑張っていきたい。</p>2025-06-30T23:59:00+09:002025-06-30T23:59:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2025-06-30:/blog/june2025.html

<h1>2025年6月を振り返って</h1> <p>学部の学科長仕事もちらほらある中、学部講義を担当する第2タームが始まった6月。 これまでの1,2回の担当でなく、15回でしかも週2回。 それがほぼ半分終わったところ …</p>

<h1>2025年6月を振り返って</h1> <p>学部の学科長仕事もちらほらある中、学部講義を担当する第2タームが始まった6月。 これまでの1,2回の担当でなく、15回でしかも週2回。 それがほぼ半分終わったところであるが、初めての講義をこのペースはなかなかにキツい。</p> <p>そんな状況であっても、共同研究打ち合わせや日本ゲノム編集学会大会とその足でバイオDX拠点にかかわる出張に。 自分の古巣でインターンしている大学院生の状況を見にも行けたし、M1の学生が学会発表デビューするところもこの目で見届けることができた。</p> <p>そして、今月出版された査読済み原著論文は2本。</p> <blockquote> <p>Comprehensive expression data for two honey bee species, <em>Apis mellifera</em> and <em>Apis cerana japonica</em>. (<a href="https://doi.org/10.1038/s41597-025-05279-z">DOI: <code>10.1038/s41597-025-05279-z</code></a>) <br /> Extraction of biological terms using large language models enhances the usability of metadata in the BioSample database (<a href="https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf070">DOI: <code>10.1093/gigascience/giaf070</code></a>) </p> </blockquote> <p>また、プレプリントも1本uploaded。</p> <blockquote> <p>Meta-Analysis of Wild Relatives and Domesticated Species of Rice, Tomato, and Soybean Using Publicly Available Transcriptome Data (<a href="https://doi.org/10.1101/2025.06.01.656526">DOI: <code>10.1101/2025.06.01.656526</code></a>) </p> </blockquote> <p>これで2025年の査読済み論文は8本で、さらにacceptedが2本。 そして、submitted 5本という状況。 夏本番に向けてさらに頑張っていこう。</p>2025-04-30T23:59:00+09:002025-04-30T23:59:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2025-04-30:/blog/april2025.html

<h1>2025年4月を振り返って</h1> <p>bonohulabを始めて、6年目に突入。 学部の学科長になってしまったため、そっち系の仕事がどんどん「降ってくる」感じで、 新入生ガイダンスやオリ …</p>

<h1>2025年4月を振り返って</h1> <p>bonohulabを始めて、6年目に突入。 学部の学科長になってしまったため、そっち系の仕事がどんどん「降ってくる」感じで、 新入生ガイダンスやオリエンテーション、大学教育入門の1回目の講義のほか、それ以外もメールで山のように。 半期の区切りでやっている個別面談も一通り。</p> <p>そんな状況なので出張もわずかに1回。 その1回は、5年ぶりに古巣のあった遺伝研へ。</p> <p>しかし、徒歩通勤を楽しむために運動靴を新調したりで、出張のない時もウォーキングする気がおきるように仕掛けたなど。</p> <p>今月出版された査読済み原著論文は3本。</p> <blockquote> <p>Recent Advances in Genome Editing and Bioinformatics: Addressing Challenges in Genome Editing Implementation and Genome Sequencing (<a href="https://doi.org/10.3390/ijms26073442">DOI: <code>10.3390/ijms26073442</code></a>) <br /> Optimization of Mapping Tools and Investigation of Ribosomal RNA Influence for Data-Driven Gene Expression Analysis in Complex Microbiomes (<a href="https://www.mdpi.com/3286472">DOI: <code>10.3390/microorganisms13050995</code></a>) <br /> PtWAVE: a high-sensitive deconvolution software of sequencing trace for the detection of large indels in genome editing (<a href="https://doi.org/10.1186/s12859-025-06139-8">DOI: <code>10.1186/s12859-025-06139-8</code></a>) </p> </blockquote> <p>これで2025年6本に。 そして、submitted 4本、in revision 3本。</p>2025-03-31T23:59:00+09:002025-03-31T23:59:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2025-03-31:/blog/march2025.html

<h1>2025年3月を振り返って</h1> <p>無事、東広島移住丸5年も迎えた。</p> <p>3日に阪大で大学院生の頃からお世話になってきた松田秀雄先生の定年記念講演に。 関東方面での打ち合わせ1回と学会年会での講演1回、と出張が復活した3月であった。 月末29日には、一般社団法人バイオDX推進機構主催の<a href="https://www.biodx.org/post/2025-04-04">「バイオDXの世界 ゲ …</a></p>

<h1>2025年3月を振り返って</h1> <p>無事、東広島移住丸5年も迎えた。</p> <p>3日に阪大で大学院生の頃からお世話になってきた松田秀雄先生の定年記念講演に。 関東方面での打ち合わせ1回と学会年会での講演1回、と出張が復活した3月であった。 月末29日には、一般社団法人バイオDX推進機構主催の<a href="https://www.biodx.org/post/2025-04-04">「バイオDXの世界 ゲノム解析を学び、実践に生かす」で講演</a>も。</p> <p>今月出版された原著論文は1本。</p> <blockquote> <p>Pipeline to explore information on genome editing using large language models and genome editing meta-database (<a href="https://doi.org/10.1093/database/baaf022">DOI: <code>10.1093/database/baaf022</code></a>) </p> </blockquote> <p>学位取得して修了される前にpublished。 <a href="https://www.hiroshima-u.ac.jp/news/89175">「大規模言語モデル(LLM)をゲノム編集メタデータベース(GEM)に活用することで、情報が高精度に取得可能に！」</a>という題でプレスリリースも出した。 2025年3本目となった。</p> <p>さらに、先月来、ない時間を絞り出して書いてきた英文総説を2日に脱稿。 2週間後に戻ってきてMajor revisionに頭を悩まし、時間がやはり取れずに期限も延長してもらった末、月末に再投稿。</p>2025-02-28T23:59:00+09:002025-02-28T23:59:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2025-02-28:/blog/feburary2025.html

<h1>2025年2月を振り返って</h1> <p>初めての学部学生による卒論発表会を迎え、学務の色々は一段落。 また、学生主体によるハッカソンのBioDXthonが月末に開催された。</p> <p>今月出版された原著 …</p>

<h1>2025年2月を振り返って</h1> <p>初めての学部学生による卒論発表会を迎え、学務の色々は一段落。 また、学生主体によるハッカソンのBioDXthonが月末に開催された。</p> <p>今月出版された原著論文は2本。</p> <blockquote> <p><em>CYP6B</em> Subtype Expression Fluctuates in the Great Mormon, <em>Papilio memnon</em>, with Changes in the Components of the Host Plants (<a href="https://doi.org/10.3390/insects16020159">DOI: <code>10.3390/insects16020159</code></a>) <br /> Risk Prediction of RNA Off-Targets of CRISPR Base Editors in Tissue-Specific Transcriptomes Using Language Models (<a href="https://www.mdpi.com/3186846">DOI: <code>10.3390/ijms26041723</code></a>) </p> </blockquote> <p>後者は先月公開した、<a href="https://2023.biohackathon.org">DBCLS BioHackathon 2023</a>がきっかけで始まった共同研究のそれ。 空き時間と週末は英文総説書きに勤しんだ2月であった。</p>2025-01-31T23:59:00+09:002025-01-31T23:59:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2025-01-31:/blog/january2025.html

<h1>2025年1月を振り返って</h1> <p>今月は、去年ほどではなかったものの（年末の）航空機事故に始まり、月末もそれに終わった感じ。 さすがに学部4年生、修士 …</p>

<h1>2025年1月を振り返って</h1> <p>今月は、去年ほどではなかったものの（年末の）航空機事故に始まり、月末もそれに終わった感じ。 さすがに学部4年生、修士課程2年生、博士学位申請者がそれぞれ2人いたため、今年は厳しいと判断してPAGには行かずに、ひたすら学務に。 それに加えて、学科の仕事も色々とたくさんあって、本当、学務に尽きる2025年1月だった。 結果として予想どおりずっと多忙な1ヶ月で、とくに最後の2日は両日博士学位論文公聴会で終わった。</p> <p>今月出版された原著論文はなく、submittedが6本とin revisionが1本を来月に持ち越し。 bioRxivに2本アップ。</p> <blockquote> <p>Risk Prediction of RNA Off-Targets of CRISPR Base Editors in Tissue-Specific Transcriptomes Using Language Models (<a href="https://doi.org/10.1101/2025.01.19.633823">DOI: <code>10.1101/2025.01.19.633823</code></a>)<br /> Data-driven workflow for comprehensive gene expression analysis in complex microbiomes (<a href="https://doi.org/10.1101/2025.01.17.632662">DOI: <code>10.1101/2025.01.17.632662</code></a>)</p> </blockquote> <p>前者は<a href="https://2023.biohackathon.org">DBCLS BioHackathon 2023</a>がきっかけで始まった共同研究の成果で、こういうネットワークは今後も大事にしてきたい。</p>2025-01-29T16:00:00+09:002025-01-29T16:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2025-01-29:/blog/fasta36-on-apple-silicon-mac.html

<h1>Apple silicon macでのFASTA36</h1> <p>Homebrewでうまくできないようなので、調査。 普通にソースをcloneしてきて、Makefileを指定したら問題なくビルドできる模様。</p> <div class="highlight"><pre><span></span><code>git clone https://github.com/wrpearson/fasta36 cd fasta36/src make -f ../make/Makefile.os_x_arm64 </code></pre></div> <p>バイナリは <code>bin/</code>以下にできてるのがちょっとき …</p>

<h1>Apple silicon macでのFASTA36</h1> <p>Homebrewでうまくできないようなので、調査。 普通にソースをcloneしてきて、Makefileを指定したら問題なくビルドできる模様。</p> <div class="highlight"><pre><span></span><code>git clone https://github.com/wrpearson/fasta36 cd fasta36/src make -f ../make/Makefile.os_x_arm64 </code></pre></div> <p>バイナリは <code>bin/</code>以下にできてるのがちょっときづかないかも。</p>2025-01-01T09:00:00+09:002025-01-01T09:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2025-01-01:/blog/plan-2025.html

<h1>2025年の計</h1> <p>明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。</p> <p>「一年の計は元旦にあり」。今年も一年の計、「2025年の計」を。</p> <ol> <li>研究 …</li></ol>

<h1>2025年の計</h1> <p>明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。</p> <p>「一年の計は元旦にあり」。今年も一年の計、「2025年の計」を。</p> <ol> <li>研究が自律的に進展するよう、ラボ教育体制を強化する</li> <li>研究内容をより広く知ってもらえるよう、執筆・講演などのアウトリーチ活動に注力する</li> <li>公私ともに充実した生活を送れるよう、健康に気をつける</li> </ol>2024-12-31T15:00:00+09:002024-12-31T15:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-12-31:/blog/review-2024.html

<h1>2024年を振り返って</h1> <p>今年2024年はラボを主宰し始めてから5年目。 プロジェクト雇いの年更新から大学本体から雇われる定年制となって学部教育に関わるようになって2年目で …</p>

<h1>2024年を振り返って</h1> <p>今年2024年はラボを主宰し始めてから5年目。 プロジェクト雇いの年更新から大学本体から雇われる定年制となって学部教育に関わるようになって2年目で、その初年だった<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/review-2023.html">去年(2023年)</a>からさらにその影響がラボにも。</p> <p>まずは、学部3年生が今年も配属され、若者が多くラボに出入りするようになり、にぎやかに。 そして、学部の授業の担当も増え、学部1年生向けのオムニバス講義の分担のほか、学部2年生後期の実習の一部も担当もするように。 さらに、定年制教員になって半年で副学科長（学部の教務委員で学科の教務委員長）となり、学部の教務関係に携わるように。 月1回の学部の代議員会にも出ることになって、メインキャンパスの方に行く機会が激増した。</p> <p>大学院の方もついに修士課程から入った生え抜き第一号の学生が博士学位を申請することとなった。</p> <p>去年は少なめだった査読済み論文出版数は今年は元に戻った。 2024年に出版された論文は査読付きが10本（昨年5本）。 昨年は3本だったcorresponding authorの査読論文済み論文が7本に。 その一方で、年越し査読中論文が5本。</p> <p>また、出版された書籍は3冊。</p> <ol> <li><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/togotv18-2nd-dispatch.html">生命科学研究のためのデジタルツール入門 第2版</a> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">前作が好評を得たということでありがたいことに第2版のお声がけをいただきました🙌生命科学データの基礎的な「読み・書き・そろばん」スキルを身につけるための入門書です📖<br><br>生命科学研究のためのデジタルツール入門 第2版 - 結果に差がつく使いこなし術<a href="https://t.co/D7SkOQH0aq">https://t.co/D7SkOQH0aq</a><br>2024/6/21発行予定 <a href="https://t.co/i5izHDIMLg">https://t.co/i5izHDIMLg</a></p>&mdash; 小野 浩雅 ONO, Hiromasa (@h_ono) <a href="https://twitter.com/h_ono/status/1785608682451124622?ref_src=twsrc%5Etfw">May 1, 2024</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script></li> <li><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/genomeseq20-writing-progress-curve.html">Dr. Bonoのゲノム解読</a> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">241111 坊農によるゲノム生物学の教科書「Dr.Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今」がメディカル・サイエンス・インターナショナルから2024年11月末に発刊されます <a href="https://t.co/vKOh6sRePm">https://t.co/vKOh6sRePm</a> <a href="https://twitter.com/hashtag/bonohulab?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#bonohulab</a> <a href="https://t.co/ijtEzSRsHh">pic.twitter.com/ijtEzSRsHh</a></p>&mdash; 広大理・生物科学・院統合生命 ゲノム情報科学 / ゲノム編集イノベーションセンター バイオDX研究室 (@bonohulab) <a href="https://twitter.com/bonohulab/status/1855926990173610423?ref_src=twsrc%5Etfw">November 11, 2024</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script></li> <li><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/derugene300.html">論文に出る遺伝子 デルジーン300</a> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">241112 坊農が編集した<br>「論文に出る遺伝子 デルジーン300 PubMed論文の登場回数順にヒト遺伝子のエッセンスを一望」<br>が羊土社から2024年12月頭に発刊。<br>坊農のほか、大学院生の鈴木さん、米澤さんと烏野さん、研究員の野津さんと小野さん、OGの小野さんが執筆 <a href="https://twitter.com/hashtag/bonohulab?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#bonohulab</a> <a href="https://t.co/zVsprMAzCF">https://t.co/zVsprMAzCF</a> <a href="https://t.co/w5I0rR3fXA">pic.twitter.com/w5I0rR3fXA</a></p>&mdash; 広大理 生物科学・院統合生命 ゲノム情報科学 / ゲノム編集イノベーションセンター バイオDX研究室 (@bonohulab) <a href="https://twitter.com/bonohulab/status/1856208434271863137?ref_src=twsrc%5Etfw">November 12, 2024</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script></li> </ol> <p>毎年恒例にしている<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/plan-2024.html">今年の年頭に書いた「2024年の計」</a>に沿って、今年2024年を振り返ってみたい。</p> <blockquote> <p>1 研究室運営に注力し、研究が進展していくよう支援する</p> </blockquote> <p>QPXの論文化など、年越しになってしまった課題も多くあるものの。 JST COI-NEXT バイオDX拠点に関わる社会実装系の研究開発は、スーパートコジラミのゲノム解読を論文として公表できて、結果が出た感がある。</p> <blockquote class="bluesky-embed" data-bluesky-uri="at://did:plc:pkypwfeznavoxxfhabonvy6v/app.bsky.feed.post/3lb7cabny572e" data-bluesky-cid="bafyreie5ixsk6gjhc2ulwckmcl3lecmb3nshp3ldh5sy2z7nd6aytofjze"><p lang="ja">トコジラミの殺虫剤耐性、カギの遺伝子候補を広島大学とフマキラーが特定（無料記事） www.nikkei.com/article/DGXZ... 殺虫剤の一種に耐性を持つ個体のゲノム（全遺伝情報）を調べ、殺虫剤が効く個体と比較した結果、薬物の代謝に関わる遺伝子など約600の遺伝子に変異が見つかりました。 耐性に関わる遺伝子の詳しい働きが分かれば、効きやすい殺虫剤の種類や組み合わせを予測しやすくなります。 #ニュース<br><br><a href="https://bsky.app/profile/did:plc:pkypwfeznavoxxfhabonvy6v/post/3lb7cabny572e?ref_src=embed">[image or embed]</a></p>&mdash; 日経電子版 (<a href="https://bsky.app/profile/did:plc:pkypwfeznavoxxfhabonvy6v?ref_src=embed">@nikkei.com</a>) <a href="https://bsky.app/profile/did:plc:pkypwfeznavoxxfhabonvy6v/post/3lb7cabny572e?ref_src=embed">2024年11月18日 15:30</a></blockquote> <script async src="https://embed.bsky.app/static/embed.js" charset="utf-8"></script> <p>それ以外にも、まだ成果としては出てないものの、今後につながることは多数できたのではないかと。</p> <blockquote> <p>2 高校生や大学生に広く研究内容を知ってもらえるよう、執筆・講演など「ミライ牧場」活動に力を入れる</p> </blockquote> <p>職場のお隣にある西条農業高校にて高校1,2年生合計500人余りを前にbonohulabの研究内容を話する機会を得られたばかりか、その講演内容を統合TVとして公開してもらうことができた。</p> <iframe width="560" height="315" src="https://www.youtube.com/embed/TSUPU2p0q8Y?si=pESzNRRhXrZGoIG2" title="YouTube video player" frameborder="0" allow="accelerometer; autoplay; clipboard-write; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture; web-share" referrerpolicy="strict-origin-when-cross-origin" allowfullscreen></iframe> <p>また、上述の「Dr. Bonoのゲノム解読」をはじめとして今年2024年に出版した本は分野外の人にも広く読んでもらえるように配慮したコンテンツで。 異分野の人に公共DBのメタ解析をはじめとした内容の講演も多数こなし、より多くの人に知ってbonohulabの研究内容を知ってもらうことができたかと。</p> <blockquote> <p>3 健康に気をつける</p> </blockquote> <p>大きな病気をすることなく過ごせたのは、やはり「食住近接」で十分な睡眠を取れる生活を続けられたからかと。 今後も引き続き健康でいられるよう、気をつけていきたい。</p>2024-12-30T22:00:00+09:002024-12-30T22:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-12-30:/blog/nights-in-hotels-2024.html

<h1>2024年出張外泊数</h1> <p>毎年恒例の出張外泊数だが、年内の出張がすべて終わって数が確定、2024年は41泊となった。 2021年は11泊、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/nights-in-hotels-2022.html">2022年は22泊</a>、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/nights-in-hotels-2023.html">昨年2023年は42泊</a>と倍増してきた。 昨年のは2023年5月以降政府による制限がなくなり、出張 …</p>

<h1>2024年出張外泊数</h1> <p>毎年恒例の出張外泊数だが、年内の出張がすべて終わって数が確定、2024年は41泊となった。 2021年は11泊、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/nights-in-hotels-2022.html">2022年は22泊</a>、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/nights-in-hotels-2023.html">昨年2023年は42泊</a>と倍増してきた。 昨年のは2023年5月以降政府による制限がなくなり、出張が公式に解禁されたことが大きかったが、今年はほぼ横ばいであった。</p> <p>しかし、2024年はBiohackathon国内版と国際版の両方ともに参加できなかったにも拘らず、減ってなかったのは講演に呼ばれることが体感これまでの月1回から月2回ペースとなってることに起因してるのだろう。 来年2025年はさらに大学の仕事が増えるであろうから2024年と同じぐらいになるだろうと現時点で予想している。</p>2024-12-28T23:00:00+09:002024-12-28T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-12-28:/blog/december2024.html

<h1>2024年12月を振り返って</h1> <p>2024年12月はまさに師走。 宿泊を伴う出張が4回もあり、招待講演が2回、国際ワークショップと共同研究打ち合わせがそれぞれ1回。 そのうち3回が関東で、合計5泊 …</p>

<h1>2024年12月を振り返って</h1> <p>2024年12月はまさに師走。 宿泊を伴う出張が4回もあり、招待講演が2回、国際ワークショップと共同研究打ち合わせがそれぞれ1回。 そのうち3回が関東で、合計5泊。 2024年最後の出勤も出張で終わるなど。</p> <p>学務的には、博士論文にかかわる予備検討会やそれに伴う公聴会と審査会のアレンジなど、そちらも大忙しだった。</p> <p>そして、2年前から企画してきた<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/derugene300.html">「デルジーン300」が正式に出版</a>された。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">分生 <a href="https://twitter.com/hashtag/MBSJ2024?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#MBSJ2024</a> での先行展示でも好評の“遺伝子の単語帳”こと『デルジーン』が本日発行．ネット＆全国の書店には順次配本になります．<br>「ちょっと知識量に自信がなくて，何とかしたいんだよな…」という方も，<a href="https://twitter.com/hashtag/%E6%8E%A8%E3%81%97%E3%82%B8%E3%83%BC%E3%83%B3?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#推しジーン</a> を愛でたい方も，お見逃しなきようお願いします．<a href="https://t.co/M2B8IckJls">https://t.co/M2B8IckJls</a> <a href="https://t.co/YYETdSKceO">pic.twitter.com/YYETdSKceO</a></p>&mdash; 羊土社 実験医学 (@Yodosha_EM) <a href="https://twitter.com/Yodosha_EM/status/1863412990634311904?ref_src=twsrc%5Etfw">December 2, 2024</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>また、<a href="https://www.hiroshima-u.ac.jp/en/news/87830">殺虫剤抵抗性トコジラミのゲノム解読論文の英文プレスリリース</a>が掲載され、それを受けて英語のニュースサイトや<a href="https://gizmodo.com/biologists-discover-what-makes-bed-bugs-uniquely-hard-to-kill-with-insecticides-2000540806">本家Gizmodo</a>にも掲載された。</p> <p>しかし、査読済み論文の発表はなく、ミツバチのトランスクリプトームデータのプレプリントがbioRxivにアップロードしたのみ。</p> <blockquote> <p>Comprehensive expression data for two honey bee species, <em>Apis mellifera</em> and <em>Apis cerana japonica</em>. <a href="https://doi.org/10.1101/2024.12.11.627317">DOI: <code>10.1101/2024.12.11.627317</code></a></p> </blockquote> <p>結果として2024年は査読済み論文は10本、そのうちbonohulabメインものは7本であった。 来年2025年も引き続き頑張っていきたい。</p>2024-12-27T23:00:00+09:002024-12-27T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-12-27:/blog/workshop-on-insect-cuticular-extracellular-matrix-4th.html

<h1>The 4th International Collaborative Workshop on Functional Genomics, Molecular Biology, and Biochemistry of Insect Cuticular Extracellular Matrix</h1> <p>JST COI-NEXTによる昆虫のクチクラに関する国際ワークショップということで、東京農工大学府中キャンパスへ。 Opening remarkを話させていただいたほか、昆虫のゲノム解読に関してキンウ …</p>

<h1>The 4th International Collaborative Workshop on Functional Genomics, Molecular Biology, and Biochemistry of Insect Cuticular Extracellular Matrix</h1> <p>JST COI-NEXTによる昆虫のクチクラに関する国際ワークショップということで、東京農工大学府中キャンパスへ。 Opening remarkを話させていただいたほか、昆虫のゲノム解読に関してキンウワバトビコバチと殺虫剤抵抗性トコジラミでの実際を研究員さんに発表してもらうなど。 やはり、オフラインにひと所に集まって交流することが研究には必須のプロセスだなと再確認。 自分たちでもやっていこう。</p>2024-11-30T23:00:00+09:002024-11-30T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-11-30:/blog/november2024.html

<h1>2024年11月を振り返って</h1> <p>2024年11月は、宿泊を伴う出張は<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/47th-annual-meeting-of-the-molecular-biological-society-of-japan.html">第47回日本分子生物学会年会</a>だけであったが、前泊も含めて3泊。 学務的には、学部2年生の実習に初めて参加し、それが3回連続で。</p> <p>また、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/insecticide-resistant-cimex-genome-sequencing-published.html">殺虫剤抵抗性トコジラ …</a></p>

<h1>2024年11月を振り返って</h1> <p>2024年11月は、宿泊を伴う出張は<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/47th-annual-meeting-of-the-molecular-biological-society-of-japan.html">第47回日本分子生物学会年会</a>だけであったが、前泊も含めて3泊。 学務的には、学部2年生の実習に初めて参加し、それが3回連続で。</p> <p>また、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/insecticide-resistant-cimex-genome-sequencing-published.html">殺虫剤抵抗性トコジラミのゲノム解読論文</a>のプレスリリースを受けて、取材がオンラインであって<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/yet-another-newspaper-report-on-super-tokojirami-genome.html">日本経済新聞</a>にも掲載していただいた。 そして、2020年4月に今のところに来てからやりたいと思っていた<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/outreach-for-sainou.html">西条農業高等学校</a>でのアウトリーチ活動をついに実現することができた。</p> <p>今年の前半に頑張って書いてきた<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/genomeseq20-published.html">「ゲノム解読」が出版</a>され、現物を手に入れることができた。</p> <p>しかし、論文に関しては全く活動なし。</p>2024-11-29T23:59:00+09:002024-11-29T23:59:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-11-29:/blog/47th-annual-meeting-of-the-molecular-biological-society-of-japan.html

<h1>第47回日本分子生物学会年会</h1> <p>千葉の幕張であった<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/45th-annual-meeting-of-the-molecular-biological-society-of-japan.html">一昨年</a>、神戸ポートアイランドであった<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/46th-annual-meeting-of-the-molecular-biological-society-of-japan.html">昨年</a>に引き続き、今年も恒例の分セーに参加。 今年は …</p>

<h1>第47回日本分子生物学会年会</h1> <p>千葉の幕張であった<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/45th-annual-meeting-of-the-molecular-biological-society-of-japan.html">一昨年</a>、神戸ポートアイランドであった<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/46th-annual-meeting-of-the-molecular-biological-society-of-japan.html">昨年</a>に引き続き、今年も恒例の分セーに参加。 今年は、2019年から5年ぶりの福岡国際会議場（とマリンメッセ）。 <a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/83rd-jca.html">今年の日本癌学会学術総会</a>で2ヶ月前にきたばかりの会場であったが。</p> <p>前回に引き続きJST COI-NEXTバイオDX産学共創拠点の冠シンポジウムのオーガナイザーに。 今年はほぼ若手の共同研究講座助教さんにやってもらえたので、当日の座長を半分しただけ。 それもあったので、Late-breaking abstractとしてポスター発表もするなど。 自分のも含めて2桁の数のポスターをラボから出すことができて、研究グループとしてだいぶ活発になってきたかなーという思い。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">241117 第47回日本分子生物学会年会（2024年11月27日〜29日 於：福岡国際会議場＋マリンメッセ福岡）<a href="https://twitter.com/hashtag/MBSJ2024?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#MBSJ2024</a> にて <a href="https://twitter.com/hashtag/bonohulab?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#bonohulab</a> のメンバーが口頭発表4件、ポスター発表11件の研究発表を行います。詳細は学会・研究会発表をご覧ください。<a href="https://t.co/95QqySMn8H">https://t.co/95QqySMn8H</a> <a href="https://t.co/x65jZy0OXu">pic.twitter.com/x65jZy0OXu</a></p>&mdash; 広大理 生物科学・院統合生命 ゲノム情報科学 / ゲノム編集イノベーションセンター バイオDX研究室 (@bonohulab) <a href="https://twitter.com/bonohulab/status/1857947516224053533?ref_src=twsrc%5Etfw">November 17, 2024</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>またこの2024年一年は、3冊名前の入った本を出すことができて、そのうちの一冊がこの学会年会での先行発売でのお披露目となった。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">正式な発売は12月に入ってからですが、 <a href="https://twitter.com/hashtag/MBSJ2024?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#MBSJ2024</a> の羊土社ブース（マリンメッセB館入って左）にて多くの <a href="https://twitter.com/hashtag/bonohulab?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#bonohulab</a> メンバーも執筆しました「デルジーン本」先行発売しております <a href="https://t.co/nnMAXrat5y">https://t.co/nnMAXrat5y</a></p>&mdash; 広大理 生物科学・院統合生命 ゲノム情報科学 / ゲノム編集イノベーションセンター バイオDX研究室 (@bonohulab) <a href="https://twitter.com/bonohulab/status/1861903064162242691?ref_src=twsrc%5Etfw">November 27, 2024</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>事前にSNSで多くの人に見ていただいていたこともあって、それなりに売れた模様。</p>2024-11-21T23:00:00+09:002024-11-21T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-11-21:/blog/outreach-for-sainou.html

<h1>お隣の西条農業高校での講演</h1> <p>昨年も11月にアウトリーチ活動にも取り組み、<a href="https://www.biodx.org/post/2023-11-12">2023年11月12日に特別授業＆体験型ワークショップ「分子系統樹をつくろう」</a>を実施した。 今年は縁あって …</p>

<h1>お隣の西条農業高校での講演</h1> <p>昨年も11月にアウトリーチ活動にも取り組み、<a href="https://www.biodx.org/post/2023-11-12">2023年11月12日に特別授業＆体験型ワークショップ「分子系統樹をつくろう」</a>を実施した。 今年は縁あって、研究室の入ってる建物に隣接した広島県立西条農業高等学校で講演会をさせていただいた。 4年半前にこちらに異動してきて以来、何らかの交流できないかと思ってはいた。 コロナ禍があって、先方も学校閉鎖みたいな事態もあったようで、なかなかすぐにはそれが実現してこなかった。 今回、<a href="https://www.biodx.org/about-bio-dx-org">一般社団法人バイオDX推進機構</a>の皆さんのご尽力によって、それがついに実現した。 すぐ隣だし、お話しに行く機会が持てるといいなと、とずっと思っていただけに、非常に感慨深く。</p> <p>高校1年生全員の300人ほどを前に体育館で50分弱、「コンピュータを使った生物学研究とその応用」と題して話させていただいた。 主に我々のところでやっているバイオDXな取り組み、特にバイオインフォマティクス研究について、そういう分野もあるということを知ってもらうことを主眼において話した。 その存在を少しでも意識してもらうきっかけになったかな。 今後も継続して交流を続けていきたい。</p>2024-11-18T21:00:00+09:002024-11-18T21:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-11-18:/blog/yet-another-newspaper-report-on-super-tokojirami-genome.html

<h1>また別の新聞報道</h1> <p>今度は日本経済新聞に、殺虫剤抵抗性のスーパートコジラミのゲノム解読論文が掲載された。</p> <blockquote class="bluesky-embed" data-bluesky-uri="at://did:plc:pkypwfeznavoxxfhabonvy6v/app.bsky.feed.post/3lb7cabny572e" data-bluesky-cid="bafyreie5ixsk6gjhc2ulwckmcl3lecmb3nshp3ldh5sy2z7nd6aytofjze"><p lang="ja">トコ …</p></blockquote>

<h1>また別の新聞報道</h1> <p>今度は日本経済新聞に、殺虫剤抵抗性のスーパートコジラミのゲノム解読論文が掲載された。</p> <blockquote class="bluesky-embed" data-bluesky-uri="at://did:plc:pkypwfeznavoxxfhabonvy6v/app.bsky.feed.post/3lb7cabny572e" data-bluesky-cid="bafyreie5ixsk6gjhc2ulwckmcl3lecmb3nshp3ldh5sy2z7nd6aytofjze"><p lang="ja">トコジラミの殺虫剤耐性、カギの遺伝子候補を広島大学とフマキラーが特定（無料記事） www.nikkei.com/article/DGXZ... 殺虫剤の一種に耐性を持つ個体のゲノム（全遺伝情報）を調べ、殺虫剤が効く個体と比較した結果、薬物の代謝に関わる遺伝子など約600の遺伝子に変異が見つかりました。 耐性に関わる遺伝子の詳しい働きが分かれば、効きやすい殺虫剤の種類や組み合わせを予測しやすくなります。 #ニュース<br><br><a href="https://bsky.app/profile/did:plc:pkypwfeznavoxxfhabonvy6v/post/3lb7cabny572e?ref_src=embed">[image or embed]</a></p>&mdash; 日経電子版 (<a href="https://bsky.app/profile/did:plc:pkypwfeznavoxxfhabonvy6v?ref_src=embed">@nikkei.com</a>) <a href="https://bsky.app/profile/did:plc:pkypwfeznavoxxfhabonvy6v/post/3lb7cabny572e?ref_src=embed">2024年11月18日 15:30</a></blockquote> <script async src="https://embed.bsky.app/static/embed.js" charset="utf-8"></script> <p>日経新聞デビューを果たした。</p>2024-11-17T14:00:00+09:002024-11-17T14:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-11-17:/blog/derugene300.html

<h1>論文に出る遺伝子 デルジーン300</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/genomeseq20-contents.html">ゲノム解読</a>と並行して密かに進めてきた出版計画があった。 それがこの<a href="https://amzn.to/4eptoJg">デルジーン …</a></p>

<h1>論文に出る遺伝子 デルジーン300</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/genomeseq20-contents.html">ゲノム解読</a>と並行して密かに進めてきた出版計画があった。 それがこの<a href="https://amzn.to/4eptoJg">デルジーン300</a>である。</p> <blockquote> <p>実験医学別冊 <br /> 論文に出る遺伝子　デルジーン300 <br /> PubMed論文の登場回数順にヒト遺伝子のエッセンスを一望 <br /> 坊農秀雅／編 <br /> 2024年12月02日発行 A5判 231ページ ISBN 978-4-7581-2277-1</p> </blockquote> <p>2年前2022年12月の<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/45th-annual-meeting-of-the-molecular-biological-society-of-japan.html">幕張であった分子生物学会年会</a>の時にその企画が開始され、その後本の構成を検討して、昨年2023年11月のやはり<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/46th-annual-meeting-of-the-molecular-biological-society-of-japan.html">分子生物学会年会（神戸ポートピア）</a>で叩き台を議論して進めていくことに。 そして、2023年12月末のデータでヒトbibliome解析を行なって300の遺伝子リストアップした。 実際にその<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/multi-omic-meta-analysis-of-transcriptomes-and-the-bibliome-uncovers-novel-hypoxia-inducible-genes.html">bibliome解析手法を研究してきた</a>OGの方にその解析をお願いし、実際に行った手法に関して簡単に解説を書いてもらっている。</p> <p>その後、Top300のヒト遺伝子の執筆者を集めていったが、なにぶん300もの遺伝子を個別に説明を書く必要があって難航した。 そこで2024年3月には執筆者をtwitterなどで募集するという前代未聞のことをやってのけたり。 ちなみに私自身もこれまでの研究と関連の深い2つの遺伝子に関して自ら書いている（ぜひ探し当ててみてくださいw）。</p> <p>そんなことをしたりしてたので、その存在は事前にバレてたはずだったと思っていたのだが。 以下のtweetの表示数を見ての通り、10万を超えてしまったりでビックリであった。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">241112 坊農が編集した<br>「論文に出る遺伝子 デルジーン300 PubMed論文の登場回数順にヒト遺伝子のエッセンスを一望」<br>が羊土社から2024年12月頭に発刊。<br>坊農のほか、大学院生の鈴木さん、米澤さんと烏野さん、研究員の野津さんと小野さん、OGの小野さんが執筆 <a href="https://twitter.com/hashtag/bonohulab?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#bonohulab</a> <a href="https://t.co/zVsprMAzCF">https://t.co/zVsprMAzCF</a> <a href="https://t.co/w5I0rR3fXA">pic.twitter.com/w5I0rR3fXA</a></p>&mdash; 広大理・生物科学・院統合生命 ゲノム情報科学 / ゲノム編集イノベーションセンター バイオDX研究室 (@bonohulab) <a href="https://twitter.com/bonohulab/status/1856208434271863137?ref_src=twsrc%5Etfw">November 12, 2024</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>実際の出版は2024年12月になっていて、11月末の分子生物学会年会後となっているが、まあそういうことです。 皆さんの反応を楽しみにしています。</p>2024-10-31T20:00:00+09:002024-10-31T20:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-10-31:/blog/october2024.html

<h1>2024年10月を振り返って</h1> <p>2024年10月は、宿泊を伴う出張は<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/biojapan2024.html">BioJapan</a>とそれ以外の1回（1泊）だけでそれほど立て込んでいたわけではないが、学務関係で色々と。 まずは …</p>

<h1>2024年10月を振り返って</h1> <p>2024年10月は、宿泊を伴う出張は<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/biojapan2024.html">BioJapan</a>とそれ以外の1回（1泊）だけでそれほど立て込んでいたわけではないが、学務関係で色々と。 まずは、学部3年生の（実質的な）研究室配属があり、4人bonohulabへ。 そして、毎年恒例のバイオインフォマティクス講義の収録を10月中に終えることができた。 また、出版は先月だった<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/insecticide-resistant-cimex-genome-sequencing-published.html">殺虫剤抵抗性トコジラミのゲノム解読論文</a>のプレスリリースを引き続き行い、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/super-tokojirami-genome-reported-in-newspaper.html">新聞</a>にも掲載していただいた。</p> <p>今年の前半に頑張って書いてきた<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/genomeseq20-dispatch.html">「ゲノム解読」の単著の第一報</a>も月末にアナウンスできた。</p> <p>そんな中、プレプリントで1本アップロード。</p> <blockquote> <p>Pipeline to explore information on genome editing using large language models and genome editing meta-database. <a href="https://doi.org/10.1101/2024.10.16.617154">DOI: <code>10.1101/2024.10.16.617154</code></a></p> </blockquote> <p>引き続き頑張っていこう！</p>2024-10-23T23:00:00+09:002024-10-23T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-10-23:/blog/super-tokojirami-genome-reported-in-newspaper.html

<h1>新聞報道</h1> <p>殺虫剤抵抗性のスーパートコジラミのゲノム解読論文が日刊工業新聞電子版に掲載された。</p> <blockquote class="bluesky-embed" data-bluesky-uri="at://did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74/app.bsky.feed.post/3l72maskbhr2y" data-bluesky-cid="bafyreicgtro7oky4b6drxowltb2d2vkfzkzffp4er7w5ctowlc3a2j4gha"><p lang="ja">殺虫剤抵抗性 …</p></blockquote>

<h1>新聞報道</h1> <p>殺虫剤抵抗性のスーパートコジラミのゲノム解読論文が日刊工業新聞電子版に掲載された。</p> <blockquote class="bluesky-embed" data-bluesky-uri="at://did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74/app.bsky.feed.post/3l72maskbhr2y" data-bluesky-cid="bafyreicgtro7oky4b6drxowltb2d2vkfzkzffp4er7w5ctowlc3a2j4gha"><p lang="ja">殺虫剤抵抗性のスーパートコジラミのゲノム解読論文が日刊工業新聞電子版に。報道感謝 www.nikkan.co.jp/articles/vie...<br><br><a href="https://bsky.app/profile/did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74/post/3l72maskbhr2y?ref_src=embed">[image or embed]</a></p>&mdash; bonohu (<a href="https://bsky.app/profile/did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74?ref_src=embed">@bonohu.bsky.social</a>) <a href="https://bsky.app/profile/did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74/post/3l72maskbhr2y?ref_src=embed">2024年10月22日 7:55</a></blockquote> <script async src="https://embed.bsky.app/static/embed.js" charset="utf-8"></script> <p>一般的な新聞への報道は何気に初めて。</p>2024-10-13T21:00:00+09:002024-10-13T21:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-10-13:/blog/sakematsuri-24.html

<h1>酒まつり2024</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/sakematsuri-23.html">昨年</a>に引き続き、今年も<a href="https://sakematsuri.com">酒まつり</a>へ行ってきた。</p> <p>というのも、今回は県外から複数の友人を同時に迎えて、案 …</p>

<h1>酒まつり2024</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/sakematsuri-23.html">昨年</a>に引き続き、今年も<a href="https://sakematsuri.com">酒まつり</a>へ行ってきた。</p> <p>というのも、今回は県外から複数の友人を同時に迎えて、案内しつつ、2日間の両日参加。 初日は普段からお世話になっている<a href="https://twitter.com/kimagure_hide">ひで</a>に3回も。 1回目は1人で下見、2回目は駅でピックアップした人と一緒に2人で、さらに3回目はすでにその日の営業を終えてしまった酒蔵に入れず、さらに途中で落ちあった人を入れて3人で。</p> <p>2日目は主に初日行けなかった蔵を巡る感じで、西条七蔵すべて巡った上に、黒瀬の賀茂金秀や<a href="https://laplace-cowork.com">LaPlace</a>さんのところで安芸津の日本酒も堪能。 先日の<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/jsbreeding-146th.html">育種学会の市民公開シンポジウム</a>でお話をうかがった八反草の日本酒もついにここで。 また、賀茂鶴さんの敷地内で売ってた念願の<a href="https://www.city.higashihiroshima.lg.jp/soshiki/sangyo/12/hanro/39737.html">こい地鶏</a>も。</p> <blockquote class="bluesky-embed" data-bluesky-uri="at://did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74/app.bsky.feed.post/3l6fcaraeq72y" data-bluesky-cid="bafyreibjb3lrli53prhiukav5cg7miacydoq4mojjcrud4bbypun5xdgma"><p lang="ja">初の東広島こい地鶏にようやくありつけた酒まつり2024<br><br><a href="https://bsky.app/profile/did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74/post/3l6fcaraeq72y?ref_src=embed">[image or embed]</a></p>&mdash; bonohu (<a href="https://bsky.app/profile/did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74?ref_src=embed">@bonohu.bsky.social</a>) <a href="https://bsky.app/profile/did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74/post/3l6fcaraeq72y?ref_src=embed">2024年10月13日 20:30</a></blockquote> <script async src="https://embed.bsky.app/static/embed.js" charset="utf-8"></script> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/sakematsuri-23.html">昨年</a>のブログでは</p> <blockquote> <p>昨年よりも混雑がすごく、東広島市内では普及しているPayPayによる決済が不可能になるというありさま。 回線を一時的に増強していただくか、WiFi網を充実させていただきたいと思った次第。</p> </blockquote> <p>と書いていたが、今年はほぼ、PayPayで支払うことができた！</p> <blockquote class="bluesky-embed" data-bluesky-uri="at://did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74/app.bsky.feed.post/3l6fbgfdh4b2q" data-bluesky-cid="bafyreifo2uflvwgpxknpi7qpjfy5skbxhy3pmlq5o77kt6cyak27ptk5ti"><p lang="ja">酒まつりだん。今年は2日間で約23万人の人出だったとのこと。約19万の東広島市の人口より多い人数が2日間の酒まつりで来たとあって、5G回線を臨時で増強してくれていたらしい。昨年は全くPayPayで支払えなかったが、今回は数回払おうとした時にダメで現金に切り替えたことがあったものの、ほぼ大丈夫だった。お祭り対応、ご苦労様でした。ありがとうございました。<br><br><a href="https://bsky.app/profile/did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74/post/3l6fbgfdh4b2q?ref_src=embed">[image or embed]</a></p>&mdash; bonohu (<a href="https://bsky.app/profile/did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74?ref_src=embed">@bonohu.bsky.social</a>) <a href="https://bsky.app/profile/did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74/post/3l6fbgfdh4b2q?ref_src=embed">2024年10月13日 20:16</a></blockquote> <script async src="https://embed.bsky.app/static/embed.js" charset="utf-8"></script> <p>1日目22k歩、2日目19k歩と、学会年会などよりもかなり多く歩いた2日間であった。</p>2024-10-11T23:00:00+09:002024-10-11T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-10-11:/blog/biojapan2024.html

<h1>BioJapan2024</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/biojapan2022.html">一昨年</a>、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/biojapan2023.html">昨年</a>に引き続き、今年もBioJapanに参加、ということで3年連続。 今年も<a href="https://www.biodx.org/post/2022-12-26">2022年12月末に認定</a>された<a href="https://www.biodx.org">ひろしまバイオDXコミュニティ</a>のブースをベースに色々と新しい研究やコラボのネタ探しに。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr"><a href="https://twitter.com/hashtag/BioJapan?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#BioJapan</a> 2024 …</p></blockquote>

<h1>BioJapan2024</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/biojapan2022.html">一昨年</a>、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/biojapan2023.html">昨年</a>に引き続き、今年もBioJapanに参加、ということで3年連続。 今年も<a href="https://www.biodx.org/post/2022-12-26">2022年12月末に認定</a>された<a href="https://www.biodx.org">ひろしまバイオDXコミュニティ</a>のブースをベースに色々と新しい研究やコラボのネタ探しに。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr"><a href="https://twitter.com/hashtag/BioJapan?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#BioJapan</a> 2024 大盛況のうちに終了いたしました！<br>ご来場いただいた皆様、ご出展・パートナリング参加いただいた皆様、誠にありがとうございました🍀<a href="https://twitter.com/hashtag/BioJapan?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#BioJapan</a> 2024 has concluded successfully!<br>&quot;We sincerely appreciate everyone who attended, exhibited, and participated in Partnering🍀 <a href="https://t.co/9zt5NjWEFa">pic.twitter.com/9zt5NjWEFa</a></p>&mdash; BioJapan (@BioJapanExpo) <a href="https://twitter.com/BioJapanExpo/status/1844673993238040616?ref_src=twsrc%5Etfw">October 11, 2024</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>これまで以上に多くの同じチームの人間が参加して、広がりが出てきたなというのが素直な感想。 今後に期待。</p>2024-09-30T23:00:00+09:002024-09-30T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-09-30:/blog/september2024.html

<h1>2024年9月を振り返って</h1> <p>今年も9月になっても8月からの暑さが継続。 彼岸が過ぎてようやく涼しくなってきたものの、エアコンなしでは夜は寝苦しい状態のまま月を終えよ …</p>

<h1>2024年9月を振り返って</h1> <p>今年も9月になっても8月からの暑さが継続。 彼岸が過ぎてようやく涼しくなってきたものの、エアコンなしでは夜は寝苦しい状態のまま月を終えようとしている。</p> <p>宿泊を伴う出張は1回（1泊）だけだったものの、日帰りでの講演が2回もあった。 さらに毎年恒例のバイオインフォマティクス講義の収録も始まり、話す機会の多くなった月であった。 それとも関係するが、所属している大学のキャンパスで日本育種学会の講演会があり、遠方より複数の知り合いが研究室に訪問してくれたり。</p> <p>そんな中、査読付き論文が2本出版された。</p> <blockquote> <p>Genome-wide Search for Gene Mutations likely Conferring Insecticide Resistance in the Common Bed Bug, <em>Cimex lectularius</em>. <a href="https://doi.org/10.3390/insects15100737">DOI: <code>10.3390/insects15100737</code></a></p> <p>Meta-analysis of gonadal transcriptomes in protogynous fishes provides novel perspective into sex change machinery. <a href="https://doi.org/10.1111/gtc.13166">DOI: <code>10.1111/gtc.13166</code></a></p> </blockquote> <p>これで2024年は10本の論文が出版済みになり、月の数字を上回った。 そして、査読中論文が2本となった。 引き続き頑張っていこう！</p>2024-09-23T22:00:00+09:002024-09-23T22:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-09-23:/blog/jsbreeding-146th.html

<h1>第146回日本育種学会講演会</h1> <p>広島大学東広島キャンパスで初開催だったらしい。 実は広島県でも初開催とか。</p> <p>市民公開シンポジウムで話して …</p>

<h1>第146回日本育種学会講演会</h1> <p>広島大学東広島キャンパスで初開催だったらしい。 実は広島県でも初開催とか。</p> <p>市民公開シンポジウムで話して欲しいと1年前の今頃からお願いされてて、その本番がついにやってきた。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">240909 一般社団法人 日本育種学会第146回講演会の市民公開シンポジウム「安芸の国から拓く農業の未来―ゲノム編集から伝統品種の復刻までー」（2024年9月23日開催）にて、坊農が「ゲノム編集の植物育種への応用」と題して講演を行います <a href="https://t.co/XHYNVsDBuX">https://t.co/XHYNVsDBuX</a> <a href="https://twitter.com/hashtag/bonohulab?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#bonohulab</a> <a href="https://t.co/nH4uIt5Z1D">pic.twitter.com/nH4uIt5Z1D</a></p>&mdash; 広大理・生物科学・院統合生命 ゲノム情報科学 / ゲノム編集イノベーションセンター バイオDX研究室 (@bonohulab) <a href="https://twitter.com/bonohulab/status/1832952365286343034?ref_src=twsrc%5Etfw">September 9, 2024</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>時間が短くて思うようには紹介できずじまいだったが、なんとなく伝わったかな、と。 今後の考えるきっかけになってくれれば大成功だったと思いたい。</p>2024-09-21T22:00:00+09:002024-09-21T22:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-09-21:/blog/83rd-jca.html

<h1>第83回日本癌学会学術総会</h1> <p>福岡で開催された癌学会学術総会に参加。 かつては毎年発表もしていたのであるが、実に4年ぶり、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/79th-jca.html">2020年の広島での会</a>以来の参加であっ …</p>

<h1>第83回日本癌学会学術総会</h1> <p>福岡で開催された癌学会学術総会に参加。 かつては毎年発表もしていたのであるが、実に4年ぶり、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/79th-jca.html">2020年の広島での会</a>以来の参加であった。</p> <p>マリンメッセは新しいB棟ができており、今回そこが会場となっていた。 いくつかの口頭発表（メインは国際会議場の方であったが）やポスター発表、そして企業展示がそこで行われていた。 かつての建物はAとなっていて、コンサートが同時に行われていたらしい。</p> <blockquote class="bluesky-embed" data-bluesky-uri="at://did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74/app.bsky.feed.post/3l4nq3cmbne2q" data-bluesky-cid="bafyreibhps6ir7belxyrxbdohea7sg6hhug22z7kgn4ezcrcuro24bzv6m"><p lang="en">Surprised to see new &quot;B&quot; building in marine messe<br><br><a href="https://bsky.app/profile/did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74/post/3l4nq3cmbne2q?ref_src=embed">[image or embed]</a></p>&mdash; bonohu (<a href="https://bsky.app/profile/did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74?ref_src=embed">@bonohu.bsky.social</a>) <a href="https://bsky.app/profile/did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74/post/3l4nq3cmbne2q?ref_src=embed">2024年9月21日 18:09</a></blockquote> <script async src="https://embed.bsky.app/static/embed.js" charset="utf-8"></script> <p>久しぶりの参加だったせいか、専門用語というか略称の多用がどうしても気になってわかりにくいんじゃないかと思ってしまったが、これは多分大学の先生業をしているからだろう。</p> <p>CAR-Tや空間トランスクリプトーム解析の最前線に関して手っ取り早く学ぶことができたのは大きな収穫であった。 また、予想通り、4,5年会ってなかった方に再会するなど、多くの方とオンサイトでお話しする機会が持てて、これまた今後の共同研究のタネとなることを仕込むことができたように思う。 次回は発表を再開できればと。</p>2024-09-12T23:59:00+09:002024-09-12T23:59:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-09-12:/blog/hiroshima-bio-forum-24.html

<h1>令和6年度広島バイオフォーラム</h1> <p>広島バイオテクノロジー推進協議会主催の広島バイオフォーラムで話すのは<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/hiroshima-bio-forum-21.html">2年ぶり</a>の2回目だったが、オンサイトでは初めて …</p>

<h1>令和6年度広島バイオフォーラム</h1> <p>広島バイオテクノロジー推進協議会主催の広島バイオフォーラムで話すのは<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/hiroshima-bio-forum-21.html">2年ぶり</a>の2回目だったが、オンサイトでは初めて。 今回は大学からも<a href="https://www.hiroshima-u.ac.jp/ilife/news/85241">アナウンスが実名入りで</a>。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">&quot;2024年9月12日（木）、広島バイオテクノロジー推進会主催の「令和6年度広島バイオフォーラム」に食品生命科学プログラムの島田昌之教授と数理生命科学プログラムの坊農秀雅教授が登壇します。<br>9月10日（火）までに事前申し込みが必要です。&quot;<br>大学からもアナウンスが<a href="https://t.co/uiAO9NxiP5">https://t.co/uiAO9NxiP5</a> <a href="https://t.co/tKIwojKeI1">https://t.co/tKIwojKeI1</a></p>&mdash; HUBちゃん@日本育種学会146回講演会(9/19-20,23) (@bonohu) <a href="https://twitter.com/bonohu/status/1832550561356640707?ref_src=twsrc%5Etfw">September 7, 2024</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>今回は共同研究先の企業の方とのペアトークで、私が前座を。 まだまだ我々のやっているバイオDXな取り組みは知られていないので、こういう機会に知ってもらえるよう広報活動を。 産業で使われている有用生物のゲノム解読から始まる社会実装を今後も推進していきたい。</p>2024-08-31T23:00:00+09:002024-08-31T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-08-31:/blog/august2024.html

<h1>2024年8月を振り返って</h1> <p>宿泊を伴う出張が3回と、何気に出張の多い月であった。</p> <p>お盆の前の上旬は社会人大学院生のラボ訪問や博士論文中間 …</p>

<h1>2024年8月を振り返って</h1> <p>宿泊を伴う出張が3回と、何気に出張の多い月であった。</p> <p>お盆の前の上旬は社会人大学院生のラボ訪問や博士論文中間発表会などイベントが多く。 特にオープンキャンパス対応は今回初めてで、準備と対応に手間どった。 下旬には8年前にも参加した昆虫の国際学会(ICE2024)への参加で京都に行ったが、台風情報とのにらめっこも同時並行で。</p> <p>そんな中、査読付き論文に関しては2本出版された。</p> <blockquote> <p>A systematic exploration of unexploited genes for oxidative stress in Parkinson’s disease <a href="https://doi.org/10.1038/s41531-024-00776-1"><code>https://doi.org/10.1038/s41531-024-00776-1</code></a></p> <p>Triterpene RDF: Developing a database of plant enzymes and transcription factors involved in triterpene biosynthesis using the Resource Description Framework <a href="https://doi.org/10.5511/plantbiotechnology.24.0312c"><code>https://doi.org/10.5511/plantbiotechnology.24.0312c</code></a></p> </blockquote> <p>これで2024年は8本の論文が出版済みに。 また、新たに2本プレプリントとしてアップロード。</p> <blockquote> <p>Meta-analysis of public RNA-sequencing data of drought and salt stresses in different phenotypes of <em>Oryza sativa</em> <a href="https://doi.org/10.1101/2024.08.06.605779"><code>https://doi.org/10.1101/2024.08.06.605779</code></a></p> <p>Genome-wide Search for Gene Mutations likely Conferring Insecticide Resistance in the Common Bed Bug, <em>Cimex lectularius</em> <a href="https://doi.org/10.1101/2024.08.27.607709"><code>https://doi.org/10.1101/2024.08.27.607709</code></a></p> </blockquote> <p>査読中論文が4本となった。引き続き頑張っていこう！</p>2024-08-30T18:00:00+09:002024-08-30T18:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-08-30:/blog/ice2024.html

<h1>27th International Congress of Entomology</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/ice2016.html">8年前に参加したICE2016</a>以来のInternational Congress of Entomology (ICE)に参加。 元々この学会(Congress)は4年に1回で、前回は2020年にHelsinki開催だったのにコロナで2回延期されて、2022年に開催（不参加）。 2024年に日本で開催というのはその可能性が前回参加した2016年の時からあって、その時一緒に参加した年配の先生からはシ …</p>

<h1>27th International Congress of Entomology</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/ice2016.html">8年前に参加したICE2016</a>以来のInternational Congress of Entomology (ICE)に参加。 元々この学会(Congress)は4年に1回で、前回は2020年にHelsinki開催だったのにコロナで2回延期されて、2022年に開催（不参加）。 2024年に日本で開催というのはその可能性が前回参加した2016年の時からあって、その時一緒に参加した年配の先生からはシンポジウムやってねと言われてたこともあって、 今回シンポジウムを2つ企画し、オーガナイザーを務めた。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="en" dir="ltr">Prof. Bono will co-organize two symposia in <a href="https://twitter.com/hashtag/ICE2024?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#ICE2024</a> <br>Mon. Aug 26 [2-1] Insect Bio Digital Transformation (Insect BioDX) at Room F <a href="https://t.co/mKelRjX9pM">https://t.co/mKelRjX9pM</a><br>Tue. Aug 27 [8-4] Insects genome and transcriptome data analysis at Room 554 <a href="https://t.co/QP5TYznEWn">https://t.co/QP5TYznEWn</a><br>See u there! <a href="https://twitter.com/hashtag/bonohulab?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#bonohulab</a> <a href="https://t.co/yJHIPNKGOI">https://t.co/yJHIPNKGOI</a></p>&mdash; 広大理・生物科学・院統合生命 ゲノム情報科学 / ゲノム編集イノベーションセンター バイオDX研究室 (@bonohulab) <a href="https://twitter.com/bonohulab/status/1827135190512398351?ref_src=twsrc%5Etfw">August 24, 2024</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>月曜日26日開催のInsect BioDXは自分がメインで進行を務め、40人ほどの参加者が、 また火曜日27日開催のInsects Genome and transcriptome data analysisは立ち見どころか、部屋から参加者が溢れるほどの入りであった。 結構議論が盛り上がったな、という間食と同時に、まったくの昆虫ゲノム解析が門外漢の2016年当時から自分たちもそれなりに昆虫ゲノム研究の一翼を担えるようになったのかな、と。 会期中にもその方向の論文を投稿することができたし、今後も頑張っていきたい。</p> <p>今回、皇族のご参加もあって初日はこれまでの学会で見たことがない厳戒な警備体制で1時間前に着くように行ったのに結局opening sessionの会場に入れなかった。 また、台風の接近により、それを常に気にしないといけないという事態で、本来であれば学務のために途中で1日帰ってこないといけなかったはずが、用務がオンラインに変更になったため、結局最後の日までいることができた。 しかし、結局最後は切り上げて帰らざるを得なくなってclosing sessionまでは残れず。 色々と消化不良の点もあったが、総じて満足できた日本開催の国際学会であった。</p>2024-07-31T23:00:00+09:002024-07-31T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-07-31:/blog/july2024.html

<h1>2024年7月を振り返って</h1> <p>7月は上旬は学部の授業担当があったり、大学院入試があったり、学術指導の講演があったりでひどく立て込んでいた。</p> <p>さらに中旬には2回の宿泊を伴う出張があった。 一つは12年ぶりの岡山大学資源植物科学研究所での講演でお隣の県の岡山県倉敷市へ。 もう一 …</p>

<h1>2024年7月を振り返って</h1> <p>7月は上旬は学部の授業担当があったり、大学院入試があったり、学術指導の講演があったりでひどく立て込んでいた。</p> <p>さらに中旬には2回の宿泊を伴う出張があった。 一つは12年ぶりの岡山大学資源植物科学研究所での講演でお隣の県の岡山県倉敷市へ。 もう一つは、昆虫の共同研究先への訪問＋今年も継続していただいた古巣の公募型共同研究にかかわる東京出張。</p> <p>投稿していた論文に関しては、M2の学生の論文が査読論文として出版された。</p> <blockquote> <p>Transcriptional Signatures of Domestication Revealed through Meta-Analysis of Pig, Chicken, Wild Boar, and Red Junglefowl Gene Expression Data <a href="https://doi.org/10.3390/ani14131998"><code>https://doi.org/10.3390/ani14131998</code></a></p> </blockquote> <p>これで2024年の査読済み論文数(accepted)が月の数字の7を維持。 査読中論文が3本。引き続き頑張ろう。</p>2024-07-01T21:00:00+09:002024-07-01T21:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-07-01:/blog/51-months.html

<h1>4年と3ヶ月</h1> <p>東広島に来てその月日、すなわち51ヶ月が経過した。 埼玉の医科大学にいたのがちょうどその長さであった。</p> <p>つまり、その時よりも長 …</p>

<h1>4年と3ヶ月</h1> <p>東広島に来てその月日、すなわち51ヶ月が経過した。 埼玉の医科大学にいたのがちょうどその長さであった。</p> <p>つまり、その時よりも長く、広島にいることとなったと。 そして、広島のそれはこれからも続いていくわけで。 コロナがあったせいか、その長さを感じていない現状であるが、これからも頑張っていきたいと思う。</p>2024-06-30T23:00:00+09:002024-06-30T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-06-30:/blog/june2024.html

<h1>2024年6月を振り返って</h1> <p>あっという間の6月だった。 <a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/jsgedit-9th.html">日本ゲノム編集学会第9回大会</a>があったことが大きいが、それ以外にも色々とイベントが途中から入ってきたりで。</p> <p>投稿していた論文は色々動きがあった …</p>

<h1>2024年6月を振り返って</h1> <p>あっという間の6月だった。 <a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/jsgedit-9th.html">日本ゲノム編集学会第9回大会</a>があったことが大きいが、それ以外にも色々とイベントが途中から入ってきたりで。</p> <p>投稿していた論文は色々動きがあった。 bonohulabのPacBioで解読したゲノム配列（キンウワバトビコバチ）が初めて査読論文として出版された。</p> <blockquote> <p>Long-read genome assembly of the Japanese parasitic wasp <em>Copidosoma floridanum</em> (Hymenoptera: Encyrtidae) (<a href="https://doi.org/10.1093/g3journal/jkae127">DOI: <code>10.1093/g3journal/jkae127</code></a>) </p> </blockquote> <p>また、農研機構(NARO)との共同研究によるカイコのトランスクリプトームデータも査読論文として出版された。</p> <blockquote> <p>Time-course transcriptome data of silk glands in day 0–7 last-instar larvae of <em>Bombyx mori</em> (w1 pnd strain) (<a href="https://doi.org/10.1038/s41597-024-03560-1">DOI: <code>10.1038/s41597-024-03560-1</code></a>)</p> </blockquote> <p>それ以外にも共同研究論文1本がacceptedになって、これで2024年の査読済み論文数(accepted)が月の数字の6に！ revisionで返ってきた論文はすべてreviseを返して新しい月を迎えることができそう。 査読中論文が4本。引き続き頑張ろう。</p>2024-06-20T18:00:00+09:002024-06-20T18:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-06-20:/blog/jsgedit-9th.html

<h1>日本ゲノム編集学会第9回大会</h1> <p>昨年に引き続き、オンサイトでゲノム編集学会大会。 今回は大阪中之島の大阪市中央公会堂 …</p>

<h1>日本ゲノム編集学会第9回大会</h1> <p>昨年に引き続き、オンサイトでゲノム編集学会大会。 今回は大阪中之島の大阪市中央公会堂にて。 国指定重要文化財らしく、そういうところで学会の大会をさせてもらえるような時代に日本もなったのだなあと。 学生5人と共同研究講座研究員のあわせて6人がポスター発表。 全体のポスター数が64だったので、ドライだけでの研究としてちょっとは存在感が示せたのではなかろうか。 もちろん、ドライな部分だけで完結する研究ではないので、共同研究などとして研究を大きくしていきたい気持ちはあるものの、それはこれからのfuture work。</p> <p>来年は東京・大岡山にて開催とのこと。 <a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/jsgedit-8th.html">昨年も同じことを書いている</a>が、bonohulabでの研究をさらに発表できる場になるよう、研究頑張っていきたい。</p>2024-05-31T23:00:00+09:002024-05-31T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-05-31:/blog/may2024.html

<h1>2024年5月を振り返って</h1> <p>2024年5月は、なんといっても昨年末から用意してきた<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/lablogo-hexsticker.html">研究室のロゴとHexSticker</a>ができたことが一番の出来事であった。 また、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/1st-simulatenous-bidirectional.html">教養の …</a></p>

<h1>2024年5月を振り返って</h1> <p>2024年5月は、なんといっても昨年末から用意してきた<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/lablogo-hexsticker.html">研究室のロゴとHexSticker</a>ができたことが一番の出来事であった。 また、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/1st-simulatenous-bidirectional.html">教養の講義を初めて行った</a>ことも大きな出来事で、その準備に多くの時間を費やした。 学科の教務委員長としての仕事も色々と。 そして、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/mls-bbq-24.html">野外研修</a>に <a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/mls-graduate-school-entrance-examination-information-session-24.html">大学院入試説明会</a>と大学院関係のイベントの多い2024年5月であった。 一泊二日だけであったが<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/1year-after-planting-the-seeds.html">関東への出張</a>も結局1回。</p> <p>研究方面では、今月もプレプリントをbioRxivに1本アップロード。</p> <blockquote> <p>Transcriptional Signatures of Domestication Revealed by Meta-Analysis of Pig, Chicken, Wild Boar, and Red Junglefowl Gene Expression Data. <a href="https://doi.org/10.1101/2024.05.20.594049">DOI: <code>10.1101/2024.05.20.594049</code></a></p> </blockquote> <p>査読中論文が共同研究を含めて4本＋in revisionが3本。引き続き頑張ろう。</p>2024-05-29T22:00:00+09:002024-05-29T22:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-05-29:/blog/ijms-special-issue-research-advances-in-the-bioinformatics-of-genome-editing-and-gene-function-analysis.html

<h1>IJMSでSpecial Issueふたたび</h1> <p><a href="https://www.mdpi.com/journal/ijms/">International Journal of Molecular Sciences (IJMS)</a>にて、<a href="https://www.mdpi.com/journal/ijms/special_issues/3559O8TM24">Research Advances in the Bioinformatics of Genome Editing and Gene Function Analysis</a>と題したSpecial IssueのGuest Editorをすることに。 その名の通り、ゲノム編集と遺伝子機能解析に関 …</p>

<h1>IJMSでSpecial Issueふたたび</h1> <p><a href="https://www.mdpi.com/journal/ijms/">International Journal of Molecular Sciences (IJMS)</a>にて、<a href="https://www.mdpi.com/journal/ijms/special_issues/3559O8TM24">Research Advances in the Bioinformatics of Genome Editing and Gene Function Analysis</a>と題したSpecial IssueのGuest Editorをすることに。 その名の通り、ゲノム編集と遺伝子機能解析に関わるバイオインフォマティクスな論文を集めます。 とりあえずの締め切りは、2024年11月末日。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="en" dir="ltr">Special Issue &quot;Research Advances in the Bioinformatics of Genome Editing and Gene Function Analysis&quot; considers manuscripts related to the bioinformatic aspect of genome editing technology for publication. Deadline: 29 November 2024.<a href="https://t.co/buNO0S6Mzv">https://t.co/buNO0S6Mzv</a> <a href="https://twitter.com/hashtag/mdpiijms?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#mdpiijms</a> <a href="https://twitter.com/IJMS_MDPI?ref_src=twsrc%5Etfw">@IJMS_MDPI</a></p>&mdash; HUBちゃん (@bonohu) <a href="https://twitter.com/bonohu/status/1795789193756741979?ref_src=twsrc%5Etfw">May 29, 2024</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script>2024-05-27T19:00:00+09:002024-05-27T19:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-05-27:/blog/1st-simulatenous-bidirectional.html

<h1>初の同時双方向</h1> <p>これまで大学院講義ではオンラインだったが、オンデマンドで。 オンライン同時双方向は今回が初め …</p>

<h1>初の同時双方向</h1> <p>これまで大学院講義ではオンラインだったが、オンデマンドで。 オンライン同時双方向は今回が初めてで、学部の教養の授業を。</p> <ol> <li>コンピュータを使った生物研究</li> <li>人工知能を使った生物研究</li> </ol> <p>の2つのテーマで連続で2回分。 準備に結構時間をかけたが、果たしてこれで良かったのだろうか？</p>2024-05-25T18:00:00+09:002024-05-25T18:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-05-25:/blog/mls-graduate-school-entrance-examination-information-session-24.html

<h1>所属プログラム大学院入試説明会24</h1> <p>研究科の所属プログラムの大学院入試説明会で自ラボを紹介。 こういう試みは …</p>

<h1>所属プログラム大学院入試説明会24</h1> <p>研究科の所属プログラムの大学院入試説明会で自ラボを紹介。 こういう試みはやった方がもちろんいいと思うが、準備をしていただいた有志の先生方は大変だったはずで。 おつかれさまでした。</p>2024-05-24T23:00:00+09:002024-05-24T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-05-24:/blog/1year-after-planting-the-seeds.html

<h1>種を仕込んでから一年後</h1> <p>仕込んだ種から芽が出てきているというので、お話を聞きに都の西北へ。 色々確実に進んでいるのは素晴らしい。 次は如何に「歯 …</p>

<h1>種を仕込んでから一年後</h1> <p>仕込んだ種から芽が出てきているというので、お話を聞きに都の西北へ。 色々確実に進んでいるのは素晴らしい。 次は如何に「歯車」を組み合わせるか。 自然とそうなるような流れを作っていきたい。</p>2024-05-18T18:00:00+09:002024-05-18T18:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-05-18:/blog/mls-bbq-24.html

<h1>野外研修24</h1> <p>2023年10月から所属しているプログラムの野外研修という名のBBQ大会に初参加。 コロナ禍前は毎年やっていたらしいが、そもそも初参加の自分。 普段顔を合わせることがほとんどない …</p>

<h1>野外研修24</h1> <p>2023年10月から所属しているプログラムの野外研修という名のBBQ大会に初参加。 コロナ禍前は毎年やっていたらしいが、そもそも初参加の自分。 普段顔を合わせることがほとんどない方とお話しする良い機会であった。</p>2024-05-12T14:00:00+09:002024-05-12T14:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-05-12:/blog/lablogo-hexsticker.html

<h1>ラボロゴとHexSticker</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/artwork-by-science-illustrators-in-mbsj2023.html">サイエンスイラストレーターのお仕事展</a>ではブログにも書いたナナフシのイラストを書いてくれた …</p>

<h1>ラボロゴとHexSticker</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/artwork-by-science-illustrators-in-mbsj2023.html">サイエンスイラストレーターのお仕事展</a>ではブログにも書いたナナフシのイラストを書いてくれた共著者のラボの学生以外にも色々な出会いがあった。 その一つがHexStickerなる六角形のステッカーをデザインされているイラストレーターさんとの出会いであった。</p> <p>R界隈では自分でパッケージを作成したらそのステッカーを作る文化があるようで、これまでも多数いただいてきた。 どうせステッカーを作るならその六角形のHexStickerが良いと思い、当時科学技術顧問を務めていた某社にもそれで作ってもらったところ、好評であった。 しかし、うちのラボは、となるとまずステッカーに載せるためのイラストやロゴマークもないという有様。 ラボのロゴを作りたいとは思っていたが、ずっとやらずになっていた。 そのイラストレーターさんとその企画展でお会いし、ラボのロゴをデザインしてくれる＆HexStickerも作ってくれるという話を聞いて、帰ってから連絡し、作成プロセスが始まった。 年度末の時期も重なりちょっと時間はかかったものの、素晴らしいロゴがデザインされ、そのHexStickerも。</p> <p>人との出会いで懸案は一気に進むこともあるものだ。 学会年会など、オフラインで人の集まるところに積極的に出向いて行かねば。</p>2024-04-30T11:00:00+09:002024-04-30T11:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-04-30:/blog/april2024.html

<h1>2024年4月を振り返って</h1> <p>年度が変わり、bonohulabでの5年目がスタート。 しかし、学生の数は増えず。bonohulab始まって以来、初。 今年も大学院入学の問い合わせはまったくなく。 昨年は年度による …</p>

<h1>2024年4月を振り返って</h1> <p>年度が変わり、bonohulabでの5年目がスタート。 しかし、学生の数は増えず。bonohulab始まって以来、初。 今年も大学院入学の問い合わせはまったくなく。 昨年は年度によるムラかと思ったのだが、内部生が入るようになったから忌避されるのだろうか？</p> <p>学部の教務委員＆学科の副学科長となって、ついに学務が自分にも。 これまで特任だったので免れてやってきたことが身にしみてわかるなど。 それもあって、これまで引き受けてきた色々をお断りする局面も出てきたり。</p> <p>今月は、プレプリントをbioRxivに1本アップロード。</p> <blockquote> <p>PtWAVE: A High-Sensitive deconvolution software of sequencing trace for the Detection of Large Indels in Genome Editing. <a href="https://doi.org/10.1101/2024.04.17.589649">DOI: <code>10.1101/2024.04.17.589649</code></a></p> </blockquote> <p>査読中論文が共同研究を含めて5本＋in revisionが1本。頑張ろう。</p>2024-04-15T23:59:00+09:002024-04-15T23:59:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-04-15:/blog/biodxthon0.html

<h1>バイオDXソン0</h1> <p>共同研究打ち合わせで上京した帰りに、静岡へ。 そこでバイオDXソンとでも呼ぶことができる集まりを挙行。 今後仕掛けていく行動目標がちょうど年度 …</p>

<h1>バイオDXソン0</h1> <p>共同研究打ち合わせで上京した帰りに、静岡へ。 そこでバイオDXソンとでも呼ぶことができる集まりを挙行。 今後仕掛けていく行動目標がちょうど年度末のこの時期に色々と決められたのは大きかった。</p>2024-03-31T23:00:00+09:002024-03-31T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-03-31:/blog/march2024.html

<h1>2024年3月を振り返って</h1> <p>3月は去ると言われるそうですが、実際自分にとっても「あっ」という間の2024年3月だった。 行事としては、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/collaboration-meeting-rbm-24.html">共同研究の打合せ会</a>や<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/yokoso-senpai-24.html">OGによる講演会</a>があったり。 さらに、アウェーの<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/odokon2024.html">学 …</a></p>

<h1>2024年3月を振り返って</h1> <p>3月は去ると言われるそうですが、実際自分にとっても「あっ」という間の2024年3月だった。 行事としては、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/collaboration-meeting-rbm-24.html">共同研究の打合せ会</a>や<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/yokoso-senpai-24.html">OGによる講演会</a>があったり。 さらに、アウェーの<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/odokon2024.html">学会大会参加</a>で31日まで出てたり。</p> <p>ついに今月、2024年に入って初の<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/meta-analysis-of-plant-abiotic-streassed-transcriptomes-published.html">原著論文が1本出版</a>された。</p> <blockquote> <p>Meta-analysis of public RNA sequencing data of abscisic acid-related abiotic stresses in <em>Arabidopsis thaliana</em> <a href="https://doi.org/10.3389/fpls.2024.1343787"><code>https://doi.org/10.3389/fpls.2024.1343787</code></a></p> </blockquote> <p>これ以外に in pressが1本。 そして、bioRxivにもプレプリント1本。</p> <blockquote> <p>A systematic exploration of unexploited genes for oxidative stress in Parkinson's disease <a href="https://doi.org/10.1101/2024.03.11.583425"><code>https://doi.org/10.1101/2024.03.11.583425</code></a></p> </blockquote>2024-03-30T23:59:00+09:002024-03-30T23:59:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-03-30:/blog/odokon2024.html

<h1>日本昆虫学会•日本応用動物昆虫学会合同大会2024＠仙台</h1> <p>2024年3月28日〜31日まで、日本昆虫学会第84回大会•第68回日本応用動物昆虫学会大会合同大会が宮城県仙台市の仙台国際センターで開かれた。</p> <p>今回もまた小集会の講師として参 …</p>

<h1>日本昆虫学会•日本応用動物昆虫学会合同大会2024＠仙台</h1> <p>2024年3月28日〜31日まで、日本昆虫学会第84回大会•第68回日本応用動物昆虫学会大会合同大会が宮城県仙台市の仙台国際センターで開かれた。</p> <p>今回もまた小集会の講師として参加。 ただし、今回はダブルヘッダーで、</p> <ul> <li>3/29に小集会「W01 遺伝子機能アノテーション：昆虫データ解析に今必要なこと」にて「遺伝子機能アノテーションワークフローFanflow4Insects」</li> <li>3/30に小集会「W10 DNA配列データ解析を始めてみようII」で「昆虫のDNA配列データ解析を始めよう」</li> </ul> <p>という講演を。 前者はとてもマニアックな内容で、逆に後者は初心者向けの入門的な内容。 順番としては逆だったなあと。 午後6時半からと遅い時間の開催にもかかわらず、それぞれに50人近くの聴衆にきいてもらった。 今後、DBに登録されたDNA配列データを用いた解析をする研究者が一人でも増えるといいな。</p>2024-03-25T18:00:00+09:002024-03-25T18:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-03-25:/blog/shutoiten-4years.html

<h1>酒都移転4年</h1> <p>今日2024年3月25日で酒都西条に移転して丸4年。 <a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/shutoiten-2years.html">3年目</a>の去年に比べるとコロナの扱い変更により公式に出張に行けるように。 それで出張も激増し、前 …</p>

<h1>酒都移転4年</h1> <p>今日2024年3月25日で酒都西条に移転して丸4年。 <a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/shutoiten-2years.html">3年目</a>の去年に比べるとコロナの扱い変更により公式に出張に行けるように。 それで出張も激増し、前の1年以上に1年経つのが早く感じた。</p> <p>早く感じた要因はそれだけではない気がする。 それは、半年ほど前から自分の立場が変わって正式な大学教員となって、学部生の配属が始まり、出ないといけない会議が増え本部キャンパス（といっても2kmほどのところだが）に行く機会が激増したこともあるかと。</p> <p>明日からは5年目に突入するが、元気に教育・研究活動に励めればと切に願う。</p>2024-03-23T17:00:00+09:002024-03-23T17:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-03-23:/blog/degree-conferment-ceremony-fy23.html

<h1>学位授与式23</h1> <p>今年度は修士の2人。 入学した2年前を思うと、本当感慨深く。 学位取得、おめでとうございます。</p> <p>来年度はより多くの学生 …</p>

<h1>学位授与式23</h1> <p>今年度は修士の2人。 入学した2年前を思うと、本当感慨深く。 学位取得、おめでとうございます。</p> <p>来年度はより多くの学生が巣立ちそう。 なにより、そういう式典にかかわらねばならない立場になるということで戦々恐々。</p>2024-03-19T17:00:00+09:002024-03-19T17:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-03-19:/blog/yokoso-senpai-24.html

<h1>修了生講演会24</h1> <p>ずっとやりたいと思っていたbonohulabの修了生を迎えての「ようこそ先輩」をついに実現。 講演後、たくさんの質問が出て、やはりや …</p>

<h1>修了生講演会24</h1> <p>ずっとやりたいと思っていたbonohulabの修了生を迎えての「ようこそ先輩」をついに実現。 講演後、たくさんの質問が出て、やはりやってよかったなと。</p>2024-03-15T16:00:00+09:002024-03-15T16:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-03-15:/blog/collaboration-meeting-rbm-24.html

<h1>原医研との共同研究打合会24</h1> <p>こちらにくる<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/rbm.html">前から年一回やってきた</a>原爆放射線医科学研究所（原医研）との共同研究 …</p>

<h1>原医研との共同研究打合会24</h1> <p>こちらにくる<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/rbm.html">前から年一回やってきた</a>原爆放射線医科学研究所（原医研）との共同研究打ち合わせの会をコロナ後初開催。 2018年以来6年ぶりだった模様。 人の研究をがっつり聞くのはとてもよいリフレッシュに。 そんな機会がなかなか取れてなかったことを反省。</p>2024-03-12T09:30:00+09:002024-03-12T09:30:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-03-12:/blog/second-accept-24.html<h1>2024年2番目の論文accept</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/first-accept-24.html">2024年最初のaccept</a>から5日目で、2番目の論文のaccept。 重なる時は重なるもの。 今後もどんどんpublishしていこう！</p>2024-03-07T23:00:00+09:002024-03-07T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-03-07:/blog/first-accept-24.html

<h1>2024年初の論文accept</h1> <p>2023年8月末以来、約半年ぶりに論文のacceptをいただけた。 なかなか出ない時は全然でないもので。 ラボからは、投稿中が2本、英文校正中（＝投稿間近）が2本 …</p>

<h1>2024年初の論文accept</h1> <p>2023年8月末以来、約半年ぶりに論文のacceptをいただけた。 なかなか出ない時は全然でないもので。 ラボからは、投稿中が2本、英文校正中（＝投稿間近）が2本。 今後もどんどんpublishしていこう！</p>2024-03-01T23:59:00+09:002024-03-01T23:59:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-03-01:/blog/hiroshima-biodx-forum-23.html

<h1>広島バイオDXフォーラム23</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/hiroshima-bio-forum-22.html">去年</a>は広島駅前の<a href="https://www.hiroshima-u.ac.jp/kiteminsailabo">広島大学きてみんさいラボ</a>で開催された広島バイオテクノロジー推進協議会主催 …</p>

<h1>広島バイオDXフォーラム23</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/hiroshima-bio-forum-22.html">去年</a>は広島駅前の<a href="https://www.hiroshima-u.ac.jp/kiteminsailabo">広島大学きてみんさいラボ</a>で開催された広島バイオテクノロジー推進協議会主催の広島バイオフォーラム。 今年は広島大学イノベーションプラザにて「ひろしまバイオDXフォーラム」として開催。 ELSI/RRI（責任ある研究イノベーション）に関して、不勉強なところをいろいろアップデートすることができてよかった。</p>2024-02-29T23:00:00+09:002024-02-29T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-02-29:/blog/feburary2024.html

<h1>2024年2月を振り返って</h1> <p>今月は、2月ということもあって修論発表や卒論発表など、学内の行事が多く。 その最中に今年度も<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/rois-ds-joint-research-meeting-2023.html">ROIS-DS-JOINTの昆虫研究会（昆虫における次世代シーケンスデータ解析および公共データ …</a></p>

<h1>2024年2月を振り返って</h1> <p>今月は、2月ということもあって修論発表や卒論発表など、学内の行事が多く。 その最中に今年度も<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/rois-ds-joint-research-meeting-2023.html">ROIS-DS-JOINTの昆虫研究会（昆虫における次世代シーケンスデータ解析および公共データベース利用 II）</a>も。</p> <p>Revisionや投稿、英文校正に出すなど、いろいろと論文のことはやっているものの、今月も出版された原著論文は結果としてなし。 だが、in revision 3本。希望を持とう</p>2024-02-23T23:00:00+09:002024-02-23T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-02-23:/blog/mtfuji-day-2024.html

<h1>富士山の日2024</h1> <p>5年前からは天皇誕生日ということで、金曜日祝日で1日少ない一週間ではあったけれども。 日替わりで毎日イベントのあった先週とは打って変わって、今週はラボの内向きの …</p>

<h1>富士山の日2024</h1> <p>5年前からは天皇誕生日ということで、金曜日祝日で1日少ない一週間ではあったけれども。 日替わりで毎日イベントのあった先週とは打って変わって、今週はラボの内向きのことをメインにすることができた。 その結果、論文関係が進み、2本再投稿、1本投稿することができた。 果報は寝て待て、良い知らせを待つ。</p>2024-02-20T18:00:00+09:002024-02-20T18:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-02-20:/blog/recognized-ssd-back.html

<h1>SSD帰還、認識した！</h1> <p>年末に買ったが、どうやっても認識しなかったSSD。 メーカーのウェブサイト参照し、チャットと電話で問い …</p>

<h1>SSD帰還、認識した！</h1> <p>年末に買ったが、どうやっても認識しなかったSSD。 メーカーのウェブサイト参照し、チャットと電話で問い合わせをした結果、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/unrecognized-ssd-sent.html">初期不良っぽいので送付</a>。</p> <p>その後、2,3日して部品がないから3月までかかるというメールが来てたので、気長に待っていた。 しかし、急に予告なく送り返されてきた。 実際には配送業社からの荷物到着のお知らせがあったのでほぼ予想はついてたものの。 早速開梱して試したところちゃんと認識した。</p> <p>新しくでばかりのモデルだったので大丈夫かなという思いは若干あった。 やはり、新商品は危険なのかもしれない。 今後気をつけていこう。</p>2024-02-16T21:00:00+09:002024-02-16T21:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-02-16:/blog/bachelars-thesis-presentation-2024.html

<h1>学部卒論発表会2024</h1> <p>確か、去年も参加したはずの（学部）卒論発表会。 当時は、学部教育にかかわっておらず、学部生がどうい …</p>

<h1>学部卒論発表会2024</h1> <p>確か、去年も参加したはずの（学部）卒論発表会。 当時は、学部教育にかかわっておらず、学部生がどういった研究をしているのかを知るために参加したが、今回は今年度入ってきた3年生が1年後にこのように発表できるだろうかという観点で。 昨年は発表会だけの参加であったが、今年はその後の謝恩会にも。 しかしうちは今年からの配属なので、もちろん卒業生はいないわけだが。</p> <p>今の4年生はちょうど私と同じ時に（今の）大学に入ってきた、入学と同時にコロナ禍が始まった世代であった。 つまり、入学当初から同級生とも会えず、大変な想いをして学業を始めた、非常な苦労されてきたに違いない。 最後の最後でこれまでどおりの謝恩会ができて本当によかった、と。</p> <p>配属されている学生を含めて、3年生が会をうまくオーガナイズしていて大変感心した。 個人的には（場所柄飲み会を一緒にすることはできないので）3年生も含めて、いろんな方と話す機会が得られて、そういう意味でもとてもよかった。</p>2024-02-15T20:00:00+09:002024-02-15T20:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-02-15:/blog/coi-next-biodx-meeting-2023.html

<h1>COI-NEXTバイオDX拠点全体会議2023</h1> <p>あいにくの雨の中、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/coi-next-kick-off-meeting.html">昨年度のキックオフミーティング</a>に引き続き、オンサイト（ハイブリッド）でBioDX拠点の全体会議をミライクリエにて。 修論発表の翌日、学 …</p>

<h1>COI-NEXTバイオDX拠点全体会議2023</h1> <p>あいにくの雨の中、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/coi-next-kick-off-meeting.html">昨年度のキックオフミーティング</a>に引き続き、オンサイト（ハイブリッド）でBioDX拠点の全体会議をミライクリエにて。 修論発表の翌日、学部卒論発表の前日の谷間でまったく余裕なかったものの、<a href="https://biodx.org/">一般社団法人バイオDX</a>の方々の完璧なセットアップでうまく取り行われた。 会場に来られた方は少なかったが、きていただいた方々とはしっかり交流できた印象。 作成したシステムの使い方講習会的な会と併せて、今後は行っていければいいなと。</p>2024-02-14T19:00:00+09:002024-02-14T19:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-02-14:/blog/masters-thesis-presentation-2024.html

<h1>修論発表会2024</h1> <p>これまでのオンライン方式から代わって、オンサイトでの修論発表会。 4年目の私だけが初めてかとおもいきや、新しく発足した研究科的にも …</p>

<h1>修論発表会2024</h1> <p>これまでのオンライン方式から代わって、オンサイトでの修論発表会。 4年目の私だけが初めてかとおもいきや、新しく発足した研究科的にも初めてだったようで。 やはりライブで研究発表を聞くことができるのは聞く方にとってはよかったなと。 発表する方はオンラインでの事前収録と異なって大変だっただろうけど。</p>2024-02-09T14:00:00+09:002024-02-09T14:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-02-09:/blog/rois-ds-joint-research-meeting-2023.html

<h1>昆虫における次世代シーケンスデータ解析および公共データベース利用 II</h1> <p>今年度も<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/rois-ds-joint-22-for-insects.html">昨年度</a>に引き続き、オンサイト …</p>

<h1>昆虫における次世代シーケンスデータ解析および公共データベース利用 II</h1> <p>今年度も<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/rois-ds-joint-22-for-insects.html">昨年度</a>に引き続き、オンサイトで実施することができた恒例の<a href="https://ds.rois.ac.jp/article/2023_rois-ds-joint_result">昆虫バイオインフォマティクス研究集会</a>。 今回もその利用の広がりを感じる研究会であった。 より多くの人にその手段を使ってもらうには、内輪だけの盛り上がりに留めず、やはり学会年会などの外に出ていくしかないかなという当たり前の結論を自問自答。</p>2024-02-04T09:00:00+09:002024-02-04T09:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-02-04:/blog/setsubun-2024.html

<h1>節分2024</h1> <p>今年2024年は節分2月3日だったらしい。 子供の頃は2月4日だったような記憶があるのだが、<a href="https://weathernews.jp/s/topics/202101/280115/">それは1984年だけ</a>らしい。 その記憶はひょっとしたら立春と間違っていたかもしれない。 「節分」をDeepLで英訳してみると …</p>

<h1>節分2024</h1> <p>今年2024年は節分2月3日だったらしい。 子供の頃は2月4日だったような記憶があるのだが、<a href="https://weathernews.jp/s/topics/202101/280115/">それは1984年だけ</a>らしい。 その記憶はひょっとしたら立春と間違っていたかもしれない。 「節分」をDeepLで英訳してみると</p> <blockquote> <p>last day of winter in the traditional Japanese calendar</p> </blockquote> <p>とのことで、こちらの方がその日の成り立ちがよくわかる気がする。</p> <p>来年2025年は節分が2月2日になるとのこと。 現在は特に祝日とかではないからそれほど大騒ぎにならないが。</p>2024-01-31T23:59:00+09:002024-01-31T23:59:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-01-31:/blog/january2024.html

<h1>2024年1月を振り返って</h1> <p>今月は、華麗に加齢な月ということで、age++ 自然災害、航空機事故と1年の不幸が年頭からという年。 今後はいいことが多いと良いのだが。</p> <p>そんな中、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/pag31.html">PAG31 …</a></p>

<h1>2024年1月を振り返って</h1> <p>今月は、華麗に加齢な月ということで、age++ 自然災害、航空機事故と1年の不幸が年頭からという年。 今後はいいことが多いと良いのだが。</p> <p>そんな中、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/pag31.html">PAG31</a>は、期間が半分になったものの、なんとか参加することができた。 いろいろな人との出会いがあり、良いcollaborationに発展していくことを願いつつ。</p> <p>ここのところrejectつづき。 今月出版された原著論文はなかったが、bioRxivに1本アップ。</p> <blockquote> <p>Triterpene RDF: Developing a database of plant enzymes and transcription factors involved in triterpene biosynthesis using the Resource Description Framework <a href="https://doi.org/10.1101/2024.01.08.574260"><code>https://doi.org/10.1101/2024.01.08.574260</code></a></p> </blockquote>2024-01-31T21:00:00+09:002024-01-31T21:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-01-31:/blog/lecture-at-the-land-of-sunshine.html

<h1>晴れの国の大学にて講演</h1> <p>晴れの国のはずなのにぐずいた天気の中、彼の地にある大学での講演にオンサイトにて。 木 …</p>

<h1>晴れの国の大学にて講演</h1> <p>晴れの国のはずなのにぐずいた天気の中、彼の地にある大学での講演にオンサイトにて。 木でできた素晴らしい会場で、普段は講義室として使われているらしい。 今回は要望にそって公共データベースの利活用をテーマにそのメタ解析の実例をバイオDX拠点の話と含めてお話しした。 しかし、両手で数えるほどぐらいの参加者に驚いたが、全然聴講者がいないわけではなく、9割以上はオンラインでの参加であった。 いろんな参加者と私の話題提供に関して議論したいと思ってたが、そういう感じではなくちょっと残念。 だが、終了後に何人かの大学生や大学院生と研究に関するディスカッションができて結果として大変満足。 今回はほとんど話できなかったゲノム解読系の話もまたする機会があるといいなと思ったり。</p>2024-01-27T21:00:00+09:002024-01-27T21:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-01-27:/blog/writing-private-grant-24.html

<h1>民間助成金書き</h1> <p>JST共創の場形成支援プログラムによって研究予算十分というわけでなく、新たな取り組みをすべきだし、実際それを推奨されている。 今年度、民間助成金をいただいたことで …</p>

<h1>民間助成金書き</h1> <p>JST共創の場形成支援プログラムによって研究予算十分というわけでなく、新たな取り組みをすべきだし、実際それを推奨されている。 今年度、民間助成金をいただいたことで昆虫種でのロングリードシーケンサーによるcDNA配列解析(Iso-seq)を実現することができた。 来年度も新たな取り組みが可能となるように申請書書き。 うまく採択していただけるといいのだが。</p>2024-01-25T12:00:00+09:002024-01-25T12:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-01-25:/blog/unrecognized-ssd-sent.html

<h1>認識しない、SSD送付</h1> <p>年末に買ったものの、認識しないSSD。 マウントされないどころか、ディスクユティリティでも認識しない …</p>

<h1>認識しない、SSD送付</h1> <p>年末に買ったものの、認識しないSSD。 マウントされないどころか、ディスクユティリティでも認識しないという重症。 Q&amp;Aに書いてあることは一通りやったものの、改善せず。 メーカーのサポートのチャットに連絡しても、ウェブサイトに書いてあること以上の「魔法」はなく。 どうやら、初期不良らしい。 修理じゃないけど、修理センターに。 長年いろいろ買ってきたが、意外にもこんな経験は初めてだった。</p>2024-01-21T21:00:00+09:002024-01-21T21:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-01-21:/blog/pag31.html

<h1>Plant and Animal Genome 31</h1> <p>昨年に続き、International Plant and Animal Genome (PAG)参加。 今回は行けるのかどうか怪しい状況であったが、途中（後半）からの参加とは …</p>

<h1>Plant and Animal Genome 31</h1> <p>昨年に続き、International Plant and Animal Genome (PAG)参加。 今回は行けるのかどうか怪しい状況であったが、途中（後半）からの参加とはなったものの、結局参加できた。 それでもIndustryのworkshopなどには参加できて知的好奇心が満たされた。 学会のハードスケジュールについていけるよう、体力をつける必要性を痛感。</p>2024-01-04T18:00:00+09:002024-01-04T18:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-01-04:/blog/hmmer-v34.html

<h1>HMMER v3.4</h1> <p>ふと気づいたら、新しいバージョンの<a href="http://hmmer.org">HMMER</a> v3.4がリリースされてた。 これまで、Apple silicon Macでnativeには動かず、Docker上で動かしていたのだが、 普通に<code>configure</code>して<code>make</code>したらエラーもなくすんなり …</p>

<h1>HMMER v3.4</h1> <p>ふと気づいたら、新しいバージョンの<a href="http://hmmer.org">HMMER</a> v3.4がリリースされてた。 これまで、Apple silicon Macでnativeには動かず、Docker上で動かしていたのだが、 普通に<code>configure</code>して<code>make</code>したらエラーもなくすんなり。 <code>make check</code>も全部パス。 早速道場本2にアップデートが必要となった！</p>2024-01-01T11:00:00+09:002024-01-01T11:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-01-01:/blog/plan-2024.html

<h1>2024年の計</h1> <p>明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">あけましておめでとうございます。今年は初日の …</p></blockquote>

<h1>2024年の計</h1> <p>明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">あけましておめでとうございます。今年は初日の出のタイミングには起きれず、ぐっすりと寝てました。今年もよろしくお願いします！ <a href="https://t.co/tIF4VVuret">https://t.co/tIF4VVuret</a> <a href="https://t.co/MdYQk6BDDG">pic.twitter.com/MdYQk6BDDG</a></p>&mdash; オープンデータ推進者なので情報共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) <a href="https://twitter.com/bonohu/status/1741621936499900418?ref_src=twsrc%5Etfw">January 1, 2024</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>「一年の計は元旦にあり」。今年も一年の計、「2024年の計」を。</p> <ol> <li>研究室運営に注力し、研究が進展していくよう支援する</li> <li>高校生や大学生に広く研究内容を知ってもらえるよう、執筆・講演など「ミライ牧場」活動に力を入れる</li> <li>健康に気をつける</li> </ol>2023-12-31T20:00:00+09:002023-12-31T20:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-12-31:/blog/review-2023.html

<h1>2023年を振り返って</h1> <p>今年2023年はラボを主宰し始めてから早4年目。 <a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/review-2022.html">去年</a>からさらにいろいろと変化の年となった。</p> <p>まずは自分自身の「特任」がとれたこと。 プロジェクト雇いの年 …</p>

<h1>2023年を振り返って</h1> <p>今年2023年はラボを主宰し始めてから早4年目。 <a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/review-2022.html">去年</a>からさらにいろいろと変化の年となった。</p> <p>まずは自分自身の「特任」がとれたこと。 プロジェクト雇いの年更新から大学本体から雇われる定年制となった。 そのため、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/september2023.html">一度退職</a>して、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/relaunching-bonohulab.html">再度雇用</a>されたことに。 とはいえ、物理的には何も変化なかったのだが。</p> <p>その結果、学部生の配属が始まったこと。 7月に<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/first-lecture-with-students.html">初の対面での講義</a>で研究室を紹介し、その後研究室見学。 その結果、10月から学部3年生が2名配属された。 また、他の学部生向け講義も担当することになった。</p> <p>一昨年、去年と多かった論文出版数は今年は元に戻った。 2023年に出版された論文は査読付きが5本（昨年14本）、プレプリントで査読済みとし出版されていない論文が7本。 昨年は8本だったcorresponding authorの査読論文済み論文が3本に。</p> <p>また、出版した書籍は2冊。</p> <ol> <li><a href="https://amzn.to/46Jjpvr">生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析道場 第2版</a> </li> <li><a href="https://amzn.to/45ZYlju">改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピ</a></li> </ol> <p>毎年恒例にしている<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/plan-2023.html">今年の年頭に書いた「2023年の計」</a>に沿って、今年2023年を振り返ってみたい。</p> <blockquote> <p>1 学生・研究員がきっちりと研究し論文を出していけるよう、研究室運営に注力する</p> </blockquote> <p>学生や研究員が増えている中、研究室の運営は非常に大事になっており、これまで以上に注力した。 懸案となっていた研究スペース問題に取り組み、ハード面ではそれなりの成果があったように思う。 居室も学生部屋と研究員部屋に分けることができた。 今後もソフト面でのサポートを引き続きがんばっていきたい。</p> <blockquote> <p>2 多くの学生が研究室にインターンできる「ミライ牧場」を実現する</p> </blockquote> <p>上記のとおり、学生部屋としてある程度余裕があるスペースができたため、インターンも受け入れることが物理的に可能となった。 次項と関連して、今後学生さんを受け入れられる体制を作っていきたい。</p> <blockquote> <p>3 研究分野の裾野を広げる執筆・講演活動にも力を入れる</p> </blockquote> <p>2023年は<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/biodx-outreach-event-2023-done.html">3月に1回</a>と<a href="https://www.biodx.org/post/2023-11-12">11月にもう一回</a>、アウトリーチイベントを開催し、その講師を務めた。 一般社団法人バイオDX推進機構に運営を、また研究室の学生さんにはコンテンツを考えたり当時の進行を、と多大なる御助力をいただいてこそ実現できた。 また2023年5月に公式に出張が解禁となってからは、研究者向けに鳥取県米子市（鳥取大学）や大阪府豊中市（千里）、沖縄県那覇市で講演を行った。</p> <p>そして、Apple silicon macが普及してきてずっと気になってきた道場本の改訂版を2023年の暮れに出版することができた。 Macだけでなく、WSL2でもということで一応の対応は付記したものの、ハードウェアのプラットフォームがいろいろあるためか、これまで見たことがないようなエラーがあるようで、今後も悩みは尽きない。</p> <p>それ以外にも2023年には研究室の多くのメンバーに協力いただいて、<a href="http://bonohu.jp/blog/category/recipebook.html">RNA-Seqデータ解析レシピ本の改訂版</a>を出すことができた。 これらの活動は、研究分野の裾野を広げることに寄与していくことだろう。</p> <blockquote> <p>4 健康にさらに気をつける</p> </blockquote> <p>大きな病気はなかったものの、劇的に健康になったということはなかった。 健康に気をつけて生活をしていくことは怠ってはいけない。 今後も継続してそうしていく。</p>2023-12-30T18:00:00+09:002023-12-30T18:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-12-30:/blog/december2023.html

<h1>2023年12月を振り返って</h1> <p>8月に有給休暇を早めに規定数以上取得してたので、この2023年12月は有給休暇の消化ということもなく、28日まできっちり出勤日だった。 12月恒例の<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/46th-annual-meeting-of-the-molecular-biological-society-of-japan.html">日本分子生物学会年会</a>にはじまり、Togothonへの参加（関東出張）だけでなく、初の学部1年生向けの講義など、まさに「師走」であった。 とくに<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/drbonodojo2-published.html">道 …</a></p>

<h1>2023年12月を振り返って</h1> <p>8月に有給休暇を早めに規定数以上取得してたので、この2023年12月は有給休暇の消化ということもなく、28日まできっちり出勤日だった。 12月恒例の<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/46th-annual-meeting-of-the-molecular-biological-society-of-japan.html">日本分子生物学会年会</a>にはじまり、Togothonへの参加（関東出張）だけでなく、初の学部1年生向けの講義など、まさに「師走」であった。 とくに<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/drbonodojo2-published.html">道場本2</a>の出版はいろいろバタバタがあったものの、学会前に間に合った。</p> <iframe sandbox="allow-popups allow-scripts allow-modals allow-forms allow-same-origin" style="width:120px;height:240px;" marginwidth="0" marginheight="0" scrolling="no" frameborder="0" src="//rcm-fe.amazon-adsystem.com/e/cm?lt1=_blank&bc1=000000&IS2=1&bg1=FFFFFF&fc1=000000&lc1=0000FF&t=dnamicroarray-22&language=ja_JP&o=9&p=8&l=as4&m=amazon&f=ifr&ref=as_ss_li_til&asins=4815730881&linkId=219704caec195808e0ed98e275f74cc1"></iframe> <p>だいぶ遅くなってしまったが、10月に配属された<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/welcome-and-thank-you-party-23.html">学部3年生の歓迎会</a>もランチ会というかたちで実施することができた。 10月にしていただいたお祝いへの返礼も兼ねて.</p> <p>論文関係では、今月は査読つき雑誌への共同研究論文が1本出版され、これで2023年の査読済論文は5本となった。</p> <blockquote> <p>An extract from the frass of swallowtail butterfly (<em>Papilio machaon</em>) larvae inhibits HCT116 colon cancer cell proliferation but not other cancer cell types. <a href="https://doi.org/10.1186/s12864-023-09841-0"><code>https://doi.org/10.1186/s12864-023-09841-0</code></a></p> </blockquote> <p>去年は10本以上出てたが、今年は半減以下の5本という結果。 そのうちbonohulabからの論文の数は3で、決して少ないわけではないが、9本出た去年にくらべると少なく見える。 一応言い訳しておくと、まだpublishされてないプレプリントが7本あって、そのうちbonohulabからのが5本。 つまり、今後出て来るはず。 来月（来年）以降頑張っていこう。</p>2023-12-26T16:00:00+09:002023-12-26T16:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-12-26:/blog/mid-term-presentation-of-masters-thesis-23.html

<h1>修論中間発表会23</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/mid-term-presentation-of-masters-thesis-21.html">去年からはオンサイトになった修論中間発表会</a>は、ことしもポスター発表形式で。 昨年もそうであ …</p>

<h1>修論中間発表会23</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/mid-term-presentation-of-masters-thesis-21.html">去年からはオンサイトになった修論中間発表会</a>は、ことしもポスター発表形式で。 昨年もそうであったが、普段馴染みのないプログラムで研究されている内容を知ることができる絶好の機会だった。</p> <p>発表したM1の大学院生にとっては、とても良い機会だったのではないかと。 自分の所属している研究室以外の人に研究内容を伝える場をもてて、さらに自分の研究に関する議論ができたのだから。 いずれにしても、彼らの研究経験においてよいマイルストーンとなったに違いない。</p>2023-12-25T22:00:00+09:002023-12-25T22:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-12-25:/blog/nights-in-hotels-2023.html

<h1>2023年出張外泊数</h1> <p>毎年恒例にしている出張外泊数。 年内の出張がすべて終わって数が確定した。 2021年は11泊、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/nights-in-hotels-2022.html">去年(2022年)は22泊</a>と倍増してきていた。 そ …</p>

<h1>2023年出張外泊数</h1> <p>毎年恒例にしている出張外泊数。 年内の出張がすべて終わって数が確定した。 2021年は11泊、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/nights-in-hotels-2022.html">去年(2022年)は22泊</a>と倍増してきていた。 その流れ通り、今年2023年は、5月以降政府による制限もなくなり、合計42泊ということで確定した。</p> <p>海外出張に4年ぶりに行ったことや、Biohackathonの国際版の復活もあって、これまでの2-4日泊の出張に加えて長めの出張が入ってきての結果。 さすがに来年はこの倍ということはないだろうけど、激減することもないのではないだろう。 ただ、大学の仕事が色々と入ってくるだろうからそんなには増えないのではないかというのが現時点での自己予測。</p>2023-12-19T23:59:00+09:002023-12-19T23:59:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-12-19:/blog/welcome-and-thank-you-party-23.html

<h1>歓迎会とお礼の会</h1> <p>本日で2023年最後のラボミーティングということで、開催前のお昼休みに（いつもより早めに）集まっていただき、2023年一年お疲れ様という意味も込めて、ピザパーティー。 主には10月に入った新しいメンバーである学部3年生の歓迎会、そ …</p>

<h1>歓迎会とお礼の会</h1> <p>本日で2023年最後のラボミーティングということで、開催前のお昼休みに（いつもより早めに）集まっていただき、2023年一年お疲れ様という意味も込めて、ピザパーティー。 主には10月に入った新しいメンバーである学部3年生の歓迎会、そして10月にしていただいた教授就任のお祝いのお礼の会として。</p> <p>これまで新しいメンバーが入ってきてもこういった回は公式には行ってこなかった、というより（コロナウイルス蔓延による規制のため）行えなかった。 ようやく、そういう規制がなくなったタイミングではじめてbonohulabに学部生の配属がはじまった。 ランチ会ならより多くの人が出席できるし、車や自転車で通勤している人がほとんどな今のところでは良いかたちなのかなと。</p>2023-12-09T23:59:00+09:002023-12-09T23:59:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-12-09:/blog/artwork-by-science-illustrators-in-mbsj2023.html

<h1>サイエンスイラストレーターのお仕事展</h1> <p>色々と驚きの連続であった<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/46th-annual-meeting-of-the-molecular-biological-society-of-japan.html">MBSJ2023</a>だが、その一つがこの「サイエンスイラストレーターのお仕事展」。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">ご好 …</p></blockquote>

<h1>サイエンスイラストレーターのお仕事展</h1> <p>色々と驚きの連続であった<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/46th-annual-meeting-of-the-molecular-biological-society-of-japan.html">MBSJ2023</a>だが、その一つがこの「サイエンスイラストレーターのお仕事展」。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">ご好評いただいた分子生物学会の年会特別企画『サイエンスイラストレーターのお仕事展』、改めて出展者の皆さんをご紹介いたしまーす😃（1/16）<a href="https://twitter.com/hashtag/MBSJ2023?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#MBSJ2023</a> ※ツリーに続きます <a href="https://t.co/PhyZNEWAqo">pic.twitter.com/PhyZNEWAqo</a></p>&mdash; ウチダヒロコ (@ucchy_v4) <a href="https://twitter.com/ucchy_v4/status/1733443748951187481?ref_src=twsrc%5Etfw">December 9, 2023</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>2日目の夕方に時間的にもう遅かったので、明日みようと思っていたら、なんと2日目まで、ということで。 急ぎ、会場を端から端まで移動して見に行ったらなんと。 <a href="https://doi.org/10.1186/s13104-021-05600-0">自分の論文</a>の図があるポスターに掲示されてて。 確かにその図のイラストは共同研究先の学生さんに書いてもらったんだったな、と思い出したら、その方がそちらの道に進まれて発表をされていたと知り、びっくり。</p> <p>今後もそういうことが起こるのを楽しみに学生さんの指導を頑張っていきたい。</p>2023-12-08T23:59:00+09:002023-12-08T23:59:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-12-08:/blog/46th-annual-meeting-of-the-molecular-biological-society-of-japan.html

<h1>第46回日本分子生物学会年会</h1> <p>千葉の幕張であった<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/45th-annual-meeting-of-the-molecular-biological-society-of-japan.html">去年</a>に引き続き、今年も恒例の分セーに参加。 今年は、久しぶりの神戸ポートアイランド。 分セ …</p>

<h1>第46回日本分子生物学会年会</h1> <p>千葉の幕張であった<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/45th-annual-meeting-of-the-molecular-biological-society-of-japan.html">去年</a>に引き続き、今年も恒例の分セーに参加。 今年は、久しぶりの神戸ポートアイランド。 分セーではほぼ隔年で来ていた恒例の場所ではあるものの、<a href="https://www.mbsj.jp/meetings/annual/index.html">調べてみた</a>ら2017年以来の6年ぶりだったらしい。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">すでに着いた。ポートライナー混むから、できればお早めに。もしくは遅めに <a href="https://twitter.com/hashtag/MBSJ2023?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#MBSJ2023</a> <a href="https://t.co/M2vOP0c6UU">pic.twitter.com/M2vOP0c6UU</a></p>&mdash; オープンデータ推進者なので情報共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) <a href="https://twitter.com/bonohu/status/1732171808827433279?ref_src=twsrc%5Etfw">December 5, 2023</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>去年、3年ぶりに参加してご挨拶した人も多かったので今年はそんなにお久しぶりorはじめましてがないかと思っていたが、自分の職位が変わったこともあってそれなりに名刺もお渡しすることに。 結果として、交換して手元にある名刺が16枚で、自分からは25枚ほど名刺を渡した模様。</p> <p>今回は、bonohulabと共同研究関係の発表は（オンサイトの）1日目と3日目に集中していた。 発表数は、ポスター発表5、口頭発表3（うち1つは共同研究）。 特に、企画したJST共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)バイオDX拠点の冠シンポジウムは1日目の午前という、オンサイトでは一番最初であった。 そのため人が集まるかが心配されたが、目視で100〜150人ほどぐらいと、それなりには集まった模様。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">「バイオDXによるデータ駆動型ゲノム育種に向けて」のシンポジウム、第17会場（国際展示場2号館の3階3A）で、9時半からです。会場で配布されてる科学新聞に紹介されていました！多くの方の参加をお待ちしております♪ <a href="https://twitter.com/hashtag/MBSJ2023?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#MBSJ2023</a> <a href="https://t.co/AYGxEdyeDs">pic.twitter.com/AYGxEdyeDs</a></p>&mdash; オープンデータ推進者なので情報共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) <a href="https://twitter.com/bonohu/status/1732177326384050428?ref_src=twsrc%5Etfw">December 5, 2023</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>虫の会まじめ版は相変わらずの3日目の最後（午後）で（今回は関係する発表はなかったが）。</p> <p>この学会年会をターゲットにいろいろ準備してきた<a href="http://bonohu.jp/blog/category/drbonodojo.html">「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析道場 第2版（道場本2）」</a>も販売開始となり。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr"><a href="https://twitter.com/hashtag/DrBonoDojo?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#DrBonoDojo</a> サイン本が <a href="https://twitter.com/hashtag/MBSJ2023?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#MBSJ2023</a> 会場の書籍販売コーナーにて。先着順のようですので、ぜひ。中上級者向けではなく、基本これから始める独習者向けの内容です。現在は利用できなくなったデータベースやツールの見直しのほか、「3 章 実践編」に「3.1 ゲノム配列解析の初歩」が追加されています。 <a href="https://t.co/s2aIB151fW">https://t.co/s2aIB151fW</a></p>&mdash; オープンデータ推進者なので情報共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) <a href="https://twitter.com/bonohu/status/1732543789875765434?ref_src=twsrc%5Etfw">December 6, 2023</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>サイン本を用意させていただき、それらに関しては完売したらしい。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">参加章が来たので早速カスタマイズ🧬よろしくお願いします <a href="https://twitter.com/hashtag/MBSJ2023?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#MBSJ2023</a> <a href="https://t.co/HHOpN8qUMj">pic.twitter.com/HHOpN8qUMj</a></p>&mdash; オープンデータ推進者なので情報共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) <a href="https://twitter.com/bonohu/status/1726757838578729272?ref_src=twsrc%5Etfw">November 21, 2023</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>今回、参加者バッジがカスタマイズできるそれで、とてもよかった。 それのアイコンとして我々がやってきた統合TVのコンテンツである<a href="https://togotv.dbcls.jp/pics.html">togo picture gallery (togopic)</a>を使っていただき。 2007年からそれをやってきた者としては歴史的なマイルストーンとなった。 なんか一時代終わった感じを受けたのは私だけではなかったようだ…。</p>2023-11-30T23:00:00+09:002023-11-30T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-11-30:/blog/november2023.html

<h1>2023年11月を振り返って</h1> <p>初旬にはバイオインフォマティクス講義の収録も終え、研究室内のことに取り組んだ11月だった。 新しい部屋の整備も進み …</p>

<h1>2023年11月を振り返って</h1> <p>初旬にはバイオインフォマティクス講義の収録も終え、研究室内のことに取り組んだ11月だった。 新しい部屋の整備も進み、研究員たちは新しい部屋への引っ越しも完了した。 アウトリーチ活動にも取り組み、<a href="https://www.biodx.org/post/2023-11-12">2023年11月12日に特別授業＆体験型ワークショップ「分子系統樹をつくろう」</a>にて「研究がつなぐ未来 バイオインフォマティクスの役割」と題した授業を行った。 また、COI-NEXTバイオDX拠点で取り組んでいるミツバチに関するアウトリーチイベント<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/bee-summit-2023.html">ミツバチサミット2023</a>にも参加してきた。</p> <p>論文は出しているものの、なかなか進まず。 今月は（outputは）何もなしという状況だった。</p>2023-11-22T23:00:00+09:002023-11-22T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-11-22:/blog/covid-19-vaccine-5th-shot.html

<h1>コロナウイルスワクチン注射5回目</h1> <p>去年（2022年）11月に<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/covid-19-vaccine-4th-shot.html">4回目</a>からちょうど1年後の2023年11月に5回目を。 5回目にして初のファイザー製で、市中の医院で接種してもらってきた。</p> <p>副反応を予想し …</p>

<h1>コロナウイルスワクチン注射5回目</h1> <p>去年（2022年）11月に<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/covid-19-vaccine-4th-shot.html">4回目</a>からちょうど1年後の2023年11月に5回目を。 5回目にして初のファイザー製で、市中の医院で接種してもらってきた。</p> <p>副反応を予想して日を選び、次の日が祝日（勤労感謝の日）の22日に。 しかしながら、打った方の腕がちょっと違和感があった程度で発熱などはなし。</p>2023-11-19T23:59:00+09:002023-11-19T23:59:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-11-19:/blog/bee-summit-2023.html

<h1>ミツバチサミット2023</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/bee-summit-2019.html">ミツバチサミット2019</a>以来、4年ぶりのオンサイト開催ということで、今回も参加。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">ミツバチサミット🐝 <a href="https://t.co/DNHfeAOVKB">pic.twitter.com/DNHfeAOVKB</a></p>&mdash; オープンデータ推進者なの …</blockquote>

<h1>ミツバチサミット2023</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/bee-summit-2019.html">ミツバチサミット2019</a>以来、4年ぶりのオンサイト開催ということで、今回も参加。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">ミツバチサミット🐝 <a href="https://t.co/DNHfeAOVKB">pic.twitter.com/DNHfeAOVKB</a></p>&mdash; オープンデータ推進者なので情報共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) <a href="https://twitter.com/bonohu/status/1725755741284491310?ref_src=twsrc%5Etfw">November 18, 2023</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>前回参加後もミツバチに関わる研究は継続している。 <a href="https://www.jst.biodx.org">JST COI-NEXT バイオDX拠点</a>の研究開発課題「データ駆動型ゲノム育種 (デジタル育種) 技術の開発」の一つとしてミツバチにも取り組んでおり。 その研究チームの皆さんによる、シンポジウム1「ゲノムデータ解析とゲノム編集で高性能ミツバチを作る」に出て話を聴くのが今回のメイン。</p> <p>とはいえ、養蜂をやっていない私にはやはり門外漢の世界ではあったものの、多くの人にわれわれの取り組みを少しでも知ってもらえる機会となったのはとてもよかったなと。</p>2023-11-05T14:00:00+09:002023-11-05T14:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-11-05:/blog/home-coming-day-23.html

<h1>第17回ホームカミングデー＋第72回大学祭</h1> <p>今年も11月の第一土曜日はホームカミングデーということで、恒例になりつつある工学部横の並木道の紅葉をチェックしつつ、散歩がてらに 振り返ってみると …</p>

<h1>第17回ホームカミングデー＋第72回大学祭</h1> <p>今年も11月の第一土曜日はホームカミングデーということで、恒例になりつつある工学部横の並木道の紅葉をチェックしつつ、散歩がてらに 振り返ってみると、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/home-coming-day-2020.html">2020年</a>、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/home-coming-day-21.html">2021年</a>、<a href="https://twitter.com/bonohu/status/1588774457292001281">2022年</a>に引き続き、4年連続4回目。 こうも皆勤なのは、この時期は自分が担当のバイオインフォマティクス講義の収録があって遠出ができず、出かけてないからなんだろうな。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">焼き牡蠣1個300円🦪‼️さらにラッキーなことにオマケ付き <a href="https://t.co/DVqGb8KtOt">pic.twitter.com/DVqGb8KtOt</a></p>&mdash; オープンデータ推進者なので情報共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) <a href="https://twitter.com/bonohu/status/1720655895812775955?ref_src=twsrc%5Etfw">November 4, 2023</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>なんか毎年牡蠣を食べているような…。でも本場の牡蠣は、大変うまい！ コロナ前の元々の賑わいを知らないからわからないが、年々人の数が増えてきているように思う。</p> <p>これまで開催されているのをみたことがなかった教育学部祭も教育学部エリアで行われていて。 そこから南下していって、初めて大学祭のやっている総合科学部エリアにも行ってみた。</p> <p>今年は学生だけという制限が取れたので、自分も入れたのだが、学生以外の地域の人も多くこられていた（自分も地域の人なのだが！）。 約30年前に自分が学祭に参加してた時のことを思い出して懐かしくもあり。 大学生が中心となって活躍してて、活気のある感じなのがとても良いなあと。 そのパワーに少しでもあやかりたい。</p>2023-10-31T20:00:00+09:002023-10-31T20:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-10-31:/blog/october2023.html

<h1>2023年10月を振り返って</h1> <p>この10月から定年制雇用に切り替わり、これまでの卓越大学院がメインの大学院教育だけから学部（理学部生物科学科）の教育もカバーするように …</p>

<h1>2023年10月を振り返って</h1> <p>この10月から定年制雇用に切り替わり、これまでの卓越大学院がメインの大学院教育だけから学部（理学部生物科学科）の教育もカバーするようになった。 それに伴い、これまでは関わることのなかった会議や諸イベントにも参加するようになった。 そして、学部3年生が2名配属となり、彼らの教育に関しても関わっていくこととなった。 学部3年生以外にも今月から社会人大学院生（博士課程後期）が1名加わっており、結果として3名の学生がこの10月より新たに追加となり、実質何も変わってないが<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/relaunching-bonohulab.html">bonohulabの再立ち上げ</a>となった。 ちょうどこのタイミングで、COI-NEXTのプロジェクトで使う研究スペースを追加していたくことが叶い、そこのセットアップも開始したので、名実ともに「再立ち上げ」っぽくはなっているが…。</p> <p>長期の出張は難しかったが、それでも去年に引き続き、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/biojapan2023.html">BioJapan2023</a>に参加し、今後の共同研究のタネを多数蒔いてきた。 それ以外は、バイオインフォマティクス講義の収録全15回に取り組み、今日現在残り2回の収録となっている。 そんな中でも、2023年9月の国内版バイオハッカソンBH23.9で行ったことをまとめたプレプリントを1本BioHackrXivにアップロードした。</p> <blockquote> <p>Efforts to analyze pathways in non-model organisms (<a href="https://doi.org/10.37044/osf.io/spf3q">DOI: <code>10.37044/osf.io/spf3q</code></a>) </p> </blockquote> <p>引き続き頑張っていきたい。</p>2023-10-15T10:00:00+09:002023-10-15T10:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-10-15:/blog/biojapan2023.html

<h1>BioJapan2023</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/biojapan2022.html">昨年</a>に引き続き、今年もBioJapanに参加。 ちょうど職名も変わってというタイミングで、お披露目にもちょうど良く。 今年はフル参 …</p>

<h1>BioJapan2023</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/biojapan2022.html">昨年</a>に引き続き、今年もBioJapanに参加。 ちょうど職名も変わってというタイミングで、お披露目にもちょうど良く。 今年はフル参加の3日間で、手元に残った名刺数は約30枚。 今年は、<a href="https://www.biodx.org/post/2022-12-26">2022年12月末に認定</a>された<a href="https://www.biodx.org">ひろしまバイオDXコミュニティ</a>のブースのお手伝いをしつつ、いろんな方と議論するというお役目で。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">昨日の <a href="https://twitter.com/hashtag/BioJapan?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#BioJapan</a> は5,983人の参加者を迎え、大盛況のうちに終了しました！ <a href="https://twitter.com/hashtag/BioJapan2023?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#BioJapan2023</a> の2日目も皆様のご参加をお待ちしております！<br><br>セミナーやプレゼンテーションにご興味のある方は、以下のページをご覧ください。<a href="https://t.co/RxwRK24xpD">https://t.co/RxwRK24xpD</a> <a href="https://t.co/bJiSnWmRL2">pic.twitter.com/bJiSnWmRL2</a></p>&mdash; BioJapan (@BioJapanExpo) <a href="https://twitter.com/BioJapanExpo/status/1712253781520576736?ref_src=twsrc%5Etfw">October 11, 2023</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>ということで<a href="https://jcd-expo.jp/ja/">のべ約1万6千人ぐらいの人が来た</a>らしい。</p> <p>経済産業省大臣も来てたらしい。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">西村大臣は、BioJapan2023に出席し、バイオものづくり、創薬・再生医療の展示などを視察。経産省ではバイオものづくり、ワクチン製造、創薬ベンチャーの分野で約１兆円規模の支援を措置しており、引き続きバイオ分野の取組を全力で応援します。<a href="https://twitter.com/hashtag/meti_daijin?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#meti_daijin</a> <a href="https://t.co/lF9anrCsjY">pic.twitter.com/lF9anrCsjY</a></p>&mdash; 経済産業省 (@meti_NIPPON) <a href="https://twitter.com/meti_NIPPON/status/1712319748422459467?ref_src=twsrc%5Etfw">October 12, 2023</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>個人的には、 1. 昨年この場で知り合いへの連絡を託けたことがきっかけとなって<a href="https://doi.org/10.7875/togotv.2023.042">とっとりバイオフロンティアセミナーで講演</a>する機会を得た。 その時お世話になった人にまたこのBioJapan2023で再会するなども。 2. また、昨年この場で初めてお会いして話を聞かせてもらった研究所から後日共同研究提案を受け、今ではそれを一緒にやっている事例も。 3. そして今年、直接仕事とは関係のないところからのお話を発展させて共同研究に持っていく「仕掛け」をこの場で（現在きっちりと認識しているだけで）2件ほど行うなど。 今年も色々とprimerとなるキッカケを得られた場だったな、と帰ってきて思う次第。</p> <p>今後どう展開していくかが楽しみ。</p>2023-10-07T23:00:00+09:002023-10-07T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-10-07:/blog/sakematsuri-23.html

<h1>酒まつり2023</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/sakematsuri-22.html">昨年</a>に引き続き、今年も<a href="https://sakematsuri.com">酒まつり</a>へ行ってきた。 ついに今年2023年、コロナ前の2019年と同じ規模での開催ということで。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">まさかの。PayPayで支払えないレベルの人の混雑 <a href="https://t.co/4afh5adBKL">https://t.co/4afh5adBKL</a> <a href="https://t.co/c94o07KmH1">pic.twitter.com/c94o07KmH1 …</a></p></blockquote>

<h1>酒まつり2023</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/sakematsuri-22.html">昨年</a>に引き続き、今年も<a href="https://sakematsuri.com">酒まつり</a>へ行ってきた。 ついに今年2023年、コロナ前の2019年と同じ規模での開催ということで。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">まさかの。PayPayで支払えないレベルの人の混雑 <a href="https://t.co/4afh5adBKL">https://t.co/4afh5adBKL</a> <a href="https://t.co/c94o07KmH1">pic.twitter.com/c94o07KmH1</a></p>&mdash; オープンサイエンス推進者なので情報を共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) <a href="https://twitter.com/bonohu/status/1710570476106547424?ref_src=twsrc%5Etfw">October 7, 2023</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>今回は市外から友人を迎えて、案内しつつ回り、<a href="https://www.kamoizumi.co.jp">賀茂泉</a>で限定酒の試飲。 去年偶然見つけたけどすでにほぼ売り切れていた賀茂金秀（<a href="https://www.kamokin.com">金光酒造</a>）でも試飲を。 いつもお世話になっている<a href="https://twitter.com/kimagure_hide">ひで</a>にも行って、冷と燗をそれぞれ一杯。 それ以外にも道中、ご無沙汰している人にもお会いできて。良い機会でした。</p> <p>昨年よりも混雑がすごく、東広島市内では普及しているPayPayによる決済が不可能になるというありさま。 回線を一時的に増強していただくか、WiFi網を充実させていただきたいと思った次第。 個人的には、1日で15k歩だったようで、よく歩いた1日でした。お疲れさまでした</p>2023-10-01T07:00:00+09:002023-10-01T07:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-10-01:/blog/relaunching-bonohulab.html

<h1>bonohulabの再立ち上げ</h1> <p>2023年9月30日に特任教員（特任教授）を退職。 翌2023年10月1日に教授として採用されました。 これまでの卓越大学院のバイオインフォマティクス教育が本務のプロジェクト雇用（任期 …</p>

<h1>bonohulabの再立ち上げ</h1> <p>2023年9月30日に特任教員（特任教授）を退職。 翌2023年10月1日に教授として採用されました。 これまでの卓越大学院のバイオインフォマティクス教育が本務のプロジェクト雇用（任期あり）から、運営費交付金による大学からの雇用（定年制）となった。 研究室自体は何も変化してないのであるが、bonohulab再立ち上げ(relaunch)になるのかな、と。</p> <p>3年半前にbonohulabを立ち上げたときには1人のボッチラボだったのに、多くの人が加入してくれた。 2023年10月入学の社会人大学院生がさらに1人増え、ついに学生は9人になり、研究員が3+5=8人なので、自分も入れると総勢18人の研究室に。 人の数がいれば良い研究分野ではないが。 今後は、学部教育にも守備範囲を広げ、より多くの人材を育成できるということは、大学に来た意義が深く、大変な喜び。 多くの人にゲノム情報科学、所属学部名でもある生物科学を学ぶきっかけを作っていきたい。</p>2023-09-30T00:00:00+09:002023-09-30T00:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-09-30:/blog/september2023.html

<h1>広大での3年半を振り返って</h1> <p>2023年9月30日をもって広島大学大学院統合生命科学研究科の特任教員を辞めることになりました。</p> <blockquote> <p>来月2020年4月からは転職して、バイオインフォマティクスの<strong>教育</strong>をしながら、生命科学分野の<strong>高速道路</strong>を使い倒して研究をす …</p></blockquote>

<h1>広大での3年半を振り返って</h1> <p>2023年9月30日をもって広島大学大学院統合生命科学研究科の特任教員を辞めることになりました。</p> <blockquote> <p>来月2020年4月からは転職して、バイオインフォマティクスの<strong>教育</strong>をしながら、生命科学分野の<strong>高速道路</strong>を使い倒して研究をする仕事に就きます。</p> </blockquote> <p>と<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/march2020.html">3年半前に宣言</a>した通り、教育活動しながら生命科学研究を進めてまいりました。</p> <p>具体的には、卓越大学院プログラムの特任教員としてバイオインフォマティクス講義を年1シリーズ15回を3年にわたり全部1人で担当して参りました。 また大学院の教員として、博士課程前期からのべ5人、博士課程後期からの社会人大学院生を4人学生を受け入れ、1人はすでに博士学位を取得して会社の戻られ大活躍していると聞いています。</p> <p>また、研究においては2020年に12本（査読済み8本）、2021年に19本（同12本）、2022年に21本（同11本）、2023年13本（同5本）の合計65本（査読済み36本）の論文を出し、bonohulabを立ち上げてからの査読済み論文も16本となりました。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">論文マグカップ +=2ということで。<br>2021年4個（右上）<br>2022年8個（右下）<br>2023年4個（左下）<br>で、合計16個に。<a href="https://twitter.com/hashtag/bonohulab?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#bonohulab</a> から出た査読済み論文の数でもあるわけだが、本当、ラボメンバーの皆さんの努力のおかげに他ならない <a href="https://t.co/GXucTKaVIG">pic.twitter.com/GXucTKaVIG</a></p>&mdash; オープンサイエンス推進者なので情報を共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) <a href="https://twitter.com/bonohu/status/1707728470896468136?ref_src=twsrc%5Etfw">September 29, 2023</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>これまで長い間、お世話になりました。 今後ともよろしくお願いします。</p> <p><a href="https://www.amazon.co.jp/hz/wishlist/ls/DPZCVJ7V5F7L?ref_=wl_share">wishlistはこちら</a>。</p>2023-08-31T20:00:00+09:002023-08-31T20:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-08-31:/blog/august2023.html

<h1>2023年8月を振り返って</h1> <p>この8月は出張が3回あった上に盆休みもあったため、ラボにいる日が極端に少なかった。 その一つが、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/lecture-in-okinawa.html">沖縄での講演</a>で沖縄に行ったのは実に9年半ぶり。 また、月初めには<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/lab-tour-for-undergraduates.html">学 …</a></p>

<h1>2023年8月を振り返って</h1> <p>この8月は出張が3回あった上に盆休みもあったため、ラボにいる日が極端に少なかった。 その一つが、<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/lecture-in-okinawa.html">沖縄での講演</a>で沖縄に行ったのは実に9年半ぶり。 また、月初めには<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/lab-tour-for-undergraduates.html">学部生対象研究室見学会</a>を初めて行った。 今年のお盆休みは、知り合いを訪ねる旅を兼ねて（プライベートなのか出張なのかわからない時もあったが）とにかく満喫した。</p> <p>今月は論文が2本出版された。</p> <blockquote> <p>Meta-Analysis of Heat-Stressed Transcriptomes Using the Public Gene Expression Database from Human and Mouse Samples (<a href="https://doi.org/10.3390/ijms241713444">DOI: <code>10.3390/ijms241713444</code></a>) </p> <p>DANGER analysis: Risk-averse on/off-target assessment for CRISPR editing without a reference genome (<a href="https://doi.org/10.1093/bioadv/vbad114">DOI: <code>10.1093/bioadv/vbad114</code></a>) </p> </blockquote> <p>これで2023年は、査読済論文5本となった。 submittedが5本で次の月(2023年9月)に突入。</p>2023-08-12T21:00:00+09:002023-08-12T21:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-08-12:/blog/lecture-in-okinawa.html

<h1>講演＠沖縄</h1> <p>台風6号の影響が懸念され、直前までちゃんと行けるのか不明な事態だったが、9年半ぶりに沖縄に行ってこれた。</p> <p>2023年8月9日沖縄県立博物館・美術館（おきみゅー）講堂にて開催されたシ …</p>

<h1>講演＠沖縄</h1> <p>台風6号の影響が懸念され、直前までちゃんと行けるのか不明な事態だったが、9年半ぶりに沖縄に行ってこれた。</p> <p>2023年8月9日沖縄県立博物館・美術館（おきみゅー）講堂にて開催されたシンポジウム「沖縄ならではのSociety5.0実現に向けて」で「バイオDXによるゲノム編集基盤技術開発におけるバイオインフォマティクスの役割」と題して講演。 おそらく、2023年3月の<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/hiroshima-bio-forum-22.html">広島バイオフォーラム</a>の後に内閣府認定バイオコミュニティ関係の交流会＠広島市内にて、<a href="https://okibic.jp/">沖縄バイオコミュニティー</a>の中の人たちと対面でお話ししたのがきっかけではないかと。 今回は、シンポジウムの趣旨に鑑み、バイオインフォマティクス教育に重点を置いて話させていただいた。</p> <p>講演後には、2015年出版の<a href="https://amzn.to/3QxNpoN">DRY解析教本</a>や2017年の<a href="https://amzn.to/3KBKAzb">生命科学データ解析</a>などの本がそれぞれの人のさまざまな局面で参考になったという声を複数いただき。 そういった活動もしてきてよかったんだな、と実感するなど。</p> <p>シンポジウムの前後の時間にCOI-NEXTの他拠点や先方の<a href="https://okibic.jp">沖縄バイオコミュニティ</a>の関係施設にお邪魔することもできて非常に充実した出張であった。 何か一つでいいので、今後のcollaborationに発展すると良いなあと。</p>2023-08-02T21:00:00+09:002023-08-02T21:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-08-02:/blog/lab-tour-for-undergraduates.html

<h1>学部生対象研究室見学会</h1> <p>ラボ開設4年目にして初の学部生3年生を対象にした研究室見学会を今日2023年8月2日に。 限られた時間なので詳しい研究の内容などは話せなかったが、それは先月の7月にやった授業で話して …</p>

<h1>学部生対象研究室見学会</h1> <p>ラボ開設4年目にして初の学部生3年生を対象にした研究室見学会を今日2023年8月2日に。 限られた時間なので詳しい研究の内容などは話せなかったが、それは先月の7月にやった授業で話して、プレゼン資料もPDFとして配布したし。</p> <p>今日はむしろ実際に研究している部屋にまで来てもらい、その雰囲気を体感してもらうのが狙い。 しかし、バイオインフォマティクスのラボなので特に何かみてもらうものもなく。 ごっついサーバーなどがあったりするとよかったんだが、それもうちにはなく。 だが、実感は得られたのではないかと。</p>2023-07-31T23:00:00+09:002023-07-31T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-07-31:/blog/july2023.html

<h1>2023年7月を振り返って</h1> <p>この7月は出張もなく、ずっとラボに通う毎日であった。 しかし、学部授業、そして<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/first-lecture-with-students.html">対面授業</a>を3年4ヶ月目にして初めて行ったことは大きなイベントだった。 また、月末にはDBCLSの小野さんをお招きしてTogoTVthonなる統合TV製作者の集まりをローカルに開いたのも初めてのことだった。</p> <p>相変わらず報道され …</p>

<h1>2023年7月を振り返って</h1> <p>この7月は出張もなく、ずっとラボに通う毎日であった。 しかし、学部授業、そして<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/first-lecture-with-students.html">対面授業</a>を3年4ヶ月目にして初めて行ったことは大きなイベントだった。 また、月末にはDBCLSの小野さんをお招きしてTogoTVthonなる統合TV製作者の集まりをローカルに開いたのも初めてのことだった。</p> <p>相変わらず報道されないコロナ禍が、実は広がっているのは不安要素であるのは先月からの引き続きの懸念事項。 だが、8月はまた出張や外出が続くので気をつけていかねば。</p> <p>今月は、プレプリント3本公開。 1本目はbonohulabからの魚類の生殖腺トランスクリプトームのメタ解析の論文。</p> <blockquote> <p>Meta-analysis of gonadal transcriptomes in protogynous fishes provides novel perspective into sex change machinery <a href="https://doi.org/10.1101/2023.07.09.545663"><code>10.1101/2023.07.09.545663</code></a></p> </blockquote> <p>2本目はBiohackathon2023でやったことをみんなでまとめたプレプリント。</p> <blockquote> <p>BioHackJP 2023 Report R3: Expand the pathway analysis environment to non-model organisms <a href="https://doi.org/10.37044/osf.io/4uskb"><code>10.37044/osf.io/4uskb</code></a></p> </blockquote> <p>そして、3本目はニホンミツバチのゲノム配列解読の論文。</p> <blockquote> <p>Genome assembly reconstruction of the Japanese honey bee, Apis cerana japonica (Hymenoptera: Apidae), using homology-based assembly and nanopore long-reads <a href="https://doi.org/10.1101/2023.07.26.550500"><code>10.1101/2023.07.26.550500</code></a></p> </blockquote> <p>さらに、査読済みの共同研究論文（ハダカデバネズミの細胞老化論文）としては1本出版された。 長年一緒に取り組んできた研究テーマだっただけに感慨深い。</p> <blockquote> <p>Cellular senescence induction leads to progressive cell death via the INK4a-RB pathway in naked mole-rats <a href="https://doi.org/10.15252/embj.2022111133"><code>10.15252/embj.2022111133</code></a></p> </blockquote> <p>これで遅ればせながら2023年の論文公開数10本（査読ずみ3本、プレプリント7本）。 これからも頑張っていこう。</p>2023-07-12T23:00:00+09:002023-07-12T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-07-12:/blog/first-lecture-with-students.html

<h1>生徒がいる初の授業</h1> <p>大学に転職して3年3ヶ月半にして、やっと初対面授業。 <a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/first-lecture-without-students.html">3年前来てすぐに講義デビュー</a>はしたものの、自分の担当である大学院講義は基本、オン …</p>

<h1>生徒がいる初の授業</h1> <p>大学に転職して3年3ヶ月半にして、やっと初対面授業。 <a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/first-lecture-without-students.html">3年前来てすぐに講義デビュー</a>はしたものの、自分の担当である大学院講義は基本、オンデマンドということもあって、ずっと対面授業はしてこず。</p> <p>そして、初めての学部授業でもあった。 3年生向けの「先端生物学」という、毎回違う先生が自分の専門分野に関して話すオムニバス講義だったが、その中の一部を15分で。 もっと平易に研究室でやっていることを伝えられるようにならなければ、といつもながらに再確認。</p>2023-06-30T23:00:00+09:002023-06-30T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-06-30:/blog/june2023.html

<h1>2023年6月を振り返って</h1> <p>6月は学会年会とBioHackathon2023（とそれに続く関東出張）で出張が多く、合計12泊の外泊。 もちろん、月当たりの数では転職以来最多。 その結果、多くの人とあっ …</p>

<h1>2023年6月を振り返って</h1> <p>6月は学会年会とBioHackathon2023（とそれに続く関東出張）で出張が多く、合計12泊の外泊。 もちろん、月当たりの数では転職以来最多。 その結果、多くの人とあってオフラインの交流が進んだ。 コロナ禍以前の状態に戻りつつあるが、報道されないコロナ禍が実は広がっているのは不安要素。</p> <p>今月は、共同研究先のプレプリントをbioRxivに1本アップロード。</p> <blockquote> <p>Transcriptome Analysis Reveals Enhancement of Cardiogenesis-Related Signaling Pathways by S-nitroso-N-pivaloyl-D-penicillamine (SNPiP): Implications for Improved Diastolic Function and Cardiac Performance (<a href="https://doi.org/10.1101/2023.06.20.545771">DOI: <code>10.1101/2023.06.20.545771</code></a>) </p> </blockquote>2023-06-28T22:00:00+09:002023-06-28T22:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-06-28:/blog/biohackathon2023.html

<h1>Biohack23</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/biohackathon2019.html">2019年に博多で開催</a>して以来、開催できてなかった国際版のBiohackathon。 今年2023年、4年ぶりに香川県の高松と小豆島にて<a href="https://2023.biohackathon.org">DBCLS BioHackathon2023</a>開催。 日曜日に高松に集合して、続く月曜日から土曜日ま …</p>

<h1>Biohack23</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/biohackathon2019.html">2019年に博多で開催</a>して以来、開催できてなかった国際版のBiohackathon。 今年2023年、4年ぶりに香川県の高松と小豆島にて<a href="https://2023.biohackathon.org">DBCLS BioHackathon2023</a>開催。 日曜日に高松に集合して、続く月曜日から土曜日まで丸1週間ハッカソンといういつものスタイルなのだが、事情で自分は水曜日途中までしか参加できず。 それでもパスウェイデータ周りでやっていきたいことを進めて、あとは仲間に引き継げた模様。</p> <p>より多くの人が関心持って入ってきてくれることが重要だと毎度ながら。 ラボから自分以外に3人の新規参加者を連れて行って。 それなりに盛り上げに貢献できたかなと。</p>2023-06-08T23:00:00+09:002023-06-08T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-06-08:/blog/jsgedit-8th.html

<h1>日本ゲノム編集学会第8回大会</h1> <p>今年は（結果として）4年ぶりにオンサイトで。 しかも前回オンサイトで行われた東京・船堀にて。 そのころはまだ前 …</p>

<h1>日本ゲノム編集学会第8回大会</h1> <p>今年は（結果として）4年ぶりにオンサイトで。 しかも前回オンサイトで行われた東京・船堀にて。 そのころはまだ前職で、実はその時の話がきっかけで転職することになったのであった。</p> <p>学生2人と共同研究講座助教のあわせて3人が発表し、後者はポスター賞に選ばれた。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">日本ゲノム編集学会 第8回大会にて、<a href="https://twitter.com/hashtag/PtBio?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#PtBio</a> 主任研究員の中前和恭が優秀ポスター賞を授賞しました！<br>「DANGER Analysis：表現型への影響を評価する新規オフターゲット解析ツール」<br>この技術をより高めていくことでゲノム編集をより安全な形で社会に届けられればと思います <a href="https://t.co/fY6LiYyMly">https://t.co/fY6LiYyMly</a></p>&mdash; PtBio Inc.｜プラチナバイオ株式会社 (@PtBio_Inc) <a href="https://twitter.com/PtBio_Inc/status/1675673317787975680?ref_src=twsrc%5Etfw">July 3, 2023</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>来年は大阪・中之島にて開催とのこと。 我々のやっている研究も徐々に認知されてきているように思うが、まだまだこれから。 bonohulabでの研究をさらに発表できる場になるよう、研究頑張っていきたい。</p>2023-05-31T23:00:00+09:002023-05-31T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-05-31:/blog/may2023.html

<h1>2023年5月を振り返って</h1> <p>5月はオンサイトでの外部講演が2つ、大阪と米子に遠征。 米子でのそれは早くも統合TV化された。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">バイオDXによるデータ駆動型生命科学研究 @ とっとりバイオフロンティア人材育成セミナー <a href="https://t.co/UkmhiP4Baa">https://t …</a></p></blockquote>

<h1>2023年5月を振り返って</h1> <p>5月はオンサイトでの外部講演が2つ、大阪と米子に遠征。 米子でのそれは早くも統合TV化された。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">バイオDXによるデータ駆動型生命科学研究 @ とっとりバイオフロンティア人材育成セミナー <a href="https://t.co/UkmhiP4Baa">https://t.co/UkmhiP4Baa</a></p>&mdash; TogoTV (@togotv) <a href="https://twitter.com/togotv/status/1663801759830278145?ref_src=twsrc%5Etfw">May 31, 2023</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>さらに担当授業も1つあり（これはオンデマンドなので収録であったが）、予定が結構立て込んでいた。 それにさらに日本語の物書きも並行してやるなど、本当なかなか多忙だった。</p> <p>そして5月にしてようやく、今年＆今年度初の査読ずみ論文が今月に出た。</p> <blockquote> <p>Meta-Analysis of Public RNA Sequencing Data Revealed Potential Key Genes Associated with Reproductive Division of Labor in Social Hymenoptera and Termites (<a href="https://doi.org/10.3390/ijms24098353">DOI: <code>10.3390/ijms24098353</code></a>)</p> </blockquote> <p>今月は、もう一人のM2によるプレプリントをbioRxivにアップロードすることができた。</p> <blockquote> <p>Meta-analysis of heat-stressed transcriptomes using the public gene expression database from human and mouse samples (<a href="https://doi.org/10.1101/2023.04.30.537112">DOI: <code>10.1101/2023.04.30.537112</code></a>) </p> </blockquote> <p>ようやく2023年度が始まったという感じの5月だった。</p>2023-04-30T11:00:00+09:002023-04-30T11:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-04-30:/blog/april2023.html

<h1>2023年4月を振り返って</h1> <p>年度が変わり、bonohulabでの4年目がスタート。 学生の数が5人から8人となった。 今年は大学院入学の問い合わせは博士課程後期、しかも社会人特別入試にかかわる …</p>

<h1>2023年4月を振り返って</h1> <p>年度が変わり、bonohulabでの4年目がスタート。 学生の数が5人から8人となった。 今年は大学院入学の問い合わせは博士課程後期、しかも社会人特別入試にかかわる系ばかりで、2024年4月入学の博士課程前期は現時点でなく。 年度によってムラがある模様。</p> <p>年度頭ということもあって相変わらず共同研究打ち合わせが多い中、テレビ取材があり割とすぐに放映された模様。 そしてそのダイジェストは<a href="https://newsdig.tbs.co.jp/articles/-/441374?page=3">TBS NEWS DIGにアップ</a>された。 自分が出たのはおそらく初めてではないかと。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">／<br>もうすぐ開発「卵アレルギーの人も食べられる卵」 未来の食を変える　広島大学 “ゲノム研究” 最前線<br>＼<a href="https://t.co/9zrSEriSbU">https://t.co/9zrSEriSbU</a><br><br>食の未来” が変わる可能性を秘めた研究が、広島で進んでいます<br><br> <a href="https://twitter.com/hashtag/newsdig?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#newsdig</a> <a href="https://twitter.com/hashtag/%E4%B8%AD%E5%9B%BD%E6%94%BE%E9%80%81?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#中国放送</a></p>&mdash; TBS NEWS DIG Powered by JNN (@tbsnewsdig) <a href="https://twitter.com/tbsnewsdig/status/1649782932561854465?ref_src=twsrc%5Etfw">April 22, 2023</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>今月は外部での講演は一回、以下の東京大学農学生命科学研究科「情報生命工学」の講義なのだが、オンラインということであまりやった感慨もなく。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">本日、オンラインで東京大学農学生命科学研究科「情報生命工学」の講義「データ駆動型ゲノム育種 (デジタル育種)に向けたゲノム編集データ解析基盤技術の開発」をいたします<a href="https://t.co/lxG5p58B7h">https://t.co/lxG5p58B7h</a><br>自分の外部発表ログによると2018年以来5年ぶり7回目。聴講される方、何卒よろしくお願いいたします！ <a href="https://t.co/J89qvm1Ljk">pic.twitter.com/J89qvm1Ljk</a></p>&mdash; オープンサイエンス推進者なので情報を共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) <a href="https://twitter.com/bonohu/status/1647738768840089601?ref_src=twsrc%5Etfw">April 16, 2023</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>今月は、新M2によるプレプリントをbioRxivにアップロードすることができた。</p> <blockquote> <p>Meta-Analysis of Public RNA Sequencing Data of Abscisic Acid-Related Abiotic Stresses in Arabidopsis thaliana (<a href="https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.04.17.537107v1">DOI: <code>10.1101/2023.04.17.537107</code></a>)</p> </blockquote> <p>まだ査読ずみ論文は2023年出てない！</p>2023-04-22T23:00:00+09:002023-04-22T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-04-22:/blog/food-security-symposium-2023.html

<h1>食料安全保障シンポジウム</h1> <p>G7広島サミットと広島大学75+75周年記念事業の<a href="https://www.hiroshima-u.ac.jp/news/76338">食料安全保障シンポジウム</a>が学内であるということで参加。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">食料安全保障シンポジ …</p></blockquote>

<h1>食料安全保障シンポジウム</h1> <p>G7広島サミットと広島大学75+75周年記念事業の<a href="https://www.hiroshima-u.ac.jp/news/76338">食料安全保障シンポジウム</a>が学内であるということで参加。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">食料安全保障シンポジウムに参加。実はサタケメモリアルホールに入るのは初 <a href="https://t.co/SSkaouJjQS">pic.twitter.com/SSkaouJjQS</a></p>&mdash; オープンサイエンス推進者なので情報を共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) <a href="https://twitter.com/bonohu/status/1649637064605057025?ref_src=twsrc%5Etfw">April 22, 2023</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>会場のサタケメモリアルホールに入るのは、こちらに来て4年目にして初めてという。 それぐらい、コロナで控えられていたということだろう。</p> <p>せっかく今は大学に所属していてすぐ近くにいるのだから、今後はこの種のイベントに積極的に参加していかねばという思いを新たに。</p>2023-03-31T23:00:00+09:002023-03-31T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-03-31:/blog/march2023.html

<h1>2023年3月を振り返って</h1> <p>2023年3月は <a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/biodx-outreach-event-2023-done.html">BioDXのアウトリーチイベント</a>や<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/odokon2023.html">学会発表</a>、そして初の<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/research-presentation-230324.html">研究会内でのbonohulabの研究紹介的なポスター発表</a>など、対外的なイベントが多く。 懸案だった共同研究打ち合わせにも月 …</p>

<h1>2023年3月を振り返って</h1> <p>2023年3月は <a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/biodx-outreach-event-2023-done.html">BioDXのアウトリーチイベント</a>や<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/odokon2023.html">学会発表</a>、そして初の<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/research-presentation-230324.html">研究会内でのbonohulabの研究紹介的なポスター発表</a>など、対外的なイベントが多く。 懸案だった共同研究打ち合わせにも月末に1つ行くことができた。 今月も出版された原著論文は結果としてなかったが、プレプリントは一つbioRxivに。</p> <blockquote> <p>DANGER analysis: Risk-averse on/off-target assessment for CRISPR editing without a reference genome (<a href="https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.03.11.531115">DOI: <code>10.1101/2023.03.11.531115</code></a>) </p> </blockquote> <p>結果として2022年度は、</p> <ul> <li>プレプリント10本（bioRxivが9本、BioHackrXivが1本）</li> <li>査読済み論文13本、うちboonhulabからの論文9本</li> <li>プレスリリース7回、うちbonohulab主体のもの6回</li> <li>海外プレスリリース 4回</li> </ul>2023-03-25T23:00:00+09:002023-03-25T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-03-25:/blog/shutoiten-3years.html

<h1>酒都移転3年</h1> <p>今日2023年3月25日で酒都西条に移転して丸3年になった。</p> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/shutoiten-2years.html">2年目</a>に比べると出張にもだいぶ行けるようになり、コロナ禍以前の状態に戻ってきているのではな …</p>

<h1>酒都移転3年</h1> <p>今日2023年3月25日で酒都西条に移転して丸3年になった。</p> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/shutoiten-2years.html">2年目</a>に比べると出張にもだいぶ行けるようになり、コロナ禍以前の状態に戻ってきているのではないかと。 ただ、自分はコロナ禍が始まったと同時に異動してきたので、以前の状態を今のところでは経験しておらず。</p> <p>2年前に</p> <blockquote> <p>個人的にはとても長く感じた1年だったが、次の1年もさらに長く感じそうな予感…。</p> </blockquote> <p>と感じていたが、1年前には</p> <blockquote> <p>予測ははずれて、あっという間の2年目だった。 その流れだと3年目はさらに短く感じるのだろうか？</p> </blockquote> <p>と書いていたが、その通り、さらに短い1年だったように感じた。</p> <p>ひとり静かに、こちらにきてからのお気に入りの三次ワイナリーのMerlotでお祝い。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">酒都移転3年の記念日ということで。広島三次ワイナリー <a href="https://t.co/OjUN70t12P">https://t.co/OjUN70t12P</a> のMerlotとお気に入りの諸々でプチぼっちパーティー <a href="https://t.co/8NdCEclzrP">pic.twitter.com/8NdCEclzrP</a></p>&mdash; オープンサイエンス推進者なので情報を共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) <a href="https://twitter.com/bonohu/status/1639560935504482305?ref_src=twsrc%5Etfw">March 25, 2023</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>まずます学生が増えて今後どうなっていくのか？ わからないけど、これからも頑張ろう。</p>2023-03-24T23:00:00+09:002023-03-24T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-03-24:/blog/research-presentation-230324.html

<h1>研究発表会230324</h1> <p>研究科内でオンサイトでの研究発表会（ポスター発表）があるということで、発表した。 ちょうどコロナ禍 …</p>

<h1>研究発表会230324</h1> <p>研究科内でオンサイトでの研究発表会（ポスター発表）があるということで、発表した。 ちょうどコロナ禍が始まったタイミングで異動していたこともあって、実はこれまで一度も研究科内で研究室での活動を発表したことがなく、良い機会だと捉えて。</p> <iframe src="https://widgets.figshare.com/articles/22298560/embed?show_title=0" width="568" height="351" allowfullscreen frameborder="0"></iframe> <p>実際発表してみると意外に盛況で話を聞いてくれた先生方や学生さん多数。 最後の方はヘトヘトで体力の衰えを感じたが、bonohulabの活動を学内で知ってもらう良い機会であった。</p>2023-03-21T18:00:00+09:002023-03-21T18:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-03-21:/blog/biodx-outreach-event-2023-done.html

<h1>ミライ牧場イベント2nd無事終了</h1> <p>2023年3月5日(日)に開催したバイオDXを紹介するアウトリーチイベント<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/biodx-outreach-event-2023.html">「ゲノム解読から生物のプログラミング〜教科書の外へいこう 未来の …</a></p>

<h1>ミライ牧場イベント2nd無事終了</h1> <p>2023年3月5日(日)に開催したバイオDXを紹介するアウトリーチイベント<a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/biodx-outreach-event-2023.html">「ゲノム解読から生物のプログラミング〜教科書の外へいこう 未来の研究者へ」</a>、無事終了し、動画アーカイブも出揃った。 去年はあいにくの雨だったが、今回はオンサイトでも10人ほど参加してくれて、終了後に質問を受けたりで、とてもよかった。</p> <p>まず、このイベントの企画を手伝ってくれたbonohulabの大学院生2人に「バイオインフォマティクスとはなにか」を軽く紹介してもらうところからセミナーが始められた。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">事前アンケートを取ったら、「バイオインフォマティクス」が高校生に知られておらず。急遽、学生さんにそれを説明するプレゼンを作ってもらい、会が始まる前に紹介してもらった動画。3分50秒ですので、すぐ観れてしまうので、何だろうという方は是非！ <a href="https://t.co/sShYITtzk3">https://t.co/sShYITtzk3</a> <a href="https://twitter.com/hashtag/togotv?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#togotv</a> <a href="https://twitter.com/hashtag/bonohulab?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#bonohulab</a> <a href="https://t.co/BfvIh81SCl">https://t.co/BfvIh81SCl</a> <a href="https://t.co/V7JAE98pAg">pic.twitter.com/V7JAE98pAg</a></p>&mdash; オープンサイエンス推進者なので情報を共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) <a href="https://twitter.com/bonohu/status/1636869990866644992?ref_src=twsrc%5Etfw">March 17, 2023</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>そして、研究者たちの「履歴書」というテーマで講師の先生方のお話をそれぞれ20分程度で。</p> <ul> <li>坊農秀雅の「履歴書」 <a href="https://doi.org/10.7875/togotv.2023.024"><code>https://doi.org/10.7875/togotv.2023.024</code></a></li> <li>清水厚志の「履歴書」 <a href="https://doi.org/10.7875/togotv.2023.025"><code>https://doi.org/10.7875/togotv.2023.025</code></a></li> <li>iPS細胞にゲノム編集する - バイオDXとヒト細胞研究 <a href="https://doi.org/10.7875/togotv.2023.026"><code>https://doi.org/10.7875/togotv.2023.026</code></a></li> <li>奥原啓輔の「履歴書」 ゲノム編集とバイオDXでミライを拓く <a href="https://doi.org/10.7875/togotv.2023.027"><code>https://doi.org/10.7875/togotv.2023.027</code></a></li> </ul> <p>その後に「研究と未来」というテーマでのトークセッション（非アーカイブ）、そしてbonohulab研究室紹介を動画で。 去年はゲノム編集ライブという形で実際にデータ解析しているところを見せたがなかなか伝わりにくかったので、今回は動画を事前に準備。 この動画は学部生の学生さんとbonohulabの大学院生が協力して作ってくれた力作！</p> <iframe width="560" height="315" src="https://www.youtube.com/embed/8V3SBaiKeWo" title="YouTube video player" frameborder="0" allow="accelerometer; autoplay; clipboard-write; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture; web-share" allowfullscreen></iframe> <p>しかし、配信時には回線の太さの関係で動画のqualityが悪かったのは誤算だった。 配信の経験に関してはこれからさらに積んでいこう。</p> <p>今回はオンサイトの参加者が多数いて話する方も緊張感を持って臨めたかな、と。 これからも、いろんな形でもアウトリーチ活動に取り組んでいきたい。</p> <p>（230325追記） 一般社団法人バイオDX推進機構のウェブサイトに<a href="https://www.biodx.org/20230305report">イベントの詳細なレポート</a>が掲載されました。</p>2023-03-17T23:59:00+09:002023-03-17T23:59:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-03-17:/blog/hiroshima-bio-forum-22.html

<h1>令和4年度広島バイオフォーラム</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/hiroshima-bio-forum-21.html">去年</a>は自分が講演した広島バイオテクノロジー推進協議会主催の広島バイオフォーラム。 残念ながらコロナ …</p>

<h1>令和4年度広島バイオフォーラム</h1> <p><a href="https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/hiroshima-bio-forum-21.html">去年</a>は自分が講演した広島バイオテクノロジー推進協議会主催の広島バイオフォーラム。 残念ながらコロナ感染者急増に伴い、直前にオンサイトからオンラインに変更されてしまい、会を準備してくれた人たちとは会えずじまいだった。</p> <p>今年度は、ひろしまバイオDXコミュニティが内閣府がバイオ市場関連の拡大に向けて進める<a href="https://www8.cao.go.jp/cstp/bio/index.html">バイオ戦略</a>の「地域バイオコミュニティ」に<a href="https://www.biodx.org/post/2022-12-26">2022年末に選定された</a>ことを受けて、同じタイミングで選定された<a href="https://okibic.jp">沖縄バイオコミュニティ</a>の方をお呼びしてのひろしまバイオフォーラム開催。 しかも新しくできた広島駅前の<a href="https://www.hiroshima-u.ac.jp/kiteminsailabo">広島大学きてみんさいラボ</a>にて、ということで、去年お会いできなかったこともあったのでオンサイトで参加させていただいた。</p> <p>ハイブリッド開催でオンラインでの配信もあったため、色々つっこみたくなる場面はグッと堪えてオンサイトの議論の場で色々とお話しした。 結果、先方との交流の可能性についても直接お話しすることができ、今後が楽しみとなった。 やはりオンサイトで話し合うことがこの種のプロジェクトの進展に必須だなと当たり前ながら再確認した次第。</p>2023-03-15T23:00:00+09:002023-03-15T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-03-15:/blog/odokon2023.html

<h1>日本応用動物昆虫学会大会2023＠摂南大農学部</h1> <p>2023年3月13日〜15日まで、第67回日本応用動物昆虫学会大会が大阪府枚方市と京都府八幡市にまたがる摂南大学で開かれた。</p> <p>今回も小集会の講師として参加。 コロナ禍でもオンラインで開 …</p>

<h1>日本応用動物昆虫学会大会2023＠摂南大農学部</h1> <p>2023年3月13日〜15日まで、第67回日本応用動物昆虫学会大会が大阪府枚方市と京都府八幡市にまたがる摂南大学で開かれた。</p> <p>今回も小集会の講師として参加。 コロナ禍でもオンラインで開催されていたようだが、オンサイトでの開催は自分が最後に参加した4年前以来だった模様。 ここの学会員でもないのに、オンサイト開催の大会としては4回連続の参加となった。</p> <p>今回話したのは「ゲノムデータ解析とゲノム 編集を利用し有用な昆虫 をつくる（昆虫BioDX）」という小集会で、JST COI-NEXTバイオDX拠点で我々が取り組んでいることを主に技術的な部分に重きをおいて「バイオDX産学共創拠点におけるデータ解析基盤技術開発」と題して話させていただいた。 それでもだいぶ内容を削ったのだが、ちょっと時間をオーバーしたようで申し訳なかった。</p> <p>それ以外にも、公共DBからのメタ解析に関して昆虫をターゲットに進めた研究に関して共著の発表が別の小集会（「RNAシーケンスデータのメタ解析」）とポスター発表（「社会性膜翅目およびシロアリの女王および働きアリ(ハチ)におけるRNAシーケンスデータのメタ解析」）にて。 RNA-Seqは普通に見かけるようになったが、扱っている多様な昆虫のゲノム解読の報告は見当たらず。 これから増えるのではないかと勝手に期待。</p>2023-02-28T23:00:00+09:002023-02-28T23:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2023-02-28:/blog/feburary2023.html

<h1>2023年2月を振り返って</h1> <p>今月は、2月ということもあって行事が多く。 なかなか研究活動に時間が取れなかったものの、今年度導入した大型実験機器によるデータが取れてき …</p>

<h1>2023年2月を振り返って</h1> <p>今月は、2月ということもあって行事が多く。 なかなか研究活動に時間が取れなかったものの、今年度導入した大型実験機器によるデータが取れてきて今後に期待が持てる感じ。 今月も出版された原著論文は結果としてなし。</p>