https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/2024-11-23T19:00:00+09:002024-11-23T19:00:00+09:002024-11-23T19:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-11-23:/blog/genomeseq20-obtained.html

<h1>ゲノム解読本入手</h1> <p>ついに「Dr. Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今」を2024年11月23日に入手した。 本来であれば週明けに職場に配送されるものを、集配を行う営業所留めの連絡 …</p>

<h1>ゲノム解読本入手</h1> <p>ついに「Dr. Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今」を2024年11月23日に入手した。 本来であれば週明けに職場に配送されるものを、集配を行う営業所留めの連絡をして取りに行ったというオチ。</p> <blockquote class="bluesky-embed" data-bluesky-uri="at://did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74/app.bsky.feed.post/3lbme6ae24c2f" data-bluesky-cid="bafyreig4eqo6z3nfsr6xvknfvjqu5aqesy34stap75bfmvo43fiiv6lpaa"><p lang="ja">At last. Got it! #GenomeSeq20<br><br><a href="https://bsky.app/profile/did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74/post/3lbme6ae24c2f?ref_src=embed">[image or embed]</a></p>&mdash; bonohu (<a href="https://bsky.app/profile/did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74?ref_src=embed">@bonohu.bsky.social</a>) <a href="https://bsky.app/profile/did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74/post/3lbme6ae24c2f?ref_src=embed">2024年11月23日 20:09</a></blockquote> <script async src="https://embed.bsky.app/static/embed.js" charset="utf-8"></script> <p><a href="https://amzn.to/4e29iEM">Amazonから</a>は発売がちょっと早まって2024年11月26日に変わっていた。 予約されたかたは週明けから配送が始まることであろう。</p> <p>心当たりある方には出版社から送られてくるかもしれないので、まずは届いてないか職場の郵便受けなどをご確認のほど。</p>2024-11-22T18:00:00+09:002024-11-22T18:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-11-22:/blog/genomeseq20-published.html

<h1>ゲノム解読本出版</h1> <p>2024年11月末発売とアナウンスされていた「Dr. Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今」が本日、2024年11月22日に発売された。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">【新刊】本日発売（新刊配本）です！（I）<br>『Dr. Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今 -』<br><br>ゲノム解読の「過去・現在・未来」がわかる …</p></blockquote>

<h1>ゲノム解読本出版</h1> <p>2024年11月末発売とアナウンスされていた「Dr. Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今」が本日、2024年11月22日に発売された。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">【新刊】本日発売（新刊配本）です！（I）<br>『Dr. Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今 -』<br><br>ゲノム解読の「過去・現在・未来」がわかる！<br>最新のゲノム解読の手順をまとめ、全体像と解析内容をわかりやすく解説。<a href="https://t.co/5yeHqO3zAP">https://t.co/5yeHqO3zAP</a> <a href="https://t.co/tWkxYwD4D9">pic.twitter.com/tWkxYwD4D9</a></p>&mdash; MEDSi販売部 (@MEDSi_han) <a href="https://twitter.com/MEDSi_han/status/1859783999469863301?ref_src=twsrc%5Etfw">November 22, 2024</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>東京から遠い遠方で働いているため、自分のところにはまだ届いていないが、出版社から献本された方にはすでに届き始めている模様。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">坊農さんからゲノム解読の献本をいただいた。<br><br>ゲノム解読のこれまでからこれからを網羅的に、かつ読みやすく取捨選択して紹介している。<br>研究室に入って最初に手に取っても良さそう。<br>トレードマークのハンチングがBの上にあるのがご愛嬌。あと、そろそろ「Prof. Bono」でよいのでは。 <a href="https://t.co/066TxMd3Gn">pic.twitter.com/066TxMd3Gn</a></p>&mdash; 厚志 (@atsushi_ngs) <a href="https://twitter.com/atsushi_ngs/status/1859871374652866827?ref_src=twsrc%5Etfw">November 22, 2024</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p><a href="https://amzn.to/4e29iEM">Amazonから</a>は来週中の発送になるようである。 お急ぎの方は週末に書店でチェックするとすでに置いてあるかもしれない。</p>2024-11-16T19:00:00+09:002024-11-16T19:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-11-16:/blog/genomeseq20-writing-progress-curve.html

<h1>ゲノム解読本の執筆進捗曲線</h1> <p>2024年11月末には発売となる「Dr. Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今」がついに<a href="https://amzn.to/4e29iEM">表紙もAmazonに公開された</a>。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">241111 坊農によるゲノム生物学の教科書「Dr.Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今」がメディカル …</p></blockquote>

<h1>ゲノム解読本の執筆進捗曲線</h1> <p>2024年11月末には発売となる「Dr. Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今」がついに<a href="https://amzn.to/4e29iEM">表紙もAmazonに公開された</a>。</p> <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="ja" dir="ltr">241111 坊農によるゲノム生物学の教科書「Dr.Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今」がメディカル・サイエンス・インターナショナルから2024年11月末に発刊されます <a href="https://t.co/vKOh6sRePm">https://t.co/vKOh6sRePm</a> <a href="https://twitter.com/hashtag/bonohulab?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#bonohulab</a> <a href="https://t.co/ijtEzSRsHh">pic.twitter.com/ijtEzSRsHh</a></p>&mdash; 広大理・生物科学・院統合生命 ゲノム情報科学 / ゲノム編集イノベーションセンター バイオDX研究室 (@bonohulab) <a href="https://twitter.com/bonohulab/status/1855926990173610423?ref_src=twsrc%5Etfw">November 11, 2024</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> <p>そのTwitter/Xのtweetはかなり見られ、2万表示近くに。</p> <p>その執筆進捗に関してもデータを取り続けていたので、それについてのtweetをbskyに。</p> <blockquote class="bluesky-embed" data-bluesky-uri="at://did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74/app.bsky.feed.post/3lb2l4tw3zc2p" data-bluesky-cid="bafyreidlonvgzrmroh3x46glpdeyh2ysldolgr664mq4hzw4ybnerawo3e"><p lang="ja">ゲノム解読本 amzn.to/4e29iEM は今年2024年になってから執筆開始。その進捗は毎回 wc -m *.md を実行することで（そのマルチバイト）文字総数を記録してきた。添付の図はその結果をSpotfire Analyst (v14.0.4)で可視化した結果。2月末までのらりくらりで、3月になってその進捗がまずいことに気づいて急に火がついたのが容易に見て取れる。ちなみに今回はこれまでの本と違ってコマンドラインやその実行結果がなく、図表の数が比較的多い。次回があるのなら、その追加具合もログにとっておくべきかな。だけどもう次はないだろうなあ、たぶん… #GenomeSeq20<br><br><a href="https://bsky.app/profile/did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74/post/3lb2l4tw3zc2p?ref_src=embed">[image or embed]</a></p>&mdash; bonohu (<a href="https://bsky.app/profile/did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74?ref_src=embed">@bonohu.bsky.social</a>) <a href="https://bsky.app/profile/did:plc:326k3oy6ypih57pkfzgrkr74/post/3lb2l4tw3zc2p?ref_src=embed">2024年11月16日 18:26</a></blockquote> <script async src="https://embed.bsky.app/static/embed.js" charset="utf-8"></script> <p>これを書く元になったファイル<code>shinchoku.csv</code>は以下のような感じ。</p> <div class="highlight"><pre><span></span><code><span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">01</span><span class="o">-</span><span class="mf">02</span><span class="p">,</span><span class="mf">1054</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">01</span><span class="o">-</span><span class="mf">03</span><span class="p">,</span><span class="mf">1803</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">01</span><span class="o">-</span><span class="mf">06</span><span class="p">,</span><span class="mf">2065</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">01</span><span class="o">-</span><span class="mf">07</span><span class="p">,</span><span class="mf">2433</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">01</span><span class="o">-</span><span class="mf">08</span><span class="p">,</span><span class="mf">4073</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">01</span><span class="o">-</span><span class="mf">14</span><span class="p">,</span><span class="mf">4505</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">02</span><span class="o">-</span><span class="mf">04</span><span class="p">,</span><span class="mf">5722</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">02</span><span class="o">-</span><span class="mf">18</span><span class="p">,</span><span class="mf">6177</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">02</span><span class="o">-</span><span class="mf">24</span><span class="p">,</span><span class="mf">10271</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">02</span><span class="o">-</span><span class="mf">25</span><span class="p">,</span><span class="mf">11043</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">03</span><span class="o">-</span><span class="mf">02</span><span class="p">,</span><span class="mf">12038</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">03</span><span class="o">-</span><span class="mf">03</span><span class="p">,</span><span class="mf">16878</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">03</span><span class="o">-</span><span class="mf">04</span><span class="p">,</span><span class="mf">17864</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">03</span><span class="o">-</span><span class="mf">05</span><span class="p">,</span><span class="mf">20121</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">03</span><span class="o">-</span><span class="mf">06</span><span class="p">,</span><span class="mf">21131</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">03</span><span class="o">-</span><span class="mf">07</span><span class="p">,</span><span class="mf">24040</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">03</span><span class="o">-</span><span class="mf">08</span><span class="p">,</span><span class="mf">28288</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">03</span><span class="o">-</span><span class="mf">09</span><span class="p">,</span><span class="mf">32121</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">03</span><span class="o">-</span><span class="mf">10</span><span class="p">,</span><span class="mf">36078</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">03</span><span class="o">-</span><span class="mf">11</span><span class="p">,</span><span class="mf">37090</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">03</span><span class="o">-</span><span class="mf">12</span><span class="p">,</span><span class="mf">38160</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">03</span><span class="o">-</span><span class="mf">13</span><span class="p">,</span><span class="mf">40185</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">03</span><span class="o">-</span><span class="mf">22</span><span class="p">,</span><span class="mf">42107</span><span class="w"> </span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">03</span><span class="o">-</span><span class="mf">23</span><span class="p">,</span><span class="mf">45010</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">03</span><span class="o">-</span><span class="mf">24</span><span class="p">,</span><span class="mf">50143</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">03</span><span class="o">-</span><span class="mf">25</span><span class="p">,</span><span class="mf">51255</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">04</span><span class="o">-</span><span class="mf">06</span><span class="p">,</span><span class="mf">53761</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">04</span><span class="o">-</span><span class="mf">07</span><span class="p">,</span><span class="mf">55161</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">04</span><span class="o">-</span><span class="mf">08</span><span class="p">,</span><span class="mf">56106</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">04</span><span class="o">-</span><span class="mf">09</span><span class="p">,</span><span class="mf">56347</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">04</span><span class="o">-</span><span class="mf">11</span><span class="p">,</span><span class="mf">56920</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">04</span><span class="o">-</span><span class="mf">12</span><span class="p">,</span><span class="mf">58430</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">04</span><span class="o">-</span><span class="mf">19</span><span class="p">,</span><span class="mf">59000</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">04</span><span class="o">-</span><span class="mf">20</span><span class="p">,</span><span class="mf">61101</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">04</span><span class="o">-</span><span class="mf">21</span><span class="p">,</span><span class="mf">63043</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">04</span><span class="o">-</span><span class="mf">23</span><span class="p">,</span><span class="mf">66017</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">04</span><span class="o">-</span><span class="mf">24</span><span class="p">,</span><span class="mf">67588</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">04</span><span class="o">-</span><span class="mf">25</span><span class="p">,</span><span class="mf">70309</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">04</span><span class="o">-</span><span class="mf">26</span><span class="p">,</span><span class="mf">72731</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">04</span><span class="o">-</span><span class="mf">27</span><span class="p">,</span><span class="mf">75044</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">04</span><span class="o">-</span><span class="mf">29</span><span class="p">,</span><span class="mf">77045</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">04</span><span class="o">-</span><span class="mf">30</span><span class="p">,</span><span class="mf">78049</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">05</span><span class="o">-</span><span class="mf">01</span><span class="p">,</span><span class="mf">79191</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">05</span><span class="o">-</span><span class="mf">02</span><span class="p">,</span><span class="mf">81082</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">05</span><span class="o">-</span><span class="mf">03</span><span class="p">,</span><span class="mf">84095</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">05</span><span class="o">-</span><span class="mf">05</span><span class="p">,</span><span class="mf">84534</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">05</span><span class="o">-</span><span class="mf">06</span><span class="p">,</span><span class="mf">87209</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">05</span><span class="o">-</span><span class="mf">11</span><span class="p">,</span><span class="mf">88057</span> <span class="mf">2024</span><span class="o">-</span><span class="mf">05</span><span class="o">-</span><span class="mf">22</span><span class="p">,</span><span class="mf">88101</span> </code></pre></div> <p>可視化するといろんな特徴がすぐに掴むことができる。 可視化重要。</p>2024-11-08T19:00:00+09:002024-11-08T19:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-11-08:/blog/genomeseq20-contents.html

<h1>ゲノム解読本の目次公開</h1> <p>早くも11月となり、今月末には発売となり、すでに<a href="https://amzn.to/4e29iEM">Amazonにも出ている</a>「Dr. Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今」の目次と序文が公開された。</p> <blockquote> <p>ゲノム解読の …</p></blockquote>

<h1>ゲノム解読本の目次公開</h1> <p>早くも11月となり、今月末には発売となり、すでに<a href="https://amzn.to/4e29iEM">Amazonにも出ている</a>「Dr. Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今」の目次と序文が公開された。</p> <blockquote> <p>ゲノム解読の「過去・現在・未来」がわかる！</p> <p>最新のゲノム解読の手順をまとめ、全体像と解析内容をわかりやすく解説。ゲノム解析に必要な「分子生物学の基礎知識」、かつて行われていたゲノム解読法や国際塩基配列データベースの成り立ちについて解説した「これまでのゲノム解読」、実際に行われるゲノム解読の流れに沿って解説する、本書の中心となる章「2020年代のゲノム解析」、新たな次世代シークエンサーとゲノム解析の応用の展望を述べた「これからのゲノム解析」の４章構成。</p> </blockquote> <p>が本の紹介。</p> <p>「本書では，著者の研究室で行っているゲノム解読をはじめとするゲノム解析について，2020年代の現在用いられているゲノム解読手法とそのデータ解析，ひいてはその応用を中心に，日本語で平易に解説することを試みた」（<a href="https://www.medsi.co.jp/products/detail/4000">出版社のウェブサイトに公開</a>されている序文より）。</p> <p>内容の目次は以下の通り。</p> <ul> <li>第0章　はじめに―なぜゲノムを解読するのか？<ul> <li>0.1　生物は細胞でできている</li> <li>0.2　分子生物学の基礎知識</li> <li>0.3　なぜゲノムを解読するのか？</li> </ul> </li> <li>第1章　これまでのゲノム解析<ul> <li>1.1　DNA塩基配列解読法の発明</li> <li>1.2　国際塩基配列データベース共同研究</li> <li>1.3　ヒトゲノム計画開始</li> <li>1.4　モデル生物種のゲノム解読</li> <li>1.5　トランスクリプトーム解析</li> <li>1.6　DNA配列解読技術の進展</li> </ul> </li> <li>第2章　2020年代のゲノム解析<ul> <li>2.1　ゲノム配列の公共データベース</li> <li>2.2　ゲノム解読のためのサンプリング</li> <li>2.3　ゲノム配列解読の実際</li> <li>2.4　ゲノムアセンブル</li> <li>2.5　データの注釈づけ（アノテーション）</li> <li>2.6　データの解釈とその利用</li> </ul> </li> <li>第3章　これからのゲノム解析<ul> <li>3.1　新たな次世代シークエンサー</li> <li>3.2　新たな応用</li> <li>3.3　新たな問題</li> </ul> </li> </ul>2024-10-30T17:00:00+09:002024-10-30T17:00:00+09:00bonohutag:bonohu.hiroshima-u.ac.jp,2024-10-30:/blog/genomeseq20-dispatch.html<h1>ゲノム解読本第1報</h1> <p><a href="https://amzn.to/4e29iEM">Dr. Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今</a>を単著で書きました。 2024年11月末の第47回日本分子生物学会年会に間に合いました。 乞うご期待。</p>