ぼうのブログ

Genome editing paper for Perilla frutescens published

2026-08-03T10:00:00+09:00

アカシソゲノム編集論文

東広島に来て以来、広島県農業技術センターさんと三島食品さんの協力のもと、有用物質生産生物のゲノム編集の実例の一つとして、アカシソのゲノム編集研究を進めてきた。まずは、そのゲノム配列解読から始め、ゲノム解読論文が出版されたのが2022年11月。

A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan https://doi.org/10.1093/dnares/dsac044

それから3年半ほど経ったが無事、ゲノム編集論文を出版することができた。

【プレスリリース】遺伝子をピンポイントで編集できる技術により高機能なシソの開発に成功 ─シソの遺伝子の働きをピンポイントに抑えることで、健康成分「ルテオリン」が大幅アップ─ research-er.jp/articles/vie... アカシソが見た目「青」シソに

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— bonohu (@bonohu.bsky.social) 9:11 · Jul 1, 2026

CRISPR-Cas9 disruption of flavanone 3-hydroxylase produces a green phenotype and alters flavone metabolites in allotetraploid perilla https://doi.org/10.3389/fpls.2026.1877946

大学からもプレスリリースしていただいた。

ゲノム解読だけでなく、ついにゲノム編集も論文として世に出せるようになったのは、「どうせ実験してないんでしょ」と言われ続けてきた自分にとっては個人的にとても感慨深い。

bonohu blog reloaded

2026-08-02T13:00:00+09:00

ぼうのブログ復活！

ブログの更新ができなくなってしまっていたのはコンテンツがないのではなくて、

UnserializableContentError: Control characters are not supported in XML 1.0

というエラーが出てmarkdownをHTMLに変換するのがこけていたから、であった。 geminiに訊いてみると「XML 1.0 の規格で許可されていない制御文字（非表示の特殊コードなど）がデータ内に含まれている際に発生するエラー」ということで、これを解決すべく、以下のようなコードでどんな文字が入っているのか、調べてみた。

for f in *              
  perl -ne ' print $_ if (/[\x00-\x08\x0B\x0C\x0E-\x1F\x7F]/);' $f

すると、^Hが2つのファイルに複数箇所入っているのがわかり、それらを消してやることで変換がちゃんとできるようになった。以前はうまくいってたのはこれらのコードが無視されていたからなんだろうか？

そういうわけでぼうのブログを研究室のウェブサイト以下に復活させた。再び情報発信に取り組んでいきたいと思います、よろしくお願いします。

Nights in hotels 2025

2025-12-30T10:00:00+09:00

2025年出張外泊数

すっかりブログの更新ができなくなってしまっているが、これだけは記録したい。

毎年恒例の出張外泊数だが、年内の出張がすべて終わって数が確定、2025年は46泊となった。 2021年は11泊、2022年は22泊、2023年は42泊と倍増してきた。しかしながら、昨年2024年は41泊で、今回の46泊とこの3年ほぼ横ばいとなり、現職の体制ではこれぐらいが上限なのかなと。つまり、前職時代のほぼ半分ぐらいということだろうか。

来年2026年は学科長も1年限りで辞めることになり、今後はまた増えるのではないかと予想している。

July2025

2025-07-31T23:59:00+09:00

2025年7月を振り返って

学部講義を担当する第2タームの後半戦の7月。基本週2回で、祝日の振替で3回授業がある週が出てきたり。しかもその週はオムニバス講義の担当もちょうどあって、0.5コマ分ではあったが週4回、しかも同じ学年に講義することに。さすがにその週末は疲れMAXで熱を出して寝込んでしまうぐらいになったが、一晩で回復。やはり、まるっきり初めての講義シリーズを一人でやるのは至難の業である。。

そんな状況だったので、さすがにこの7月は久しぶりに出張なしの月となった。が、院試関係の色々があったり、ブンセイの演題締切が月末ということで色々と慌ただしく。

そして、今月出版された査読済み原著論文は2本。

Meta-Analysis of Wild Relatives and Domesticated Species of Rice, Tomato, and Soybean Using Publicly Available Transcriptome Data (DOI: 10.3390/life15071088)
The metabolic ability of swallowtails results in the production of bioactive substances from plant components (DOI: 10.1371/journal.pone.0321438)

これで2025年の査読済み論文は10本到達。そして、in revision + submitted 3本という状況。出すべき論文も今月で複数増えた感じ。今年度の山場の担当講義シリーズも終わったので、出せてない論文の投稿に向けてさらに頑張っていきたい。

June2025

2025-06-30T23:59:00+09:00

2025年6月を振り返って

学部の学科長仕事もちらほらある中、学部講義を担当する第2タームが始まった6月。これまでの1,2回の担当でなく、15回でしかも週2回。それがほぼ半分終わったところであるが、初めての講義をこのペースはなかなかにキツい。

そんな状況であっても、共同研究打ち合わせや日本ゲノム編集学会大会とその足でバイオDX拠点にかかわる出張に。自分の古巣でインターンしている大学院生の状況を見にも行けたし、M1の学生が学会発表デビューするところもこの目で見届けることができた。

そして、今月出版された査読済み原著論文は2本。

Comprehensive expression data for two honey bee species, Apis mellifera and Apis cerana japonica. (DOI: 10.1038/s41597-025-05279-z)
Extraction of biological terms using large language models enhances the usability of metadata in the BioSample database (DOI: 10.1093/gigascience/giaf070)

また、プレプリントも1本uploaded。

Meta-Analysis of Wild Relatives and Domesticated Species of Rice, Tomato, and Soybean Using Publicly Available Transcriptome Data (DOI: 10.1101/2025.06.01.656526)

これで2025年の査読済み論文は8本で、さらにacceptedが2本。そして、submitted 5本という状況。夏本番に向けてさらに頑張っていこう。

April2025

2025-04-30T23:59:00+09:00

2025年4月を振り返って

bonohulabを始めて、6年目に突入。学部の学科長になってしまったため、そっち系の仕事がどんどん「降ってくる」感じで、新入生ガイダンスやオリエンテーション、大学教育入門の1回目の講義のほか、それ以外もメールで山のように。半期の区切りでやっている個別面談も一通り。

そんな状況なので出張もわずかに1回。その1回は、5年ぶりに古巣のあった遺伝研へ。

しかし、徒歩通勤を楽しむために運動靴を新調したりで、出張のない時もウォーキングする気がおきるように仕掛けたなど。

今月出版された査読済み原著論文は3本。

Recent Advances in Genome Editing and Bioinformatics: Addressing Challenges in Genome Editing Implementation and Genome Sequencing (DOI: 10.3390/ijms26073442)
Optimization of Mapping Tools and Investigation of Ribosomal RNA Influence for Data-Driven Gene Expression Analysis in Complex Microbiomes (DOI: 10.3390/microorganisms13050995)
PtWAVE: a high-sensitive deconvolution software of sequencing trace for the detection of large indels in genome editing (DOI: 10.1186/s12859-025-06139-8)

これで2025年6本に。そして、submitted 4本、in revision 3本。

Review on Recent Advances in Genome Editing and Bioinformatics 2025 published

2025-04-07T23:00:00+09:00

ゲノム編集とバイオインフォマティクスの最近の進歩2025

英文総説がやっと出版。

Recent Advances in Genome Editing and Bioinformatics: Addressing Challenges in Genome Editing Implementation and Genome Sequencing https://doi.org/10.3390/ijms26073442

オープンアクセス。しかし、苦難の連続であった。

この英文総説は、2024年中に脱稿予定だったのだが、年度末の学務が重くて締切を2025年2月末まで延ばしてもらったり（それでもさらに2日遅延）。さらに投稿してからも自己引用が多いから減らせと言われて、泣く泣く、表の中の引用をDOIを単に記述するなどして論文引用を減らしたものの（PIになってからこれまでの5年間でやってきたことをまとめた総説なのだから、自己引用が多くて当然なのだが）。

Reviewでもいろいろ言われたのだが、やはり期日中に返すことができなくて、延ばしてもらうなど。中身を反映した総説タイトルに変更することで対応、というちょっとアレなやり方でクリアー。と、思ったらrevisionの際にアップロードするファイルを間違えて、すぐに返ってきてやり直すなど（これは自分が悪い…疲れすぎてたらしい）。

そして、Published! Bono, H. Recent Advances in Genome Editing and Bioinformatics: Addressing Challenges in Genome Editing Implementation and Genome Sequencing. Int. J. Mol. Sci. 2025, 26, 3442. doi.org/10.3390/ijms...

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— bonohu (@bonohu.bsky.social) 2025年4月8日 7:10

acceptedになってから、表の中にあるDOIのリストは引用リストに入れろと言われて、復活させたなど…。

自分でいうのもなんだけど、2025年現在のゲノム編集に関連したバイオインフォマティクス技術に関してまとめたつもりで、前作の2022年の総説に比べるとだいぶゲノム解析に偏っている。今回もうちのラボでやってきたことに関して世界初公開になるかと。実は日本語で書く機会もなかったし。何かの参考にしていただけると幸いです。

March2025

2025-03-31T23:59:00+09:00

2025年3月を振り返って

無事、東広島移住丸5年も迎えた。

3日に阪大で大学院生の頃からお世話になってきた松田秀雄先生の定年記念講演に。関東方面での打ち合わせ1回と学会年会での講演1回、と出張が復活した3月であった。月末29日には、一般社団法人バイオDX推進機構主催の「バイオDXの世界ゲノム解析を学び、実践に生かす」で講演も。

今月出版された原著論文は1本。

Pipeline to explore information on genome editing using large language models and genome editing meta-database (DOI: 10.1093/database/baaf022)

学位取得して修了される前にpublished。「大規模言語モデル(LLM)をゲノム編集メタデータベース(GEM)に活用することで、情報が高精度に取得可能に！」という題でプレスリリースも出した。 2025年3本目となった。

さらに、先月来、ない時間を絞り出して書いてきた英文総説を2日に脱稿。 2週間後に戻ってきてMajor revisionに頭を悩まし、時間がやはり取れずに期限も延長してもらった末、月末に再投稿。

Feburary2025

2025-02-28T23:59:00+09:00

2025年2月を振り返って

初めての学部学生による卒論発表会を迎え、学務の色々は一段落。また、学生主体によるハッカソンのBioDXthonが月末に開催された。

今月出版された原著論文は2本。

CYP6B Subtype Expression Fluctuates in the Great Mormon, Papilio memnon, with Changes in the Components of the Host Plants (DOI: 10.3390/insects16020159)
Risk Prediction of RNA Off-Targets of CRISPR Base Editors in Tissue-Specific Transcriptomes Using Language Models (DOI: 10.3390/ijms26041723)

後者は先月公開した、DBCLS BioHackathon 2023がきっかけで始まった共同研究のそれ。空き時間と週末は英文総説書きに勤しんだ2月であった。

January2025

2025-01-31T23:59:00+09:00

2025年1月を振り返って

今月は、去年ほどではなかったものの（年末の）航空機事故に始まり、月末もそれに終わった感じ。さすがに学部4年生、修士課程2年生、博士学位申請者がそれぞれ2人いたため、今年は厳しいと判断してPAGには行かずに、ひたすら学務に。それに加えて、学科の仕事も色々とたくさんあって、本当、学務に尽きる2025年1月だった。結果として予想どおりずっと多忙な1ヶ月で、とくに最後の2日は両日博士学位論文公聴会で終わった。

今月出版された原著論文はなく、submittedが6本とin revisionが1本を来月に持ち越し。 bioRxivに2本アップ。

Risk Prediction of RNA Off-Targets of CRISPR Base Editors in Tissue-Specific Transcriptomes Using Language Models (DOI: 10.1101/2025.01.19.633823)
Data-driven workflow for comprehensive gene expression analysis in complex microbiomes (DOI: 10.1101/2025.01.17.632662)

前者はDBCLS BioHackathon 2023がきっかけで始まった共同研究の成果で、こういうネットワークは今後も大事にしてきたい。

fasta36 on Apple silicon mac

2025-01-29T16:00:00+09:00

Apple silicon macでのFASTA36

Homebrewでうまくできないようなので、調査。普通にソースをcloneしてきて、Makefileを指定したら問題なくビルドできる模様。

git clone https://github.com/wrpearson/fasta36
cd fasta36/src
make -f ../make/Makefile.os_x_arm64

バイナリは bin/以下にできてるのがちょっときづかないかも。

RNA-Seq RecipeBook Ranking 2024

2025-01-10T23:00:00+09:00

RNAseqレシピ本2のランキング　2024年

2023年10月に発売されたRNAseqレシピ本2だが、出版元による2024年年間ランキングの生命科学・基礎医学で4位に。やはり、出版社がウェビナーやって宣伝強化した効果が大きかったのだろうか。

また、2024年12月に発売されたデルジーン300本も2024年12月の月刊ランキング（生命科学・基礎医学）で2位に!

12月ランキング2位✨
『論文に出る遺伝子　デルジーン300』
頻出遺伝子の概要がコンパクトにわかる😃
本の中はこんな感じです🐏↓↓↓ https://t.co/yyzIHkvGnr
— 羊土社実験医学 (@Yodosha_EM) January 10, 2025

果たしてこの流れがいつまで続くか。今後も注目していきたい。

Plan 2025

2025-01-01T09:00:00+09:00

2025年の計

明けましておめでとうございます。本年もよろしくお願いします。

「一年の計は元旦にあり」。今年も一年の計、「2025年の計」を。

研究が自律的に進展するよう、ラボ教育体制を強化する
研究内容をより広く知ってもらえるよう、執筆・講演などのアウトリーチ活動に注力する
公私ともに充実した生活を送れるよう、健康に気をつける

Review 2024

2024-12-31T15:00:00+09:00

2024年を振り返って

今年2024年はラボを主宰し始めてから5年目。プロジェクト雇いの年更新から大学本体から雇われる定年制となって学部教育に関わるようになって2年目で、その初年だった去年(2023年)からさらにその影響がラボにも。

まずは、学部3年生が今年も配属され、若者が多くラボに出入りするようになり、にぎやかに。そして、学部の授業の担当も増え、学部1年生向けのオムニバス講義の分担のほか、学部2年生後期の実習の一部も担当もするように。さらに、定年制教員になって半年で副学科長（学部の教務委員で学科の教務委員長）となり、学部の教務関係に携わるように。月1回の学部の代議員会にも出ることになって、メインキャンパスの方に行く機会が激増した。

大学院の方もついに修士課程から入った生え抜き第一号の学生が博士学位を申請することとなった。

去年は少なめだった査読済み論文出版数は今年は元に戻った。 2024年に出版された論文は査読付きが10本（昨年5本）。昨年は3本だったcorresponding authorの査読論文済み論文が7本に。その一方で、年越し査読中論文が5本。

また、出版された書籍は3冊。

生命科学研究のためのデジタルツール入門第2版
前作が好評を得たということでありがたいことに第2版のお声がけをいただきました🙌生命科学データの基礎的な「読み・書き・そろばん」スキルを身につけるための入門書です📖

生命科学研究のためのデジタルツール入門第2版 - 結果に差がつく使いこなし術https://t.co/D7SkOQH0aq
2024/6/21発行予定 https://t.co/i5izHDIMLg
— 小野浩雅 ONO, Hiromasa (@h_ono) May 1, 2024
Dr. Bonoのゲノム解読
241111 坊農によるゲノム生物学の教科書「Dr.Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今」がメディカル・サイエンス・インターナショナルから2024年11月末に発刊されます https://t.co/vKOh6sRePm #bonohulab pic.twitter.com/ijtEzSRsHh
— 広大理・生物科学・院統合生命ゲノム情報科学 / ゲノム編集イノベーションセンターバイオDX研究室 (@bonohulab) November 11, 2024
論文に出る遺伝子デルジーン300
241112 坊農が編集した
「論文に出る遺伝子デルジーン300 PubMed論文の登場回数順にヒト遺伝子のエッセンスを一望」
が羊土社から2024年12月頭に発刊。
坊農のほか、大学院生の鈴木さん、米澤さんと烏野さん、研究員の野津さんと小野さん、OGの小野さんが執筆 #bonohulab https://t.co/zVsprMAzCF pic.twitter.com/w5I0rR3fXA
— 広大理生物科学・院統合生命ゲノム情報科学 / ゲノム編集イノベーションセンターバイオDX研究室 (@bonohulab) November 12, 2024

毎年恒例にしている今年の年頭に書いた「2024年の計」に沿って、今年2024年を振り返ってみたい。

1 研究室運営に注力し、研究が進展していくよう支援する

QPXの論文化など、年越しになってしまった課題も多くあるものの。 JST COI-NEXT バイオDX拠点に関わる社会実装系の研究開発は、スーパートコジラミのゲノム解読を論文として公表できて、結果が出た感がある。

トコジラミの殺虫剤耐性、カギの遺伝子候補を広島大学とフマキラーが特定（無料記事） www.nikkei.com/article/DGXZ... 殺虫剤の一種に耐性を持つ個体のゲノム（全遺伝情報）を調べ、殺虫剤が効く個体と比較した結果、薬物の代謝に関わる遺伝子など約600の遺伝子に変異が見つかりました。耐性に関わる遺伝子の詳しい働きが分かれば、効きやすい殺虫剤の種類や組み合わせを予測しやすくなります。 #ニュース

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— 日経電子版 (@nikkei.com) 2024年11月18日 15:30

それ以外にも、まだ成果としては出てないものの、今後につながることは多数できたのではないかと。

2 高校生や大学生に広く研究内容を知ってもらえるよう、執筆・講演など「ミライ牧場」活動に力を入れる

職場のお隣にある西条農業高校にて高校1,2年生合計500人余りを前にbonohulabの研究内容を話する機会を得られたばかりか、その講演内容を統合TVとして公開してもらうことができた。

また、上述の「Dr. Bonoのゲノム解読」をはじめとして今年2024年に出版した本は分野外の人にも広く読んでもらえるように配慮したコンテンツで。異分野の人に公共DBのメタ解析をはじめとした内容の講演も多数こなし、より多くの人に知ってbonohulabの研究内容を知ってもらうことができたかと。

3 健康に気をつける

大きな病気をすることなく過ごせたのは、やはり「食住近接」で十分な睡眠を取れる生活を続けられたからかと。今後も引き続き健康でいられるよう、気をつけていきたい。

Nights in hotels 2024

2024-12-30T22:00:00+09:00

2024年出張外泊数

毎年恒例の出張外泊数だが、年内の出張がすべて終わって数が確定、2024年は41泊となった。 2021年は11泊、2022年は22泊、昨年2023年は42泊と倍増してきた。昨年のは2023年5月以降政府による制限がなくなり、出張が公式に解禁されたことが大きかったが、今年はほぼ横ばいであった。

しかし、2024年はBiohackathon国内版と国際版の両方ともに参加できなかったにも拘らず、減ってなかったのは講演に呼ばれることが体感これまでの月1回から月2回ペースとなってることに起因してるのだろう。来年2025年はさらに大学の仕事が増えるであろうから2024年と同じぐらいになるだろうと現時点で予想している。

December2024

2024-12-28T23:00:00+09:00

2024年12月を振り返って

2024年12月はまさに師走。宿泊を伴う出張が4回もあり、招待講演が2回、国際ワークショップと共同研究打ち合わせがそれぞれ1回。そのうち3回が関東で、合計5泊。 2024年最後の出勤も出張で終わるなど。

学務的には、博士論文にかかわる予備検討会やそれに伴う公聴会と審査会のアレンジなど、そちらも大忙しだった。

そして、2年前から企画してきた「デルジーン300」が正式に出版された。

分生 #MBSJ2024 での先行展示でも好評の“遺伝子の単語帳”こと『デルジーン』が本日発行．ネット＆全国の書店には順次配本になります．
「ちょっと知識量に自信がなくて，何とかしたいんだよな…」という方も，#推しジーンを愛でたい方も，お見逃しなきようお願いします．https://t.co/M2B8IckJls pic.twitter.com/YYETdSKceO
— 羊土社実験医学 (@Yodosha_EM) December 2, 2024

また、殺虫剤抵抗性トコジラミのゲノム解読論文の英文プレスリリースが掲載され、それを受けて英語のニュースサイトや本家Gizmodoにも掲載された。

しかし、査読済み論文の発表はなく、ミツバチのトランスクリプトームデータのプレプリントがbioRxivにアップロードしたのみ。

Comprehensive expression data for two honey bee species, Apis mellifera and Apis cerana japonica. DOI: 10.1101/2024.12.11.627317

結果として2024年は査読済み論文は10本、そのうちbonohulabメインものは7本であった。来年2025年も引き続き頑張っていきたい。

Workshop on Insect Cuticular Extracellular Matrix 4th

2024-12-27T23:00:00+09:00

The 4th International Collaborative Workshop on Functional Genomics, Molecular Biology, and Biochemistry of Insect Cuticular Extracellular Matrix

JST COI-NEXTによる昆虫のクチクラに関する国際ワークショップということで、東京農工大学府中キャンパスへ。 Opening remarkを話させていただいたほか、昆虫のゲノム解読に関してキンウワバトビコバチと殺虫剤抵抗性トコジラミでの実際を研究員さんに発表してもらうなど。やはり、オフラインにひと所に集まって交流することが研究には必須のプロセスだなと再確認。自分たちでもやっていこう。

November2024

2024-11-30T23:00:00+09:00

2024年11月を振り返って

2024年11月は、宿泊を伴う出張は第47回日本分子生物学会年会だけであったが、前泊も含めて3泊。学務的には、学部2年生の実習に初めて参加し、それが3回連続で。

また、殺虫剤抵抗性トコジラミのゲノム解読論文のプレスリリースを受けて、取材がオンラインであって日本経済新聞にも掲載していただいた。そして、2020年4月に今のところに来てからやりたいと思っていた西条農業高等学校でのアウトリーチ活動をついに実現することができた。

今年の前半に頑張って書いてきた「ゲノム解読」が出版され、現物を手に入れることができた。

しかし、論文に関しては全く活動なし。

47th annual meeting of the molecular biological society of Japan

2024-11-29T23:59:00+09:00

第47回日本分子生物学会年会

千葉の幕張であった一昨年、神戸ポートアイランドであった昨年に引き続き、今年も恒例の分セーに参加。今年は、2019年から5年ぶりの福岡国際会議場（とマリンメッセ）。今年の日本癌学会学術総会で2ヶ月前にきたばかりの会場であったが。

前回に引き続きJST COI-NEXTバイオDX産学共創拠点の冠シンポジウムのオーガナイザーに。今年はほぼ若手の共同研究講座助教さんにやってもらえたので、当日の座長を半分しただけ。それもあったので、Late-breaking abstractとしてポスター発表もするなど。自分のも含めて2桁の数のポスターをラボから出すことができて、研究グループとしてだいぶ活発になってきたかなーという思い。

241117 第47回日本分子生物学会年会（2024年11月27日〜29日於：福岡国際会議場＋マリンメッセ福岡）#MBSJ2024 にて #bonohulab のメンバーが口頭発表4件、ポスター発表11件の研究発表を行います。詳細は学会・研究会発表をご覧ください。https://t.co/95QqySMn8H pic.twitter.com/x65jZy0OXu
— 広大理生物科学・院統合生命ゲノム情報科学 / ゲノム編集イノベーションセンターバイオDX研究室 (@bonohulab) November 17, 2024

またこの2024年一年は、3冊名前の入った本を出すことができて、そのうちの一冊がこの学会年会での先行発売でのお披露目となった。

正式な発売は12月に入ってからですが、 #MBSJ2024 の羊土社ブース（マリンメッセB館入って左）にて多くの #bonohulab メンバーも執筆しました「デルジーン本」先行発売しております https://t.co/nnMAXrat5y
— 広大理生物科学・院統合生命ゲノム情報科学 / ゲノム編集イノベーションセンターバイオDX研究室 (@bonohulab) November 27, 2024

事前にSNSで多くの人に見ていただいていたこともあって、それなりに売れた模様。

GenomeSeq20 Obtained

2024-11-23T19:00:00+09:00

ゲノム解読本入手

ついに「Dr. Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今」を2024年11月23日に入手した。本来であれば週明けに職場に配送されるものを、集配を行う営業所留めの連絡をして取りに行ったというオチ。

At last. Got it! #GenomeSeq20

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— bonohu (@bonohu.bsky.social) 2024年11月23日 20:09

Amazonからは発売がちょっと早まって2024年11月26日に変わっていた。予約されたかたは週明けから配送が始まることであろう。

心当たりある方には出版社から送られてくるかもしれないので、まずは届いてないか職場の郵便受けなどをご確認のほど。

GenomeSeq20 Published

2024-11-22T18:00:00+09:00

ゲノム解読本出版

2024年11月末発売とアナウンスされていた「Dr. Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今」が本日、2024年11月22日に発売された。

【新刊】本日発売（新刊配本）です！（I）
『Dr. Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今 -』

ゲノム解読の「過去・現在・未来」がわかる！
最新のゲノム解読の手順をまとめ、全体像と解析内容をわかりやすく解説。https://t.co/5yeHqO3zAP pic.twitter.com/tWkxYwD4D9
— MEDSi販売部 (@MEDSi_han) November 22, 2024

東京から遠い遠方で働いているため、自分のところにはまだ届いていないが、出版社から献本された方にはすでに届き始めている模様。

坊農さんからゲノム解読の献本をいただいた。

ゲノム解読のこれまでからこれからを網羅的に、かつ読みやすく取捨選択して紹介している。
研究室に入って最初に手に取っても良さそう。
トレードマークのハンチングがBの上にあるのがご愛嬌。あと、そろそろ「Prof. Bono」でよいのでは。 pic.twitter.com/066TxMd3Gn
— 厚志 (@atsushi_ngs) November 22, 2024

Amazonからは来週中の発送になるようである。お急ぎの方は週末に書店でチェックするとすでに置いてあるかもしれない。

Outreach for Sainou

2024-11-21T23:00:00+09:00

お隣の西条農業高校での講演

昨年も11月にアウトリーチ活動にも取り組み、2023年11月12日に特別授業＆体験型ワークショップ「分子系統樹をつくろう」を実施した。今年は縁あって、研究室の入ってる建物に隣接した広島県立西条農業高等学校で講演会をさせていただいた。 4年半前にこちらに異動してきて以来、何らかの交流できないかと思ってはいた。コロナ禍があって、先方も学校閉鎖みたいな事態もあったようで、なかなかすぐにはそれが実現してこなかった。今回、一般社団法人バイオDX推進機構の皆さんのご尽力によって、それがついに実現した。すぐ隣だし、お話しに行く機会が持てるといいなと、とずっと思っていただけに、非常に感慨深く。

高校1年生全員の300人ほどを前に体育館で50分弱、「コンピュータを使った生物学研究とその応用」と題して話させていただいた。主に我々のところでやっているバイオDXな取り組み、特にバイオインフォマティクス研究について、そういう分野もあるということを知ってもらうことを主眼において話した。その存在を少しでも意識してもらうきっかけになったかな。今後も継続して交流を続けていきたい。

Yet Another Newspaper Report on Super Tokojirami Genome

2024-11-18T21:00:00+09:00

また別の新聞報道

今度は日本経済新聞に、殺虫剤抵抗性のスーパートコジラミのゲノム解読論文が掲載された。

トコジラミの殺虫剤耐性、カギの遺伝子候補を広島大学とフマキラーが特定（無料記事） www.nikkei.com/article/DGXZ... 殺虫剤の一種に耐性を持つ個体のゲノム（全遺伝情報）を調べ、殺虫剤が効く個体と比較した結果、薬物の代謝に関わる遺伝子など約600の遺伝子に変異が見つかりました。耐性に関わる遺伝子の詳しい働きが分かれば、効きやすい殺虫剤の種類や組み合わせを予測しやすくなります。 #ニュース

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— 日経電子版 (@nikkei.com) 2024年11月18日 15:30

日経新聞デビューを果たした。

DeruGene300

2024-11-17T14:00:00+09:00

論文に出る遺伝子デルジーン300

ゲノム解読と並行して密かに進めてきた出版計画があった。それがこのデルジーン300である。

実験医学別冊
論文に出る遺伝子　デルジーン300
PubMed論文の登場回数順にヒト遺伝子のエッセンスを一望
坊農秀雅／編
2024年12月02日発行 A5判 231ページ ISBN 978-4-7581-2277-1

2年前2022年12月の幕張であった分子生物学会年会の時にその企画が開始され、その後本の構成を検討して、昨年2023年11月のやはり分子生物学会年会（神戸ポートピア）で叩き台を議論して進めていくことに。そして、2023年12月末のデータでヒトbibliome解析を行なって300の遺伝子リストアップした。実際にそのbibliome解析手法を研究してきたOGの方にその解析をお願いし、実際に行った手法に関して簡単に解説を書いてもらっている。

その後、Top300のヒト遺伝子の執筆者を集めていったが、なにぶん300もの遺伝子を個別に説明を書く必要があって難航した。そこで2024年3月には執筆者をtwitterなどで募集するという前代未聞のことをやってのけたり。ちなみに私自身もこれまでの研究と関連の深い2つの遺伝子に関して自ら書いている（ぜひ探し当ててみてくださいw）。

そんなことをしたりしてたので、その存在は事前にバレてたはずだったと思っていたのだが。以下のtweetの表示数を見ての通り、10万を超えてしまったりでビックリであった。

241112 坊農が編集した
「論文に出る遺伝子デルジーン300 PubMed論文の登場回数順にヒト遺伝子のエッセンスを一望」
が羊土社から2024年12月頭に発刊。
坊農のほか、大学院生の鈴木さん、米澤さんと烏野さん、研究員の野津さんと小野さん、OGの小野さんが執筆 #bonohulab https://t.co/zVsprMAzCF pic.twitter.com/w5I0rR3fXA
— 広大理・生物科学・院統合生命ゲノム情報科学 / ゲノム編集イノベーションセンターバイオDX研究室 (@bonohulab) November 12, 2024

実際の出版は2024年12月になっていて、11月末の分子生物学会年会後となっているが、まあそういうことです。皆さんの反応を楽しみにしています。

GenomeSeq20 Writing Progress Curve

2024-11-16T19:00:00+09:00

ゲノム解読本の執筆進捗曲線

2024年11月末には発売となる「Dr. Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今」がついに表紙もAmazonに公開された。

241111 坊農によるゲノム生物学の教科書「Dr.Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今」がメディカル・サイエンス・インターナショナルから2024年11月末に発刊されます https://t.co/vKOh6sRePm #bonohulab pic.twitter.com/ijtEzSRsHh
— 広大理・生物科学・院統合生命ゲノム情報科学 / ゲノム編集イノベーションセンターバイオDX研究室 (@bonohulab) November 11, 2024

そのTwitter/Xのtweetはかなり見られ、2万表示近くに。

その執筆進捗に関してもデータを取り続けていたので、それについてのtweetをbskyに。

ゲノム解読本 amzn.to/4e29iEM は今年2024年になってから執筆開始。その進捗は毎回 wc -m *.md を実行することで（そのマルチバイト）文字総数を記録してきた。添付の図はその結果をSpotfire Analyst (v14.0.4)で可視化した結果。2月末までのらりくらりで、3月になってその進捗がまずいことに気づいて急に火がついたのが容易に見て取れる。ちなみに今回はこれまでの本と違ってコマンドラインやその実行結果がなく、図表の数が比較的多い。次回があるのなら、その追加具合もログにとっておくべきかな。だけどもう次はないだろうなあ、たぶん… #GenomeSeq20

[image or embed]
— bonohu (@bonohu.bsky.social) 2024年11月16日 18:26

これを書く元になったファイルshinchoku.csvは以下のような感じ。

2024-01-02,1054
2024-01-03,1803
2024-01-06,2065
2024-01-07,2433
2024-01-08,4073
2024-01-14,4505
2024-02-04,5722
2024-02-18,6177
2024-02-24,10271
2024-02-25,11043
2024-03-02,12038
2024-03-03,16878
2024-03-04,17864
2024-03-05,20121
2024-03-06,21131
2024-03-07,24040
2024-03-08,28288
2024-03-09,32121
2024-03-10,36078
2024-03-11,37090
2024-03-12,38160
2024-03-13,40185
2024-03-22,42107 
2024-03-23,45010
2024-03-24,50143
2024-03-25,51255
2024-04-06,53761
2024-04-07,55161
2024-04-08,56106
2024-04-09,56347
2024-04-11,56920
2024-04-12,58430
2024-04-19,59000
2024-04-20,61101
2024-04-21,63043
2024-04-23,66017
2024-04-24,67588
2024-04-25,70309
2024-04-26,72731
2024-04-27,75044
2024-04-29,77045
2024-04-30,78049
2024-05-01,79191
2024-05-02,81082
2024-05-03,84095
2024-05-05,84534
2024-05-06,87209
2024-05-11,88057
2024-05-22,88101

可視化するといろんな特徴がすぐに掴むことができる。可視化重要。

GenomeSeq20 contents

2024-11-08T19:00:00+09:00

ゲノム解読本の目次公開

早くも11月となり、今月末には発売となり、すでにAmazonにも出ている「Dr. Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今」の目次と序文が公開された。

ゲノム解読の「過去・現在・未来」がわかる！

最新のゲノム解読の手順をまとめ、全体像と解析内容をわかりやすく解説。ゲノム解析に必要な「分子生物学の基礎知識」、かつて行われていたゲノム解読法や国際塩基配列データベースの成り立ちについて解説した「これまでのゲノム解読」、実際に行われるゲノム解読の流れに沿って解説する、本書の中心となる章「2020年代のゲノム解析」、新たな次世代シークエンサーとゲノム解析の応用の展望を述べた「これからのゲノム解析」の４章構成。

が本の紹介。

「本書では，著者の研究室で行っているゲノム解読をはじめとするゲノム解析について，2020年代の現在用いられているゲノム解読手法とそのデータ解析，ひいてはその応用を中心に，日本語で平易に解説することを試みた」（出版社のウェブサイトに公開されている序文より）。

内容の目次は以下の通り。

第0章　はじめに―なぜゲノムを解読するのか？
- 0.1　生物は細胞でできている
- 0.2　分子生物学の基礎知識
- 0.3　なぜゲノムを解読するのか？
第1章　これまでのゲノム解析
- 1.1　DNA塩基配列解読法の発明
- 1.2　国際塩基配列データベース共同研究
- 1.3　ヒトゲノム計画開始
- 1.4　モデル生物種のゲノム解読
- 1.5　トランスクリプトーム解析
- 1.6　DNA配列解読技術の進展
第2章　2020年代のゲノム解析
- 2.1　ゲノム配列の公共データベース
- 2.2　ゲノム解読のためのサンプリング
- 2.3　ゲノム配列解読の実際
- 2.4　ゲノムアセンブル
- 2.5　データの注釈づけ（アノテーション）
- 2.6　データの解釈とその利用
第3章　これからのゲノム解析
- 3.1　新たな次世代シークエンサー
- 3.2　新たな応用
- 3.3　新たな問題

October2024

2024-10-31T20:00:00+09:00

2024年10月を振り返って

2024年10月は、宿泊を伴う出張はBioJapanとそれ以外の1回（1泊）だけでそれほど立て込んでいたわけではないが、学務関係で色々と。まずは、学部3年生の（実質的な）研究室配属があり、4人bonohulabへ。そして、毎年恒例のバイオインフォマティクス講義の収録を10月中に終えることができた。また、出版は先月だった殺虫剤抵抗性トコジラミのゲノム解読論文のプレスリリースを引き続き行い、新聞にも掲載していただいた。

今年の前半に頑張って書いてきた「ゲノム解読」の単著の第一報も月末にアナウンスできた。

そんな中、プレプリントで1本アップロード。

Pipeline to explore information on genome editing using large language models and genome editing meta-database. DOI: 10.1101/2024.10.16.617154

引き続き頑張っていこう！

GenomeSeq20 dispatch

2024-10-30T17:00:00+09:00

ゲノム解読本第1報

Dr. Bonoのゲノム解読 - NGSによるシークエンシングとデータ解析の今を単著で書きました。 2024年11月末の第47回日本分子生物学会年会に間に合いました。乞うご期待。

Super Tokojirami Genome Reported in Newspaper

2024-10-23T23:00:00+09:00

新聞報道

殺虫剤抵抗性のスーパートコジラミのゲノム解読論文が日刊工業新聞電子版に掲載された。

殺虫剤抵抗性のスーパートコジラミのゲノム解読論文が日刊工業新聞電子版に。報道感謝 www.nikkan.co.jp/articles/vie...

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— bonohu (@bonohu.bsky.social) 2024年10月22日 7:55

一般的な新聞への報道は何気に初めて。

sakematsuri 24

2024-10-13T21:00:00+09:00

酒まつり2024

昨年に引き続き、今年も酒まつりへ行ってきた。

というのも、今回は県外から複数の友人を同時に迎えて、案内しつつ、2日間の両日参加。初日は普段からお世話になっているひでに3回も。 1回目は1人で下見、2回目は駅でピックアップした人と一緒に2人で、さらに3回目はすでにその日の営業を終えてしまった酒蔵に入れず、さらに途中で落ちあった人を入れて3人で。

2日目は主に初日行けなかった蔵を巡る感じで、西条七蔵すべて巡った上に、黒瀬の賀茂金秀やLaPlaceさんのところで安芸津の日本酒も堪能。先日の育種学会の市民公開シンポジウムでお話をうかがった八反草の日本酒もついにここで。また、賀茂鶴さんの敷地内で売ってた念願のこい地鶏も。

初の東広島こい地鶏にようやくありつけた酒まつり2024

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— bonohu (@bonohu.bsky.social) 2024年10月13日 20:30

昨年のブログでは

昨年よりも混雑がすごく、東広島市内では普及しているPayPayによる決済が不可能になるというありさま。回線を一時的に増強していただくか、WiFi網を充実させていただきたいと思った次第。

と書いていたが、今年はほぼ、PayPayで支払うことができた！

酒まつりだん。今年は2日間で約23万人の人出だったとのこと。約19万の東広島市の人口より多い人数が2日間の酒まつりで来たとあって、5G回線を臨時で増強してくれていたらしい。昨年は全くPayPayで支払えなかったが、今回は数回払おうとした時にダメで現金に切り替えたことがあったものの、ほぼ大丈夫だった。お祭り対応、ご苦労様でした。ありがとうございました。

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— bonohu (@bonohu.bsky.social) 2024年10月13日 20:16

1日目22k歩、2日目19k歩と、学会年会などよりもかなり多く歩いた2日間であった。

BioJapan2024

2024-10-11T23:00:00+09:00

BioJapan2024

一昨年、昨年に引き続き、今年もBioJapanに参加、ということで3年連続。今年も2022年12月末に認定されたひろしまバイオDXコミュニティのブースをベースに色々と新しい研究やコラボのネタ探しに。

#BioJapan 2024 大盛況のうちに終了いたしました！
ご来場いただいた皆様、ご出展・パートナリング参加いただいた皆様、誠にありがとうございました🍀#BioJapan 2024 has concluded successfully!
"We sincerely appreciate everyone who attended, exhibited, and participated in Partnering🍀 pic.twitter.com/9zt5NjWEFa
— BioJapan (@BioJapanExpo) October 11, 2024

これまで以上に多くの同じチームの人間が参加して、広がりが出てきたなというのが素直な感想。今後に期待。

Insecticide-resistant Cimex Genome Sequencing Published

2024-10-07T21:00:00+09:00

殺虫剤抵抗性トコジラミのゲノム配列解読論文published

2年前の2022年に大学の公開講座ゲノム編集イノベーション～最先端のバイオテクノロジー～の3回シリーズの2回目ということで「みんなのバイオDX」と題した話を聞いてくれたことで始まった共同研究、殺虫剤抵抗性トコジラミのゲノム配列解読論文が出版され、共同研究先の会社からプレスリリースがなされた。

241007 研究員の栂さん、フマキラー株式会社と坊農による共同研究論文が「世界初！殺虫剤抵抗性2万倍　スーパートコジラミのゲノム解読に成功トコジラミ対策商品の開発を推進～広島大学と共同研究～」と題してフマキラー株式会社からプレスリリースされました！ #bonohulab https://t.co/ylTuLs44X5
— 広大理・生物科学・院統合生命ゲノム情報科学 / ゲノム編集イノベーションセンターバイオDX研究室 (@bonohulab) October 7, 2024

共同研究を始めた当時は、まだインバウンド回復していなかったこともあり、それほどまだトコジラミが社会的には話題になってなかったが、共同研究が本格化した2023年にはそれが社会問題化。そして、これを早く論文にして公表せねば、と2024年3月にあったオウドウコン（応用動物昆虫学会）で話し合い、研究をまとめていき、2024年8月にあったICE2024の期間中に投稿。関心は高かったようで、すぐに査読コメントが来て、鋭意対応して、2024年9月末にはaccepted&published。そして、月が変わって2024年の投資(107)の日にめでたくプレスリリースとなった。

September2024

2024-09-30T23:00:00+09:00

2024年9月を振り返って

今年も9月になっても8月からの暑さが継続。彼岸が過ぎてようやく涼しくなってきたものの、エアコンなしでは夜は寝苦しい状態のまま月を終えようとしている。

宿泊を伴う出張は1回（1泊）だけだったものの、日帰りでの講演が2回もあった。さらに毎年恒例のバイオインフォマティクス講義の収録も始まり、話す機会の多くなった月であった。それとも関係するが、所属している大学のキャンパスで日本育種学会の講演会があり、遠方より複数の知り合いが研究室に訪問してくれたり。

そんな中、査読付き論文が2本出版された。

Genome-wide Search for Gene Mutations likely Conferring Insecticide Resistance in the Common Bed Bug, Cimex lectularius. DOI: 10.3390/insects15100737

Meta-analysis of gonadal transcriptomes in protogynous fishes provides novel perspective into sex change machinery. DOI: 10.1111/gtc.13166

これで2024年は10本の論文が出版済みになり、月の数字を上回った。そして、査読中論文が2本となった。引き続き頑張っていこう！

Meta-analysis of Transcriptomes in Sex-Changing Fishes Published

2024-09-30T18:00:00+09:00

性転換のメカニズムにせまる魚類の性腺トランスクリプトームのメタ解析論文出版

魚類の研究をされてきた研究員がbonohulabに来てメタ解析を知り、自分の研究対象でもやってみた論文が、査読ずみ論文としてGenes to Cellsから公開。

Meta-analysis of gonadal transcriptomes in protogynous fishes provides novel perspective into sex change machinery. DOI: 10.1111/gtc.13166

240930 研究員の野津さんと理化学研究所、沖縄美ら島財団総合研究所、国立遺伝学研究所と坊農による共同研究論文 Meta‐analysis of gonadal transcriptome provides novel insights into sex change mechanism across protogynous fishes https://t.co/EQgWuNkjv5 が Genes to Cells に公開 #bonohulab
— 広大理・生物科学・院統合生命ゲノム情報科学 / ゲノム編集イノベーションセンターバイオDX研究室 (@bonohulab) September 30, 2024

なかなか査読にも回らず、また査読されてもacceptしてもらえず。最初に投稿してから約15ヶ月かかってpublished。その間に色々な技も覚え、Figure4にあるパスウェイダイアグラムも自分で。活躍の場を増やして頑張っていってほしい。

JSBreeding 146th

2024-09-23T22:00:00+09:00

第146回日本育種学会講演会

広島大学東広島キャンパスで初開催だったらしい。実は広島県でも初開催とか。

市民公開シンポジウムで話して欲しいと1年前の今頃からお願いされてて、その本番がついにやってきた。

240909 一般社団法人日本育種学会第146回講演会の市民公開シンポジウム「安芸の国から拓く農業の未来―ゲノム編集から伝統品種の復刻までー」（2024年9月23日開催）にて、坊農が「ゲノム編集の植物育種への応用」と題して講演を行います https://t.co/XHYNVsDBuX #bonohulab pic.twitter.com/nH4uIt5Z1D
— 広大理・生物科学・院統合生命ゲノム情報科学 / ゲノム編集イノベーションセンターバイオDX研究室 (@bonohulab) September 9, 2024

時間が短くて思うようには紹介できずじまいだったが、なんとなく伝わったかな、と。今後の考えるきっかけになってくれれば大成功だったと思いたい。

83rd JCA

2024-09-21T22:00:00+09:00

第83回日本癌学会学術総会

福岡で開催された癌学会学術総会に参加。かつては毎年発表もしていたのであるが、実に4年ぶり、2020年の広島での会以来の参加であった。

マリンメッセは新しいB棟ができており、今回そこが会場となっていた。いくつかの口頭発表（メインは国際会議場の方であったが）やポスター発表、そして企業展示がそこで行われていた。かつての建物はAとなっていて、コンサートが同時に行われていたらしい。

Surprised to see new "B" building in marine messe

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— bonohu (@bonohu.bsky.social) 2024年9月21日 18:09

久しぶりの参加だったせいか、専門用語というか略称の多用がどうしても気になってわかりにくいんじゃないかと思ってしまったが、これは多分大学の先生業をしているからだろう。

CAR-Tや空間トランスクリプトーム解析の最前線に関して手っ取り早く学ぶことができたのは大きな収穫であった。また、予想通り、4,5年会ってなかった方に再会するなど、多くの方とオンサイトでお話しする機会が持てて、これまた今後の共同研究のタネとなることを仕込むことができたように思う。次回は発表を再開できればと。

Hiroshima Bio Forum 24

2024-09-12T23:59:00+09:00

令和6年度広島バイオフォーラム

広島バイオテクノロジー推進協議会主催の広島バイオフォーラムで話すのは2年ぶりの2回目だったが、オンサイトでは初めて。今回は大学からもアナウンスが実名入りで。

"2024年9月12日（木）、広島バイオテクノロジー推進会主催の「令和6年度広島バイオフォーラム」に食品生命科学プログラムの島田昌之教授と数理生命科学プログラムの坊農秀雅教授が登壇します。
9月10日（火）までに事前申し込みが必要です。"
大学からもアナウンスがhttps://t.co/uiAO9NxiP5 https://t.co/tKIwojKeI1
— HUBちゃん@日本育種学会146回講演会(9/19-20,23) (@bonohu) September 7, 2024

今回は共同研究先の企業の方とのペアトークで、私が前座を。まだまだ我々のやっているバイオDXな取り組みは知られていないので、こういう機会に知ってもらえるよう広報活動を。産業で使われている有用生物のゲノム解読から始まる社会実装を今後も推進していきたい。

August2024

2024-08-31T23:00:00+09:00

2024年8月を振り返って

宿泊を伴う出張が3回と、何気に出張の多い月であった。

お盆の前の上旬は社会人大学院生のラボ訪問や博士論文中間発表会などイベントが多く。特にオープンキャンパス対応は今回初めてで、準備と対応に手間どった。下旬には8年前にも参加した昆虫の国際学会(ICE2024)への参加で京都に行ったが、台風情報とのにらめっこも同時並行で。

そんな中、査読付き論文に関しては2本出版された。

A systematic exploration of unexploited genes for oxidative stress in Parkinson’s disease https://doi.org/10.1038/s41531-024-00776-1

Triterpene RDF: Developing a database of plant enzymes and transcription factors involved in triterpene biosynthesis using the Resource Description Framework https://doi.org/10.5511/plantbiotechnology.24.0312c

これで2024年は8本の論文が出版済みに。また、新たに2本プレプリントとしてアップロード。

Meta-analysis of public RNA-sequencing data of drought and salt stresses in different phenotypes of Oryza sativa https://doi.org/10.1101/2024.08.06.605779

Genome-wide Search for Gene Mutations likely Conferring Insecticide Resistance in the Common Bed Bug, Cimex lectularius https://doi.org/10.1101/2024.08.27.607709

査読中論文が4本となった。引き続き頑張っていこう！

ICE2024

2024-08-30T18:00:00+09:00

27th International Congress of Entomology

8年前に参加したICE2016以来のInternational Congress of Entomology (ICE)に参加。元々この学会(Congress)は4年に1回で、前回は2020年にHelsinki開催だったのにコロナで2回延期されて、2022年に開催（不参加）。 2024年に日本で開催というのはその可能性が前回参加した2016年の時からあって、その時一緒に参加した年配の先生からはシンポジウムやってねと言われてたこともあって、今回シンポジウムを2つ企画し、オーガナイザーを務めた。

Prof. Bono will co-organize two symposia in #ICE2024
Mon. Aug 26 [2-1] Insect Bio Digital Transformation (Insect BioDX) at Room F https://t.co/mKelRjX9pM
Tue. Aug 27 [8-4] Insects genome and transcriptome data analysis at Room 554 https://t.co/QP5TYznEWn
See u there! #bonohulab https://t.co/yJHIPNKGOI
— 広大理・生物科学・院統合生命ゲノム情報科学 / ゲノム編集イノベーションセンターバイオDX研究室 (@bonohulab) August 24, 2024

月曜日26日開催のInsect BioDXは自分がメインで進行を務め、40人ほどの参加者が、また火曜日27日開催のInsects Genome and transcriptome data analysisは立ち見どころか、部屋から参加者が溢れるほどの入りであった。結構議論が盛り上がったな、という間食と同時に、まったくの昆虫ゲノム解析が門外漢の2016年当時から自分たちもそれなりに昆虫ゲノム研究の一翼を担えるようになったのかな、と。会期中にもその方向の論文を投稿することができたし、今後も頑張っていきたい。

今回、皇族のご参加もあって初日はこれまでの学会で見たことがない厳戒な警備体制で1時間前に着くように行ったのに結局opening sessionの会場に入れなかった。また、台風の接近により、それを常に気にしないといけないという事態で、本来であれば学務のために途中で1日帰ってこないといけなかったはずが、用務がオンラインに変更になったため、結局最後の日までいることができた。しかし、結局最後は切り上げて帰らざるを得なくなってclosing sessionまでは残れず。色々と消化不良の点もあったが、総じて満足できた日本開催の国際学会であった。

Triterpene RDF Paper Published

2024-08-27T09:00:00+09:00

トリテルペンRDF論文出版

特任助教の田村さんによる植物トリテルペン生合成関連配列のRDF化の論文が、査読ずみ論文としてPlant Biotechnologyから公開。

Triterpene RDF: Developing a database of plant enzymes and transcription factors involved in triterpene biosynthesis using the Resource Description Framework https://doi.org/10.5511/plantbiotechnology.24.0312c

年始に投稿して、3月にaccepted。特集号掲載のため、そこから長く放置されて8月末にpublished。短報であるが、これを使った発見が今後出していけるといい流れになるな、と。

GeneDiseaseLinker Paper Published

2024-08-17T19:00:00+09:00

パーキンソン病における酸化ストレスに応答する新規候補遺伝子の探索手法開発論文出版

D2の大学院生がfirst authorであるパーキンソン病における酸化ストレスに応答する新規候補遺伝子の探索手法開発の論文が、査読ずみ論文としてnpj Parkinson's diseaseから公開。

A systematic exploration of unexploited genes for oxidative stress in Parkinson’s disease https://doi.org/10.1038/s41531-024-00776-1

3月に投稿して、8月のお盆前にaccepted。そして、お盆休み中に校正が来てしまったが、お盆休み明けにpublished。なので、ほぼ5ヶ月かかったが、ドライ解析のみのメタ解析の論文をこれまでとは違う系列のnpjシリーズにpublishできたことは非常に感慨深い。

240819 博士課程後期大学院生の鈴木さんと坊農による研究論文 A systematic exploration of unexploited genes for oxidative stress in Parkinson’s disease (DOI: 10.1038/s41531-024-00776-1) が npj Parkinson's disease に公開されましたhttps://t.co/kqm97WUIvF #bonohulab
— 広大理・生物科学・院統合生命ゲノム情報科学 / ゲノム編集イノベーションセンターバイオDX研究室 (@bonohulab) August 19, 2024

この研究と並行して行ってきたゲノム編集のデータベースの研究と併せて、いい感じに博士論文がまとまりそうな流れに。引き続き頑張っていって欲しい。

July2024

2024-07-31T23:00:00+09:00

2024年7月を振り返って

7月は上旬は学部の授業担当があったり、大学院入試があったり、学術指導の講演があったりでひどく立て込んでいた。

さらに中旬には2回の宿泊を伴う出張があった。一つは12年ぶりの岡山大学資源植物科学研究所での講演でお隣の県の岡山県倉敷市へ。もう一つは、昆虫の共同研究先への訪問＋今年も継続していただいた古巣の公募型共同研究にかかわる東京出張。

投稿していた論文に関しては、M2の学生の論文が査読論文として出版された。

Transcriptional Signatures of Domestication Revealed through Meta-Analysis of Pig, Chicken, Wild Boar, and Red Junglefowl Gene Expression Data https://doi.org/10.3390/ani14131998

これで2024年の査読済み論文数(accepted)が月の数字の7を維持。査読中論文が3本。引き続き頑張ろう。

Meta-analysis of Transcriptomes in Domesticated Animals Published

2024-07-06T19:00:00+09:00

公共遺伝子発現データベースを用いた家畜動物トランスクリプトーム比較のメタ解析論文出版

M2の大学院生がfirst authorである公共遺伝子発現データベースを用いた家畜動物トランスクリプトーム比較のメタ解析の論文が、査読ずみ論文としてAnimalsから公開。

Transcriptional Signatures of Domestication Revealed through Meta-Analysis of Pig, Chicken, Wild Boar, and Red Junglefowl Gene Expression Data https://doi.org/10.3390/ani14131998

5月末に投稿して、7月頭にaccepted、そしてpublished。なので、ほぼ7週間弱で。

これまでは主にストレスの前後であったトランスクリプトームメタ解析の対象を家畜動物に広げ、イノシシvsブタとセイショクヤケイvsニワトリで検討した論文。

Published https://t.co/6MCsbn68cq https://t.co/tuARIP6Ku9 pic.twitter.com/5ddw48cNbd
— HUBちゃん (@bonohu) July 6, 2024

この研究の過程で得た技術を基にこれからも研究を進めていってほしい。

51 months

2024-07-01T21:00:00+09:00

4年と3ヶ月

東広島に来てその月日、すなわち51ヶ月が経過した。埼玉の医科大学にいたのがちょうどその長さであった。

つまり、その時よりも長く、広島にいることとなったと。そして、広島のそれはこれからも続いていくわけで。コロナがあったせいか、その長さを感じていない現状であるが、これからも頑張っていきたいと思う。

June2024

2024-06-30T23:00:00+09:00

2024年6月を振り返って

あっという間の6月だった。日本ゲノム編集学会第9回大会があったことが大きいが、それ以外にも色々とイベントが途中から入ってきたりで。

投稿していた論文は色々動きがあった。 bonohulabのPacBioで解読したゲノム配列（キンウワバトビコバチ）が初めて査読論文として出版された。

Long-read genome assembly of the Japanese parasitic wasp Copidosoma floridanum (Hymenoptera: Encyrtidae) (DOI: 10.1093/g3journal/jkae127)

また、農研機構(NARO)との共同研究によるカイコのトランスクリプトームデータも査読論文として出版された。

Time-course transcriptome data of silk glands in day 0–7 last-instar larvae of Bombyx mori (w1 pnd strain) (DOI: 10.1038/s41597-024-03560-1)

それ以外にも共同研究論文1本がacceptedになって、これで2024年の査読済み論文数(accepted)が月の数字の6に！ revisionで返ってきた論文はすべてreviseを返して新しい月を迎えることができそう。査読中論文が4本。引き続き頑張ろう。

JSGEDIT 9th

2024-06-20T18:00:00+09:00

日本ゲノム編集学会第9回大会

昨年に引き続き、オンサイトでゲノム編集学会大会。今回は大阪中之島の大阪市中央公会堂にて。国指定重要文化財らしく、そういうところで学会の大会をさせてもらえるような時代に日本もなったのだなあと。学生5人と共同研究講座研究員のあわせて6人がポスター発表。全体のポスター数が64だったので、ドライだけでの研究としてちょっとは存在感が示せたのではなかろうか。もちろん、ドライな部分だけで完結する研究ではないので、共同研究などとして研究を大きくしていきたい気持ちはあるものの、それはこれからのfuture work。

来年は東京・大岡山にて開催とのこと。昨年も同じことを書いているが、bonohulabでの研究をさらに発表できる場になるよう、研究頑張っていきたい。

Genome sequences of Japanese Copidosoma floridanum published

2024-06-11T21:00:00+09:00

日本のキンウワバトビコバチゲノム配列解読論文

bioRxivから公開していた日本のキンウワバトビコバチゲノム配列解読論文が査読済み論文として G3 Genes|Genomes|Genetics からpublished。東京農工大学大学院農学研究院生物生産科学部門動物生化学（昆虫系）研究室との共同研究。

Long-read genome assembly of the Japanese parasitic wasp Copidosoma floridanum (Hymenoptera: Encyrtidae) https://doi.org/10.1093/g3journal/jkae127

バイオDX研究室の PacBio Sequel IIe で最初のランで配列解読したデータ。すなわち、そのシーケンサからのデータとしては、最初のゲノム配列解読論文ということで、大変感慨深い。

Published.
Long-read genome assembly of the Japanese parasitic wasp Copidosoma floridanum (Hymenoptera: Encyrtidae)https://t.co/hN7jZuOjAR
Genome sequence and assembly by in-house PacBio sequencer!
— HUBちゃん (@bonohu) June 11, 2024

May2024

2024-05-31T23:00:00+09:00

2024年5月を振り返って

2024年5月は、なんといっても昨年末から用意してきた研究室のロゴとHexStickerができたことが一番の出来事であった。また、教養の講義を初めて行ったことも大きな出来事で、その準備に多くの時間を費やした。学科の教務委員長としての仕事も色々と。そして、野外研修に大学院入試説明会と大学院関係のイベントの多い2024年5月であった。一泊二日だけであったが関東への出張も結局1回。

研究方面では、今月もプレプリントをbioRxivに1本アップロード。

Transcriptional Signatures of Domestication Revealed by Meta-Analysis of Pig, Chicken, Wild Boar, and Red Junglefowl Gene Expression Data. DOI: 10.1101/2024.05.20.594049

査読中論文が共同研究を含めて4本＋in revisionが3本。引き続き頑張ろう。

IJMS Special Issue "Research Advances in the Bioinformatics of Genome Editing and Gene Function Analysis"

2024-05-29T22:00:00+09:00

IJMSでSpecial Issueふたたび

International Journal of Molecular Sciences (IJMS)にて、Research Advances in the Bioinformatics of Genome Editing and Gene Function Analysisと題したSpecial IssueのGuest Editorをすることに。その名の通り、ゲノム編集と遺伝子機能解析に関わるバイオインフォマティクスな論文を集めます。とりあえずの締め切りは、2024年11月末日。

Special Issue "Research Advances in the Bioinformatics of Genome Editing and Gene Function Analysis" considers manuscripts related to the bioinformatic aspect of genome editing technology for publication. Deadline: 29 November 2024.https://t.co/buNO0S6Mzv #mdpiijms @IJMS_MDPI
— HUBちゃん (@bonohu) May 29, 2024

1st Simulatenous bidirectional

2024-05-27T19:00:00+09:00

初の同時双方向

これまで大学院講義ではオンラインだったが、オンデマンドで。オンライン同時双方向は今回が初めてで、学部の教養の授業を。

コンピュータを使った生物研究
人工知能を使った生物研究

の2つのテーマで連続で2回分。準備に結構時間をかけたが、果たしてこれで良かったのだろうか？

MLS Graduate School Entrance Examination Information Session 24

2024-05-25T18:00:00+09:00

所属プログラム大学院入試説明会24

研究科の所属プログラムの大学院入試説明会で自ラボを紹介。こういう試みはやった方がもちろんいいと思うが、準備をしていただいた有志の先生方は大変だったはずで。おつかれさまでした。

1year after planting the seeds

2024-05-24T23:00:00+09:00

種を仕込んでから一年後

仕込んだ種から芽が出てきているというので、お話を聞きに都の西北へ。色々確実に進んでいるのは素晴らしい。次は如何に「歯車」を組み合わせるか。自然とそうなるような流れを作っていきたい。

MLS BBQ 24

2024-05-18T18:00:00+09:00

野外研修24

2023年10月から所属しているプログラムの野外研修という名のBBQ大会に初参加。コロナ禍前は毎年やっていたらしいが、そもそも初参加の自分。普段顔を合わせることがほとんどない方とお話しする良い機会であった。

labLOGO & HexSticker

2024-05-12T14:00:00+09:00

ラボロゴとHexSticker

サイエンスイラストレーターのお仕事展ではブログにも書いたナナフシのイラストを書いてくれた共著者のラボの学生以外にも色々な出会いがあった。その一つがHexStickerなる六角形のステッカーをデザインされているイラストレーターさんとの出会いであった。

R界隈では自分でパッケージを作成したらそのステッカーを作る文化があるようで、これまでも多数いただいてきた。どうせステッカーを作るならその六角形のHexStickerが良いと思い、当時科学技術顧問を務めていた某社にもそれで作ってもらったところ、好評であった。しかし、うちのラボは、となるとまずステッカーに載せるためのイラストやロゴマークもないという有様。ラボのロゴを作りたいとは思っていたが、ずっとやらずになっていた。そのイラストレーターさんとその企画展でお会いし、ラボのロゴをデザインしてくれる＆HexStickerも作ってくれるという話を聞いて、帰ってから連絡し、作成プロセスが始まった。年度末の時期も重なりちょっと時間はかかったものの、素晴らしいロゴがデザインされ、そのHexStickerも。

人との出会いで懸案は一気に進むこともあるものだ。学会年会など、オフラインで人の集まるところに積極的に出向いて行かねば。

togotv18 2nd dispatch

2024-05-02T00:00:00+09:00

統合TV本第2版第一報

「生命科学研究のためのデジタルツール入門第2版」。Amazonに出てしまったので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも書いておく。約5年半前の2018年に出版された「生命科学データベース・ウェブツール」のアップデート版で、「データベース・ウェブツール」まとめて「デジタルツール」となった。書いている途中でtwitterがXになったりと、もう一人の監修者が転職したりなど、諸行無常の影響を受けて大変だったなあと思い起こしたり。経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。

前作が好評を得たということでありがたいことに第2版のお声がけをいただきました🙌生命科学データの基礎的な「読み・書き・そろばん」スキルを身につけるための入門書です📖

生命科学研究のためのデジタルツール入門第2版 - 結果に差がつく使いこなし術https://t.co/D7SkOQH0aq
2024/6/21発行予定 https://t.co/i5izHDIMLg
— 小野浩雅 ONO, Hiromasa (@h_ono) May 1, 2024

なお、twitterのハッシュタグは #togotv18

April2024

2024-04-30T11:00:00+09:00

2024年4月を振り返って

年度が変わり、bonohulabでの5年目がスタート。しかし、学生の数は増えず。bonohulab始まって以来、初。今年も大学院入学の問い合わせはまったくなく。昨年は年度によるムラかと思ったのだが、内部生が入るようになったから忌避されるのだろうか？

学部の教務委員＆学科の副学科長となって、ついに学務が自分にも。これまで特任だったので免れてやってきたことが身にしみてわかるなど。それもあって、これまで引き受けてきた色々をお断りする局面も出てきたり。

今月は、プレプリントをbioRxivに1本アップロード。

PtWAVE: A High-Sensitive deconvolution software of sequencing trace for the Detection of Large Indels in Genome Editing. DOI: 10.1101/2024.04.17.589649

査読中論文が共同研究を含めて5本＋in revisionが1本。頑張ろう。

BioDXthon0

2024-04-15T23:59:00+09:00

バイオDXソン0

共同研究打ち合わせで上京した帰りに、静岡へ。そこでバイオDXソンとでも呼ぶことができる集まりを挙行。今後仕掛けていく行動目標がちょうど年度末のこの時期に色々と決められたのは大きかった。

March2024

2024-03-31T23:00:00+09:00

2024年3月を振り返って

3月は去ると言われるそうですが、実際自分にとっても「あっ」という間の2024年3月だった。行事としては、共同研究の打合せ会やOGによる講演会があったり。さらに、アウェーの学会大会参加で31日まで出てたり。

ついに今月、2024年に入って初の原著論文が1本出版された。

Meta-analysis of public RNA sequencing data of abscisic acid-related abiotic stresses in Arabidopsis thaliana https://doi.org/10.3389/fpls.2024.1343787

これ以外に in pressが1本。そして、bioRxivにもプレプリント1本。

A systematic exploration of unexploited genes for oxidative stress in Parkinson's disease https://doi.org/10.1101/2024.03.11.583425

odokon2024

2024-03-30T23:59:00+09:00

日本昆虫学会•日本応用動物昆虫学会合同大会2024＠仙台

2024年3月28日〜31日まで、日本昆虫学会第84回大会•第68回日本応用動物昆虫学会大会合同大会が宮城県仙台市の仙台国際センターで開かれた。

今回もまた小集会の講師として参加。ただし、今回はダブルヘッダーで、

3/29に小集会「W01 遺伝子機能アノテーション：昆虫データ解析に今必要なこと」にて「遺伝子機能アノテーションワークフローFanflow4Insects」
3/30に小集会「W10 DNA配列データ解析を始めてみようII」で「昆虫のDNA配列データ解析を始めよう」

という講演を。前者はとてもマニアックな内容で、逆に後者は初心者向けの入門的な内容。順番としては逆だったなあと。午後6時半からと遅い時間の開催にもかかわらず、それぞれに50人近くの聴衆にきいてもらった。今後、DBに登録されたDNA配列データを用いた解析をする研究者が一人でも増えるといいな。

Shutoiten 4years

2024-03-25T18:00:00+09:00

酒都移転4年

今日2024年3月25日で酒都西条に移転して丸4年。 3年目の去年に比べるとコロナの扱い変更により公式に出張に行けるように。それで出張も激増し、前の1年以上に1年経つのが早く感じた。

早く感じた要因はそれだけではない気がする。それは、半年ほど前から自分の立場が変わって正式な大学教員となって、学部生の配属が始まり、出ないといけない会議が増え本部キャンパス（といっても2kmほどのところだが）に行く機会が激増したこともあるかと。

明日からは5年目に突入するが、元気に教育・研究活動に励めればと切に願う。

Degree Conferment Ceremony FY23

2024-03-23T17:00:00+09:00

学位授与式23

今年度は修士の2人。入学した2年前を思うと、本当感慨深く。学位取得、おめでとうございます。

来年度はより多くの学生が巣立ちそう。なにより、そういう式典にかかわらねばならない立場になるということで戦々恐々。

Meta-analysis of Plant Abiotic-Streassed Transcriptomes Published

2024-03-22T19:00:00+09:00

公共遺伝子発現データベースを用いた植物のアブシジン酸関連ストレストランスクリプトームのメタ解析論文出版

M2の大学院生がfirst authorである公共遺伝子発現データベースを用いた植物のアブシジン酸関連ストレストランスクリプトームのメタ解析の論文が、査読ずみ論文としてFrontiers in Plant Scienceから公開。

Meta-analysis of public RNA sequencing data of abscisic acid-related abiotic stresses in Arabidopsis thaliana https://doi.org/10.3389/fpls.2024.1343787

11月末に投稿して、翌3月にaccepted、そしてpublished。なので、ほぼ4ヶ月で出たわけだが。論文自体はその年の4月末にbioRxivにアップしていて、いろいろなところに出したのだが、オリジナルデータがないということで門前払いのところも多く。そういうわけで11ヶ月、つまり約1年かけて出版されたという労作。

アブシジン酸(ABA)およびABAと関連する塩、乾燥、浸透圧、低温の5つのストレスによるトランスクリプトーム(RNA-Seq)データを公共遺伝子発現データベースから集めてきてメタ解析。そこからゲノム編集の候補遺伝子となるような遺伝子群を絞り込んでいるのであるが、もともとの目的は、データ解析手法を覚えてもらうため。公共データの多いシロイヌナズナで試してもらったが、目論見通りデータ操作やプログラミングの良い練習問題になった。

この研究で得た技術をベースにこれからも研究を進めていってほしい。

Yokoso Senpai 24

2024-03-19T17:00:00+09:00

修了生講演会24

ずっとやりたいと思っていたbonohulabの修了生を迎えての「ようこそ先輩」をついに実現。講演後、たくさんの質問が出て、やはりやってよかったなと。

Collaboration Meeting RBM 24

2024-03-15T16:00:00+09:00

原医研との共同研究打合会24

こちらにくる前から年一回やってきた原爆放射線医科学研究所（原医研）との共同研究打ち合わせの会をコロナ後初開催。 2018年以来6年ぶりだった模様。人の研究をがっつり聞くのはとてもよいリフレッシュに。そんな機会がなかなか取れてなかったことを反省。

Second accept 24

2024-03-12T09:30:00+09:00

2024年2番目の論文accept

2024年最初のacceptから5日目で、2番目の論文のaccept。重なる時は重なるもの。今後もどんどんpublishしていこう！

First accept 24

2024-03-07T23:00:00+09:00

2024年初の論文accept

2023年8月末以来、約半年ぶりに論文のacceptをいただけた。なかなか出ない時は全然でないもので。ラボからは、投稿中が2本、英文校正中（＝投稿間近）が2本。今後もどんどんpublishしていこう！

Hiroshima BioDX Forum 23

2024-03-01T23:59:00+09:00

広島バイオDXフォーラム23

去年は広島駅前の広島大学きてみんさいラボで開催された広島バイオテクノロジー推進協議会主催の広島バイオフォーラム。今年は広島大学イノベーションプラザにて「ひろしまバイオDXフォーラム」として開催。 ELSI/RRI（責任ある研究イノベーション）に関して、不勉強なところをいろいろアップデートすることができてよかった。

Feburary2024

2024-02-29T23:00:00+09:00

2024年2月を振り返って

今月は、2月ということもあって修論発表や卒論発表など、学内の行事が多く。その最中に今年度もROIS-DS-JOINTの昆虫研究会（昆虫における次世代シーケンスデータ解析および公共データベース利用 II）も。

Revisionや投稿、英文校正に出すなど、いろいろと論文のことはやっているものの、今月も出版された原著論文は結果としてなし。だが、in revision 3本。希望を持とう

Bonohulab Dojo 23 2nd finished

2024-02-27T23:00:00+09:00

23年度bonohulab道場2回目終了

bonohulabで新入生を対象に行っているbonohulab道場。 2021年度の1年目は9月頭まで、2022年度は8月頭までかかっていたが、2023年度は7月中旬で終了。

これからも新たな学生やポスドクが入ってきたら、またこの道場本で特訓する予定。早ければ、この10月からもまたやることになるかも。

と予告してあった通り、学部生の受け入れ開始があり2023年度は後期も行った。それが今日2024年2月27日に終了した。

具体的には、生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場(道場本)を使った、週1回約1時間ほどのセミナー。セミナーといっても基本は私が解説して、可能ならハンズオンをやるという形式。今回は途中で道場本が第2版となり、その誤植拾いも兼ねながら。

いつもよりさらに初心者にわかりやすい説明を心がけたがやはり一巡目では吸収できる知識も限られてくるのは仕方がないかなと. 論語の学而にあるとおり、復習して身につけていってほしいと切に願う。

学而時習之。不亦説乎。（習ったことを機会があるごとに復習し身につけていくことは、なんと喜ばしいことでしょうか。）

Mt.Fuji day 2024

2024-02-23T23:00:00+09:00

富士山の日2024

5年前からは天皇誕生日ということで、金曜日祝日で1日少ない一週間ではあったけれども。日替わりで毎日イベントのあった先週とは打って変わって、今週はラボの内向きのことをメインにすることができた。その結果、論文関係が進み、2本再投稿、1本投稿することができた。果報は寝て待て、良い知らせを待つ。

Recognized SSD back

2024-02-20T18:00:00+09:00

SSD帰還、認識した！

年末に買ったが、どうやっても認識しなかったSSD。メーカーのウェブサイト参照し、チャットと電話で問い合わせをした結果、初期不良っぽいので送付。

その後、2,3日して部品がないから3月までかかるというメールが来てたので、気長に待っていた。しかし、急に予告なく送り返されてきた。実際には配送業社からの荷物到着のお知らせがあったのでほぼ予想はついてたものの。早速開梱して試したところちゃんと認識した。

新しくでばかりのモデルだったので大丈夫かなという思いは若干あった。やはり、新商品は危険なのかもしれない。今後気をつけていこう。

Bachelar’s thesis presentation 2024

2024-02-16T21:00:00+09:00

学部卒論発表会2024

確か、去年も参加したはずの（学部）卒論発表会。当時は、学部教育にかかわっておらず、学部生がどういった研究をしているのかを知るために参加したが、今回は今年度入ってきた3年生が1年後にこのように発表できるだろうかという観点で。昨年は発表会だけの参加であったが、今年はその後の謝恩会にも。しかしうちは今年からの配属なので、もちろん卒業生はいないわけだが。

今の4年生はちょうど私と同じ時に（今の）大学に入ってきた、入学と同時にコロナ禍が始まった世代であった。つまり、入学当初から同級生とも会えず、大変な想いをして学業を始めた、非常な苦労されてきたに違いない。最後の最後でこれまでどおりの謝恩会ができて本当によかった、と。

配属されている学生を含めて、3年生が会をうまくオーガナイズしていて大変感心した。個人的には（場所柄飲み会を一緒にすることはできないので）3年生も含めて、いろんな方と話す機会が得られて、そういう意味でもとてもよかった。

COI-NEXT BioDX meeting 2023

2024-02-15T20:00:00+09:00

COI-NEXTバイオDX拠点全体会議2023

あいにくの雨の中、昨年度のキックオフミーティングに引き続き、オンサイト（ハイブリッド）でBioDX拠点の全体会議をミライクリエにて。修論発表の翌日、学部卒論発表の前日の谷間でまったく余裕なかったものの、一般社団法人バイオDXの方々の完璧なセットアップでうまく取り行われた。会場に来られた方は少なかったが、きていただいた方々とはしっかり交流できた印象。作成したシステムの使い方講習会的な会と併せて、今後は行っていければいいなと。

Master's thesis presentation 2024

2024-02-14T19:00:00+09:00

修論発表会2024

これまでのオンライン方式から代わって、オンサイトでの修論発表会。 4年目の私だけが初めてかとおもいきや、新しく発足した研究科的にも初めてだったようで。やはりライブで研究発表を聞くことができるのは聞く方にとってはよかったなと。発表する方はオンラインでの事前収録と異なって大変だっただろうけど。

ROIS DS JOINT Research meeting 2023

2024-02-09T14:00:00+09:00

昆虫における次世代シーケンスデータ解析および公共データベース利用 II

今年度も昨年度に引き続き、オンサイトで実施することができた恒例の昆虫バイオインフォマティクス研究集会。今回もその利用の広がりを感じる研究会であった。より多くの人にその手段を使ってもらうには、内輪だけの盛り上がりに留めず、やはり学会年会などの外に出ていくしかないかなという当たり前の結論を自問自答。

Setsubun 2024

2024-02-04T09:00:00+09:00

節分2024

今年2024年は節分2月3日だったらしい。子供の頃は2月4日だったような記憶があるのだが、それは1984年だけらしい。その記憶はひょっとしたら立春と間違っていたかもしれない。「節分」をDeepLで英訳してみると

last day of winter in the traditional Japanese calendar

とのことで、こちらの方がその日の成り立ちがよくわかる気がする。

来年2025年は節分が2月2日になるとのこと。現在は特に祝日とかではないからそれほど大騒ぎにならないが。

RNA-Seq recipe 2 ranking 2401

2024-02-03T20:00:00+09:00

RNAseqレシピ本2のランキング　24年1月

2023年10月に発売されたRNAseqレシピ本2。出版元が毎月出しているランキングの生命科学・基礎医学で10月登場時に2位。その後、11月7位、12月9位と下がってきてたが、年が変わって2024年1月には5位と再浮上。このままコンスタントに売れ続けていくのだろうか？

January2024

2024-01-31T23:59:00+09:00

2024年1月を振り返って

今月は、華麗に加齢な月ということで、age++ 自然災害、航空機事故と1年の不幸が年頭からという年。今後はいいことが多いと良いのだが。

そんな中、PAG31は、期間が半分になったものの、なんとか参加することができた。いろいろな人との出会いがあり、良いcollaborationに発展していくことを願いつつ。

ここのところrejectつづき。今月出版された原著論文はなかったが、bioRxivに1本アップ。

Triterpene RDF: Developing a database of plant enzymes and transcription factors involved in triterpene biosynthesis using the Resource Description Framework https://doi.org/10.1101/2024.01.08.574260

Lecture at the Land of Sunshine

2024-01-31T21:00:00+09:00

晴れの国の大学にて講演

晴れの国のはずなのにぐずいた天気の中、彼の地にある大学での講演にオンサイトにて。木でできた素晴らしい会場で、普段は講義室として使われているらしい。今回は要望にそって公共データベースの利活用をテーマにそのメタ解析の実例をバイオDX拠点の話と含めてお話しした。しかし、両手で数えるほどぐらいの参加者に驚いたが、全然聴講者がいないわけではなく、9割以上はオンラインでの参加であった。いろんな参加者と私の話題提供に関して議論したいと思ってたが、そういう感じではなくちょっと残念。だが、終了後に何人かの大学生や大学院生と研究に関するディスカッションができて結果として大変満足。今回はほとんど話できなかったゲノム解読系の話もまたする機会があるといいなと思ったり。

Writing private grant 24

2024-01-27T21:00:00+09:00

民間助成金書き

JST共創の場形成支援プログラムによって研究予算十分というわけでなく、新たな取り組みをすべきだし、実際それを推奨されている。今年度、民間助成金をいただいたことで昆虫種でのロングリードシーケンサーによるcDNA配列解析(Iso-seq)を実現することができた。来年度も新たな取り組みが可能となるように申請書書き。うまく採択していただけるといいのだが。

DrBonoBon2 2nd printing

2024-01-26T22:00:00+09:00

Bono本第2版の2刷

「Dr.Bonoの生命科学データ解析」(Bono本)の第2版が出版されてから今度の4月でもう3年。著者の私からしてみると早いものだなあという感覚。これも加齢のなせる技だろうか。

初版の時は3ヶ月で二刷をすることとなったが、今回は3年でそうすることに。初版ほどの新しさはなく、買ってくれる人はすでに買ってくれてたということだろうか。中身も最新の情報にアップデートしたいところであるが、そうすると改訂になってしまうのでそれはできず。小さな訂正のみ反映できるとのこと。

そういうわけで誤植の情報があれば、ということなんだが、かつてのようにtwitterでお知らせしてくれることもなく。そもそもtwitterはXになってしまっているし。諸行無常。

Unrecognized SSD sent

2024-01-25T12:00:00+09:00

認識しない、SSD送付

年末に買ったものの、認識しないSSD。マウントされないどころか、ディスクユティリティでも認識しないという重症。 Q&Aに書いてあることは一通りやったものの、改善せず。メーカーのサポートのチャットに連絡しても、ウェブサイトに書いてあること以上の「魔法」はなく。どうやら、初期不良らしい。修理じゃないけど、修理センターに。長年いろいろ買ってきたが、意外にもこんな経験は初めてだった。

PAG31

2024-01-21T21:00:00+09:00

Plant and Animal Genome 31

昨年に続き、International Plant and Animal Genome (PAG)参加。今回は行けるのかどうか怪しい状況であったが、途中（後半）からの参加とはなったものの、結局参加できた。それでもIndustryのworkshopなどには参加できて知的好奇心が満たされた。学会のハードスケジュールについていけるよう、体力をつける必要性を痛感。

HMMER v3.4

2024-01-04T18:00:00+09:00

HMMER v3.4

ふと気づいたら、新しいバージョンのHMMER v3.4がリリースされてた。これまで、Apple silicon Macでnativeには動かず、Docker上で動かしていたのだが、普通にconfigureしてmakeしたらエラーもなくすんなり。 make checkも全部パス。早速道場本2にアップデートが必要となった！

Plan 2024

2024-01-01T11:00:00+09:00

2024年の計

明けましておめでとうございます。本年もよろしくお願いします。

あけましておめでとうございます。今年は初日の出のタイミングには起きれず、ぐっすりと寝てました。今年もよろしくお願いします！ https://t.co/tIF4VVuret pic.twitter.com/MdYQk6BDDG
— オープンデータ推進者なので情報共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) January 1, 2024

「一年の計は元旦にあり」。今年も一年の計、「2024年の計」を。

研究室運営に注力し、研究が進展していくよう支援する
高校生や大学生に広く研究内容を知ってもらえるよう、執筆・講演など「ミライ牧場」活動に力を入れる
健康に気をつける

Review 2023

2023-12-31T20:00:00+09:00

2023年を振り返って

今年2023年はラボを主宰し始めてから早4年目。去年からさらにいろいろと変化の年となった。

まずは自分自身の「特任」がとれたこと。プロジェクト雇いの年更新から大学本体から雇われる定年制となった。そのため、一度退職して、再度雇用されたことに。とはいえ、物理的には何も変化なかったのだが。

その結果、学部生の配属が始まったこと。 7月に初の対面での講義で研究室を紹介し、その後研究室見学。その結果、10月から学部3年生が2名配属された。また、他の学部生向け講義も担当することになった。

一昨年、去年と多かった論文出版数は今年は元に戻った。 2023年に出版された論文は査読付きが5本（昨年14本）、プレプリントで査読済みとし出版されていない論文が7本。昨年は8本だったcorresponding authorの査読論文済み論文が3本に。

また、出版した書籍は2冊。

毎年恒例にしている今年の年頭に書いた「2023年の計」に沿って、今年2023年を振り返ってみたい。

1 学生・研究員がきっちりと研究し論文を出していけるよう、研究室運営に注力する

学生や研究員が増えている中、研究室の運営は非常に大事になっており、これまで以上に注力した。懸案となっていた研究スペース問題に取り組み、ハード面ではそれなりの成果があったように思う。居室も学生部屋と研究員部屋に分けることができた。今後もソフト面でのサポートを引き続きがんばっていきたい。

2 多くの学生が研究室にインターンできる「ミライ牧場」を実現する

上記のとおり、学生部屋としてある程度余裕があるスペースができたため、インターンも受け入れることが物理的に可能となった。次項と関連して、今後学生さんを受け入れられる体制を作っていきたい。

3 研究分野の裾野を広げる執筆・講演活動にも力を入れる

2023年は3月に1回と11月にもう一回、アウトリーチイベントを開催し、その講師を務めた。一般社団法人バイオDX推進機構に運営を、また研究室の学生さんにはコンテンツを考えたり当時の進行を、と多大なる御助力をいただいてこそ実現できた。また2023年5月に公式に出張が解禁となってからは、研究者向けに鳥取県米子市（鳥取大学）や大阪府豊中市（千里）、沖縄県那覇市で講演を行った。

そして、Apple silicon macが普及してきてずっと気になってきた道場本の改訂版を2023年の暮れに出版することができた。 Macだけでなく、WSL2でもということで一応の対応は付記したものの、ハードウェアのプラットフォームがいろいろあるためか、これまで見たことがないようなエラーがあるようで、今後も悩みは尽きない。

それ以外にも2023年には研究室の多くのメンバーに協力いただいて、RNA-Seqデータ解析レシピ本の改訂版を出すことができた。これらの活動は、研究分野の裾野を広げることに寄与していくことだろう。

4 健康にさらに気をつける

大きな病気はなかったものの、劇的に健康になったということはなかった。健康に気をつけて生活をしていくことは怠ってはいけない。今後も継続してそうしていく。

December2023

2023-12-30T18:00:00+09:00

2023年12月を振り返って

8月に有給休暇を早めに規定数以上取得してたので、この2023年12月は有給休暇の消化ということもなく、28日まできっちり出勤日だった。 12月恒例の日本分子生物学会年会にはじまり、Togothonへの参加（関東出張）だけでなく、初の学部1年生向けの講義など、まさに「師走」であった。とくに道場本2の出版はいろいろバタバタがあったものの、学会前に間に合った。

だいぶ遅くなってしまったが、10月に配属された学部3年生の歓迎会もランチ会というかたちで実施することができた。 10月にしていただいたお祝いへの返礼も兼ねて.

論文関係では、今月は査読つき雑誌への共同研究論文が1本出版され、これで2023年の査読済論文は5本となった。

An extract from the frass of swallowtail butterfly (Papilio machaon) larvae inhibits HCT116 colon cancer cell proliferation but not other cancer cell types. https://doi.org/10.1186/s12864-023-09841-0

去年は10本以上出てたが、今年は半減以下の5本という結果。そのうちbonohulabからの論文の数は3で、決して少ないわけではないが、9本出た去年にくらべると少なく見える。一応言い訳しておくと、まだpublishされてないプレプリントが7本あって、そのうちbonohulabからのが5本。つまり、今後出て来るはず。来月（来年）以降頑張っていこう。

Mid-term presentation of master's thesis 23

2023-12-26T16:00:00+09:00

修論中間発表会23

去年からはオンサイトになった修論中間発表会は、ことしもポスター発表形式で。昨年もそうであったが、普段馴染みのないプログラムで研究されている内容を知ることができる絶好の機会だった。

発表したM1の大学院生にとっては、とても良い機会だったのではないかと。自分の所属している研究室以外の人に研究内容を伝える場をもてて、さらに自分の研究に関する議論ができたのだから。いずれにしても、彼らの研究経験においてよいマイルストーンとなったに違いない。

Nights in hotels 2023

2023-12-25T22:00:00+09:00

2023年出張外泊数

毎年恒例にしている出張外泊数。年内の出張がすべて終わって数が確定した。 2021年は11泊、去年(2022年)は22泊と倍増してきていた。その流れ通り、今年2023年は、5月以降政府による制限もなくなり、合計42泊ということで確定した。

海外出張に4年ぶりに行ったことや、Biohackathonの国際版の復活もあって、これまでの2-4日泊の出張に加えて長めの出張が入ってきての結果。さすがに来年はこの倍ということはないだろうけど、激減することもないのではないだろう。ただ、大学の仕事が色々と入ってくるだろうからそんなには増えないのではないかというのが現時点での自己予測。

Welcome and thank you party 23

2023-12-19T23:59:00+09:00

歓迎会とお礼の会

本日で2023年最後のラボミーティングということで、開催前のお昼休みに（いつもより早めに）集まっていただき、2023年一年お疲れ様という意味も込めて、ピザパーティー。主には10月に入った新しいメンバーである学部3年生の歓迎会、そして10月にしていただいた教授就任のお祝いのお礼の会として。

これまで新しいメンバーが入ってきてもこういった回は公式には行ってこなかった、というより（コロナウイルス蔓延による規制のため）行えなかった。ようやく、そういう規制がなくなったタイミングではじめてbonohulabに学部生の配属がはじまった。ランチ会ならより多くの人が出席できるし、車や自転車で通勤している人がほとんどな今のところでは良いかたちなのかなと。

Artwork by science illustrators in MBSJ2023

2023-12-09T23:59:00+09:00

サイエンスイラストレーターのお仕事展

色々と驚きの連続であったMBSJ2023だが、その一つがこの「サイエンスイラストレーターのお仕事展」。

ご好評いただいた分子生物学会の年会特別企画『サイエンスイラストレーターのお仕事展』、改めて出展者の皆さんをご紹介いたしまーす😃（1/16）#MBSJ2023 ※ツリーに続きます pic.twitter.com/PhyZNEWAqo
— ウチダヒロコ (@ucchy_v4) December 9, 2023

2日目の夕方に時間的にもう遅かったので、明日みようと思っていたら、なんと2日目まで、ということで。急ぎ、会場を端から端まで移動して見に行ったらなんと。自分の論文の図があるポスターに掲示されてて。確かにその図のイラストは共同研究先の学生さんに書いてもらったんだったな、と思い出したら、その方がそちらの道に進まれて発表をされていたと知り、びっくり。

今後もそういうことが起こるのを楽しみに学生さんの指導を頑張っていきたい。

46th annual meeting of the molecular biological society of Japan

2023-12-08T23:59:00+09:00

第46回日本分子生物学会年会

千葉の幕張であった去年に引き続き、今年も恒例の分セーに参加。今年は、久しぶりの神戸ポートアイランド。分セーではほぼ隔年で来ていた恒例の場所ではあるものの、調べてみたら2017年以来の6年ぶりだったらしい。

すでに着いた。ポートライナー混むから、できればお早めに。もしくは遅めに #MBSJ2023 pic.twitter.com/M2vOP0c6UU
— オープンデータ推進者なので情報共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) December 5, 2023

去年、3年ぶりに参加してご挨拶した人も多かったので今年はそんなにお久しぶりorはじめましてがないかと思っていたが、自分の職位が変わったこともあってそれなりに名刺もお渡しすることに。結果として、交換して手元にある名刺が16枚で、自分からは25枚ほど名刺を渡した模様。

今回は、bonohulabと共同研究関係の発表は（オンサイトの）1日目と3日目に集中していた。発表数は、ポスター発表5、口頭発表3（うち1つは共同研究）。特に、企画したJST共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)バイオDX拠点の冠シンポジウムは1日目の午前という、オンサイトでは一番最初であった。そのため人が集まるかが心配されたが、目視で100〜150人ほどぐらいと、それなりには集まった模様。

「バイオDXによるデータ駆動型ゲノム育種に向けて」のシンポジウム、第17会場（国際展示場2号館の3階3A）で、9時半からです。会場で配布されてる科学新聞に紹介されていました！多くの方の参加をお待ちしております♪ #MBSJ2023 pic.twitter.com/AYGxEdyeDs
— オープンデータ推進者なので情報共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) December 5, 2023

虫の会まじめ版は相変わらずの3日目の最後（午後）で（今回は関係する発表はなかったが）。

この学会年会をターゲットにいろいろ準備してきた「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析道場第2版（道場本2）」も販売開始となり。

#DrBonoDojo サイン本が #MBSJ2023 会場の書籍販売コーナーにて。先着順のようですので、ぜひ。中上級者向けではなく、基本これから始める独習者向けの内容です。現在は利用できなくなったデータベースやツールの見直しのほか、「3 章実践編」に「3.1 ゲノム配列解析の初歩」が追加されています。 https://t.co/s2aIB151fW
— オープンデータ推進者なので情報共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) December 6, 2023

サイン本を用意させていただき、それらに関しては完売したらしい。

参加章が来たので早速カスタマイズ🧬よろしくお願いします #MBSJ2023 pic.twitter.com/HHOpN8qUMj
— オープンデータ推進者なので情報共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) November 21, 2023

今回、参加者バッジがカスタマイズできるそれで、とてもよかった。それのアイコンとして我々がやってきた統合TVのコンテンツであるtogo picture gallery (togopic)を使っていただき。 2007年からそれをやってきた者としては歴史的なマイルストーンとなった。なんか一時代終わった感じを受けたのは私だけではなかったようだ…。

DrBonoDojo2 published

2023-12-01T23:59:00+09:00

道場本2無事出版!

当初の発売予定から少々遅くなったものの、目標の日本分子生物学会年会（分セー）の開催前に「生命科学者のためのDr. Bonoデータ解析道場第2版」が発売開始された。

【新刊】本日発売（新刊配本）です！

生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析道場第2版
全パソコン対応でスグに使えるずっと使える

著：坊農秀雅

ビッグデータの解析に欠かせないコマンドラインの実践書がMac・Windows・Linuxの各OSに対応し、待望の改訂！(M)https://t.co/IO6W1sGLBB pic.twitter.com/Hz3Hsn3AFu
— MEDSi販売部 (@MEDSi_han) December 1, 2023

すでに献本した先には届き始めている模様。

坊農さん@bonohu の新刊『生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析道場第２版』、見本本を頂きました！＼( 'ω')／ pic.twitter.com/ezIoSfQy14
— ウチダヒロコ (@ucchy_v4) December 1, 2023

コロナに加えてインフルエンザも大流行中ということもあって、4年前の2019年のように分セー会場でサイン会するわけにもいかないので、今回はあらかじめサインした本を準備しておいてそれを希望されたらそちらを買ってもらう方式で（出版社のリクエストにより）。

発売日延期の紆余曲折ありましたが、道場本2 #DrBonoDojo が来週の分セー #MBSJ2023 で発売できる見込みとなったようです。かつてはサイン会しましたが、このご時世ということもあり、前もって用意しとこうという話になっており。仮に道場本2を買うとしたら、どれを選びますか？
— オープンデータ推進者なので情報共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) November 30, 2023

X/Twitter投票の結果、15票集まり、そのうち7票が「サイン本だったら買う」ということに。ある程度の宣伝効果はある模様。

この本のtwitterのハッシュタグは #DrBonoDojo この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。

November2023

2023-11-30T23:00:00+09:00

2023年11月を振り返って

初旬にはバイオインフォマティクス講義の収録も終え、研究室内のことに取り組んだ11月だった。新しい部屋の整備も進み、研究員たちは新しい部屋への引っ越しも完了した。アウトリーチ活動にも取り組み、2023年11月12日に特別授業＆体験型ワークショップ「分子系統樹をつくろう」にて「研究がつなぐ未来バイオインフォマティクスの役割」と題した授業を行った。また、COI-NEXTバイオDX拠点で取り組んでいるミツバチに関するアウトリーチイベントミツバチサミット2023にも参加してきた。

論文は出しているものの、なかなか進まず。今月は（outputは）何もなしという状況だった。

COVID-19 Vaccine 5th shot

2023-11-22T23:00:00+09:00

コロナウイルスワクチン注射5回目

去年（2022年）11月に4回目からちょうど1年後の2023年11月に5回目を。 5回目にして初のファイザー製で、市中の医院で接種してもらってきた。

副反応を予想して日を選び、次の日が祝日（勤労感謝の日）の22日に。しかしながら、打った方の腕がちょっと違和感があった程度で発熱などはなし。

DrBonoDojo2 preface published

2023-11-21T23:00:00+09:00

道場本2の序文公開

今月末には発売となるはずだった「生命科学者のためのDr. Bonoデータ解析道場第2版」の序文が出版社の道場本2のウェブサイトから公開された。

序文がいつの間にか公開されている…「しかしながら，この状況に対応した書籍は今のところ出版されてはいない。もちろん，ネット上にはさまざま情報があり，それをうまく集めれば多くの場合解決するだろう。しかし…（以下略）」https://t.co/X0lksAOrKX #DrBonoDojo https://t.co/NJX63GEfJ9
— オープンデータ推進者なので情報共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) November 21, 2023

なぜ改訂版を出したかが書かれているが、簡単にいうと、前の出版の2019年から今年2023年のわずか4年の間に、Macに搭載されるCPUが変更され、WSL2の利用も広まり、前版で想定していなかったプラットフォームでの生命科学データ解析が行われているからである。

出版前ではあるが、新しく入った学部3年生を対象に研究室のラボで改訂版の原稿を元に教えている。その過程ですでに2箇所もアップデートすべきところがそうなっていないところを発見するなど。ひょっとすると編集作業の間にアップデートされてしまった可能性ももちろんあるが、早期に正誤表を出して対応していきたい。

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Bee Summit 2023

2023-11-19T23:59:00+09:00

ミツバチサミット2023

ミツバチサミット2019以来、4年ぶりのオンサイト開催ということで、今回も参加。

ミツバチサミット🐝 pic.twitter.com/DNHfeAOVKB
— オープンデータ推進者なので情報共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) November 18, 2023

前回参加後もミツバチに関わる研究は継続している。 JST COI-NEXT バイオDX拠点の研究開発課題「データ駆動型ゲノム育種 (デジタル育種) 技術の開発」の一つとしてミツバチにも取り組んでおり。その研究チームの皆さんによる、シンポジウム1「ゲノムデータ解析とゲノム編集で高性能ミツバチを作る」に出て話を聴くのが今回のメイン。

とはいえ、養蜂をやっていない私にはやはり門外漢の世界ではあったものの、多くの人にわれわれの取り組みを少しでも知ってもらえる機会となったのはとてもよかったなと。

DrBonoDojo2 cover uncovered

2023-11-15T13:00:00+09:00

道場本2の表紙公開

今月末には発売となるはずだった「生命科学者のためのDr. Bonoデータ解析道場第2版」の表紙が公開された。

【近刊情報】12月初旬発売予定！

生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析道場第2版
全パソコン対応でスグに使えるずっと使える

著：坊農秀雅

ビッグデータの解析に欠かせないコマンドラインの実践書がMac・Windows・Linuxの各OSに対応し、待望の改訂！(M) https://t.co/IO6W1sGLBB pic.twitter.com/gcAJMFx8oh
— MEDSi販売部 (@MEDSi_han) November 14, 2023

諸事情あって、発売が1週間ほど延期となったが、12月初旬にある日本分子生物学会年会には間に合うとのこと。

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Home Coming Day 23

2023-11-05T14:00:00+09:00

第17回ホームカミングデー＋第72回大学祭

今年も11月の第一土曜日はホームカミングデーということで、恒例になりつつある工学部横の並木道の紅葉をチェックしつつ、散歩がてらに振り返ってみると、2020年、2021年、2022年に引き続き、4年連続4回目。こうも皆勤なのは、この時期は自分が担当のバイオインフォマティクス講義の収録があって遠出ができず、出かけてないからなんだろうな。

焼き牡蠣1個300円🦪‼️さらにラッキーなことにオマケ付き pic.twitter.com/DVqGb8KtOt
— オープンデータ推進者なので情報共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) November 4, 2023

なんか毎年牡蠣を食べているような…。でも本場の牡蠣は、大変うまい！コロナ前の元々の賑わいを知らないからわからないが、年々人の数が増えてきているように思う。

これまで開催されているのをみたことがなかった教育学部祭も教育学部エリアで行われていて。そこから南下していって、初めて大学祭のやっている総合科学部エリアにも行ってみた。

今年は学生だけという制限が取れたので、自分も入れたのだが、学生以外の地域の人も多くこられていた（自分も地域の人なのだが！）。約30年前に自分が学祭に参加してた時のことを思い出して懐かしくもあり。大学生が中心となって活躍してて、活気のある感じなのがとても良いなあと。そのパワーに少しでもあやかりたい。

DrBonoDojo2 contents

2023-11-04T09:00:00+09:00

道場本2の新しいコンテンツ

早くも11月となり、今月末には発売となる、すでにAmazonにも出ている「生命科学者のためのDr. Bonoデータ解析道場第2版」。

中身に関する情報で現時点(2023-11-04)で公開されているものとしては、サブタイトルにもあるように

全パソコン対応でスグに使えるずっと使える

ということらしい。確かに前のエントリでも書いたように

前回はIntel Macだけに対応だったのが、それに加えてWSL2上のLinuxとApple Silicon Macに対応した

のは事実だが、後半のそれは？

2019年に出た初版からのアップデートとしては、「ゲノム配列解析の初歩」というセクションを3章実践編に入れたこと。これは今やどんな配列解析するにもリファレンスゲノムにマッピングすることが日常的に行われている現状に対応して、である。実際のマッピング操作だけでなく、そのために必要なリファレンスゲノム配列データに関することやその取得法も含めて、初心者向けに。

そういうわけで、セクションが一つ増えてページ数も増えて、約1割弱増しに。なんといっても、数日前にM3まで出てしまったApple silicon macでの具体的な対処法をそれぞれに書き記せたのはよかった。キリがないので個別にはお返事してなかったことに対するお答えになったかなと。

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