ぼうのブログ - drbonodojo

Bonohulab Dojo 23 2nd finished

2024-02-27T23:00:00+09:00

23年度bonohulab道場2回目終了

bonohulabで新入生を対象に行っているbonohulab道場。 2021年度の1年目は9月頭まで、2022年度は8月頭までかかっていたが、2023年度は7月中旬で終了。

これからも新たな学生やポスドクが入ってきたら、またこの道場本で特訓する予定。早ければ、この10月からもまたやることになるかも。

と予告してあった通り、学部生の受け入れ開始があり2023年度は後期も行った。それが今日2024年2月27日に終了した。

具体的には、生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場(道場本)を使った、週1回約1時間ほどのセミナー。セミナーといっても基本は私が解説して、可能ならハンズオンをやるという形式。今回は途中で道場本が第2版となり、その誤植拾いも兼ねながら。

いつもよりさらに初心者にわかりやすい説明を心がけたがやはり一巡目では吸収できる知識も限られてくるのは仕方がないかなと. 論語の学而にあるとおり、復習して身につけていってほしいと切に願う。

学而時習之。不亦説乎。（習ったことを機会があるごとに復習し身につけていくことは、なんと喜ばしいことでしょうか。）

DrBonoDojo2 published

2023-12-01T23:59:00+09:00

道場本2無事出版!

当初の発売予定から少々遅くなったものの、目標の日本分子生物学会年会（分セー）の開催前に「生命科学者のためのDr. Bonoデータ解析道場第2版」が発売開始された。

【新刊】本日発売（新刊配本）です！

生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析道場第2版
全パソコン対応でスグに使えるずっと使える

著：坊農秀雅

ビッグデータの解析に欠かせないコマンドラインの実践書がMac・Windows・Linuxの各OSに対応し、待望の改訂！(M)https://t.co/IO6W1sGLBB pic.twitter.com/Hz3Hsn3AFu
— MEDSi販売部 (@MEDSi_han) December 1, 2023

すでに献本した先には届き始めている模様。

坊農さん@bonohu の新刊『生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析道場第２版』、見本本を頂きました！＼( 'ω')／ pic.twitter.com/ezIoSfQy14
— ウチダヒロコ (@ucchy_v4) December 1, 2023

コロナに加えてインフルエンザも大流行中ということもあって、4年前の2019年のように分セー会場でサイン会するわけにもいかないので、今回はあらかじめサインした本を準備しておいてそれを希望されたらそちらを買ってもらう方式で（出版社のリクエストにより）。

発売日延期の紆余曲折ありましたが、道場本2 #DrBonoDojo が来週の分セー #MBSJ2023 で発売できる見込みとなったようです。かつてはサイン会しましたが、このご時世ということもあり、前もって用意しとこうという話になっており。仮に道場本2を買うとしたら、どれを選びますか？
— オープンデータ推進者なので情報共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) November 30, 2023

X/Twitter投票の結果、15票集まり、そのうち7票が「サイン本だったら買う」ということに。ある程度の宣伝効果はある模様。

この本のtwitterのハッシュタグは #DrBonoDojo この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。

DrBonoDojo2 preface published

2023-11-21T23:00:00+09:00

道場本2の序文公開

今月末には発売となるはずだった「生命科学者のためのDr. Bonoデータ解析道場第2版」の序文が出版社の道場本2のウェブサイトから公開された。

序文がいつの間にか公開されている…「しかしながら，この状況に対応した書籍は今のところ出版されてはいない。もちろん，ネット上にはさまざま情報があり，それをうまく集めれば多くの場合解決するだろう。しかし…（以下略）」https://t.co/X0lksAOrKX #DrBonoDojo https://t.co/NJX63GEfJ9
— オープンデータ推進者なので情報共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) November 21, 2023

なぜ改訂版を出したかが書かれているが、簡単にいうと、前の出版の2019年から今年2023年のわずか4年の間に、Macに搭載されるCPUが変更され、WSL2の利用も広まり、前版で想定していなかったプラットフォームでの生命科学データ解析が行われているからである。

出版前ではあるが、新しく入った学部3年生を対象に研究室のラボで改訂版の原稿を元に教えている。その過程ですでに2箇所もアップデートすべきところがそうなっていないところを発見するなど。ひょっとすると編集作業の間にアップデートされてしまった可能性ももちろんあるが、早期に正誤表を出して対応していきたい。

この本のtwitterのハッシュタグは #DrBonoDojo この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。

DrBonoDojo2 cover uncovered

2023-11-15T13:00:00+09:00

道場本2の表紙公開

今月末には発売となるはずだった「生命科学者のためのDr. Bonoデータ解析道場第2版」の表紙が公開された。

【近刊情報】12月初旬発売予定！

生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析道場第2版
全パソコン対応でスグに使えるずっと使える

著：坊農秀雅

ビッグデータの解析に欠かせないコマンドラインの実践書がMac・Windows・Linuxの各OSに対応し、待望の改訂！(M) https://t.co/IO6W1sGLBB pic.twitter.com/gcAJMFx8oh
— MEDSi販売部 (@MEDSi_han) November 14, 2023

諸事情あって、発売が1週間ほど延期となったが、12月初旬にある日本分子生物学会年会には間に合うとのこと。

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DrBonoDojo2 contents

2023-11-04T09:00:00+09:00

道場本2の新しいコンテンツ

早くも11月となり、今月末には発売となる、すでにAmazonにも出ている「生命科学者のためのDr. Bonoデータ解析道場第2版」。

中身に関する情報で現時点(2023-11-04)で公開されているものとしては、サブタイトルにもあるように

全パソコン対応でスグに使えるずっと使える

ということらしい。確かに前のエントリでも書いたように

前回はIntel Macだけに対応だったのが、それに加えてWSL2上のLinuxとApple Silicon Macに対応した

のは事実だが、後半のそれは？

2019年に出た初版からのアップデートとしては、「ゲノム配列解析の初歩」というセクションを3章実践編に入れたこと。これは今やどんな配列解析するにもリファレンスゲノムにマッピングすることが日常的に行われている現状に対応して、である。実際のマッピング操作だけでなく、そのために必要なリファレンスゲノム配列データに関することやその取得法も含めて、初心者向けに。

そういうわけで、セクションが一つ増えてページ数も増えて、約1割弱増しに。なんといっても、数日前にM3まで出てしまったApple silicon macでの具体的な対処法をそれぞれに書き記せたのはよかった。キリがないので個別にはお返事してなかったことに対するお答えになったかなと。

この本のtwitterのハッシュタグは #DrBonoDojo この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。

DrBonoDojo2 dispatch

2023-10-26T21:00:00+09:00

道場本2第一報

かねてより準備してきた「生命科学者のためのDr. Bonoデータ解析道場第2版」がAmazonに出てました。前作と比して、書名に「実践」が抜けた。著者による略称は、「道場本2（どうじょうぼん2）」とするつもり。

Amazonに出ていたことに気づいたので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも。なお、この本のtwitterのハッシュタグは #DrBonoDojo この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。

経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。初版との大きな違いは、前回はIntel Macだけに対応だったのが、それに加えてWSL2上のLinuxとApple Silicon Macに対応したところ。もちろん2019年に出た初版からのアップデートや使えなくなったところの削除なども多くあるが、詳報は後日。

Bonohulab Dojo 23 finished

2023-07-11T23:00:00+09:00

23年度bonohulab道場終了

bonohulabで新入生を対象に行っているbonohulab道場。具体的には、生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場(道場本)を使った、週1回約1時間ほどのセミナー。セミナーといっても基本は私が解説して、可能ならハンズオンをやるという形式。

今年度で3回目で、今回からは任意参加になり、ラボセミナーの前の午前に行うことに変更となっていた。今年は特にApple siliconとなったMacでの対応に加えて、サービス自身の終了などで内容的に動かないものも増えてきており大幅な改訂が必要な状況を補う形で。一昨年(2021年)の1年目は9月頭まで、2年目(2022年)は8月頭までかかっていたが、今年(2023年)は7月中旬で終了した。

これからも新たな学生やポスドクが入ってきたら、またこの道場本で特訓する予定。早ければ、この10月からもまたやることになるかも。

drbonodojo 2years

2021-09-26T21:00:00+09:00

道場本出版2年

今日(2021/09/26)で日本癌学会学術総会の会場で売り始めてから丸2年。

去年も丸1年のエントリを書いたが、この1年でさらに状況が変わった。それは、本当に大学院博士課程前期（つまり修士課程）の学生がbonohulabに入ってきて、新しく来たプロジェクトの研究員も含めてこの道場本のセミナーを週1回、約5ヶ月にわたって一通りやり遂げたことである。もちろんそういう状況を想定して書いたには間違いないが、まさか自分の研究室でそうすることになるとは想定外であった。初めてということもあってやり方は手探りで、教え込むだけでなく、もっと積極的に手を動かしてもらうようにした方が良かったと反省。来年度もまた新入生が入っているので、改善したやり方でやりたいと思っている。

2年で利用するDB側が変わってしまっていて、説明を根本から変えないといけない部分も出てきている。また、多くのユーザが配列データ解析に参入してもらえるきっかけになりそうなWSL2での使用にも問題ないように対応させたいとも思っている。ただ、Macの方がこれまでとは異なる自社製のチップとなって、それらの環境でちゃんと使えるのかをいまだに試せていない。メモリが十分に搭載されたモデルが発売されるといいのであるが、2021年9月末の現在においてはそれは出てない。コロナの状況と同じく「待ち」の段階。こちらも状況が変わることを期待している。

Bonohulab Dojo 21 finished

2021-09-02T23:00:00+09:00

21年度bonohulab道場終了

今年の年頭(2021年1月)に2刷が出た生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場(道場本)。その道場本を使って、大学院生が所属するようになったbonohulabでは週1回約1時間ほどセミナーをしてきた。セミナーといっても基本は私が解説して、可能ならハンズオンをやるという形式。 4月から始めて、途中お休みの週もあったものの、約5ヶ月で終えた。

実際にセミナーをやり通してみて、こちらのラボの修士１年生やウェットラボで学位をとったポスドク１年生の初心者にはちょうどいい内容だった。医学系だとGWASなどのデータ解析が初心者には必要とされるからか、この本では不満もある模様だが。

来年度も4月から新たなM1やポスドクが入ってきたら、またこの道場本で特訓する予定。この秋に新しい機種が発売されたらApple siliconのMacを入手して、それで取り組みたい。

DrBonoDojo 2nd print

2021-01-15T12:00:00+09:00

道場本重版

2020年の年末に生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場(道場本)の重版するという連絡が出版社からきた。

それが今日、出版社にブツが届いたらしい。

【重版出来】入庫されました！（２刷）

「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」

ツイッターでも度々お世話になっております坊農秀雅先生@bonohu著。

大好評「Dr.Bonoの生命科学データ解析」姉妹書、テキストに対する実践書。
生命科学データ解析はこの2点から。https://t.co/YRrXsFEKCN pic.twitter.com/i1wN5EnPZI
— MEDSi販売部 (@MEDSi_han) January 15, 2021

出版から1年と4ヶ月あまりが経っているが、着実に売れて来た模様。教科書であるDr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)のかげに隠れてしまっているが、実際にハンズオンで手を動かして入門するには実践書であるこちらの本が最適であろう。

蛇足的だが、その他の本も含めた生命科学データ解析の本ガイドに詳細を記してある。

drbonodojo 1year

2020-09-26T23:00:00+09:00

道場本出版1年

今日(2020/09/26)で日本癌学会学術総会の会場で売り始めてから丸一年。

その間、転職によって自分の立場も変わり、国立研究所の研究員から国立大学の特任教員となってバイオインフォマティクスを教えることが本務となった。そして今、まさに道場本を教科書とした授業のため講義の録画に勤しんでいる自分がいる。それを予測して本を書いたのか、と訊かれることもあるが、いずれはそうなって欲しいと思って書いた、というのが正直なところ。一年でこうも立場が変わってしまうことに諸行無常を感じる。

2019年は4冊ほど自分の名前が表紙に入った本を出したが、やはり自分1人で隅から隅まで書いたこの道場本は愛着が深い。一年で動かなくなっているところも出てきているが、それは今準備している講義の副産物として訂正され、なんらかの形で正誤表が出せれば、と思っている次第である。

drbonodojo 1month

2019-10-26T18:00:00+09:00

道場本出版1ヶ月

今日(2019/10/26)で日本癌学会学術総会の会場で売り始めてから1ヶ月。その間、2019年10月17日につくばの農研機構でセミナーさせていただいたり、2019年10月20日に大阪梅田にて「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」の読書会が開催されるなど、イベントが盛りだくさんだった。もちろん、Gregg Semenza先生がノーベル賞を取られたという大ニュースがあったことも外せないが。

読書会の日以外は、いつものことだが、本のハッシュタグ使っているのはもっぱら筆者だけという。もっと不明な点や感想、これがあったら良かったのに等、twitter上に出てくると著者としては嬉しいのだが。

DrBonoDojo meeting Osaka

2019-10-20T23:00:00+09:00

「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」読書会 @大阪

2019年10月20日に大阪梅田にて「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」の読書会が開催された。

道場本のまえがきにも書いた通り、前回Bono本が出版された際にも読書会が開かれたが、それには参加できなかったので、今回はリベンジの著者参加。開会の挨拶に引き続いて、巻頭の「Dr.Bonoのデータ解析8箇条」に関して説明。この趣旨を話すのは実は初めてかもしれないが、実はしょっちゅう私が周りに言っていることなので、あまり新鮮味はなかったかもしれない。

書いた本を読んでそれを元に若手が発表するのを聞くのは、なんというか著者冥利に尽きる感じ。意図したところがきっちり伝わっているのを知れるのは、とても嬉しい。逆も然りで、強調して伝えたかったのに伝わってなかったポイントは今後の糧に。

結局、直前に参加者が増えて、20人を超える方が参加。懇親会も12人が参加して盛り上がったかと。

また、機会があればやってみたい。

78th JCA day1

2019-09-26T23:00:00+09:00

第78回日本癌学会学術総会1日目

2019年9月26日からの3日間、京都国際会館で開催された第78回日本癌学会学術総会に参加。午前には、日本癌学会・日本医療情報学会合同シンポジウム：がんゲノム医療時代における医療情報を。データの置き場に関して大問題になっていることはここでも認識されていることを再確認できた。

また、午後には「腫瘍内微小環境ストレス」のシンポジウムで、Gregg Semenza先生の講演 Hypoxia-inducible factors mediate immune evasion by cancer cells を拝聴する。 2018年に発表された論文、Chemotherapy induces enrichment of CD47+/CD73+/PDL1+ immune evasive triple-negative breast cancer cellsとその続きの話がメインだったかと。

そして、同日(2019年9月26日)、「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本が発売開始。

それなりに手に取って見ていただけているようで、書いた人間としては大変満足。コマンドラインの使い方がハイライトされた内容でちょっとマニアックかなと思っていたが、それなりに売れてもいるようで。

学会に来ると普段会わない人にあえて、ついつい長話してしまう。そして、電子メールでの連絡だと煩雑なこともすぐに片付いてしまい。そういう意味でも、人が集まるこの会に来てよかったなあと。

夕方には関西医科大学に移動して、昼間にお話を聞いたはずのSemenza先生による Advice for a young scientist と題された、昼間とはまた違うお話を拝聴した。先生の教え子たちが集まった、その後のdinnerにも僭越ながら同席させていただく。そのネットワークというか、師弟愛というか、それの一端を見せていただいた。ありがとうございました。

How did I write drbonodojo

2019-09-24T19:00:00+09:00

どうやって道場本を書いたか?

本日(2019年9月24日)、ついに出版社に印刷された「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本が納品された模様。 Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)の実践書という位置付けの道場本だが、本を書き上げていったやり方は、2年前のBono本の時とは異なるやり方を今回試してみた。

Bono本の著者は私1人であったものの、編集者とのやり取りの即時性、ファイルでやり取りした際に原稿に複数のバージョンが生まれてしまうバージョニングの問題を鑑みて、クラウド(Google drive)を活用した原稿のグループ共有を実践した。テキスト情報のみならず、本に使う図に関しても、クラウドを使うことでファイルサイズが大きすぎて電子メールで送れない問題を回避した。また、校正のファイルの受け渡しに関してもクラウドを利用することで、かなりスムーズにデータの受け渡しが行われた。ただし、最終的なゲラに関しては、実際に印刷した感じがどうなるかということもあって（フォントが画面で見たときや手元で印刷したものだと異なることもあって）、紙に印刷したものを送ってもらってチェックしたのだが。

今回はさらに一歩進めて、原稿はmarkdownで記述し、GitHubを使って編集者と原稿をやり取りすることを試みた。というのも、ちょうど原稿を書き始めようとしていた2019年の年頭頃にGitHubが無料でプライベートリポジトリを無制限に作れるようになったという衝撃のニュースがあり、これまでずっと公開レポジトリしか使ってこなかった自分もプライベートレポジトリを使ってみようかという気になったというもある。また、ほぼ同じ頃に公開された世の中の小説作家と編集者は今すぐ Word や G Suite を窓から投げ捨てて Git と GitHub の使い方を覚えるべきだという記事に感化されたのもある。

それで進めたところ、驚いたことに作業効率が非常に良くなった。 Google documentの時と比べ、ネットに繋がなくてもテキストエディタで書き進められるのは大きかったようだ。ほぼインターネット接続があるところにいるとはいえ、テキストエディタを開くだけで書き進められるのはやはり書き物が進むようだ（少なくとも私は）。また、Bold体などの飾り文字をつけるなど必要なマウス操作が不要になったことも貢献したのではないだろうか。 markdownだとそれがタグで記述でき、キー操作だけで全てが完結するからである。さらに、今回は実践本のため、コードやコンピュータ出力が多く、それらをSupplemental materialとしてGitHubで公開するということを目論んでおり、そのためのファイル群を扱うのもやりやすかった。

結果として、2019年5月初頭の脱稿エントリにあるように、4ヶ月ほどで約20万字（マルチバイト文字は1文字として換算）書き上げることができた。このような試みを許してくれた出版社ならびに担当者に感謝である。ありがとうございました！

DrBonoDojo for whom

2019-09-23T12:00:00+09:00

道場本の想定読者とは?

「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本がついに今週発売される。

Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)を出版した時にも書いた想定読者について、今回の道場本でも著者の狙いを書いてみようと思う。それによると、

Bono本の想定読者であるが、基本的には生命科学分野の大学院生やポスドクを想定している。

とあるが、道場本に関しても基本的には全く同じである。ただ特にR18指定する意図はなくw、データ解析に興味のある中学生や高校生にも十分読める内容ではないかと著者は思っている。より具体的には、公共データベースを利用した生命科学データ解析をもっと利用したいと思っているが、どこから手をつけたらいいかわからない、どうやったらいいかわからない、そういった方を想定している。

準備、基礎、実践の3つの「編」で構成されており、最初の二編は通読を想定している一方、最後の実践編は興味のある順に読み進めるとよいかと。詳しい章立ては、過去のブログエントリを参照にしてほしい。

第1章「準備編」で、データ解析するためのコンピュータ環境についてマシンの選び方から設定方法まで書いている。特に、「1.3周辺機器の設定」などはなかなかモノの本には載ってない内容ではないかと。

続く第2章「基礎編」はUNIXコマンドラインの使い方の説明となっている。これまで紙面を割いて書くことができなかった内容に関して詳細に書くことができた。例えば、LANの中のマシンへのリモートログインやbyobuの使い方がそれである。

最後の第3章「実践編」は、基本的にはBono本の第5章「実用データ解析」で紹介したデータ解析を実際にハンズオンでやってみる内容となっている。もちろん、Bono本にあった実例でなく、多くの実践的な内容を例として、データ解析を紹介している。特に、その利用が増え、重要視されている公共データベースからのデータ取得に関しても、一つの節(3.1)として独立して設けてある。

ただ、データ解析の内容が偏っている、というのは否定しない。全てのよく使われているデータ解析を網羅している訳ではない。それはDr.Bonoが実際に共同研究で必要としたデータ解析のみを紹介しているからだ。生命科学データ解析は非常に多様となってきている。そのさまざまなデータ解析に立ち向かって行く上での参考になれば幸いである。

DrBonoDojo preface

2019-09-19T19:00:00+09:00

道場本の序文公開

「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本の序文が出版社のウェブサイトの道場本のページより公開。ここには以前のエントリでも紹介した、道場本章立ても公開されている。

「非プログラマのバイオ系」のDr.Bonoならでは、の内容となっている。序文に曰く、

生命科学データを題材としてPythonなどのプログラミング言語を紹介する書籍はあるものの，それらのプログラミングだけできても生命科学データ解析の達人にはなれない。それならば，生命科学データ解析のためのコンピュータリテラシーをきっちりと身につけられるコンテンツにしたほうがよいだろうと考えた。

「自分もそうだ」と思う方はどのようなことが書かれているか、章立てのみならず、是非中身を覗いてみてください。特に第3章「実践編」を。

また、この序文はAmazonの「内容紹介」の欄にも掲載されている。

いよいよ発売される感が出てきた。

DrBonoDojo will be sold in JCA78

2019-09-13T19:00:00+09:00

道場本は今年の第78回日本癌学会学術総会で販売開始

「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本は本日いよいよ印刷に入った模様。発売日は、2019年9月27日となっているが、2019年9月26日〜28日に京都国際会議場である第78回日本癌学会学術総会で販売されることに。道場本の章立てに関しては以前のエントリに載せてありますので、そちらを参照。

なお著者自らも参加し、最終日の3日目9/28(土)に発表します。その発表内容は道場本に沿ったものというよりは、むしろ生命科学データベース・ウェブツールこと統合TV本にあるレベルの内容で、その癌研究版となる予定。なので、気軽に聴きにきてください！

DrBonoDojo chapters

2019-09-04T22:00:00+09:00

道場本の章立て

2019年9月4日に、Amazon.co.jpで「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本の表紙イメージが公開された。サムネールは準備中のようで現状出てないが、以下のリンクをたどると表紙イメージを見ることが出来る。

それもあってか、中身に関して訊かれることも多くなってきた。そこで、出版社に許可をいただいたので、前のエントリで予告したように、道場本の章立てを紹介する。

1章準備編
- 1.1 Mac を買おう
- 1.2 Mac をセットアップしよう
- 1.3 周辺機器の設定
2章基礎編
- 2.1 UNIX コマンドラインを使ってみよう
- 2.2 コマンドラインの基本操作
- 2.3 シェルプログラミングのための環境構築
- 2.4 ネットワークを介して遠隔のコンピュータを操作する
3章実践編
- 3.1 公共データベースからのデータ取得
- 3.2 配列類似性検索
- 3.3 系統樹作成
- 3.4 ドメイン解析
- 3.5 発現定量解析
- 3.6 データ統合解析

今回の道場本は、環境の構築を1章「準備編」だけでなく、割と簡単に紹介されがちなUNIXコマンドラインの説明を厚く2章「基礎編」で紹介した。この部分は、これまでにない解説をすることができたと自負している。そして3章であるが、「Dr. Bono の生命科学データ解析」ことBono本の4,5章で紹介したものの、その実際の使われ方、特に実践的なやり方を解説することに注力した中身となっている。

その結果、道場本という名前のとおり、コマンドラインを自分でも実行しながらその意味を理解するための写経本となっており、解析方法を教科書的に網羅する本にはなってない。そこで、教科書であるBono本の関連箇所へのポインタが多く埋め込まれている形となっている。そのため、道場本もそれほど分厚くなく、全体のページ数は224ページで、ほぼBono本と同じサイズとなっている。

発売日は、2019年9月27日となっているが、2019年9月26日〜28日に京都国際会議場である第78回日本癌学会学術総会で販売される予定。著者自らも参加＆発表します。乞うご期待。

what is drbonodojo

2019-09-01T23:00:00+09:00

道場本とは

以前にも書いたように、「Dr. Bono の生命科学データ解析」ことBono本はこのぼうのブログを生命科学データ解析の教科書としてまとめたものである。

出版されてから多くの方に読んでいただき、読書会なるものまで開いていただいた。その際要望として出てきたのが、書いてあることをなぞって（「写経」して）、中身のコマンドを学習できるテキストが欲しいということであった。

そのようなテキストとしては、次世代シークエンサー(NGS)から得られた配列データ解析のプロトコル本として2015年に清水厚志さんと監修で出した「次世代シークエンサーDRY解析教本」がある。

しかしながら、NGSが関係ないところでも配列解析のワザは必要とされている。例えば、配列類似性検索(BLAST)、タンパク質ドメイン検索や系統樹作成などがそれである。また、本格的なプログラミングをしなくても、コマンドラインでデータ解析は十分可能である。それを実践的に紹介するコンテンツとして、今回の「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本を執筆した。

今回の道場本は、教科書であるBono本の該当箇所のポインタもふんだんに含んでおり、Bono本同様ネタとなっているコンテンツはこのぼうのブログに原型があるものも多くある。 解析方法を網羅する形でなく、実際の論文の一部となったデータ解析を、実例をメインに紹介している。結果としてBono本とほぼ同じページ数で、値段も同じとなった。

2019年9月26日〜28日に京都国際会議場である第78回日本癌学会学術総会がそのお披露目となる。自分も参加し、しかも口頭発表する機会をいただいた学会総会でお披露目ができるのはこの上ない喜びである。

章立てなど、中身のことについてはまた追々。

DrBonoDojo dispatch

2019-08-29T23:59:00+09:00

道場本第一報

今年(2019年)の年明けより書いていた原稿が「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」という名前の本になると正式決定。著者による略称は、「道場本（どうじょうぼん）」とするつもり。

その日のうちにAmazonに出ていたので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも書いておく。なお、この本のtwitterのハッシュタグは #DrBonoDojo この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。

経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。